Detection of copy number variants as an integral part of noninvasive prenatal testing is increasingly used in clinical practice worldwide. We performed validation on plasma samples from 34 pregnant women with known aberrations using cell-free DNA sequencing to evaluate the sensitivity for copy number variants (CNV) detection using an in-house CNV fraction-based detection algorithm. The sensitivity for CNVs smaller than 3 megabases (Mb), larger than 3Mb, and overall was 78.57%, 100%, and 90.6%, respectively. Regarding the fetal fraction, detection sensitivity in the group with a fetal fraction of less than 10% was 57.14%, whereas there was 100% sensitivity in the group with fetal fraction exceeding 10%. The assay is also capable of indicating whether the origin of an aberration is exclusively fetal or fetomaternal/maternal. This validation demonstrated that a CNV fraction-based algorithm was applicable and feasible in clinical settings as a supplement to testing for common trisomies 21, 18, and 13.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Cíl studie: Syndrom Noonanové (NS), jedna z nejčastějších RASopatií, má odhadovanou incidenci 1 z 1000 až 2500 živě narozených jedinců. V prenatálním období lze u postižených plodů s tímto syndromem pozorovat zvýšené šíjové projasnění, hygroma colli, hydrops plodu, vrozené srdeční vady, vady ledvin, lymfatické vaky nebo větší množství plodové vody. U plodů s těmito nálezy byla při nálezu normálního karyotypu a po vyloučení mikrodelečních/mikroduplikačních syndromů doplněna prenatální diagnostika i o vyšetření vybraných genů pro RASopatie. Cílem studie bylo zhodnotit klinický přínos masivně paralelního sekvenování (MPS, massively parallel sequencing) DNA plodů suspektních pro NS, tj. diagnostickou výtěžnost na jedné straně a podíl detekovaných variant nejasného významu na straně druhé. Typ studie: Klinicky diagnostická. Název a sídlo pracoviště: Centrum prenatální diagnostiky, Brno, s.r.o.; Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o. Metodika: Analyzovány byly vzorky plodových vod, resp. choriových klků. Z nich izolovaná DNA byla po zjištění normálního karyotypu a array-CGH (aCGH) postoupena k analýze genů asociovaných s RASopatiemi metodou MPS. Výsledky: Ve sledovaném dvouletém období byl NS potvrzen celkem u 10 z 95 vyšetřovaných plodů. To představuje 10,5% diagnostickou výtěžnost metody. Celkem u 10 plodů byla detekována varianta DNA nejasného významu (VOUS, variants of unknown significance), následná segregační analýza pomohla objasnit její význam u šesti plodů. Závěr: MPS umožňuje rychlou molekulárně-genetickou diagnostiku RASopatií již v prenatálním období. Tato metoda tak přispívá k objasnění nejen fenotypových projevů u již narozených jedinců, ale také ultrazvukových nálezů u plodů s normálním karyotypem i aCGH.
Objective: Noonan syndrome (NS), one of the most common RASopathies, has an estimated incidence of 1 in 1,0002,500 live births. In the prenatal period increased nuchal translucency, hygroma colli, hydrops fetus, congenital heart disease, kidney defects, larger amount of amniotic fluid can be observed in affected fetuses with this syndrome. In the fetuses with normal karyotype and no microdeletion/microduplication syndromes the examination of selected genes for RASopathies was added. The aim of the study was to evaluate the clinical benefit of massively parallel sequencing (MPS) of susceptible fetal DNA for NS, i.e., the diagnostic yield on the one hand and the proportion of detected variants of unknown significance (VOUS) on the other. Design: Clinically diagnostic. Setting: Centrum prenatální diagnostiky, Brno, s.r.o; Cytogenetická laboratoř Brno, s.r.o. Methods: Samples of amniotic fluid or chorionic villus were analyzed. Selected genes associated with RASopathies were analyzed in case of the negative result of karyotype and array-CGH. A panel of twenty genes was investigated by MPS. Results: In the two-years period, Noonan syndrome was detected in 10 from 95 investigated fetuses. This represents a 10.5% diagnostic efficiency of the method. DNA variants of unknown significance were detected in 10 fetuses. A segregation analysis helped to clarify their meaning in six fetuses. Conclusion: MPS allows fast molecular-genetic diagnosis of RASopathies already in the prenatal period. This method contributes to the clarification not only of phenotypic manifestations in already born individuals but also of ultrasound findings in fetuses with both normal karyotype and aCGH.
- Klíčová slova
- cystický hygrom,
- MeSH
- hydrops fetalis MeSH
- komplikace těhotenství MeSH
- lidé MeSH
- měření nuchální translucence metody MeSH
- Noonanové syndrom * diagnóza MeSH
- prenatální diagnóza * metody MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- těhotenství MeSH
- vrozené srdeční vady diagnóza MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- těhotenství MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Dědičné typy kardiomyopatií patří k nejčastějším dědičným vadám kardiovaskulárního systému. V posledních letech se genetické vyšetření stává součástí diagnostiky těchto onemocnění. Je známo více než 80 genů, které jsou se vznikem kardiomyopatií asociovány, a dle nejnovějších poznatků se jejich patofyziologický podklad překrývá s podstatou kanalopatií. Pomocí moderních molekulárně-genetických metod se rozšířilo spektrum vyšetřovaných genů a v naší laboratoři je v současné době vyšetřováno zároveň 97 genů zavzatých do patogeneze těchto onemocnění. Na základě molekulárně genetické diagnostiky je možné upřesnit diagnózu u pacientů s kardiomyopatií a především identifikovat presymptomatické jedince v rodině. Děti, které zdědily suspektní variantu, jsou pravidelně kardiologicky sledovány stejně tak jako příbuzní probandů, u kterých nebyla genetická podstata onemocnění objasněna.
Inherited cardiomyopathies are one of the most common cardiovascular diseases. Recently, genetic examination has become part of the diagnostics of these conditions. More than 80 genes are known to be associated with cardiomyopathies and according to the latest research, their pathogenesis overlaps with channelopathies. The range of examined genes has been expanded using modern molecular genetic methods. Nowadays, there are 97 genes associated with cardiomyopathies analysed simultaneously in our laboratory. New sequencing methods extended the possibilities of molecular diagnostics of patients with cardiomyopathy as well as identification of pre-symptomatic individuals in families. Regular cardiologic check-ups are scheduled for both children with inherited suspicious variants and relatives of subjects without clear genetic foundation.
- MeSH
- genetické nemoci vrozené diagnóza genetika MeSH
- kardiomyopatie * diagnóza genetika patofyziologie MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- molekulární patologie * metody MeSH
- nemoci srdce MeSH
- srdeční selhání diagnóza genetika terapie MeSH
- transplantace srdce MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Úvod: Existují pádné důkazy pro to, že náhlá srdeční smrt (NSS) je geneticky podmíněna. V naší předchozí studii jsme zjistili, že prevalence vybraných vzácných kódujících variant v pěti genech se vztahem k syndromu dlouhého intervalu QT (LQTS) byla signifikantně vyšší u pacientů s ischemickou chorobou srdeční (ICHS), kteří přežili fibrilaci komor (FK), ve srovnání s kontrolami. V nynější studii jsme provedli mutační analýzu promotorů pěti LQTS genů ve stejné skupině pacientů a v kontrolních populacích. Metody: Promotory genů KCNQ1, KCNH2, SCN5A, KCNE1 a KCNE2 byly analyzovány u 45 jedinců s ICHS, kteří přežili FK. Alelické frekvence byly srovnávány s daty z projektu 1000 Genomes Project nebo z lokální DNA banky pacientů s ICHS bez maligních arytmií (141 jedinců). Výsledky: U 34 (75,5 %) ze 45 jedinců přeživších FK bylo nalezeno devět různých variant promotorů: dvě v promotoru genu KCNQ1, jedna v promotoru genu KCNE1 a šest v promotoru genu SCN5A. Statisticky signifikantně se lišily alelické frekvence obou variant promotoru genu KCNQ1: 1-182C>T (p = 0,008), 1-119G>A (p = 0,007). Tyto varianty však v předchozí studii nesegregovaly s LQTS fenotypem. Alelická frekvence varianty 225-1072T>C promotoru genu SCN5A u pacientů přeživších FK se signifikantně lišila ve srovnání s daty z 1000 Genomes Project (p = 0,001), nikoliv však oproti skupině lokálních kontrol s ICHS. Závěry: Naše výsledky ukazují, že varianty promotorů genů pro iontové kanály jsou časté jak u pacientů přeživších FK, tak v kontrolních skupinách. Naznačují, že varianty promotorů jsou geograficky specifické a nejsou běžnou příčinou NSS.
Introduction: Strong evidence suggests that sudden cardiac death (SCD) is genetically determined. In our previous study we found that the prevalence of selected, rare coding variants in 5 long QT genes was significantly higher in ventricular fibrillation (VF) survivors with coronary artery disease (CAD) than in controls. In the present study we performed mutational analysis of the promoters of 5 LQTS-related myocardial ion channel genes in the same group of patients and in control populations. Methods: The promoters of KCNQ1, KCNH2, SCN5A, KCNE1 and KCNE2 genes were analyzed in 45 CAD individuals – survivors of documented VF. The allelic frequencies were compared either to data from the 1000 Genomes Project or from a local DNA bank of patients with coronary artery disease and no malignant arrhythmia (141 individuals). Results: In 34 (75.5%) of 45 VF survivors 9 different promoter variants were found: 2 in KCNQ1 gene promoter, 1 in KCNE1 promoter, and 6 in SCN5A promoter. Statistically significant differences were found in the allelic frequencies of both KCNQ1 gene promoter variants: 1-182C>T (p=0.008), 1-119G>A (p=0.007). Nevertheless, these variants did not segregate with long QT phenotype in a previous study. While the allelic frequency of the SCN5A gene promoter variant 225-1072T>C significantly differed in VF survivors compared to the 1000 Genomes Project (p=0.001), this allelic frequency was not different when compared to the group of local CAD controls. Conclusions: Our findings demonstrated that variants of ion channel gene promoters are common, both in VF survivors and control groups. These results suggest that promoter variants are geographically-specific and are not a common cause of SCD.
