• MeSH
• biologické modely MeSH
• teoretické modely MeSH

• Konspekt
• Biologické vědy
• NLK Obory
• lékařství
• NLK Publikační typ
• elektronické časopisy

• Konspekt
• Fyziologie člověka a srovnávací fyziologie
• NLK Obory
• fyziologie

Virtual screening makes it possible to design and then test up to millions of structures. On the other hand, not every virtual structure can readily be prepared and tested in reality. Therefore, it is necessary to exclude unsuitable candidates, ideally at the beginning of virtual screening campaign. Three main approaches are used to filter out synthetically unfeasible structures: similarity to starting material, retrosynthetic route and complexity of the structure. These techniques vary in computational demands; they can therefore be used in various stages of screening, and/or combined to improve estimation of synthetic feasibility.

• Klíčová slova
• virtuální screening, syntetická dostupnost, komplexita, retrosyntetická analýza, syntetizovatelnost, chemický prostor,
• MeSH
• chemické databáze MeSH
• farmaceutická chemie MeSH
• objevování léků MeSH
• počítačová simulace * MeSH
• příprava léků MeSH
• racionální návrh léčiv MeSH
• techniky syntetické chemie MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Hledání optimálního nastavení podmínek chemické analýzy je zpravidla zdlouhavý proces. Tento článek k tomuto účelu navrhuje využití neuronových sítí, zejména ve vztahu k určení optimální podmínek pro analýzu zkoumaných látek s využitím technologie LC/MS/MS a ESI ionizací, a to na základě znalosti jejich základních vlastností, označených jako univerzální deskriptory. Práce se soustředí na nalezení takových podmínek analýzy, kdy dochází k maximalizaci signálu iontu prekurzoru. Práce se zabývá zejména otázkou, zda lze výsledky zjištěné na jednom typu analytu použít k neurální interpolační predikci optimálních podmínek analytů podobných.

The search for the optimal instrumental settings of conditions in chemical analysis is typically a lengthy process. This article proposes the use of neural networks for this purpose, particularly in relation to determining the optimal conditions for the analysis of substances under study using LC/MS/MS and ESI technologies, based on the knowledge of their fundamental properties, referred to as universal descriptors. The work focuses on finding such analysis conditions that maximize the precursor ion signal. The paper specifically addresses the question of whether the results obtained from one type of analyte can be used for neural-interpolated prediction of optimal conditions for similar analytes.

• MeSH
• chemické bojové látky chemie   MeSH
• chemické techniky analytické metody   MeSH
• chromatografie kapalinová metody   MeSH
• hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody   MeSH
• hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• lidé MeSH
• neuronové sítě MeSH
• organofosfáty * chemie   analýza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• proteomika metody   MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biochemie

• MeSH
• biomechanika MeSH
• biomedicínské inženýrství metody   MeSH
• počítačové metodologie MeSH

• Konspekt
• Biotechnologie. Genetické inženýrství
• NLK Obory
• biomedicínské inženýrství
• NLK Publikační typ
• elektronické časopisy

The search for the optimal instrumental settings of conditions in chemical analysis is typically a lengthy process. This article proposes the use of neural networks for this purpose, particularly in relation to determining the optimal conditions for the analysis of substances under study using LC/MS/MS and ESI technologies, based on the knowledge of their fundamental properties, referred to as universal descriptors. The work focuses on finding such analysis conditions that maximize the precursor ion signal. The paper specifically addresses the question of whether the results obtained from one type of analyte can be used for neural-interpolated prediction of optimal conditions for similar analytes.

• MeSH
• chemické bojové látky analýza   chemie   MeSH
• chemické techniky analytické metody   MeSH
• chromatografie kapalinová metody   MeSH
• hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody   MeSH
• hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• lidé MeSH
• neuronové sítě MeSH
• organofosfáty * analýza   chemie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• chování MeSH
• experimentální psychologie přístrojové vybavení   MeSH
• počítače MeSH

• Konspekt
• Psychologie
• NLK Obory
• psychologie, klinická psychologie
• NLK Publikační typ
• elektronické časopisy

Glutamate carboxypeptidase II (GCPII, EC 3.4.17.21) is a zinc-dependent exopeptidase and an important therapeutic target for neurodegeneration and prostate cancer. The hydrolysis of N-acetyl-l-aspartyl-l-glutamate (N-Ac-Asp-Glu), the natural dipeptidic substrate of the GCPII, is intimately involved in cellular signaling within the mammalian nervous system, but the exact mechanism of this reaction has not yet been determined. To investigate peptide hydrolysis by GCPII in detail, we constructed a mutant of human GCPII [GCPII(E424A)], in which Glu424, a putative proton shuttle residue, is substituted with alanine. Kinetic analysis of GCPII(E424A) using N-Ac-Asp-Glu as substrate revealed a complete loss of catalytic activity, suggesting the direct involvement of Glu424 in peptide hydrolysis. Additionally, we determined the crystal structure of GCPII(E424A) in complex with N-Ac-Asp-Glu at 1.70 A resolution. The presence of the intact substrate in the GCPII(E424A) binding cavity substantiates our kinetic data and allows a detailed analysis of GCPII/N-Ac-Asp-Glu interactions. The experimental data are complemented by the combined quantum mechanics/molecular mechanics calculations (QM/MM) which enabled us to characterize the transition states, including the associated reaction barriers, and provided detailed information concerning the GCPII reaction mechanism. The best estimate of the reaction barrier was calculated to be DeltaG(++) approximately 22(+/-5) kcal x mol(-1), which is in a good agreement with the experimentally observed reaction rate constant (k(cat) approximately 1 s(-1)). Combined together, our results provide a detailed and consistent picture of the reaction mechanism of this highly interesting enzyme at the atomic level.

• MeSH
• alanin metabolismus   MeSH
• biologické modely MeSH
• dipeptidy genetika   metabolismus   MeSH
• financování organizované MeSH
• glutamátkarboxypeptidasa II genetika   chemie   metabolismus   MeSH
• hydrolýza MeSH
• kinetika MeSH
• krystalografie rentgenová MeSH
• kvantová teorie MeSH
• lidé MeSH
• molekulární modely MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• mutageneze MeSH
• substituce aminokyselin MeSH
• substrátová specifita genetika   MeSH
• termodynamika MeSH
• vazba proteinů genetika   MeSH
• vazebná místa genetika   MeSH
• vodíková vazba MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• zinek chemie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• DNA MeSH
• RNA MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika