Nové metody jako sekvenování nové generace (NGS) přinesly obrovské množství informací o nádorové biologii a umožnily vývoj nových metod pro diagnostiku a sledování zbytkové choroby (MRN). Transfer nových metod do praxe je komplikován jejich množstvím, finanční náročností i redundancí. V mezinárodní spolupráci chceme vyvinout nástroj na simultánní detekci klonality, MRN a profilu přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory infiltrujících fyziologických lymfocytů. Postup bude sjednocovat a zjednodušovat stávající metodiky a zároveň poskytne nová data o imunitní odpovědi na nádor. Metodu chceme validovat na retrospektivní kohortě pacientů s anaplastickým velkobuněčným lymfomem a prospektivně na vzorcích dětských a adolescentních pacientů s lymfomy. Využití u jiných než lymfoidních malignit chceme testovat u dětí s mozkovými tumory (low- a high-grade gliomy). Výstupem projektu bude kromě standardizovaného metodického postupu prohloubení znalostí o složení a funkci infiltrujících imunitních buněk (především T lymfocytů) a zmapování prostoru pro cílení imunoterapie.; Next generation sequencing (NGS) and other new methods brought a large amount of data on tumour biology and facilitated the development of new methods for diagnostics and minimal residual disease (MRD) detection. The transfer of those methods into routine management is complicated by their numbers, costs and redundancy. In international cooperation we want to develop a tool for simultaneous detection of clonality, MRD and profile of immunoglobulin and T-cell receptor gene rearrangements in infiltrating physiological lymphocytes. The methodology will unite and simplify the current methods, while providing new data on immune response. We will validate the method on retrospective cohort of patients with anaplastic large cell lymphoma and prospectively on samples from children and adolescents with lymphoma. The utility in non-lymphoid malignancies will be tested in children with low-and high-grade gliomas. Next to the standardized methodology, the project will bring new information on the composition of infiltrating immune cells (mainly T lymphocytes) and a potential for immunotherapy.

• Klíčová slova
• sekvenování nové generace, průtoková cytometrie, minimální reziduální nemoc, minimal residual disease, flow cytometry, lymfom, lymphoma, Next-generation sequencing, immune monitoring, cell-free DNA, tumor infiltrující lymfocyty, Immune checkpoints, imunomonitoring, imunitní kontrolní body, přestavby genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory, gamadelta T lymfocyty, immunoglobulin and T-cell rearrangement, gammadelta T lymphocytes, volná nádorová DNA, tumour infiltrating lymphocytes,

• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Selection of the proper target is crucial for clinically relevant monitoring of minimal residual disease (MRD) in patients with acute lymphoblastic leukemia using the quantitation of clonal-specific immunoreceptor (immunoglobulin/T cell receptor) gene rearrangements. Consequently, correct interpretation of the results of the entire analysis is of utmost importance. Here we present an overview of the quality control measures that need to be implemented into the process of marker identification, selection, and subsequent quantitation of the MRD level.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie * diagnóza   genetika   MeSH
• biologické markery MeSH
• imunoglobuliny genetika   MeSH
• lidé MeSH
• reziduální nádor diagnóza   genetika   MeSH
• řízení kvality MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Díky sekvenování nové generace (NGS) je nyní možné sekvenovat všechny přestavby genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TR) v biologických vzorcích. Několik skupin, včetně naší, již prezentovalo výsledky dokládající využitelnost detekce Ig/TCR pro stanovení minimální reziduální nemoci (MRD) u lymfoidních malignit a pro hodnocení imunitního repertoáru za fyziologických I patologických podmínek. I přes neoddiskutovatelné výhody má NGS stále závažné nedostatky, které brání použití metody pro rutinní diagnostiku. Cílem tohoto projektu je (i) zavést a standardizovat v rámci mezinárodní spolupráce různé typy Ig/TCR systémů pro detekci MRD u lymfoproliferativních malignit, (ii) prospektivně zhodnotit proveditelnost a využitelnost nového přístupu založeného na NGS v porovnání se současnými standardně používanými metodami (kvantitativní PCR a průtoková cytometry) na kohortě pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií.; Next generation sequencing (NGS) has opened a unique possibility to sequence all rearrangements of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor (TR) genes in biologic samples. Several groups including ours already presented data on the usefulness of NGS Ig/TR detection for the assessment of minimal residual disease (MRD) in lymphoid malignancies and for the evaluation of the entire immune spectrum in various normal and pathologic conditions. However, despite many advantages, the methodology still suffers from serious flaws, which prevent the introduction of the method into routine diagnostics. The aim of this project is (i) to develop and standardise in international collaboration several types of NGS Ig/TR assays for MRD detection in lymphoproliferative neoplasms, (ii) to prospectively evaluate the feasibility and performance of the new NGS-based approach compared to current gold standard methods (quantitative PCR and flow cytometry) in a cohort of patients with acute lymphoblastic leukemia.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   genetika   MeSH
• genová přestavba MeSH
• imunoglobulin G genetika   MeSH
• lidé MeSH
• receptory antigenů T-buněk genetika   MeSH
• reziduální nádor diagnóza   genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• onkologie
• alergologie a imunologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• leukemie diagnóza   MeSH
• lidé MeSH
• lymfom diagnóza   MeSH
• průtoková cytometrie metody   MeSH
• reziduální nádor * diagnóza   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

• MeSH
• dárci krve * MeSH
• krevní banky MeSH
• lidé MeSH
• registrace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Slovenská republika MeSH

• MeSH
• krevní banky normy   MeSH
• krevní transfuze metody   MeSH
• převod jednotlivých krevních složek metody   normy   přístrojové vybavení   MeSH
• trombocytaferéza metody   MeSH
• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Sekvenování nové generace (NGS) je převratnou metodou s výstupem statisíců až milionů přečtených sekvencí, která začíná být dostupná v běžné laboratorní praxi. NGS se nabízí jako ideální metoda pro určení spektra přestaveb genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TCR), která přinese komplexní informaci o zastoupení a kinetice lymfocytárních klonů s konkrétními sekvencemi receptorů pro antigeny. V předkládaném projektu plánujeme tuto metodu validovat pro účely sledování minimální reziduální nemoci (MRN) u lymfoidních malignit s předpokladem, že NGS předčí stávající metodu kvantifikace konkrétního klonu ve všech aspektech, včetně finančního. Současně s MRN bude možno studovat obnovování repertoáru Ig a TCR po iniciální chemoterapii a po transplantaci hemopoetických progenitorů u dětské akutní lymfoblastické leukémie a kinetiku konkrétních populací nemaligních lymfocytů cílených proti infekcím, reziduálním leukemickým buňkám, případně vlastním antigenům v případě reakce štěpu proti hostiteli.; Next generation sequencing is a ground-breaking method resulting in hundreds of thousands to millions of sequences that becomes accessible in common laboratory practice. NGS offers an ideal tool for assessment of immunoglobulin (Ig) and T-cell receptor gene (TCR) rearrangement spectrum that would give complex information on representation and kinetics of lymphocyte clones with particular sequences of antigen receptors. In this project we want to validate the method for minimal residual disease (MRD) evaluation in lymphoid malignancies, assuming that NGS will outperform the current method of concrete clone quantification in every aspect, including costs. Concurrently with MRD, it will be possible to study restoring of Ig and TCR repertoire after initial chemotherapy and stem cell transplantation in childhood acute lymphoblastic leukemia and kinetics of particular non-malignant lymphocyte populations targeting infections, residual leukemic cells, or self-antigens in case of graft-versus-host disease

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie diagnóza   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   trendy   MeSH
• genetické testování MeSH
• imunoglobuliny analýza   MeSH
• molekulární biologie MeSH
• protoonkogenní protein MLL MeSH
• receptory antigenů T-buněk analýza   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• alergologie a imunologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie MeSH
• dítě * MeSH
• fúze genů MeSH
• imunologické testy metody   MeSH
• lidé MeSH
• reziduální nádor * diagnóza   MeSH
• Check Tag
• dítě * MeSH
• lidé MeSH

Transkripční faktor Ikaros (IKZF1) je nepostradatelný pro vývoj celé lymfoidní linie. Předpokládáme, že alterace v genu IKZF1, a to nejen genomické delece zmiňované v recentních studiích, ale i exprese krátkých izoforem na úrovni RNA a chybná lokalizaceproteinu v buňce, jsou patofyziologickými mechanismy u části případů dětské akutní lymfoblastické leukémie (ALL) a akutní hybridní leukémie (AHL). V navrhovaném projektu chceme ověřit hypotézu, že alterace IKZF1 na všech těchto úrovních jsou negativnímirizikovými faktory pro prognózu, nezávislými na známých rizikových faktorech. V rámci projektu chceme vyšetřit aberace IKZF1 u rozsáhlé kohorty dětských pacientů pomocí nejmodernějších molekulárně-genetických a proteomických metod. Zároveň chceme testovat přínos zjednodušené metody semikvantitativní detekce izoforem IKZF1 pro predikci rizika relapsu onemocnění v klinické praxi.; Ikaros transcription factor (IKZF1) is essential for lymphoid development. We suppose that IKZF1 alterations not only involving recently described genomic deletions, but also short isoforms expression and altered protein localization within the cell, areunderlying biological mechanisms for a part of childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL) and acute hybrid leukemia (AHL). In this project we want to test the hypothesis, that IKZF1 alterations on every level mentioned above are negative prognostic factors, independent on current risk factors. Within the project we want to examine a large cohort of childhood patients using the current molecular-genetic and proteomic methods. Together, we want to test the contribution of a simplified semi-quantitativeIKZF1 isoforms detection for the relapse risk prediction in clinical practice.

• MeSH
• akutní bifenotypická leukemie MeSH
• akutní lymfatická leukemie MeSH
• dítě MeSH
• elektroforéza kapilární MeSH
• exprese genu MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH
• proteomika MeSH
• transkripční faktor Ikaros MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

UNLABELLED: DiGeorge syndrome (DGS) presents with a wide spectrum of thymic pathologies. Nationwide neonatal screening programs of lymphocyte production using T-cell recombination excision circles (TREC) have repeatedly identified patients with DGS. We tested what proportion of DGS patients could be identified at birth by combined TREC and kappa-deleting element recombination circle (KREC) screening. Furthermore, we followed TREC/KREC levels in peripheral blood (PB) to monitor postnatal changes in lymphocyte production. METHODS: TREC/KREC copies were assessed by quantitative PCR (qPCR) and were related to the albumin control gene in dry blood spots (DBSs) from control (n = 56), severe immunodeficiency syndrome (SCID, n = 10) and DGS (n = 13) newborns. PB was evaluated in DGS children (n = 32), in diagnostic samples from SCID babies (n = 5) and in 91 controls. RESULTS: All but one DGS patient had TREC levels in the normal range at birth, albeit quantitative TREC values were significantly lower in the DGS cohort. One patient had slightly reduced KREC at birth. Postnatal DGS samples revealed reduced TREC numbers in 5 of 32 (16%) patients, whereas KREC copy numbers were similar to controls. Both TREC and KREC levels showed a more pronounced decrease with age in DGS patients than in controls (p < 0.0001 for both in a linear model). DGS patients had higher percentages of NK cells at the expense of T cells (p < 0.0001). The patients with reduced TREC levels had repeated infections in infancy and developed allergy and/or autoimmunity, but they were not strikingly different from other patients. In 12 DGS patients with paired DBS and blood samples, the TREC/KREC levels were mostly stable or increased and showed similar kinetics in respective patients. CONCLUSIONS: The combined TREC/KREC approach with correction via control gene identified 1 of 13 (8%) of DiGeorge syndrome patients at birth in our cohort. The majority of patients had TREC/KREC levels in the normal range.

• MeSH
• biotest MeSH
• DiGeorgeův syndrom diagnóza   genetika   imunologie   MeSH
• dítě MeSH
• kojenec MeSH
• kruhová DNA genetika   MeSH
• kultivované buňky MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• novorozenec MeSH
• novorozenecký screening * MeSH
• předškolní dítě MeSH
• syndromy imunologické nedostatečnosti diagnóza   genetika   imunologie   MeSH
• T-lymfocyty imunologie   MeSH
• těžká kombinovaná imunodeficience diagnóza   genetika   imunologie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH