V onkologii hlavy a krku dosud není znám spolehlivý biomarker k predikci biologického chování nádoru a terapeutické odpovědi na různé léčebné modality. Jednou z nejčastěji detekovaných změn u nádorů je mutace v genu p53. Význam prognostické hodnoty mutace p53 u nádorů hlavy a krku zatím nebyl jednoznačně prokázán. Cílem práce bylo stanovení procenta mutací nádorového supresoru p53 u karcinomů hlavy a krku pomocí imunohistochemické analýzy a funkčním testem - FASAY, porovnání těchto výsledků, posouzení možného vztahu ke gradingu, stagingu, lokalizaci a délce přežití. Materiál a metody: v prospektivní studii bylo hodnoceno 59 vzorků primárních nádorů hlavy a krku, z čehož byl podrobně analyzován soubor 50 spinocelulárních karcinomů. Funkční analýza genu p53 byla prováděna metodou FASAY (functional analysis of separated alleles in yeast). Při imunohistochemické analýze byla k detekci použita monoklonální protilátka D07 Dakocytomation. Shrnutí výsledků: procento mutací genu p53 u spinocelulárních karcinomů hlavy a krku zjištěné IHC i FASAY je vysoké - 62 a 64 %. Výsledky obou metod statisticky významně korelují (p=0,0024). Pro klinickou praxi lze tedy využít dostupnější a jednodušší IHC. Skutečný stav klonálních mutací lépe kopíruje FASAY, která je vhodná pro výzkumné účely. Neprokázali jsme korelaci mezi stavem p53 a proliferačními parametry - gradingem, Ki-67 ani ke stadiu T. Hraniční korelace (p=0,06) byla zjištěna ve vztahu p53 kmetastatickému potenciálu nádoru. Nádory s mutací p53 metastazovaly časněji. Pacienti s p53 defektními nádory v našem souboru přežívají hůře, avšak tento rozdíl se při daném počtu pacientů neprojevil jako statisticky významný. Závěr: práce v souhlase se zahraničními studiemi ukázala, že prognostická hodnota p53 se zatím jeví jako omezená. Přesto se domníváme, že pokračování ve výzkumu p53 i dalších biomarkerů je užitečné a do budoucna slibné.

Up to now there is no reliable tool for prediction of tumor biological behavior and therapeutic response to indicated therapy. Percentage of p53 mutations in H&NSCC is reasonably increased. Nevertheless, the prognostic value of common p53 mutation in H&NSCC has not been evaluated so far. Study objective: to find a correlation of tumor suppressor p53 mutation incidence in H&NSCC determined by immunohistological assay and FASAY (functional analysis of separated alleles in yeast) fucntional test with grading, staging, tumour localization and overall survival rate. Materials and methods: specimen of 50 patients with H&NSCC mostly resected during oncosurgery or obtained fromprobatory excision were included in the study. Gene p53was functionally analyzed by FASAY and mutation incidence by immunostaining with D07 Dakocymation monoclonal antibody. Results: Gene p53 mutation incidence determined by FASAY, respectively immunohistochemicaly, is 62%, respectively 64%. A statistical evaluation revealed a significant correlation between results of both methods (p=0.0024). Even though FASAY showed closer correlation with clinical parameters, easily available immunostaining could be used in clinical praxis and FASAY fits better for research purposes. Gene p53mutation incidence didn’t correlate with proliferative parameters, i.e. grading, Ki-67 or T-category of TNM classification at all. However, gene p53 showed limiting correlation (p=0.06) with metastatic potential. We concluded that the higher incidence of p53 mutations the higher frequency of metastases. Patients with high incidence of p53 mutations empirically had shorter survival rate, but statistical results revealed no significant correlation. Conclusion: In accordance with other studies, we concluded that p53 prognostic value should be considered limiting. However, we pressume further research on biomarkers like gene p53 very promising.

