Cytogenetic examination and the detection of chromosomal aberrations in chronic lymphocytic leukemia (CLL) is an integral part of prognostic stratification and treatment decisions. Improvements in cytogenetic methods, notably the introduction of the cell stimulation method, have led to the detection of chromosomal aberrations in 80% of CLL cases. A comprehensive analysis of cytogenetic aberrations recently showed that complex karyotypes (CKs) defined as the detection of either three or more or five or more chromosomal changes in a karyotype have a poor prognostic impact. The current efforts at the international level are focused on the goal of including CK assessment among prognostic markers for CLL patients at diagnosis as well as after treatment. This review of the literature documents the clinical importance of CK findings in CLL and the necessity of including this factor in other poor prognostic indicators.

• MeSH
• abnormální karyotyp * MeSH
• chromozomální aberace * MeSH
• chronická lymfatická leukemie diagnóza   genetika   mortalita   terapie   MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• klinické rozhodování MeSH
• kombinovaná terapie MeSH
• lidé MeSH
• management nemoci MeSH
• prognóza MeSH
• progrese nemoci MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

• MeSH
• chromozomální delece * MeSH
• chronická lymfatická leukemie * krev   genetika   mortalita   MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 6 genetika   MeSH
• míra přežití MeSH
• nádorové proteiny * biosyntéza   genetika   MeSH
• přežití bez známek nemoci MeSH
• protein FOXO3 * biosyntéza   genetika   MeSH
• regulace genové exprese u leukemie * MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• dopisy MeSH
• multicentrická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   MeSH
• folikulární lymfom * genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   MeSH
• karyotyp MeSH
• lidé MeSH
• prognóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• translokace genetická MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

BCL6 rearrangements (3q27) are the most common chromosomal abnormalities in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL), with numerous immunoglobulin (Ig) and non-Ig genes as partners. In DLBCL, the translocations occur predominantly in the "major breakpoint region" encompassing the first noncoding exon and a part of the first intron of BCL6; few cases with "alternative breakpoint cluster" located 245-285 kb 5' BCL6 were also described. The regulatory sequences of known Ig and non-Ig partners replace the 5' untranslated region of the BCL6 in the same transcriptional orientation. Contrary to Ig/BCL6 fusions typical by high BCL6 gene expression, in non-Ig/BCL6 translocations were observed unexpectedly low BCL6 mRNA levels. From the clinical point of view, the survival rate of DLBCL patients with non-Ig partners is inferior to those with Ig/BCL6 translocations, suggesting that non-Ig/BCL6 fusion is a poor prognostic indicator. Hereby we provide comprehensive information about known non-Ig translocation partners and clinical consequences of BCL6 rearrangements in DLBCL. Moreover, we describe a novel reciprocal translocation t(3;10) in refractory patient with DLBCL with the breaking points at 5' untranslated region of BCL6 and 5' untranslated region of the RASGEF1A gene on chromosome 10q11.21 loci; this rearrangement was associated with low BCL6 and RASGEF1A gene expressions. Our patient harbouring dual chromosomal rearrangement involving BCL2 and BCL6 genes relapsed three-times and died soon; thus, further supporting the notion that non-Ig/BCL6 fusion is a poor prognostic indicator of DLBCL. There is evidence of prognostic value of BCL6 rearrangements also in rituximab era.

• MeSH
• difúzní velkobuněčný B-lymfom genetika   MeSH
• genová přestavba * MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 10 genetika   MeSH
• prognóza MeSH
• protoonkogenní proteiny c-bcl-6 genetika   MeSH
• translokace genetická genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Genetic analysis of leukemic cells significantly impacts prognosis and treatment stratification in childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL). Our retrospective single center study of 86 children with ALL enrolled into three consecutive treatment protocols (ALL-BFM 90, ALL-BFM 95 and ALL IC-BFM 2002) between 1991 and 2007 demonstrates the importance of conventional cytogenetics and fluorescence in situ hybridization (FISH). Cytogenetic and FISH examinations were performed successfully in 82/86 (95.3%) patients and chromosomal changes were detected in 78 of the 82 (95.1%) patients: in 69/73 patients with B-cell precursor (BCP)-ALL and in 9/9 patients with T-lineage ALL (T-ALL). The most frequent chromosomal changes in subgroups divided according to WHO classification independent of treatment protocol and leukemia subtype were hyperdiploidy in 36 patients (with ≥50 chromosomes in 23 patients, with 47-49 chromosomes 13 patients) followed by translocation t(12;21) with ETV6/RUNX1 fusion detected by FISH in 18 (22%) patients. Additional changes were detected in 16/18 (88.8%) ETV6/RUNX1-positive ALL patients with predominant deletion or rearrangement of untranslocated ETV6 allele. Unique aberrations were detected in 4 patients and dicentric chromosomes in 8 patients, one with T-ALL. These results demonstrate that cytogenetics and FISH successfully provided important prognostic information and revealed not only recurrent but also new and rare rearrangements requiring further investigation in terms of prognostic significance.

• MeSH
• akutní lymfatická leukemie genetika   MeSH
• chromozomální aberace * MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   MeSH
• dítě MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční metody   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• předškolní dítě MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

The study of genetic changes in cells of the tumor genome of patients with DLBCL using the array CGH, Q-RT-PCR and immunohistochemistry methods to acquire a comprehensive view of genetic changes. a) Based on preliminary results, to perform detailed laboratory and clinical analyses of candidate regions and genes located in them: chromosome 2p and the REL and BCL11A genes, chromosome 9p and the JAK2 gene, chromosome 3 and the FOXP1 gene, chromosome 8 and the CMYC gene, and chromosome 18q and the BCL2 gene. b) To use Q-RT-PCR to determine expression of selected genes and compare this with copy number changes. c) To complete genetic tests with immunohistochemical detection of selected proteins and other markers to refine prognostic stratification and definition of heterogeneous subtypes of DLBCL. d) Based on the comprehensive examinations, to acquire results enabling more precise stratification of patients and the application of these findings in routine clinical practice including targeted therapy.

Studium genetických změn v buňkách nádorového genomu nemocných s DLBCL metodami arrayCGH, Q-RT-PCR a imunohistochemie. Doplnění o výsledky klasické cytogenetiky a molekulární cytogenetiky k získání komplexního pohledu na chromosomové a genové změny. a) Na základě předběžných výsledků laboratorně a klinicky detailně analyzovat kandidátní oblasti a geny v nich lokalizované: chromosom 2p a geny REL a BCL11A, chromosom 9p a gen JAK2, chromosom 3 a gen FOXP1, chromosom 8 a gen CMYC, chromosom 18q a gen BCL2.b) Pomocí Q-RT-PCR určit expresi vybraných genů a porovnat se změnami genových kopií. c) Doplnit genetická vyšetření imunohistochemickou detekcí vybraných proteinů a dalších markerů, ke zpřesnění prognostické stratifikace a zařazení heterogenních podskupin DLBCL. d) Na základě komplexnosti vyšetření získat výsledky, které dovolí přesnější stratifikaci nemocných do prognostických podskupin a využítí těchto poznatků pro rutinní klinickou praxi včetně cílené léčby.

• MeSH
• cílená genová oprava MeSH
• difúzní velkobuněčný B-lymfom genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Současně platná molekulárně genetická subklasifikace pacientů s diagnózou difuzního velkobuněčného B lymfom (DLBCL) do tří prognostických podskupin na základě expresního profilu je cílem mnoha genetických studií. V rutinní klinické praxi je však použití expresní čipové technologie pro většinu pracovišť nedostupné. Včetně potřebné technologie, je v některých případech pro molekulárně genetické laboratoře problémem získat kvalitní materiál, např. čerstvou tkáň, pro izolaci RNA k určení exprese genů. Jednou z možností je určovat expresi genů z RNA získané izolací z parafínových bločků. Cílem pilotní studie bylo provést izolaci RNA z archivovaných parafínových bločků z formalinem fixované tkáně (FFPE) nemocných s diagnózou DLBCL a ověřit možnost využití této RNA pro expresní analýzu 7 vybraných genů. Práce ukázala, že izolace RNA a určení exprese vybraných genů z archivovaného materiálu je možná, avšak naměřená relativní exprese některých genů vykazovala v našem souboru značně variabilní hodnoty pro využití pro jednoznačnou prognostickou klasifikaci. Potvrdili jsme, že při získání dostatečného množství materiálu je možné provést retrospektivní analýzy exprese vybraných genů, a že správná archivace i po 8 letech dovoluje molekulárně biologické analýzy.

The currently valid molecular genetic subclassification of patients with diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) into three prognostic subgroups based on expression profiling has been the objective of numerous genetic studies. In routine clinical practice, however, expression profiling technology remains unavailable for the most of centers. Apart from the technology, in some cases molecular genetic laboratories have problems obtaining high-quality material, i.e. fresh tissues, for RNA isolation to determine gene expression. One possibility is to determine the gene expression from RNA obtained by isolation from formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue. This pilot study aimed at isolating RNA from FFPE in patients diagnosed with DLBCL and verifying the potential use of such RNA for the expression analysis of 7 selected genes. Although the study showed that it is possible to isolate RNA and determine the expression of the selected genes from archival material, the values of relative expression of some genes in the set were too variable to be used for unambiguous prognostic classification. It was confirmed that retrospective analyses of selected genes may be performed with sufficient material obtained, and that properly archived blocks may be used for molecular biology analyses even after 8 years.

• Klíčová slova
• parafínové bločky, genetické změny, BLIMP1,
• MeSH
• časové faktory MeSH
• difúzní velkobuněčný B-lymfom * genetika   patologie   MeSH
• dospělí MeSH
• exprese genu MeSH
• fixace tkání metody   MeSH
• formaldehyd MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• imunohistochemie MeSH
• lidé MeSH
• odběr biologického vzorku využití   MeSH
• pilotní projekty MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• represorové proteiny genetika   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• stanovení celkové genové exprese * MeSH
• zalévání tkání do parafínu * využití   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• fatální výsledek MeSH
• inzerční mutageneze * MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 11 MeSH
• lidské chromozomy, pár 12 MeSH
• lidské chromozomy, pár 19 MeSH
• lidské chromozomy, pár 6 MeSH
• myelodysplastické syndromy komplikace   diagnóza   genetika   MeSH
• myeloidní leukemie etiologie   MeSH
• protoonkogenní proteiny c-ets genetika   MeSH
• refrakterní anemie s nadbytkem blastů genetika   MeSH
• represorové proteiny genetika   MeSH
• senioři MeSH
• translokace genetická * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• Publikační typ
• dopisy MeSH
• kazuistiky MeSH