- MeSH
- draslíkový kanál KCNQ1 genetika MeSH
- fibrilace komor * diagnóza etiologie genetika MeSH
- genetický výzkum MeSH
- iontové kanály * genetika MeSH
- ischemická choroba srdeční * diagnóza genetika MeSH
- lidé MeSH
- mutační analýza DNA metody využití MeSH
- náhlá srdeční smrt etiologie patologie prevence a kontrola MeSH
- napěťově řízený sodíkový kanál, typ 5 genetika MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
- promotorové oblasti (genetika) genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA metody využití MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
BACKGROUND: Classic symptoms of long QT syndrome (LQTS) include prolongation of QT interval on electrocardiograph, syncope, and cardiac arrest due to a distinctive form of polymorphic ventricular tachycardia, known as Torsade de Pointes. We assessed occurrence of LQTS signs in individuals from 30 Czech families with mutations in KCNQ1 and KCNH2 genes. METHODS AND RESULTS: One hundred five individuals from 30 Czech families with LQTS were genotyped for KCNQ1 and KCNH2. The occurrence of typical LQTS signs (pathologic prolongation of QT interval; syncope; cardiac arrest; Torsade de Pointes) was clinically assessed by exercise test with QT interval analysis. Family history of sudden cardiac death was taken. Statistical analysis was performed to determine correlation of clinical results and mutation status. KCNQ1 gene mutations were found in 23 families, and KCNH2 gene mutations in eight families. Only 46 (70%) of the 66 mutation carriers had at least two of the typical LQTS signs. The others were minimally or asymptomatic. From 39 noncarrier individuals, only 1 fulfilled the clinical criteria of LQTS diagnosis, another 4 had an intermediate probability of diagnosis. The exercise test had 92% sensitivity and 93% specificity for LQTS diagnosis. CONCLUSIONS: Incidence of classical signs of LQTS was not high in Czech carriers of KCNQ1 and KCNH2 mutations. Therefore, proper diagnosis relies on detection of symptoms at presentation. The exercise test may be beneficial owing to its high sensitivity and specificity for LQTS diagnosis.
- MeSH
- dospělí MeSH
- draslíkové kanály ether-a-go-go genetika MeSH
- elektrokardiografie statistika a číselné údaje MeSH
- genetická predispozice k nemoci epidemiologie genetika MeSH
- hodnocení rizik MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus genetika MeSH
- lidé MeSH
- mutace genetika MeSH
- prevalence MeSH
- reprodukovatelnost výsledků MeSH
- RNA dlouhá nekódující genetika MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- syndrom dlouhého QT diagnóza epidemiologie genetika MeSH
- zátěžový test statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Introduction Mutations of RyR2 gene encoding calcium channel of sarcoplazmatic reticulum are the cause of congenital catecholaminergic polymorphic ventricular tachycardia. The aim of this study was to test the hypothesis that RyR2 variants can increase occurrence of malignant arrhythmias in patients with structural heart diseases. Methods The investigated group consisted of 36 patients with structural heart diseases with ICD implanted who suffered arrhythmic storm. In the control group there were 141 patients with coronary artery disease who were hospitalized at our department owing to an acute coronary event and they were alive at least 3 years after the index event. Thus, they could be considered as a group with a low risk of sudden cardiac death. In all of them mutation analysis of RyR2 gene was performed. Results We detected 16 different sequence changes of RyR2 gene in both groups. None of the found nucleotide polymorphisms led to amino acid changes, were located close to splice sites or had any similarity to known splicing enhancer motifs. The occurrence of these variants was not different in both groups. Conclusions The prevalence of RyR2 gene variants was not different in cases versus controls suggesting a limited role of this gene in the arrhythmogenesis in structural heart disease patients.
- MeSH
- defibrilátory implantabilní využití MeSH
- dilatační kardiomyopatie genetika komplikace MeSH
- fibrilace komor etiologie genetika MeSH
- financování organizované MeSH
- flutter komor etiologie genetika MeSH
- funkce levé komory srdeční genetika MeSH
- genetická predispozice k nemoci genetika MeSH
- genetické techniky využití MeSH
- ischemická choroba srdeční genetika komplikace MeSH
- lidé MeSH
- metaanalýza jako téma MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- náhlá srdeční smrt etiologie patologie prevence a kontrola MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- rizikové faktory MeSH
- ryanodinový receptor vápníkového kanálu genetika MeSH
- srdeční arytmie etiologie genetika klasifikace MeSH
- statistika jako téma MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
