Sequencing-based molecular typing of treponema pallidum strains in the Czech Republic: all identified genotypes are related to the sequence of the SS14 strain
Jazyk angličtina Země Švédsko Médium print
Typ dokumentu časopisecké články, práce podpořená grantem
PubMed
22434073
DOI
10.2340/00015555-1335
Knihovny.cz E-zdroje
- MeSH
- antibakteriální látky terapeutické užití MeSH
- bakteriální léková rezistence genetika MeSH
- DNA bakterií analýza MeSH
- dospělí MeSH
- fenotyp MeSH
- genetická variace MeSH
- genotyp MeSH
- lidé MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- ribotypizace * metody MeSH
- RNA ribozomální 23S genetika MeSH
- sekvence nukleotidů MeSH
- sekvenční analýza DNA MeSH
- syfilis diagnóza farmakoterapie epidemiologie mikrobiologie MeSH
- Treponema pallidum účinky léků genetika imunologie MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika epidemiologie MeSH
- Názvy látek
- antibakteriální látky MeSH
- DNA bakterií MeSH
- RNA ribozomální 23S MeSH
A set of 415 clinical samples isolated from 294 patients suspected of having syphilis collected in the Czech Republic between 2004 and 2010 was tested for the presence of treponemal DNA. Standard serological tests showed that 197 patients were syphilis-seropositive and 97 patients were syphilis-seronegative. In each sample, PCR tests for polA (TP0105), tmpC (TP0319), TP0136, TP0548 and 23S rRNA genes were performed. Samples taken from 91 patients were PCR-positive. Molecular typing of treponemal DNA was based on the sequencing of TP0136, TP0548 and 23S rRNA genes. Treponemal DNA was typeable in samples taken from 64 PCR-positive patients and 9 different genotypes were found. The proportion of treponemal strains resistant to macrolide antibiotics was 37.3%. In the DNA samples taken from 39 patients, a parallel treponemal typing approved by Centers for Disease Control and Prevention was performed. The variants of arp and tpr genes appear to combine independently with sequence variants of TP0136, TP0548 and 23S rRNA genes.
Citace poskytuje Crossref.org