The nucleotide sequences of three IncU plasmids from Aeromonas spp. isolated from ornamental fish are described. They had a typical IncU backbone for plasmid replication and maintenance functions, but conjugative transfer modules were disrupted. The gene qnrS2 was inserted into mpR as a mobile insertion cassette. Novel Tn3 family transposons carrying putative toxin-antitoxin and plasmid stability genes were identified. The study demonstrates high plasticity of IncU plasmids from aquatic environments.
- MeSH
- Aeromonas účinky léků genetika izolace a purifikace MeSH
- antibakteriální látky farmakologie MeSH
- bakteriální geny * MeSH
- bakteriální léková rezistence genetika MeSH
- bakteriální proteiny genetika metabolismus MeSH
- chinolony farmakologie MeSH
- gramnegativní bakteriální infekce mikrobiologie veterinární MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- nemoci ryb mikrobiologie MeSH
- otevřené čtecí rámce MeSH
- plazmidy chemie metabolismus MeSH
- regulace genové exprese u bakterií * MeSH
- ryby mikrobiologie MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- transpozibilní elementy DNA MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
In this work, 84 isolates of aeromonads were isolated from water and clinical samples, identified, and characterized. Identification was based on routine phenotyping combined with multiplex PCR. In this study, multiplex PCR was retested and reevaluated and its identification key was enhanced by 17 newly described species and five subspecies. Identification score increased from 36 % (only phenotyping) to 90 % when supported with multiplex PCR. Further description of isolates included detection of eight virulence genes. These genes were overall present in 46 % (act), 2.4 % (ast), 80 % (alt), 40 % (ahh1), 20 % (asa1), 69 % (pla/lip/lipH3/alp-1), 69 % (ser), and 81 % (fla), and no significant differences between water and clinical isolates were found. Results of this work show that the proper combination of different approaches is necessary for final identification of Aeromonas spp. at the species level. Multiplex PCR was shown to have limits in final identification, specifically inability to distinguish four species pairs and one triplet as their gene profiles are identical. However, it seems to be rapid and easy to do method able to support routine biochemical identification in laboratories. Moreover, our results supported previous proposal of reclassification of "Aeromonas hydrophila subsp. dhakensis" and "Aeromonas aquariorum" as identical species.
- MeSH
- Aeromonas klasifikace genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- faktory virulence genetika MeSH
- gramnegativní bakteriální infekce mikrobiologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologie vody * MeSH
- multiplexová polymerázová řetězová reakce MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
The genus Aeromonas comprises primarily aquatic bacteria and also serious human and animal pathogens with the occurrence in clinical material, drinking water, and food. Aeromonads are typical for their complex taxonomy and nomenclature and for limited possibilities of identification to the species level. According to studies describing the use of MALDI-TOF MS in diagnostics of aeromonads, this modern chemotaxonomical approach reveals quite high percentage of correctly identified isolates. We analyzed 64 Aeromonas reference strains from the set of 27 species. After extending the range of analyzed Aeromonas species by newly described ones, we proved that MALDI-TOF MS procedure accompanied by Biotyper tool is not a reliable diagnostic technique for aeromonads. We obtained quite high percentage of false-positive, incorrect, and uncertain results. The identification of newly described species is accompanied with misidentifications that were observed also in the case of pathogenic aeromonads.
- MeSH
- Aeromonas chemie klasifikace izolace a purifikace MeSH
- fylogeneze MeSH
- gramnegativní bakteriální infekce mikrobiologie veterinární MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologie životního prostředí MeSH
- potravinářská mikrobiologie MeSH
- spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
- tandemová hmotnostní spektrometrie metody MeSH
- techniky typizace bakterií metody MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Aeromonas P2973 was isolated from the water of a brook in a cavern in the Czech Republic. This isolate could not be biochemically identified at the species level, considering all updated species descriptions. Subsequent extensive phenotypic characterisation, DNA-DNA hybridisation, 16S rRNA gene sequencing and a Multi-Locus Phylogenetic Analysis (MLPA) of the concatenated sequence of 7 housekeeping genes (gyrB, rpoD, recA, dnaJ, gyrA, dnaX and atpD; 4705 bp) was employed in an attempt to ascertain the taxonomy of this isolate. Based on this polyphasic approach, we describe a novel species of the genus Aeromonas, for which the name Aeromonas cavernicola sp. nov. is proposed, with strain CCM7641(T) (DSM24474(T), CECT7862(T)) as the type strain.
