Klasifikace nádorových onemocnění a identifikace terapeutických cílů pro jejich léčbu vyžaduje důkladnou znalost a popis genetických změn. Analýza single nukleotidových polymorfi zmů je cenným nástrojem pro detekci a charakterizaci genetických variací u nádorových onemocnění. Účelem této práce je podat souhrnný přehled o metodách detekce SNP aplikovatelných na výzkum MM.

Tumor classification and identifi cation of targets for therapeutic applications requires very good knowledge and description of genetic changes connected to an illness. SNP analysis seems to be a valuable tool for detection and characterisation of genetic variations in cancer. The aim of this review is to summarise methods usable for SNP detection and its applicabillity for MM research.

• MeSH
• cytogenetické vyšetření klasifikace   metody   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * genetika   MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetný myelom genetika   MeSH
• mutace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Studium polymorfizmů v genech asociovaných s mnohočetným myelomem (MM) je atraktivní oblastí výzkumu, který může přispět k celkovému pochopení této nemoci. Výzkumy v oblasti polymorfi zmů u MM jsou zatím na experimentální úrovní. Cílem této práce je demonstrovat na vybraných zahraničních prácích možnost klinického využití polymorfi zmů v oblasti MM.

Study of polymorphisms in genes associated with multiple myeloma (MM) is promising fi eld of research. Study of this field could bring important piece to a global understanding of this illness. Research of polymorphisms associated with MM still remain at experimental stage. The aim of this work is to demonstrate a possible clinical utilization of polymorphisms in MM field.

• MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetný myelom genetika   MeSH
• molekulární biologie MeSH
• oprava DNA MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

In previous work, we found significant associations of horse polymorphic microsatellite and immunity-related (IR) gene markers with Rhodococcus equi infection of foals. Here, a statistically significant association between a single nucleotide polymorphism (SNP) within the interleukin 7 receptor-encoding gene (IL7R) with high R. equi burden in transtracheal aspirates was found (Fisher's F = 0.043, odds ratio: 8.00, 95% confidence interval: 1.127-56.795). Further positional and/or functional candidate genes investigated TLR2, IL13, IL17A, IL28R, TACE/ADAM 17 and GBP1, were not associated with infection in this study. SNPs analysed were found by sequencing and appropriate restriction fragment length polymorphism markers were developed. Their associations with R. equi infection were tested by genotyping thoroughbred foals from the original study. The association was confirmed by analysing genotypes composed with genes previously reported to be associated with R. equi infection in the same group.

• MeSH
• frekvence genu MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   MeSH
• genotyp MeSH
• imunita genetika   MeSH
• infekce bakteriemi řádu Actinomycetales genetika   mikrobiologie   veterinární   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• koně MeSH
• nemoci koní genetika   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• polymorfismus délky restrikčních fragmentů MeSH
• receptory interleukinu-7 genetika   MeSH
• Rhodococcus equi imunologie   izolace a purifikace   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• trachea mikrobiologie   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Východiska: Účinky jednonukleotidových polymorfizmů (single nucleotide polymorphisms – SNPs) genů nukleotidové excizní reparace (nucleotide excision repair – NER) na náchylnost ke kožnímu melanomu (cutaneous melanoma – CM) jsou předmětem velkého zájmu. V současné době je v několika epidemiologických studiích hodnoceno, zda polymorfizmy XPC, XPD, XPG a XPF souvisí s CM. Výsledky těchto studií jsou ale kontroverzní nebo nevedou k jednoznačnému závěru. Proto jsme provedli studii s cílem zhodnotit vztah mezi sedmi často zkoumanými polymorfizmy dráhy NER a rizikem CM. Metody: Do studie bylo zařazeno celkem 150 patients s diagnózou CM a 150 zdravých kontrol. Sedm SNPs dráhy NER vč. XPC (Lys939Gln a Ala499Val), XPD (Lys157Gln, Asp272Asn a Arg751Arg), XPG (Asp1104His) a XPF (Arg415Gln) bylo analyzováno stanovením polymorfizmu délky štěpných fragmentů pomocí polymerázové řetězové reakce. Výsledky: Mezi polymorfizmy XPC Lys939Gln, Ala499Val, XPD Asp272Asn, Arg751Arg, Arg751Arg, XPF Arg415Gln a XPG Asp1104His a zvýšeným rizikem CM nebyl zjištěn významný vztah. Závěry: Tato studie odhalila, že polymorfizmy XPC, XPD, XPG a XPF nebyly pro náchylnost k CM rizikovým faktorem. Pro další hodnocení a validaci našich výsledků je třeba více studií s dobrým designem a vyšším počtem subjektů v různých populacích. Přesnější důkazy a další objasnění vlastního mechanizmu CM přinesou v budoucnosti studie, které budou brát v úvahu interakce mezi geny jako takovými a mezi geny a prostředím.

Background: The effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) at nucleotide excision repair (NER) pathway on susceptibility to cutaneous melanoma (CM) are of great interest. To date, several epidemiological studies have evaluated whether the XPC, XPD, XPG and XPF polymorphisms are associated with CM. However, those studies results are controversial or inconclusive. Therefore, we conducted a study to evaluate the association of seven frequently investigated NER pathway polymorphisms with CM risk. Methods: A total of 150 patients diagnosed with CM and 150 healthy controls were enrolled in the study. Seven SNPs in the NER pathway including XPC (Lys939Gln and Ala499Val), XPD (Lys157Gln, Asp272Asn, and Arg751Arg), XPG (Asp1104His) and XPF (Arg415Gln) were analyzed by polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism assay. Results: There was no a significant association between XPC Lys939Gln, Ala499Val; XPD Asp272Asn, Arg751Arg, Arg751Arg; XPF Arg415Gln; and XPG Asp1104His polymorphisms and an increased risk of CM. Conclusions: This study results revealed that the XPC, XPD, XPG and XPF polymorphisms were not risk factor for susceptibility to CM. However, more well-designed with larger sample size studies in different populations are necessary to further evaluate and validate our results. Future studies which take into account gene-gene and gene-environment interactions are warranted for more precise evidence and further elucidation of the underlying mechanism of CM.

• MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• melanom * genetika   MeSH
• oprava DNA MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

CYP2D6 is a member of cytochrome P450 enzymes that metabolise over 25% of commonly used drugs. Genetic polymorphisms can cause insufficient drug efficacy at usually administered doses or can be the cause of adverse drug reaction. CYP2D6 genotyping can be used to predict CYP2D6 phenotype and thereby explain some abnormalities in drug response and thus optimize pharmacotherapy. The aim of this study was to investigate the frequency of functionally important variant alleles of the CYP2D6 gene throughout the Czech population to predict the prevalence of ultra-rapid and poor metabolizer phenotypes. The DNA of 223 unrelated, healthy volunteers was analysed to detect the presence of CYP2D6*6, *5, *4, *3 and gene duplication. The variant allele frequencies in our population were 0.22%, 3.14%, 22.87%, 1.12% and 3.14% for CYP2D6*6, CYP2D6*5, CYP2D6*4, CYP2D6*3 and CYP2D6*MxN, respectively. Fifteen subjects carried two variant alleles leading to predicted poor type of metabolism, 84 subjects were heterozygous extensive metabolizers (het-EM). The full-text contains detailed comparison with European white populations. The distribution of variant alleles complies with the Hardy-Weinberg equilibrium. The frequencies of functional variant alleles of CYP2D6 in Czech population are in concordance with other Caucasian populations. 2007 John Wiley & Sons, Ltd.

• MeSH
• cytochrom P-450 CYP2D6 fyziologie   genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• farmakogenetika MeSH
• frekvence genu MeSH
• genotyp MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• léčivé přípravky metabolismus   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• populační genetika MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

A single nucleotide polymorphism (SNP) C5507G of the complement receptor 1 (CR1) gene has been associated with genetic susceptibility to sarcoidosis in an Italian population. In order to provide further data on the possible involvement of CR1 gene polymorphisms in sarcoidosis, CR1 SNPs C5507G and A3650G were investigated in Czech (n = 210) and Dutch (n = 116) patients with sarcoidosis with ethnically matched groups of healthy control subjects (Czech, n = 203; Dutch, n = 112). CR1 C5507G and A3650G SNPs were not associated with susceptibility to sarcoidosis or its clinical course. Further, CR1 messenger RNA expression in bronchoalveolar lavage cells investigated by quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction did not differ between sarcoidosis patients and control subjects and was not associated with the presence of the CR1 5507*G allele.

• MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• plicní sarkoidóza genetika   MeSH
• receptory komplementu 3b genetika   MeSH
• sarkoidóza genetika   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Nizozemsko MeSH

We aimed at determining whether any association exists between six single nucleotide polymorphisms in breast cancer associated gene (BRCA1) and the risk of breast cancer. We constructed haplotypes and analyzed their importance as well. Clinico-pathological characteristics of breast cancer patients were included in the study to evaluate the prognostic impact of BRCA1 polymorphisms and haplotypes. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism-based genotyping assays were used to determine the frequency of polymorphisms in codons 356, 871, 1038, 1183, 1436, and 1613 of BRCA1 in a group of 306 incident breast cancer patients and 313 unaffected controls of Czech origin. Statistical analyses revealed that the BRCA1 Arg356 allele may play a protective role in breast cancer (age-adjusted OR = 0.61, CI = 0.39-0.94, p = 0.026). We also observed a significant correlation between polymorphism Gln356Arg and stage (p = 0.026) in premenopausal cases suggesting that carriers of the wild Gln356Gln allele are at significantly higher risk of advanced disease. The most common haplotypes of BRCA1 did not play a significant role in breast cancer either as risk factors or as prognostic factors. The study on rare BRCA1 haplotypes however should be repeated using larger groups. In conclusion, the BRCA1-Gln356 allele presents risk factor in the onset and progression of breast cancer in Czech population and its use as a possible screening tool should be considered.

• MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• geny BRCA1 MeSH
• haplotypy MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu genetika   patologie   MeSH
• senioři MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Mucosal addressin cell adhesion molecule-1 (MAdCAM-1) contributes to the recruitment of donor T cells into the mucosal tissues of the recipient after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (aHSCT). The aim of our study was to determine whether selected single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the MADCAM1 gene are associated with development of serious complications after aHSCT. Three MADCAM1 gene single nucleotide polymorphisms (rs758502 C/T, rs2302217 A/G, rs3745925 G/T) were genotyped by polymerase chain reaction with sequence-specific primers in 87 Czech, HLA-identical donor-recipient aHSCT pairs. MADCAM1 rs2302217 AA homozygous recipients developed chronic GVHD more frequently than patients with other genotypes (65% vs. 34%; p = 0.025). Furthermore, multivariate analysis revealed the MADCAM1 rs2302217 AA genotype in recipient being also an independent factor associated with development of acute GVHD (p = 0.036) and decreased overall survival (p = 0.001). These data suggest that MADCAM1 gene polymorphisms may be associated with the risk of chronic GVHD and may, also, affect mortality related to aHSCT.

• MeSH
• dospělí MeSH
• homologní transplantace MeSH
• imunoglobuliny genetika   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mukoproteiny genetika   MeSH
• multivariační analýza MeSH
• nemoc štěpu proti hostiteli genetika   mortalita   MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk škodlivé účinky   MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl: Stanovení alelové frekvence polymorfizmu p.Val66Met (rs6265) v genu pro mozkový neurotrofní faktor (brain-derived neurotrophic factor; BDNF) v české populaci. Přítomnost polymorfizmu p.Val66Met v genu BDNF je spojována s porušeným intracelulárním transportem a sekrecí BDNF. Změny v expresi a funkci BDNF jsou spojeny s různými onemocněními mozku a představují jeden z mechanizmů odpovědi na stres. Soubor a metodika: Retrospektivně bylo v kontrolní skupině vyšetřeno 317 vzorků DNA jedinců z české populace (173 mužů a 144 žen) ve věku 45–81 let. Polymorfizmus p.Val66Met v genu BDNF byl vyšetřen analýzou křivek tání. Výsledky: Frekvence mutantní alely (A) v kontrolní skupině činila 16,3 %; frekvence standardní alely (G) činila 83,7 %. Závěr: Byla stanovena frekvence polymorfizmu p.Val66Met v genu BDNF, která je srovnatelná s frekvencemi v okolních zemích.

Aim: To determine the allele frequency of the p.Val66Met (rs6265) polymorphism in BDNF gene (brain-derived neurotrophic factor, BDNF) in the Czech population. The p.Val66Met (rs6265) polymorphism in the BDNF gene is associated with impaired intracellular trafficking and secretion of BDNF. Alterations in BDNF expression and function are involved in different brain disorders and represent a major downstream mechanism for stress response. Material and methods: Retrospectively, 317 DNA control samples of Czech individuals aged between 45 and 81 years (173 men and 144 women), were examined for p.Val66Met polymorphism in the BDNF gene using the melting analysis. Results: Frequency of the mutant allele (A) was 16.3% and it was 83.7% for the wild type allele (G). Conclusion: The requency of the p.Val66Met polymorphism in the BDNF gene in the Czech population was determined.

• MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mozkový neurotrofický faktor * genetika   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Mucins and their glycosylation have been suggested to play an important role in colorectal carcinogenesis. We examined potentially functional genetic variants in the mucin genes or genes involved in their glycosylation with respect to colorectal cancer (CRC) risk and clinical outcome. We genotyped 23 single nucleotide polymorphisms (SNPs) covering 123 SNPs through pairwise linkage disequilibrium (r2>0.80) in the MUC1, MUC2, MUC4, MUC5AC, MUC6, and B3GNT6 genes in a hospital-based case-control study of 1532 CRC cases and 1108 healthy controls from the Czech Republic. We also analyzed these SNPs in relation to overall survival and event-free survival in a subgroup of 672 patients. Among patients without distant metastasis at the time of diagnosis, two MUC4 SNPs, rs3107764 and rs842225, showed association with overall survival (HR 1.40, 95%CI 1.08-1.82, additive model, log-rank p = 0.004 and HR 0.64, 95%CI 0.42-0.99, recessive model, log-rank p = 0.01, respectively) and event-free survival (HR 1.31, 95%CI 1.03-1.68, log-rank p = 0.004 and HR 0.64, 95%CI 0.42-0.96, log-rank p = 0.006, respectively) after adjustment for age, sex and TNM stage. Our data suggest that genetic variation especially in the transmembrane mucin gene MUC4 may play a role in the survival of CRC and further studies are warranted.

• MeSH
• doba přežití bez progrese choroby MeSH
• dospělí MeSH
• genotyp MeSH
• glykosylace MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   MeSH
• Kaplanův-Meierův odhad MeSH
• kolorektální nádory genetika   mortalita   patologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mucin 4 genetika   metabolismus   MeSH
• muciny genetika   metabolismus   MeSH
• nádorové biomarkery genetika   MeSH
• nádory tračníku genetika   mortalita   patologie   MeSH
• přežití po terapii bez příznaků nemoci MeSH
• rizikové faktory MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• vazebná nerovnováha MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH