Fast and accurate detection of causative agents of bloodstream infections remains a challenge of today's microbiology. We compared the performance of cutting-edge technology based on polymerase chain reaction coupled with electrospray ionization-mass spectrometry (PCR/ESI-MS) with that of conventional broad-range 16S rRNA PCR and blood culture to address the current diagnostic possibilities for bloodstream infections. Of 160 blood samples tested, PCR/ESI-MS revealed clinically meaningful microbiological agents in 47 samples that were missed by conventional diagnostic approaches (29.4% of all analyzed samples). Notably, PCR/ESI-MS shortened the time to positivity of the blood culture-positive samples by an average of 34 hr. PCR/ESI-MS technology substantially improved current diagnostic tools and represented an opportunity to make bloodstream infections diagnostics sensitive, accurate, and timely with a broad spectrum of microorganisms covered.

• MeSH
• bakteriemie * diagnóza   MeSH
• hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• klinická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Fast and accurate detection of causative agents of bloodstream infections remains a challenge of today's microbiology. We compared the performance of cutting-edge technology based on polymerase chain reaction coupled with electrospray ionization-mass spectrometry (PCR/ESI-MS) with that of conventional broad-range 16S rRNA PCR and blood culture to address the current diagnostic possibilities for bloodstream infections. Of 160 blood samples tested, PCR/ESI-MS revealed clinically meaningful microbiological agents in 47 samples that were missed by conventional diagnostic approaches (29.4% of all analyzed samples). Notably, PCR/ESI-MS shortened the time to positivity of the blood culture-positive samples by an average of 34 hr. PCR/ESI-MS technology substantially improved current diagnostic tools and represented an opportunity to make bloodstream infections diagnostics sensitive, accurate, and timely with a broad spectrum of microorganisms covered.

• MeSH
• bakteriemie diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• dospělí MeSH
• hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mladý dospělý MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• RNA ribozomální 16S MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• sepse diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Požadavek časné identifikace infekčních agens zůstává v mikrobiologické diagnostice výzvou zvláště u pacientů, jež infekce ohrožuje na životě. Standardní postupy založené na kultivaci jsou zatíženy časovou prodlevou, navíc mohou selhat u obtížně kultivovatelných agens či u pacienta na antibiotické léčbě. Cílem projektu je zhodnotit úspěšnost nejnovějších molekulárně genetických metod, u nichž se předpokládá, že řeší nedostatky kultivace v klinicky vypjatých situacích. Zaměříme se na diagnostiku infekcí krevního řečiště u vysoce rizikových hematoonkologických pacientů a na identifikaci původců infekční endokarditidy, kultivačně často negativní. K tomu využijeme nejnovějšího postupu kombinace hmotnostní spektrometrie a ionizace produktů PCR elektrosprejem (ESI-MS). Identifikaci mikroorganismu cestou patogen-specifického PCR zvolíme pro další klinicky významné situace v pediatrii, kde je kultivační diagnostika suboptimální: pneumokoková pneumonie, herpesvirová encefalitis a znovu se objevující pertuse. Detekce bude probíhat v uzavřeném systému s extrakcí DNA a PCR v reálném čase.; Early identification of infectious agents is still an unmet need in microbiological diagnostics especially for patients with life threatening infections. Downside of standard culture based methods is their inherent time delay; in addition they may fail in fastidious organisms or in a patient on antibiotic therapy. The aim of the project is to evaluate usefulness of the latest molecular genetic methods where one expects they solve the drawbacks of cultivation in emergency situations. We will focus on diagnostics of bloodstream infections in high risk haematooncological patients and on identification of causes of infective endocarditis, frequently culture negative. We will utilize a cutting edge technology of electrospray ionization-mass spectrometry (ESI-MS). Microorganism identification via pathogen-specific PCR will be applied to other clinically serious situations in paediatrics where culture diagnostics is suboptimal: pneumococcal pneumonia, herpesviral encephalitis and re-emerging pertussis. Detection will be carried out in a closed system with DNA extraction and real time PCR.

• MeSH
• bakteriální infekce diagnóza   MeSH
• časná diagnóza MeSH
• endokarditida MeSH
• hematologické nádory MeSH
• herpetická encefalitida diagnóza   MeSH
• hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací MeSH
• kritický stav MeSH
• nemoci cév diagnóza   MeSH
• pertuse diagnóza   MeSH
• pneumonie pneumokoková MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Ixodes ricinus ticks are vectors of numerous human and animal pathogens. They are host generalists able to feed on more than 300 vertebrate species. The prevalence of tick-borne pathogens is influenced by host-vector-pathogen interactions that results in spatial distribution of infection risk. Broad-range polymerase chain reaction electrospray ionization mass spectrometry (PCR/ESI-MS) was used to analyze 435 I. ricinus nymphs from four localities in the south of the Czech Republic for the species identification of tick-borne pathogens. Borrelia burgdorferi sensu lato spirochetes were the most common pathogen detected in the ticks; 21% of ticks were positive for a single genospecies and 2% were co-infected with two genospecies. Other tick-borne pathogens detected included Rickettsia helvetica (3.9%), R. monacensis (0.2%), Anaplasma phagocytophilum (2.8%), Babesia venatorum (0.9%), and Ba. microti (0.5%). The vertebrate host of the ticks was determined using PCR followed by reverse line blot hybridization from the tick's blood-meal remnants. The host was identified for 61% of ticks. DNA of two hosts was detected in 16% of samples with successful host identification. The majority of ticks had fed on artiodactyls (50.7%) followed by rodents (28.6%) and birds (7.8%). Other host species were wild boar, deer, squirrels, field mice and voles.

• MeSH
• Anaplasma phagocytophilum genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Artiodactyla MeSH
• Arvicolinae MeSH
• Babesia klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Borrelia burgdorferi genetika   izolace a purifikace   MeSH
• infestace klíšťaty * MeSH
• klíště mikrobiologie   parazitologie   MeSH
• lidé MeSH
• myši MeSH
• průzkumy a dotazníky MeSH
• ptáci MeSH
• Rickettsia klasifikace   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Sciuridae MeSH
• Sus scrofa MeSH
• vysoká zvěř MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• myši MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Skripta objasňují některé důležité termíny a fakta podstatná k pochopení významu potravinářské mikrobiologie pro bezpečnost potravin. Dále jsou zde popsány vybrané metody používané pro mikrobiologické zkoumání potravin k detekci (kvalitativní stanovení) a kvantifikaci patogenních mikroorganismů přítomných ve vzorcích potravin. Součástí uvedených metod jsou principy a postupy stanovení, včetně základní charakteristiky zkoumaných mikroorganismů.

• MeSH
• analýza potravin MeSH
• laboratoře MeSH
• mikrobiologie MeSH
• potravinářská mikrobiologie MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• učebnice vysokých škol

Genes for mannitol-metabolizing enzymes, mannitol phosphate dehydrogenase (MPDH) and mannitol dehydrogenase (MDH), have been recently identified in the genome of Acanthamoeba castellanii and their potential role in stress tolerance was proposed. Using qRT-PCR, comparison has been made of mRNA levels of the enzymes for mannitol metabolism at various time intervals during the stress defence reactions of encystation and pseudocyst formation. Gradual decrease of both enzymes during encystation and slight increases at the beginning of pseudocyst formation were observed. Detailed analysis of mRNA sequences of the two genes revealed similarities with various alcohol dehydrogenases rather than mannitol dehydrogenases. Our results indicate there is probably no protective role for mannitol in Acanthamoeba as no mannitol was detected using HILIC ESI MS, in any Acanthamoeba life cycle stage. Possible misinterpretation of previously published sequences as encoding enzymes of the mannitol metabolic pathway is discussed.

• MeSH
• Acanthamoeba castellanii enzymologie   metabolismus   fyziologie   MeSH
• anotace sekvence MeSH
• fyziologický stres MeSH
• genetická transkripce MeSH
• konzervovaná sekvence MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• mannitol metabolismus   MeSH
• mannitoldehydrogenasy genetika   metabolismus   MeSH
• metabolismus sacharidů MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• protozoální proteiny genetika   metabolismus   MeSH
• regulace genové exprese enzymů MeSH
• sekvence aminokyselin MeSH
• spory protozoální enzymologie   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

We have separated 2b myosin heavy chain (MyHC) isoform from the rat extensor digitorum longus muscle by SDSPAGE and analyzed it by two subsequent mass spectrometry techniques. After tryptic digestion, the obtained peptides were identified by Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation reflectron Time of Flight mass spectrometry (MALDITOF MS) and sequenced by Liquid chromatography tandem mass spectrometry (ESI LC/MS/MS). The analyzed peptides proportionally covered 30 % of the 2b MyHC isoform sequence. The results suggest that the primary structure is identical with the highest probability to a NCBI database record ref|NP_062198.1|, representing the last updated record of rat 2b isoform. Nonetheless, four peptides carrying amino acid substitution(s) in comparison with the NCBI database record were identified.

• MeSH
• financování organizované využití   MeSH
• hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody   využití   MeSH
• interpretace statistických dat MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí metody   využití   MeSH
• potkani inbrední LEW fyziologie   MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice metody   využití   MeSH
• těžké řetězce myosinu fyziologie   izolace a purifikace   MeSH