- MeSH
- Aeromonas klasifikace genetika izolace a purifikace fyziologie MeSH
- bakteriální proteiny genetika MeSH
- DNA bakterií chemie genetika MeSH
- fylogeneze MeSH
- hybridizace nukleových kyselin MeSH
- jeskyně MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- molekulární typizace MeSH
- ribozomální DNA chemie genetika MeSH
- RNA ribozomální 16S genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- shluková analýza MeSH
- sladká voda mikrobiologie MeSH
- techniky typizace bakterií MeSH
- transmisní elektronová mikroskopie MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- Aeromonas cytologie izolace a purifikace růst a vývoj MeSH
- bakteriální infekce MeSH
- elektroforéza v polyakrylamidovém gelu metody využití MeSH
- lidé MeSH
- polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí metody využití MeSH
- proteiny buněčného cyklu izolace a purifikace MeSH
- technika náhodné amplifikace polymorfní DNA využití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl práce: Cílem práce bylo upozornit na možnou souvislost mezi případy akutních průjmových onemocnění a konkrétním druhem rodu Aeromonas. Materiál a metodiky: Osm studovaných kmenů bylo identifikováno jako Aeromonas spp. a blíže charakterizováno na základě výsledků biochemických testů, analýzy mastných kyselin a ribotypizace. Výsledky: Aeromonády byly opakovaně zachyceny u čtyř dětí do jednoho roku, z nichž dvě musely být pro vodnaté průjmy i hospitalizovány. Z osmi kmenů izolovaných aeromonád bylo šest kmenů identifikováno jako A. caviae, jeden jako A. veronii bv. sobria a jeden kmen se nepodařilo zařadit do druhu. Pouze v jednom případě byla ribotypizací prokázána identita dvou A. caviae kmenů od stejného pacienta, v ostatních případech byly izolovány různé kmeny odlišných druhů aeromonád. Pravděpodobným zdrojem infekcí aeromonádami byla kontaminovaná voda nebo potraviny; v jednom případě i kontakt s cestovateli, kteří se vrátili s průjmovým onemocněním. Závěr: Dokumentované čtyři případy akutních průjmových onemocnění malých dětí ukazují, že aeromonády nejsou vzácné a mohou způsobovat vážné zdravotní problémy. Podrobné epidemiologické souvislosti však zůstávají nejasné. Nepodařilo se prokázat, že klinicky závažné případy byly spojeny s jedním konkrétním druhem rodu Aeromonas, i když výsledky naznačují dominantní úlohu druhu A. caviae.
Study objective: To establish whether there is a link between cases of acute watery diarrhoea and a specific Aeromonas species. Materials and Methods: Eight strains studied were identified as aeromonads and were further characterized by biochemical tests, fatty acid analysis and ribotyping. Results: Aeromonads were isolated repeatedly from stool specimens of four children under one year of age with acute diarrhoea, two of whom were admitted to hospital. Of eight isolated aeromonads strains six were identified as A. caviae, one was classified into A. veronii bv. sobria and one could not be identified to the species level. Only two A. caviae strains from one patient were found to be identical by ribotyping while the Aeromonas species (strains) isolated from the other cases differed from one another. Contaminated fresh water, contaminated food and contact with travellers with imported diarrhoea were identified as probable sources of infection. Conclusion: Four cases of acute gastroenteritis in small children document that aeromonads are not rare and can cause serious health problems. However, epidemiological links remain unclear. We did not prove correlation between the four serious cases of acute diarrhoea and specific Aeromonas species but the results suggest the predominant role of A. caviae.
- MeSH
- Aeromonas izolace a purifikace klasifikace patogenita MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- kontaminace potravin MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologie vody MeSH
- předškolní dítě MeSH
- průjem kojenců epidemiologie etiologie MeSH
- ribotypizace klasifikace metody statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- předškolní dítě MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- srovnávací studie MeSH
V referáte sú zhrnuté novšie poznatky o Aeromonas species z hľadiska ich taxonómie, ekológie, epidemiológie, klinického významu a potenciálnych faktorov virulencie.
The authors summarized the newer data on Aeromonas species from the point of view of the taxonomy, ecology, epidemiology, clinical significance as well as of potential factors of virulence.