• MeSH
• geny p53 fyziologie   MeSH
• imunohistochemie MeSH
• karcinom diagnóza   etiologie   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádory hlavy a krku diagnóza   etiologie   patologie   MeSH
• prognóza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH
• srovnávací studie MeSH

TP53 gene defects represent a strong adverse prognostic factor for patient survival and treatment resistance in chronic lymphocytic leukemia (CLL). Although various methods for TP53 mutation analysis have been reported, none of them allow the identification of all occurring sequence variants, and the most suitable methodology is still being discussed. The aim of this study was to determine the limitations of commonly used methods for TP53 mutation examination in CLL and propose an optimal approach for their detection. We examined 182 CLL patients enriched for high-risk cases using denaturing high-performance liquid chromatography (DHPLC), functional analysis of separated alleles in yeast (FASAY), and the AmpliChip p53 Research Test in parallel. The presence of T53 gene mutations was also evaluated using ultra-deep next generation sequencing (NGS) in 69 patients. In total, 79 TP53 mutations in 57 (31 %) patients were found; among them, missense substitutions predominated (68 % of detected mutations). Comparing the efficacy of the methods used, DHPLC and FASAY both combined with direct Sanger sequencing achieved the best results, identifying 95 % and 93 % of TP53-mutated patients. Nevertheless, we showed that in CLL patients carrying low-proportion TP53 mutation, the more sensitive approach, e.g., ultra-deep NGS, might be more appropriate. TP53 gene analysis using DHPLC or FASAY is a suitable approach for mutation detection. Ultra-deep NGS has the potential to overcome shortcomings of methods currently used, allows the detection of minor proportion mutations, and represents thus a promising methodology for near future.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• geny p53 * MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mutace * MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• senioři MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• vysokoúčinná kapalinová chromatografie MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• srovnávací studie MeSH

Autoři popisují vzácný výskyt maligního fibrózního histiocytomu (MFH) parotis u 63leté ženy. Během šesti měsíců dosáhl nádor velikosti 10 cm a kůže nad ním zvředovatěla. Nádor byl vyšetřen morfologicky, imunohistologicky a metodami molekulární biologie- FASAY a CGH. Histologický nález ukázal storiformně-pleomorfní typ MFH s vysokým mitotickým indexem. Pomocí metody FASAY byl zjištěn nemutovaný gen p53. Metodou CGH jsme identifikovali chromozomové změny v karyotypu nádorových buněk. Prokázalo se šest chromozomových změn (delece úseků 8p12-p22, 13q32-qter, 14q24-qter, zisky oblastí 5p, 8q12-q23, a Xq25-qter). Pacientka krátce po zahájení chemoterapie zemřela. Při pitvě se nalezlo rozsáhlé krvácení do mozkové a mozečkové hemisféry. Další nádorová ložiska se pitvou neprokázala. Vzhledem k relativně krátkému průběhu onemocnění nebyla možnost stanovit vliv nemutovaného genu p53 na prognózu onemocnění.

We described a rare malignant fibrous histiocytoma of the parotid gland (MFH) in a 63-year-old woman. During six months the tumour size became 10 cm in diameter with skin ulceration. The tumour was examined morphologically, by immunohistochemistry and molecular biology methods – FASAY and CGH. The histology revealed a storiform-pleomorphic type of MFH with high mitotic rate. The FASAY method identified a non-mutated p53 gene. The chromosomal changes were identified by the CGH method and 6 cytogenetic changes were found in the tumour cells (deletions at 8p12-p22, 13q32-qter, 14q24-qter, and gains of chromosomal material at 5p, 8q12-q23, and Xq25- qter). The patient died shortly after the beginning of chemotherapy. Autopsy revealed brain and cerebellar haemorrhage. No other tumour foci were proved. In view of short course of disease we lack the data about the influence of the non-mutated p53 gene on the prognosis and therapy.

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• geny p53 genetika   imunologie   MeSH
• hybridizace nukleových kyselin metody   MeSH
• imunohistochemie využití   MeSH
• lidé MeSH
• maligní fibrózní histiocytom diagnóza   patologie   MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• nádory slinných žláz diagnóza   patologie   MeSH
• protinádorové látky terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

In chronic lymphocytic leukemia (CLL), the worst prognosis is associated with TP53 defects with the affected patients being potentially directed to alternative treatment. Therapy administration was shown to drive the selection of new TP53 mutations in CLL. Using ultra-deep next-generation sequencing (NGS), we performed a detailed analysis of TP53 mutations' clonal evolution. We retrospectively analyzed samples that were assessed as TP53-wild-type (wt) by FASAY from 20 patients with a new TP53 mutation detected in relapse and 40 patients remaining TP53-wt in relapse. Minor TP53-mutated subclones were disclosed in 18/20 patients experiencing later mutation selection, while only one minor-clone mutation was observed in those patients remaining TP53-wt (n=40). We documented that (i) minor TP53 mutations may be present before therapy and may occur in any relapse; (ii) the majority of TP53-mutated minor clones expand to dominant clone under the selective pressure of chemotherapy, while persistence of minor-clone mutations is rare; (iii) multiple minor-clone TP53 mutations are common and may simultaneously expand. In conclusion, patients with minor-clone TP53 mutations carry a high risk of mutation selection by therapy. Deep sequencing can shift TP53 mutation identification to a period before therapy administration, which might be of particular importance for clinical trials.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• B-lymfocyty účinky léků   metabolismus   patologie   MeSH
• buněčné klony MeSH
• chronická lymfatická leukemie farmakoterapie   genetika   mortalita   patologie   MeSH
• dospělí MeSH
• klonální evoluce účinky léků   genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   metabolismus   MeSH
• protinádorové látky aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• recidiva MeSH
• regulace genové exprese u leukemie * MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři MeSH
• signální transdukce MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Abnormalities of the TP53 gene are associated with a particularly severe prognosis in patients with B-cell chronic lymphocytic leukemia (B-CLL). This tumor-suppressor is mostly inactivated by the deletion of one and point mutation of the other allele and has not been previously shown to be hypermutated in B-CLL. We identified two patients whose lymphocytes showed repeatedly an extensive proportion of TP53 mutated cells by FASAY analysis (the yeast functional assay) and harbored various TP53 mutations, mostly single-base substitutions, in individual cells. The mutation targeting exhibited characteristic traits of the somatic hypermutation process. In the first patient (harboring the unmutated IgVH locus) a significant bias to point mutations at CG pairs (21/25; P=0.009), their remarkable preference for the RGYW/WRCY motives (28%) and the highest expression of the activation-induced cytidine deaminase (AID) mRNA among the 34 tested B-CLL samples. In the second patient no CG bias was observed but the targeting of point mutations into the RGYW/WRCY motives was even more prominent here (7/16; 44%). Moreover, six out of eight point mutations affecting AT pairs were localized in the WA/TW motives, which are also characteristic for the somatic hypermutations. This patient, who was IgVH-mutated, already did not express any significant amount of the AID transcript. Our findings add a new aspect to the mosaic of the p53 mutability in B-CLL.

• MeSH
• bodová mutace MeSH
• chronická lymfatická leukemie genetika   MeSH
• cytidindeaminasa genetika   MeSH
• financování organizované MeSH
• geny p53 MeSH
• lidé MeSH
• lymfocyty patologie   MeSH
• mutace MeSH
• somatická hypermutace imunoglobulinových genů MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Mutation and/or loss of the TP53 tumour suppressor gene is the single most common genetic abnormality in human cancer. The majority of TP53 mutations lead to stabilization of the protein, so that immunohistochemical staining for p53 can suggest mutation status in many cases. However, various false-positive and false-negative situations mean that simple immunostaining for p53 is not informative in a substantial number of tumours. In the present study, a series of 119 human cancers were immunostained using a highly sensitive technique that detects the low levels of wild-type protein expressed in normal cells, such that homozygous gene deletion or non-sense TP53 mutation can be identified by an absence of staining. TP53 gene status was also assessed using FASAY as a genetic/functional screen and in selected cases by direct sequencing. A quantitative scoring system was employed to assess p53 levels, and p53 post-translational modification was evaluated using antibodies that detect specific phosphorylation sites. Phosphorylated p53 correlated with total p53 levels and did not improve the prediction of TP53 mutation status. The transcriptional activity of TP53 was determined by staining for two downstream target genes, p21(WAF1) and MDM2, and statistical correlations between MDM2/p21(WAF1) and p53 were found in tumours with wild-type, but not mutant TP53. Measurement of staining for p53 and MDM2 accurately identifies the TP53 status of tumours. This simple and cost-effective method, applicable to automated staining and quantitation methods, improves the identification of TP53 status over standard methods for p53 immunostaining and provides information about tumour p53 phenotype that is complementary to genotyping data. Copyright (c) 2005 Pathological Society of Great Britain and Ireland. Published by John Wiley & Sons, Ltd.

• MeSH
• adenokarcinom genetika   patologie   MeSH
• antigen Ki-67 genetika   MeSH
• DNA nádorová genetika   MeSH
• financování organizované MeSH
• fosforylace MeSH
• genetická transkripce imunologie   MeSH
• geny p53 genetika   MeSH
• imunohistochemie metody   MeSH
• inhibitor p21 cyklin-dependentní kinasy genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• nádory děložního čípku genetika   patologie   MeSH
• nádory endometria genetika   MeSH
• nádory prsu genetika   patologie   MeSH
• nádory vaječníků genetika   patologie   MeSH
• nádory genetika   patologie   MeSH
• protoonkogenní proteiny c-mdm2 genetika   MeSH
• spinocelulární karcinom genetika   patologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) represents a prototype disease in which TP53 gene defects lead to inferior prognosis. Here, we present two distinct methodologies which can be used to identify TP53 mutations in CLL patients; both protocols are primarily intended for research purposes. The functional analysis of separated alleles in yeast (FASAY) can be flexibly adapted to a variable number of samples and provides an immediate functional readout of identified mutations. Amplicon-based next-generation sequencing then allows for a high throughput and accurately detects subclonal TP53 variants (sensitivity <1% of mutated cells).

• MeSH
• alely MeSH
• chronická lymfatická leukemie krev   genetika   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• mutační analýza DNA přístrojové vybavení   metody   MeSH
• nádorové cirkulující buňky patologie   MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• reportérové geny genetika   MeSH
• Saccharomyces cerevisiae genetika   MeSH
• transfekce přístrojové vybavení   metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování přístrojové vybavení   metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• akutní myeloidní leukemie genetika   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• genetické techniky MeSH
• geny p53 MeSH
• kvasinky MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• teplota MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• akutní myeloidní leukemie genetika   MeSH
• konformace proteinů MeSH
• mutace MeSH
• nádorový supresorový protein p53 analýza   fyziologie   MeSH
• teplota MeSH

TP53 plays a pivotal role in the process of DNA repair and apoptosis. In 10-20% of patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL), the TP53 pathway is affected. In this study, we analyzed the TP53 mutation status in 2435 consecutive CLL samples, including 1287 diagnostic samples and 1148 samples during follow-up, using FASAY (Functional Analysis of Separated Alleles in Yeast) and direct sequencing. In a cohort of 1287 diagnostic CLL samples, we identified 237 cases with TP53 variants, including mutations, temperature-sensitive variants, deletions, insertions and aberrant splicing variants (18.4%). In 1148 follow-up samples, no TP53 clonal evolution was observed.

• MeSH
• alternativní sestřih MeSH
• chromozomální delece MeSH
• chronická lymfatická leukemie diagnóza   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA genetika   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• mutageneze cílená MeSH
• nádorové biomarkery genetika   metabolismus   MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• následné studie MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• prognóza MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• western blotting MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH