• MeSH
• nekódující RNA * MeSH
• Publikační typ
• periodika MeSH

• Konspekt
• Chemie. Mineralogické vědy
• NLK Obory
• chemie, klinická chemie
• genetika, lékařská genetika

Incidence maligního melanomu, závažného kožního nádoru, celosvětově narůstá. Léčba tohoto onemocnění při pozdním odhalení je v dnešní době téměř nemožná. Nekódující RNA, dříve považované za „odpad“ evoluce, byly odhaleny jako klíčoví hráči ve většině buněč‑ ných procesů a mohou ovlivňovat i růst a prognózu nádorů. Očekává se, že poznatky v rychle se rozvíjejícím výzkumu nekódujících RNA přispějí k diagnostice a léčbě nádorových onemocnění.

Incidence of malignant melanoma, a very dangerous skin cancer, is rising worldwide. Later stages of melanoma are refractory to thera‑ py. Noncoding RNAs, previously considered as „junk“ RNA, were currently confirmed as key players in almost all cellular processes and may also influence tumour growth and prognosis. Research of noncoding RNAs is expected to contribute to diagnosis and treatment of malignant diseases.

• MeSH
• nekódující RNA * MeSH
• Publikační typ
• periodika MeSH

• Konspekt
• Chemie. Mineralogické vědy
• NLK Obory
• chemie, klinická chemie
• genetika, lékařská genetika

Celogenomové sekvenační analýzy odhalily, že převážná část lidského genomu je transkribována, a identifikovaly tisíce protein nekódujících transkriptů. Nekódující RNA (ncRNA) se dělí na dvě hlavní skupiny: malé a dlouhé ncRNA. Tento přehledový článek je zaměřen na ncRNA s regulační funkcí, a to především na mikroRNA a dlouhé ncRNA. Tyto ncRNA regulují genovou expresi na transkripční a posttranskripční úrovni. V tomto kontextu ncRNA zasahují do regulace většiny buněčných procesů a jejich deregulace má vážné dopady na fenotyp. Již stovky studií prokázaly zapojení ncRNA do patogeneze mnoha onemocnění, od metabolických poruch přes onemocnění orgánových systémů až po různé typy nádorů. Z klinického hlediska patří ncRNA do nové generace diagnostických a prognostických biomarkerů s velkým potenciálem. Vzhledem k vysoké tkáňové specifciitě a schopnosti regulovat více genů často v rámci jedné signální dráhy představují ncRNA i atraktivní terapeutické cíle. Narůstající poznatky o širokém spektru působení ncRNA ukazují na klíčovou roli těchto transkriptů v regulaci exprese. Řada aspektů z biologie ncRNA ještě není objasněna a jejich pochopení nám poskytne nový pohled na komplexnost regulační sítě.

Whole-genome sequencing analyses revealed that the majority of the human genome is transcribed and identified thousands of protein non-coding transcripts. Non-coding RNAs (ncRNAs) are divided into two main groups: small and long ncRNAs. This review is focused on the regulatory ncRNAs mainly on microRNAs and long ncRNAs. These ncRNAs regulate gene expression at the transcriptional and post-transcriptional levels. In this context, ncRNAs are involved in the regulation of most cellular processes and their deregulation has serious impacts on the phenotype. Hundreds of studies have implicated ncRNAs in the pathogenesis of many diseases ranging from metabolic disorders to diseases of organ systems as well as various types of cancers. Clinically, ncRNAs belong to a new generation of diagnostic and prognostic biomarkers with a great potential. Due to high tissue specificity and ability to regulate multiple genes often within one signaling pathway, ncRNAs represent attractive therapeutic targets. Increasing knowledge about a wide spectrum of ncRNA actions demonstrate a pivotal role of these transcripts in expression regulation. Many aspects of the ncRNA biology are still unclear and their understanding will provide us a new perspective on the complexity of the regulatory network.

