We describe the internal structure, spatial organization and dynamic formation of coronary artery thrombi from ST-segment elevation myocardial infarction patients. Scanning electron microscopy (SEM) revealed significant differences among four groups of patients (<2 hours; 2-6 hours; 6-12 hours, and >12 hours) related to the time of ischemia. Coronary artery thrombi from patients presenting less than 2 hours after the infarction were almost entirely composed of platelets, with small amounts of fibrin and red blood cells. In contrast, thrombi from late presenters (>12 hours) consisted of mainly platelets at the distal end, where clotting was initiated, with almost no platelets at the proximal end, while the red blood cell content went from low at the initiating end to more than 90% at the proximal end. Furthermore, fibrin was present mainly on the outside of the thrombi and older thrombi contained thicker fibers. The red blood cells in late thrombi were compressed to a close-packed, tessellated array of polyhedral structures, called polyhedrocytes. Moreover, there was redistribution from the originally homogeneous composition to fibrin and platelets to the outside, with polyhedrocytes on the interior. The presence of polyhedrocytes and the redistribution of components are signs of in vivo clot contraction (or retraction). These results suggest why later thrombi are resistant to fibrinolytic agents and other treatment modalities, since the close-packed polyhedrocytes form a nearly impermeable seal. Furthermore, it is of particular clinical significance that these findings suggest specific disparate therapies that will be most effective at different stages of thrombus development.

• MeSH
• čas zasáhnout při rozvinutí nemoci MeSH
• časové faktory MeSH
• erytrocyty patologie   MeSH
• fibrin analýza   MeSH
• fibrinolytika * aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• hemokoagulace účinky léků   fyziologie   MeSH
• infarkt myokardu s elevacemi ST úseků * etiologie   terapie   MeSH
• koronární trombóza * diagnostické zobrazování   farmakoterapie   metabolismus   patologie   MeSH
• léková rezistence fyziologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikroskopie elektronová rastrovací metody   MeSH
• trombektomie metody   MeSH
• trombocyty patologie   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Tento článok je zameraný na génovú terapiu, špeciálne na adenovírusové vektory a ich vzťah k imunitnej odpovedi. Adenovírusové vektory patria k najviac využívaným nosičom genetického materiálu pri génovej terapii, štúdiu expresie génov či imunoterapii. Dôležitou otázkou pri in vivo používaní je ich vplyv na organizmus. Štúdium ich imunomodulačných vlastností je preto veľmi významná oblasť výskumu, vďaka ktorej je možné adenovírusové vektory progresívne upravovať a tak zefektívniť ich potenciál pre využitie v praxi.

This review is focused on gene therapy, especially adenovirus vectors and their relationship with the immune system response. Adenovirus vectors belong to the most used gene delivery vehicles in gene therapy, study of gene expression or immunotherapy. One of the most important questions concerning their use is their influence on organism in vivo. Study of immunomodulating properties of the adenovirus vectors opens a way for further manipulation and their more effective practical use. Key words: gene therapy – adenoviridae – immune system This study was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101), by the project MEYS – NPS I – LO1413 and by (MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 2. 4. 2015 Accepted: 20. 7. 2015

• MeSH
• Adenoviridae MeSH
• genetická terapie * MeSH
• genetické vektory * terapeutické užití   MeSH
• imunitní systém - jevy MeSH
• lidé MeSH
• nádory * terapie   MeSH
• technika přenosu genů MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

PCR metoda se velmi krátce od svého objevení stala rutinní metodou molekulárně bio­logických výzkumných laboratoří a nepostradatelným nástrojem dia­gnostické medicíny. Za dobu svého využívání byla rozvinuta do řady variant, které specificky reagují na potřeby výzkumu a dia­gnostiky co do použitého vstupního materiálu a jeho množství, podmínek reakce a nově vyvinutých technologií. Předložená práce stručně shrnuje jednotlivé PCR přístupy s důrazem na jejich využití v onkologickém výzkumu a praxi.

