Cílem práce bylo porovnání dosažených výsledků molekulárních metod využívaných v Oddělení bakteriálních vzdušných nákaz (OBVN) CEM SZÚ pro účely detekce, identifikace a typizace bakterií Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae a Haemophilus influenzae v klinických (kultivačně negativních) vzorcích při podezření na uvedená invazivní bakteriální onemocnění. OBVN nabízí využití molekulární diagnostiky uvedených bakteriálních původců menigitid a sepsí z klinických vzorků již řadu let. Spektrum metod se však změnilo. Z původní polymerázové řetězové reakce s elektroforetickým vyhodnocením (seminested PCR) k real-time polymerázové řetězové reakci (rt-PCR). Bylo provedeno souběžné srovnání obou metodik na 56 klinických vzorcích, které ukazuje lepší výsledky rt-PCR oproti seminested PCR.
The aim was to compare the outcomes of molecular methods used in the Unit for Airborne Bacterial Infections (UABI) for the detection, identification, and typing of the bacteria Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, and Haemophilus influenzae from clinical culture-negative specimens of patients with suspected invasive bacterial infection. The UABI has been providing molecular diagnosis of the above-mentioned bacterial pathogens from clinical specimens of patients with meningitis or sepsis for years. However, the range of the methods used has changed: the UABI switched from the polymerase chain reaction (PCR) with reading of the results by elecrophoresis (seminested PCR) to the real-time polymerase chain reaction (rt-PCR). The outcomes of the two methods were compared using 56 clinical specimens, with rt-PCR proving superior to seminested PCR
- Keywords
- seminested PCR, rt-PCR,
- MeSH
- Molecular Diagnostic Techniques methods statistics & numerical data MeSH
- Haemophilus influenzae isolation & purification MeSH
- Real-Time Polymerase Chain Reaction statistics & numerical data MeSH
- Neisseria meningitidis isolation & purification MeSH
- Polymerase Chain Reaction * methods statistics & numerical data MeSH
- Streptococcus pneumoniae isolation & purification MeSH
- Bacterial Typing Techniques methods statistics & numerical data MeSH
- Publication type
- Comparative Study MeSH
Cílem práce bylo zavedení molekulární real-time PCR metodiky doporučené CDC (Centers for Disease Control and Prevention) pro účely detekce bakterií Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae a Streptococcus pneumoniae v klinických (kultivačně negativních) vzorcích při podezření na invazivní bakteriální onemocnění. Klinické vzorky jsou zasílány do NRL pro meningokokové nákazy Oddělení bakteriálních vzdušných nákaz CEM SZÚ z různých regionů České republiky. Jedná se především o likvor, nesrážlivou krev či sérum, výjimečně sekční materiál. NRL má zavedenou molekulární diagnostiku těchto bakteriálních původců menigitid a sepsí z klinických vzorků již od roku 1999. Původně se jednalo o seminested polymerázovou řetězovou reakci s elektroforetickým vyhodnocením. V roce 2014 byla implementována molekulární metoda real-time PCR s kvalitativním hodnocením.
The study aim was to implement a molecular real-time polymerase chain reaction (PCR) assay recommended by the CDC (Centers for Disease Control and Prevention) for the detection of Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, and Streptococcus pneumoniae in clinical (culture negative) specimens from patients with suspected invasive bacterial disease. Clinical specimens are referred to the National Reference Laboratory (NRL) for Meningococcal Infections, Unit for Airborne Bacterial Infections, Centre for Epidemiology and Microbiology, National Institute of Public Health from various regions of the Czech Republic. Clinical specimens are, in particular, cerebrospinal fluid, anti-coagulated blood or serum and, exceptionally, post-mortem specimens. The NRL has implemented molecular diagnosis of these bacterial pathogens involved in meningitis and sepsis from clinical specimens since 1999. The first diagnostic method was semi-nested PCR followed by electrophoretic analysis. In 2014, a molecular qualitative real-time PCR assay was implemented.
- MeSH
- DNA, Bacterial analysis MeSH
- Haemophilus influenzae * genetics isolation & purification MeSH
- Humans MeSH
- Neisseria meningitidis * genetics isolation & purification MeSH
- Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction utilization MeSH
- Reproducibility of Results MeSH
- Statistics as Topic MeSH
- Streptococcus pneumoniae * genetics isolation & purification MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
We present a method for rapid and simple detection of clinically relevant mucormycetes of the Mucorales order in cultures and clinical samples. This seminested real-time PCR uses mucormycete-specific primers and is followed by species identification using high-resolution melt (HRM) analysis. The method is highly suitable for routine clinical diagnostics.
- MeSH
- DNA, Fungal chemistry genetics MeSH
- Humans MeSH
- Molecular Sequence Data MeSH
- Mucorales classification genetics isolation & purification MeSH
- Mucormycosis diagnosis MeSH
- Mycology methods MeSH
- Polymerase Chain Reaction methods MeSH
- Sequence Analysis, DNA MeSH
- Transition Temperature MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Journal Article MeSH
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