• MeSH
• lidé MeSH
• malá interferující RNA MeSH
• malá nekódující RNA MeSH
• mikro RNA MeSH
• nekódující RNA * MeSH
• regulace genové exprese * genetika   MeSH
• RNA dlouhá nekódující * MeSH
• transkriptom genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Východiska: Rakovina děložního čípku jako běžný urogenitální nádor způsobuje u žen značné zdravotní problémy. Byla vynaložena snaha o identifikaci patogeneze za účelem nalezení cílených terapií. Bylo prokázáno, že dlouhé nekódující ribonukleové kyseliny (lncRNA) regulují několik signálních drah a genů souvisejících s nádory, což přispívá k patogenezi lidských malignit vč. rakoviny děložního čípku. V rámci prezentovaného článku jsme do prosince 2017 vyhledávali klíčová slova "cervical cancer" (rakovina děložního čípku) nebo "cervical neoplasm" (cervikální novotvar) a "long non-coding RNA" (dlouhá nekódující RNA) nebo "lncRNA", publikovaná v databázi PubMed, Google scholar, Web of Science a Scopus. Cíl: Zjistit, jakou roli hrají lncRNA v rakovině děložního čípku. Závěry: LncRNA ovlivňují patogenezi rakoviny děložního čípku prostřednictvím četných mechanismů, jako je vytváření tzv. scaffolds pro sestavení proteinových komplexů, sloužící jako tzv. directors pro získávání proteinů, fungujících jako transkripční zesilovače pomocí remodelování chromatinu, sloužící jako tzv. návnady k uvolnění proteinů z chromatinu nebo zvrácení účinků jiné regulační nekódující RNA jako jsou mikroRNA. Analýza signálních drah ukázala, že v procesu patogeneze rakoviny děložního čípku několik lncRNA reguluje dráhy PI3K/ Akt/ mTOR, Wnt-β catenin a Notch signální dráhy. Navíc exprese několika lncRNA byla spojena s infekcí virem lidského papilomu. Identifikace lncRNA, které mění signální dráhy související s nádory, a následná expresní analýza těchto lncRNA ve vzorcích pacientů by mohly pomoci získat efektivní cílené terapie.

Summary Background: Cervical cancer as a common urogenital cancer among women has caused signifi - cant health problems. Efforts have been made to identify its pathogenic process in order to find targeted ther apies. Long non-cod ing ribonucleic acids (lncRNAs) have been shown to regulate several cancer-related pathways and genes that contribute to pathogenesis of human malignancies, includ ing cervical cancer. In the present review, we searched PubMed, Google scholar, Web of Science and Scopus databases for key words "cervical cancer" or "cervical neoplasm" and "long non-coding RNA" or "lncRNA" (up to December 2017). Aim: To elaborate the role of lncRNAs in cervical cancer. Conclusions: LncRNAs affect cervical cancer pathogenesis through numerous mechanisms, such as making scaffolds for assembly of protein complexes, serving as directors to recruit proteins, functioning as transcriptional enhancers through chromatin remodeling, serving as decoys to free up proteins from chromatin, or revers ing the effects of other regulatory non-cod ing RNAs, such as microRNAs. Pathway-based analysis showed that several lncRNAs modulate PI3K/ Akt/ mTOR, Wnt-β catenin and Notch pathways in the process of cervical cancer pathogenesis. In addition, expression of a handful of lncRNAs has been associated with human papilloma virus infection. Identification of lncRNAs that alter cancer-related signaling pathways and subsequent expression analysis of these lncRNAs in patients’ samples would help to design ef ective targeted ther apies.

• MeSH
• lidé MeSH
• nádory děložního čípku * genetika   MeSH
• onkogeny MeSH
• RNA dlouhá nekódující * MeSH
• tumor supresorové geny MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Systems biology approaches, especially in the big data era, have revolutionized modern parasitology. Of the many different molecules participating in parasite-host interactions, noncoding RNAs (ncRNAs) are now known to be (i) transmitted by the vector to possibly modulate vertebrate host responses and favor vector survival and (ii) regulated in the host by parasites to favor parasite survival. Here we provide an overview of the involvement of ncRNAs in the parasite-vector-host triad and their effect on host homeostasis based on recent advances and accumulating knowledge about the role of endogenous vertebrate noncoding RNAs in vertebrate host physiology.