Since its discovery, PCR has become a conventional method of molecular bio­logy research laboratories and an indispensable tool in dia­gnostic medicine. Multiple variants of the PCR technique were developed, which enable the analysis of different bio­logical materials at different amounts and reaction conditions. This article briefly summarizes the PCR approaches and points out their applications in oncological research and practice. Key words: polymerase chain reaction (PCR) – real‑time PCR – digital PCR – clinical oncology This work was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101), BBMRI_CZ (LM2010004), GACR 13-00956S and by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 10. 2. 2014 Accepted: 1. 4. 2014

• Klíčová slova
• digitální PCR,
• MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce * metody   MeSH
• lékařská onkologie MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory * diagnóza   genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce * dějiny   metody   trendy   MeSH
• polymorfismus genetický genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Zhoubné nádory u adolescentů (15–19 let) představují v současnosti závažný medicínský, psychologický, etický a ekonomický problém. Skupina pacientů ve věku dospívání byla dlouho na pokraji zájmu dětské onkologie a téměř zcela mimo zájem onkologie dospělého věku. Spektrum nádorů a jejich biologické vlastnosti i klinické chování jsou věkově specifické a odlišné od nádorů jiných věkových skupin. Incidence malignit v období adolescence má trvale stoupající trend. Výsledky léčby nádorů u adolescentů jsou horší než výsledky léčby u dětí mladších 15 let.

Cancer in adolescents (15 to 19 years) appears to be a serious medical, psychologic, ethical and economical problem as well. This group of patients has been languishing in the shadow of pediatric oncology and out of interest of adult oncology. Spectrum of types of tumors and their biologal characteristics are age‑specific and different from all other age groups. The overall incidence of cancer in adolescents is continuously increasing. Treatment results and outcome of adolescent cancer are worse compared with outcome in children with cancer younger than 15 years. Key words: adolescents – cancer – age‑specific differences – diagnostic challenges – therapeutic options This study was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic – RECAMO, CZ.1.05./2.1.00/03.0101 and by the project MEYS – NPS I – LO1413. The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, orservices used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 17. 5. 2015 Accepted: 22. 7. 2015

• Klíčová slova
• věkově specifické rozdíly,
• MeSH
• analýza přežití MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• časové faktory MeSH
• chybná diagnóza MeSH
• dlouhodobá péče * organizace a řízení   MeSH
• dorostové lékařství * MeSH
• incidence MeSH
• kontinuita péče o pacienty MeSH
• lidé MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• mladiství MeSH
• nádory * diagnóza   epidemiologie   terapie   MeSH
• onkologická péče - zařízení organizace a řízení   MeSH
• opožděná diagnóza MeSH
• poskytování zdravotní péče organizace a řízení   MeSH
• přežívající statistika a číselné údaje   MeSH
• primární prevence MeSH
• týmová péče o pacienty MeSH
• věkové faktory MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Technologie sekvenování DNA nové generace mají v současné době nezastupitelné místo ve výzkumu a postupně nacházejí cestu i do oblasti klinické praxe. Sekvenační přístroje produkují velké množství dat, jejichž analýza metodami bioinformatiky je nezbytná k získání relevantních výsledků. Sekvenování se tak bez pokročilého výpočetního zpracování specializovanými algoritmy naprosto neobejde. V tomto přehledu jsou představeny základní koncepty výpočetního zpracování sekvenačních dat s přihlédnutím ke specifickým aspektům oblasti onkologie. Rovněž jsou uvedeny nejčastější problémy a překážky komplikující zpracování a biologickou interpretaci výsledků.

Next-generation sequencing technologies are currently well‑established in the research field and progressively find their way towards clinical applications. Sequencers produce vast amounts of data and therefore bioinformatics methods are needed for processing. Without computational methods, sequencing would not be able to produce relevant biological information. In this review, we introduce the basics of common NGS‑related bioinformatics methods used in oncological research. We also state some of the common problems complicating data processing and interpretation of the results. Key words: bioinformatics – high‑throughput nucleotide sequencing – mutations – cancer research – clinical application This study was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101), by the project MEYS – NPS I – LO1413, MH CZ – DRO (MMCI, 00209805) and BBMRI_CZ (LM2010004). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 21. 4. 2015 Accepted: 26. 6. 2015

• Klíčová slova
• technologie masivně paralelního sekvenování, referenční genom,
• MeSH
• genom MeSH
• interpretace statistických dat MeSH
• lidé MeSH
• nádory genetika   MeSH
• výpočetní biologie * MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Vývoj rekombinantních terapeutických protilátek je v poslední době jednou z nejrychleji se rozvíjejících disciplín aplikovaného biomedicínského výzkumu. Rekombinantní monoklonální protilátky nalézají stále větší uplatnění v biologické terapii řady závažných lidských chorob a jsou v současné době nenahraditelnou součástí komplexní protinádorové terapie. Terapeutické protilátky využívané v klinické praxi prošly značným vývojem. Z prvních protilátek produkovaných v myších, které jako vedlejší účinek indukovaly silnou imunitní odpověď, byly metodami rekombinantní DNA a genové manipulace vyvinuty plně lidské protilátky s výrazně omezenými vedlejšími účinky a zároveň se zvýšenou specifitou a efektivitou. V této práci jsou shrnuty základní poznatky o terapeutických monoklonálních protilátkách, jejich historický vývoj a přehled metodických přístupů vedoucích k vývoji účinnějších, ale také bezpečnějších protilátek.

Development of recombinant therapeutic antibodies is recently one of the fastest growing disciplines of applied biomedical research. Recombinant monoclonal antibodies are increasingly applied in biological therapy of many serious human diseases and are currently an irreplaceable part of a comprehensive cancer therapy. First mouse therapeutic antibodies had only limited applicability due to the strong immune response; however, technological advances enabled engineering of antibodies with increased specificity and efficacy, and on the other hand with reduced adverse effects due to lower antigenicity. This review provides a summary of knowledge about recombinant therapeutic antibodies, their mechanism of action and approaches how to improve their efficacy. Key words: antineoplastic agents – immunoglobulins – humanized monoclonal antibodies – therapeutic antibodies – recombinant antibodies This study was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101), MEYS – NPS I – LO1413 and MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 20. 4. 2015 Accepted: 26. 6. 2015

• Klíčová slova
• terapeutické protilátky, protinádorová léčiva,
• MeSH
• farmaceutická chemie * MeSH
• humanizované monoklonální protilátky * chemie   MeSH
• imunoglobuliny genetika   MeSH
• lidé MeSH
• monoklonální protilátky dějiny   chemie   MeSH
• nádory farmakoterapie   MeSH
• protilátky genetika   MeSH
• protinádorové látky * MeSH
• rekombinantní DNA MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Glykomika a glykoproteomika představují relativně nové směry pro analýzy komplexních bio­logických vzorků a jejich důležitost neustále roste. Tyto oblasti jsou komplementární k dalším zavedeným přístupům, např. ke genomickému profilování a proteomice. Glykoproteiny jsou stále více uznávány jako důležité molekuly účastnící se buněčných interakcí a adhezí. Výskyt strukturních změn v glykanových částech se zdá být typický pro různé typy rakoviny. Následující souhrn se zabývá aktuálními trendy v glykomickém profilování a glykoproteomickém výzkumu bio­logických tekutin a tkání se zaměřením na rakovinu. Použité metody jsou založeny na principech kapilárních separačních technik, hmotnostní spektrometrie a glykanových a lektinových čipů. Všechny zmíněné metody mají značný potenciál pro využití v dia­gnostických a prediktivních vyšetřeních.

Glycomics and glycoproteomics represent relatively new directions in detail analyses of complex bio­logical media. These areas of increasing importance to cancer research complement the more established genomic profiling and proteomics. Glycoproteins are being increasingly recognized as important in cellular interactions and adhesion. Structural alterations of their glycan moieties seem to occur in different cancer conditions. We review current directions in glycomic profiling and glycoproteomic investigations of bio­logical fluids and tissues pertaining to cancer. The used methods rely on capillary separation techniques, mass spectrometry, and the glycan and lectin arrays. They all show considerable promise for new dia­gnostic and prognostic measurements. Key words: glycomics – glycopeptides – cancer – liquid chromatography – mass spectrometry – capillary electrophoresis – glycan profiling – array analysis This work was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101) and by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 21. 3. 2014 Accepted: 10. 4. 2014

• Klíčová slova
• glykanové profilování,
• MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• čipová analýza proteinů MeSH
• elektroforéza kapilární MeSH
• glykomika * metody   MeSH
• glykopeptidy * analýza   MeSH
• glykoproteiny analýza   metabolismus   MeSH
• glykosylace * MeSH
• hmotnostní spektrometrie MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery * krev   MeSH
• nádorové proteiny krev   MeSH
• nádory krev   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Rychlý rozvoj hmotnostní spektrometrie spolu s proteomickými přístupy umožňuje detailnější studium bio­logických systémů. Prvotní problémy hmotnostně spektrometrických analýz bio­logických makromolekulárních látek byly úspěšně překonány a dnes se běžně tato analytická metoda používá pro identifikaci, kvantifikaci a charakterizaci proteinů. Cílem článku je podat přehled o možnostech analýzy proteinů s využitím hmotnostní spektrometrie. Popisujeme různé typy ionizace a výběr analyzátorů pro hmotnostně spektrometrické měření proteinů, rovněž i on‑line či off‑line spojení analýzy se separačními technikami, jako je kapalinová chromatografie a elektroforéza. Zmiňujeme se i o přípravě proteinů a způsobech analýzy bio­logických makromolekulárních látek pomocí hmotnostních spektrometrů. Dále jsou uvedeny možnosti hmotnostně spektrometrických analýz vzorků a zpracování naměřených dat.

Recently, mass spectrometry has become a powerful tool in cancer research. Mass spectrometry represents the method that allows identification, quantification and characterization of proteins in bio­logical samples. Nowadays, it is mainly used for bio­marker discovery that can enable early detection of cancer. This article is focused on protein analysis by mass spectrometry. At first, mass spectrometry and its importance in proteomics are described. Subsequently ionization type and mass analyzers are discussed. This relates to the possibility of on‑line or off‑line analysis connection with separation techniques, such as liquid chromatography and electrophoresis. Different approaches for preparing proteins and methods of analysis of bio­molecules using mass spectrometers are described. In addition, the possibility of mass spectrometric analyses of samples and data processing are discussed. Key words: mass spectrometry – liquid chromatography – electrophoresis – proteomics This work was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101) and by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 31. 1. 2014 Accepted: 25. 3. 2014

• MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• elektroforéza MeSH
• hmotnostní spektrometrie * metody   MeSH
• peptidové mapování MeSH
• peptidy analýza   MeSH
• proteiny * analýza   MeSH
• proteomika * metody   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Mnoho buněčných proteinů tvoří oligomery. Rovnováha mezi monomerním a oligomerním stavem těchto proteinů hraje důležitou roli v regulaci proteinové aktivity. Ovlivnění oligomerizace se tudíž nabízí jako zajímavý přístup při vývoji nových terapeutických látek. Cílem tohoto přehledového článku je shrnout informace o procesu proteinové oligomerizace a možnostech její cílené modulace. Role oligomerizace v onkogenezi je prezentována na příkladu nádorového supresorového proteinu p53, u kterého jsou v současné době zkoumány látky stabilizující jeho tetramerní strukturu. Z metod pro studium oligomerizace je zde představena metoda vodík/deuteriové výměny ve spojení s hmotnostní spektrometrií, která je vhodná pro detekci protein‑proteinových interakcí a analýzu dynamiky oligomerizace.

Many cellular proteins form oligomers. The equilibrium between monomeric and oligomeric states of these proteins is important for the regulation of protein activity. Modulation of the oligomerization equilibrium could be an interesting approach in the development of new therapeutic agents. This review summarizes information about protein oligomerization and modulation of this process, demonstrating the role of oligomerization in oncogenesis by tumor suppressor protein p53, which forms tetrameric structure. Today, many studies focus on finding compounds that stabilize its tetramers. Among the methods for studying oligomerization, we present hydrogen/deuterium exchange method coupled with mass spectrometry which is suitable for the detection of protein‑protein interaction and analysis of oligomerization dynamics. Key words: proteomics – drug design – tumor suppressor protein p53 – oligomerization – hydrogen/deuterium exchange This study was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101), MEYS – NPS I – LO1413, MH CZ – DRO (MMCI, 00209805) and BBMRI_CZ (LM2010004). The authors declare they have no potential confl icts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 9. 4. 2015 Accepted: 15. 6. 2015

• Klíčová slova
• vodík/deuteriová výměna,
• MeSH
• deuterium MeSH
• konformace proteinů MeSH
• lidé MeSH
• nádorový supresorový protein p53 * MeSH
• objevování léků MeSH
• proteiny chemie   MeSH
• proteomika * MeSH
• sbalování proteinů MeSH
• vodík-deuteriová výměna * MeSH
• vodík MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Fosforylácia proteínov má kľúčovú úlohu v regulácii bunkových signálnych dráh. Je zahrnutá vo väčšine bunkových dejov, v ktorých súhra medzi kinázami a fosfatázami prísne kontroluje bunkové deje ako napr. proliferáciu, diferenciáciu a apoptózu. Chybné alebo pozmenené signálne dráhy sa mnohokrát podieľajú na vzniku rôznych chorôb, čo iba zdôrazňuje dôležitosť štúdia fosfoproteómu. Abundancia fosfoproteínov je v proteóme často veľmi nízka a na ich analýzu sú potrebné vysoko citlivé a špecifické prístupy. Metódami kvantitatívnej proteomiky je možné analyzovať zmeny v abundancii jednotlivých proteínov a ich posttranslačných modifikáciách a následne i v signálnych dráhach buniek. V tomto článku sa venujeme kvantitatívno‑proteomickým metódam, ktoré je možné použiť pri štúdiu fosfoproteínov a ich zapojení do signálnych dráh.

Protein phosphorylation is a key regulator in cellular signaling pathways. It is involved in most cellular events in which interplay between phosphatases and kinases strictly controls bio­logical processes, such as differentiation, proliferation and apoptosis. Altered or defective signaling pathways often result in various diseases, emphasizing the importance of studying the phosphoproteome. The abundance of phosphoproteins in the proteome is often very low, which requires specific and highly sensitive approaches. By using quantitative proteomics methods, we are able to analyze changes in abundance of proteins and their posttranslational modifications and then changes in signaling pathways. In this review, we describe quantitative proteomics methods, which could be used for study of phosphoproteins and their connection in signaling pathways. Key words: proteomics – phosphoproteins – signaling pathways This work was supported by the European Regional Development Fund and the State Budget of the Czech Republic (RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101) and by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers. Submitted: 30. 1. 2014 Accepted:14. 4. 2014

• MeSH
• chromatografie kapalinová MeSH
• fosfopeptidy * analýza   MeSH
• fosfoproteiny * analýza   MeSH
• fosforylace MeSH
• hmotnostní spektrometrie * MeSH
• izotopové značení MeSH
• metody pro přípravu analytických vzorků MeSH
• proteomika * metody   MeSH
• signální transdukce MeSH
• tandemová hmotnostní spektrometrie MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH