Východiska: Patogenní mutace v genech BRCA1 a BRCA2 jsou majoritní příčinou dědičné dominantní predispozice ke vzniku nádoru prsu a vaječníku. Interpretace molekulárně-genetických nálezů vždy závisí na dostupných informacích v době uzavření laboratorní zprávy. Cílem této studie byla revize klasifikace všech výsledků testování BRCA genů v Masarykově onkologickém ústavu (MOÚ). Soubor pacientů a metody: Pacienti ze 7 400 rodin s podezřením na dědičnou predispozici ke vzniku nádorů prsu a/nebo vaječníků byli v MOÚ vyšetřeni v období let 1999 až první poloviny 2018. Vyšetření genů BRCA bylo vždy indikováno klinickým genetikem. V průběhu 20 let laboratorní praxe byly použity různé metody - počínaje vyšetřením cíleným na detekci zkrácené délky proteinu a heteroduplexní analýzu přes vysokorozlišovací analýzu křivek tání a Sangerovo sekvenování až po masivní paralelní sekvenování. Výsledky: Mutační analýza vedla k odhalení dědičné predispozice k nádoru prsu/ovaria u 20,5 % rodin. Vysoce riziková zárodečná mutace byla detekována u 1 021 rodin v genu BRCA1 a u 497 rodin v genu BRCA2. Bylo zachyceno široké spektrum patogenních a pravděpodobně patogenních unikátních mutací v obou genech - 124 různých mutací v genu BRCA1 a 123 různých mutací v genu BRCA2. Jako benigní nebo pravděpodobně benigní bylo klasifikováno 96 unikátních variant v genu BRCA1 a 126 variant v genu BRCA2. Zbývajících 82 vzácných unikátních variant zůstalo klasifikováno jako "nejasného významu" především z důvodu ojedinělého výskytu a nedostatku podkladů pro jejich zařazení do ostatních skupin. Výsledky jsou shrnuty v tabulkách dle typu mutace/varianty vč. podkladů pro jejich klasifikaci. Závěr: Co nejpřesnější klinická klasifikace variant identifikovaných v BRCA genech má dopad na genetické poradenství a následnou klinickou péči. V této studii uvádíme přehled frekvencí BRCA mutací detekovaných v našem regionu, retrospektivní hodnocení a případně reklasifikaci u některých dříve reportovaných variant ve světle nedávných zjištění.
Background: Deleterious mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes account for a considerable proportion of dominantly inherited breast and ovarian cancer susceptibility. The laboratory interpretation has always been dependent on the information available at the time of the report conclusion. The aim of this study has been to review the results from the BRCA testing at Masaryk Memorial Cancer Institute (MMCI). Patients and methods: Patients with suspected hereditary predisposition to breast/ovarian cancer, belonging to 7,400 families, were referred by genetic counsellors for BRCA1 and BRCA2 mutation testing at the MMCI from 1999 to the beginning of 2018. Various methods have been used over 20 years of laboratory practice - starting with the Protein Truncation Test and Heteroduplex Analysis via the High Resolution Melting analysis and Sanger sequencing up to Next Generation Sequencing. Results: BRCA1 and BRCA2 mutation screening resulted in the identification of 1,021 families with a germline high-risk BRCA1 mutation and 497 families carrying a high-risk BRCA2 mutation, representing a mutation detection rate of 20.5%. A broad spectrum of unique mutations classified as pathogenic or likely pathogenic has been detected in both genes - 124 in the BRCA1 and 123 in the BRCA2 gene. Other sequence variants (96 unique variants in the BRCA1 and 126 in the BRCA2 gene) have been revised and classified as benign or likely benign. The other 82 unique variants remain classified as of uncertain significance mainly due to a lack of information for inclusion in other groups. All the results are summarised in the tables, including the reasons for their classification. Conclusion: The clinical classification of rare sequence variants identified in the high-risk breast cancer susceptibility genes BRCA1 and BRCA2 is essential for appropriate genetic counselling. Here we present an overview of BRCA mutation frequencies in our region and the retrospective evaluation and eventually reclassification of previously reported rare variants in light of recent findings.
- MeSH
- Genetic Testing methods MeSH
- Genes, BRCA1 MeSH
- Genes, BRCA2 MeSH
- Clinical Studies as Topic MeSH
- Humans MeSH
- Mutation MeSH
- Breast Neoplasms * genetics prevention & control MeSH
- Ovarian Neoplasms * genetics prevention & control MeSH
- Germ-Line Mutation MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Female MeSH
- Publication type
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
Východiska: V současné době bylo popsáno již více než 200 nádorových syndromů. Ve většině populací jsou však dostupné pouze informace o mutačním spektru ve vysoce rizikových genech limitované počtem vyšetřených jedinců. Metody: V rámci retrospektivní NGS studie v Masarykově onkologickém ústavu bylo provedeno vyšetření TruSight Cancer panelem zahrnujícím 94 genů u 50 vysoce rizikových jedinců se závažnou osobní i rodinnou anamnézou onkologického onemocnění bez detekované kauzální mutace v genech BRCA1, BRCA2, MLH1, MSH2, MSH6, TP53 nebo APC dle indikace. Všechny patogenní nebo pravděpodobně patogenní mutace detekované pomocí NGS technologie byly potvrzeny Sangerovým sekvenováním. Výsledky: Ztrátové (frame-shift, nonsense) mutace byly detekovány v genech ATM, BAP1, FANCC, FANCI, PMS2, SBDS, ERCC2, RECQL4. Několik patogenních nebo pravděpodobně patogenních mutací (missense, predikované sestřihové mutace, in-frame delece/inzerce) bylo zachyceno v genech ATM, BRIP1, CDH1, CHEK2, ERCC2, ERCC3, ERCC4, FANCA, MC1R, MEN1, MRE11A, MUTYH, PALB2, RAD51C, RET, SDHB, STK11. Nacházejí se ve vysoce konzervovaných funkčních doménách proteinů a některé z nich již byly prokázány jako patogenní mutace pomocí funkčních testů nebo u závažných autozomálně recesivních syndromů (Ataxia telangiectasia, Fanconiho anémie). Většina z detekovaných missense variant v řadě dalších genů je nejasného klinického významu a determinace jejich významnosti zůstává otevřená do budoucna. Závěr: Detekce variant se střední nebo nízkou penetrancí má pouze limitovanou klinickou využitelnost. Panelové testování u vysoce rizikových osob s nádorovým onemocněním může poskytnout důležitou informaci o příčině nádorové predispozice a může pomoci s výběrem optimální léčby a v preventivní personalizované onkologii.
Background: Currently, more than 200 hereditary cancer syndromes have been described, yet, in most countries genetic testing is restricted to a narrow spectrum of genes within a limited group of people tested. Methods: For this retrospective study we used the TruSight cancer panel (Illumina) – NGS panel targeting 94 cancer predisposition genes in order to analyze 50 high-risk cancer patients with significant personal and family history of cancer who did not carry mutations in BRCA1, BRCA2, MLH1, MSH2, MSH6, TP53 or APC genes. All pathogenic and potentially pathogenic mutations detected by NGS technology have been confirmed by Sanger sequencing. Results: There were several deleterious (frame-shift/nonsense) mutations detected in ATM, BAP1, FANCC, FANCI, PMS2, SBDS, ERCC2, RECQL4 genes. Various pathogenic or potentially pathogenic (missense, predicted splice site, in-frame insertion/deletion) mutations were detected in ATM, BRIP1, CDH1, CHEK2, ERCC2, ERCC3, ERCC4, FANCA, MC1R, MEN1, MRE11A, MUTYH, PALB2, RAD51C, RET, SDHB, STK11. These mutations affect highly conserved protein domains and affect their function as proved by the available functional assays. They were confirmed to be pathogenic as an „Parent No2 “ in serious recessive diseases such as Ataxia telangiectasia or Fanconi anemia. The clinical significance of the majority of detected missense variants still remains to be identified. Conclusion: Moderate or low penetrance variants are of limited clinical importance. Panel genetic testing in high-risk individuals with cancer provides important information concerning the cause of the investigated cancer, and may assist in the risk assesment and optimal management of the cancer, as well as in further preventive care. Key words: hereditary cancer syndromes – hereditary breast and ovarian cancer syndrome – hereditary nonpolyposis colorectal cancer – high-throughput DNA sequencing – TruSight cancer panel – MiSeq This work was supported by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805) and by the State budget project of CR (OP VaVpI – RECAMO CZ.1.05/2.1.00/03.0101). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE recommendation for biomedical papers. Submitted: 20. 8. 2015 Accepted: 22. 9. 2015
- Keywords
- hereditární nádorové syndromy, TruSight cancer panel, sekvenování nové generace, ATM mutace, BAP1, PMS2, FANCI, RAD51C, BRIP1, ztrátové mutace,
- MeSH
- Adenosine Triphosphatases genetics MeSH
- Medical History Taking MeSH
- Ataxia Telangiectasia Mutated Proteins genetics MeSH
- Neoplastic Syndromes, Hereditary * diagnosis genetics MeSH
- Colorectal Neoplasms, Hereditary Nonpolyposis genetics MeSH
- Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome genetics MeSH
- DNA-Binding Proteins genetics MeSH
- Adult MeSH
- DNA Repair Enzymes genetics MeSH
- Genetic Predisposition to Disease MeSH
- Genetic Testing MeSH
- Risk Assessment MeSH
- Middle Aged MeSH
- Humans MeSH
- Mutation, Missense MeSH
- Adolescent MeSH
- Tumor Suppressor Proteins genetics MeSH
- Kidney Neoplasms genetics MeSH
- Breast Neoplasms genetics MeSH
- Pancreatic Neoplasms genetics MeSH
- Colonic Neoplasms genetics MeSH
- Codon, Nonsense MeSH
- Pilot Projects MeSH
- Fanconi Anemia Complementation Group Proteins genetics MeSH
- Retrospective Studies MeSH
- Rhabdomyosarcoma genetics MeSH
- RNA Helicases genetics MeSH
- Pedigree MeSH
- Sequence Analysis, DNA * methods utilization MeSH
- Ubiquitin Thiolesterase genetics MeSH
- Check Tag
- Adult MeSH
- Middle Aged MeSH
- Humans MeSH
- Adolescent MeSH
- Male MeSH
- Female MeSH
- Publication type
- Case Reports MeSH
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