• MeSH
• homeostáza fyziologie   MeSH
• infekce přenášené vektorem * MeSH
• interakce hostitele a parazita genetika   imunologie   MeSH
• lidé MeSH
• nekódující RNA genetika   imunologie   MeSH
• obratlovci imunologie   parazitologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

The first described small non-coding RNA was microRNA lin-4 from Caenorhabditis elegans in 1993. This miRNA has begun a new age of research leading to the discovery of previously unknown, endogenous, single stranded, 22–25 nucleotides long molecules regulating nearly 30 % of genes. Recently, it was demonstrated that a number of organic substances presented in the diet induces the formation of various miRNAs. Besides this, plant and animal miRNA may enter the host organisms as food. In host organism, they can resist degradation and can enter the bloodstream. Although lacking sufficient experimental support, the discussion whether such dietary miRNAs can participate in post-transcriptional regulation of host genes is an actual topic. Either of these mechanisms could also explain some of the biological activities of medicinal plants. Non-coding RNAs have also significance as diagnostic biomarkers of some diseases or as targets for complex disease therapies.

• MeSH
• biologické markery metabolismus   MeSH
• genetická transkripce genetika   imunologie   MeSH
• iniciace genetické transkripce MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• nekódující RNA * genetika   izolace a purifikace   metabolismus   MeSH
• potraviny MeSH
• regulace genové exprese u nádorů genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Východiska: Karcinom plic je jedním z nejfatálnějších karcinomů jak u mužů, tak u žen. Tento typ karcinomu je rozdělen do různých podtypů, k nimž patří nemalobuněčný karcinom plic (non-small cell lung cancer -NSCLC). NSCLC představuje asi 80 % všech případů. Bylo prokázáno, že dlouhé nekódující RNA (long non-coding RNA - lncRNA) ovlivňují patogenezi karcinomu plic. Vliv lncRNA LINC01433 na tento typ karcinomu u íránských pacientů však není jednoznačný. Cíl: V tomto projektu jsme pomocí kvantitativní polymerázové řetězové reakce v reálném čase vyhodnotili expresi LINC01433 ve 42 vzorcích NSCLC a jejich párových nenádorových tkáních. Vzorky byly odebrány od pacientů přijatých do nemocnice Labbafinejad v letech 2016-2017. Výsledky: Nebyl nalezen žádný významný rozdíl v expresi LINC01433 mezi nádorovými a nenádorovými tkáněmi (poměr exprese 0,67; p = 0,42). Exprese této lncRNA nebyla spojena s žádnými klinickými a demografickými údaji vč. věku, pohlaví, historie kouření, stadia nebo podtypu karcinomu. Závěr: Na základě podobných hladin exprese této lncRNA mezi nádorovými a nenádorovými tkáněmi a chybějící asociace mezi hladinami exprese a klinickými údaji nemá tato lncRNA vliv na karcinom plic u íránských pacientů.

Background: Lung cancer is one of the most fatal human cancers both in males and females. This type of cancer is categorized to different subtypes among them is non-small cell lung cancer (NSCLC). NSCLC accounts for about 80% of all cases. Long non-coding RNAs (lncRNAs) have been shown to influence the pathogenic course of lung cancer. However, the contribution of LINC01433 lncRNA in this type of cancer in Iranian patients is not clear. Purpose: In the current project, we evaluated expression of LINC01433 in 42 NSCLC samples and their paired non-tumoral tissues using quantitative real time polymerase chain reaction method. Samples were collected from patients admitted to Labbafinejad Hospital during 2016-2017. Results: There was no significant difference in the expression of LINC01433 between tumoral and non-tumoral tissues (expression ratio 0.67, p = 0.42). Expression of this lncRNA was not associated with any of clinical and demographic data including age, gender, smoking history, stage or cancer subtype. Conclusion: Based on the similar expression levels of this lncRNA between tumoral and non-tumoral tissues and lack of association between expression levels and clinical data, this lncRNA is not a possible contributor to lung cancer in Iranian patients. However, expression analysis of this lncRNA in larger sample sizes is needed to verify our results.

• MeSH
• dospělí MeSH
• exprese genu MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nádory plic * genetika   MeSH
• RNA dlouhá nekódující analýza   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is very common and accounts for most kidney cancer deaths. While many studies are being conducted in finding the prognostic signatures of ccRCC, we believe that ferroptosis, which involves programmed cell death dependent on iron accumulation, has therapeutic potential in ccRCC. Recent research has shown that long noncoding RNAs (lncRNAs) are involved in ferroptosis-related tumour processes and are closely related to survival in patients with ccRCC. Hence, in this study we aim to further explore the role of ferroptosis-related lncRNAs (FRLs) in ccRCC, hoping to establish a signature to predict the survival outcome of ccRCC. We analysed transcriptome data from The Cancer Genome Atlas database (TCGA) and ferroptosis-related genes (FRGs) from FerrDb to identify FRLs using Pearson's correlation. Lasso Cox regression analysis and multivariate Cox proportional hazards models screened seventeen optimal FRLs for developing prognostic signatures. Kaplan-Meier survival curves and ROC curves were then plotted for validating the sensitivity, specificity, and accuracy of the identified signatures. Gene Set Enrichment Analysis and CIBERSORT algorithm were deployed to explore the role of these FRLs in the tumour microenvironment. It was concluded that these models demonstrate excellent performance in predicting prognosis among patients with ccRCC, also indicating association with the clinicopathologic parameters such as tumour grade, tumour stage and tumour immune infiltration. In conclusion, our findings provide novel insights into ferroptosis-related lncRNAs in ccRCC, which are important targets for investigating the tumorigenesis of ccRCC.

• MeSH
• ferroptóza * genetika   MeSH
• karcinom z renálních buněk * genetika   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• nádorové biomarkery genetika   metabolismus   MeSH
• nádorové mikroprostředí MeSH
• nádory ledvin * genetika   patologie   MeSH
• RNA dlouhá nekódující * genetika   MeSH
• železo MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

The Nrd1-Nab3-Sen1 (NNS) complex is essential for controlling pervasive transcription and generating sn/snoRNAs in S. cerevisiae. The NNS complex terminates transcription of noncoding RNA genes and promotes exosome-dependent processing/degradation of the released transcripts. The Trf4-Air2-Mtr4 (TRAMP) complex polyadenylates NNS target RNAs and favors their degradation. NNS-dependent termination and degradation are coupled, but the mechanism underlying this coupling remains enigmatic. Here we provide structural and functional evidence demonstrating that the same domain of Nrd1p interacts with RNA polymerase II and Trf4p in a mutually exclusive manner, thus defining two alternative forms of the NNS complex, one involved in termination and the other in degradation. We show that the Nrd1-Trf4 interaction is required for optimal exosome activity in vivo and for the stimulation of polyadenylation of NNS targets by TRAMP in vitro. We propose that transcription termination and RNA degradation are coordinated by switching between two alternative partners of the NNS complex.

• MeSH
• DNA-dependentní DNA-polymerasy chemie   metabolismus   MeSH
• exozómy metabolismus   MeSH
• fungální RNA metabolismus   MeSH
• konformace nukleové kyseliny MeSH
• magnetická rezonanční spektroskopie MeSH
• molekulární modely MeSH
• nekódující RNA metabolismus   MeSH
• polyadenylace MeSH
• proteiny vázající RNA chemie   metabolismus   MeSH
• RNA-polymerasa II metabolismus   MeSH
• Saccharomyces cerevisiae - proteiny chemie   metabolismus   MeSH
• Saccharomyces cerevisiae genetika   MeSH
• stabilita RNA MeSH
• terminace genetické transkripce * MeSH
• vazebná místa MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH