Despite lower virulence, the omicron variant of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) that causes coronavirus disease 2019 (COVID-19) still poses a relevant threat for immunocompromised patients. A retrospective multicentric study was conducted to evaluate the efficacy of pre-exposure prophylaxis with tixagevimab/cilgavimab (Evusheld) with a 6-month follow-up for preventing severe COVID-19 in adult patients with hematology malignancy. Among the 606 patients in the cohort, 96 (16%) contracted COVID-19 with a median of 98.5 days after Evusheld administration. A total of 75% of patients had asymptomatic or mild severity of COVID-19, while just 25% of patients with SARS-CoV-2 positivity had to be hospitalized. Two patients (2%) died directly, and one patient (1%) in association with COVID-19. Eight patients (1.3%) of every cohort experienced adverse events related to Evusheld, mostly grade 1 and of reversible character. It was found that complete vaccination status or positive seroconversion was not associated with lower risk of COVID-19 infection. Previous treatment with an anti-CD20 monoclonal antibody was associated with higher rates of COVID-19, while previous treatment with anti-CD38 monoclonal antibody was not, as was the case for recipients of hematopoietic stem cell transplantation or CAR-T cell therapy. Presence of other comorbidities was not associated with more severe COVID-19. The results support the growing evidence for Evusheld's efficacy against severe COVID-19 in patients with hematology malignancies.
- MeSH
- COVID-19 * MeSH
- dospělí MeSH
- hematologické nádory * komplikace farmakoterapie epidemiologie MeSH
- lidé MeSH
- monoklonální protilátky MeSH
- preexpoziční profylaxe * MeSH
- retrospektivní studie MeSH
- SARS-CoV-2 MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- multicentrická studie MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Cíl: Zaměřili jsme se na stanovení prevalence infekce SARS-CoV-2 se symptomatickým nebo asymptomatickým průběhem a na identifikaci prediktorů symptomatické nebo asymptomatické infekce SARS-CoV-2 u pacientů během sedmi měsíců následujících po transplantaci alogenních hematopoetických kmenových buněk (alo-HSCT) v období cirkulace varianty omikron. Metody: Prevalence proběhlé infekce SARS-CoV-2 byla detekována u pacientů během sedmi měsíců po allo-HSCT v omikronovém období pomocí buněčné a humorální imunitní odpovědi proti nukleoproteinu SARS-CoV-2 (NCP). Výsledky: Pozitivní markery prodělané infekce byly identifikovány u 45,2 % pacientů (n = 42). Infekce byla asymptomatická u 68,4 % pacientů s anti-NCP pozitivitou. Hledání rizikových faktorů pro symptomatickou infekci SARS-CoV-2 u příjemců alo-HSCT odhalilo, že nízká úroveň rekonstituce B buněk byla jediným signifikantně souvisejícím rizikovým faktorem. Závěr: Vysoký podíl příjemců alo-HSCT, kteří byli asymptomaticky infikováni do sedmi měsíců po transplantaci v letech 2022–2023, přestože byli imunokompromitovaní a neočkovaní, ukazuje na oslabení cirkulujícího viru a může signalizovat pro pacienty po transplantaci menší riziko onemocnění SARS-CoV-2 v omikronovém období. Ukázalo se, že očkování těchto pacientů proti SARS- -CoV-2 je spojeno s nízkým, ale významným rizikem exacerbace vyléčené chronické reakce štěpu proti hostiteli (GVHD – Graft Versus Host Disease) a s rizikem de novo GVHD. Nízká úroveň rekonstituce B-buněk byla jediným významným rizikovým faktorem pro symptomatickou infekci SARS-CoV-2 u příjemců alo-HSCT.
Aim: We aimed to determine the prevalence of SARS-CoV-2 infection, including both symptomatic and asymptomatic courses, and to identify predictors of asymptomatic or symptomatic SARS-CoV-2 infection in patients within seven months after allo-HSCT (allogenic hematopoietic stem cell transplantation) in the Omicron period. Methods: Prevalence of the past SARS-CoV-2 infection was determined in patients within seven months after allo-HSCT in the Omicron period using the cellular and humoral immune response against the SARS-CoV-2 nucleoprotein (NCP). Results: Positive markers of past infection were identified in 45.2% of patients (n = 42). The infection was asymptomatic in 68.4% of anti-NCP positive patients. The search for risk factors for symptomatic SARS-CoV-2 infection in allo-HSCT recipients revealed that a low level of B cell reconstitution was the only significantly associated risk factor. Conclusion: A high proportion of allo-HSCT recipients who were asymptomatically infected within up to seven months after transplantation from 2022 to 2023 despite being immunosuppressed and unvaccinated indicates an attenuation of the circulating virus and may signal less risk for transplanted patients from SARS-CoV-2 infection in the Omicron period. Vaccination of these patients against SARS-CoV-2 was shown to be associated with a low but significant risk of exacerbation of cured chronic GVHD (graft versus host disease) and the risk of de novo GVHD. The low level of B-cell reconstitution was the only significant risk factor for symptomatic SARS-CoV-2 infection in HSCT recipients.
- Klíčová slova
- Omikron,
- MeSH
- asymptomatické infekce * epidemiologie MeSH
- B-lymfocyty imunologie mikrobiologie transplantace MeSH
- COVID-19 * komplikace mikrobiologie MeSH
- homologní transplantace MeSH
- kohortové studie MeSH
- lidé MeSH
- nemoc štěpu proti hostiteli etiologie imunologie MeSH
- rizikové faktory MeSH
- SARS-CoV-2 patogenita MeSH
- transplantace hematopoetických kmenových buněk * MeSH
- vakcíny proti COVID-19 škodlivé účinky MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Enteroaggregative Escherichia coli (EAEC) strains including those of serogroup O111 are important causes of diarrhea in children. In the Czech Republic, no information is available on the etiological role of EAEC in pediatric diarrhea due to the lack of their targeted surveillance. To fill this gap, we determined the proportion of EAEC among E. coli O111 isolates from children with gastrointestinal disorders ≤ 2 years of age submitted to the National Reference Laboratory for E. coli and Shigella during 2013-2022. EAEC accounted for 177 of 384 (46.1 %) E. coli O111 isolates, being the second most frequent E. coli O111 pathotype. Most of them (75.7 %) were typical EAEC that carried aggR, usually with aaiC and aatA marker genes; the remaining 24.3 % were atypical EAEC that lacked aggR but carried aaiC and/or aatA. Whole genome sequencing of 11 typical and two atypical EAEC O111 strains demonstrated differences in serotypes, sequence types (ST), virulence gene profiles, and the core genomes between these two groups. Typical EAEC O111:H21/ST40 strains resembled by their virulence profiles including the presence of the aggregative adherence fimbriae V (AAF/V)-encoding cluster to such strains from other countries and clustered with them in the core genome multilocus sequence typing (cgMLST). Atypical EAEC O111:H12/ST10 strains lacked virulence genes of typical EAEC and differed from them in cgMLST. All tested EAEC O111 strains displayed stacked-brick aggregative adherence to human intestinal epithelial cells. The AAF/V-encoding cluster was located on a plasmid of 95,749 bp or 93,286 bp (pAAO111) which also carried aggR, aap, aar, sepA, and aat cluster. EAEC O111 strains were resistant to antibiotics, in particular to aminopenicillins and cephalosporins; 88.3 % produced AmpC β-lactamase, and 4.1 % extended spectrum β-lactamase. We conclude that EAEC are frequent among E. coli O111 strains isolated from children with gastrointestinal disorders in the Czech Republic. To reliably assess the etiological role of EAEC in pediatric diarrhea, a serotype-independent, PCR-based pathotype surveillance system needs to be implemented in the future.
- MeSH
- antibakteriální látky farmakologie MeSH
- Escherichia coli * genetika izolace a purifikace patogenita klasifikace MeSH
- faktory virulence genetika MeSH
- gastrointestinální nemoci mikrobiologie MeSH
- genom bakteriální MeSH
- infekce vyvolané Escherichia coli * mikrobiologie epidemiologie MeSH
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- multilokusová sekvenční typizace MeSH
- novorozenec MeSH
- předškolní dítě MeSH
- proteiny z Escherichia coli genetika MeSH
- průjem * mikrobiologie MeSH
- sekvenování celého genomu * MeSH
- séroskupina MeSH
- trans-aktivátory MeSH
- Check Tag
- kojenec MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- novorozenec MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- Acinetobacter baumannii patogenita MeSH
- acitretin aplikace a dávkování MeSH
- acyklovir terapeutické užití MeSH
- biopsie MeSH
- Corynebacterium patogenita MeSH
- Darierova nemoc * diagnóza komplikace patologie MeSH
- erytém etiologie MeSH
- foskarnet aplikace a dávkování MeSH
- horečka etiologie MeSH
- hydrokortison aplikace a dávkování MeSH
- Kaposiho erupce variceliformní etiologie farmakoterapie patologie virologie MeSH
- Klebsiella pneumoniae patogenita MeSH
- kombinace léků piperacilin a tazobactam terapeutické užití MeSH
- léková rezistence MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- lidský herpesvirus 1 patogenita MeSH
- meropenem aplikace a dávkování MeSH
- neúspěšná terapie MeSH
- oxacilin terapeutické užití MeSH
- pneumonie etiologie komplikace virologie MeSH
- progrese nemoci MeSH
- umělé dýchání MeSH
- výsledek terapie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
In August 2017, an increased incidence of Salmonella Bareilly was detected in the Czech Republic. An investigation was conducted with Slovakia to confirm the outbreak and identify the source. Probable outbreak cases were defined as cases with laboratory-confirmed S. Bareilly reported in either of the national surveillance systems, and/or the Czech and Slovak National Reference Laboratory databases from July 2017. Confirmed cases had the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) outbreak pulsotype or up to 5 alleles difference from outbreak cluster members by core genome multilocus sequence typing (cgMLST). PFGE and whole genome sequencing were used for isolate comparison. The same trawling questionnaire was used in both countries. By the end of October 2018, 325 cases were identified. Among 88 human S. Bareilly isolates analysed by PFGE, 82 (93%) shared an identical pulsotype; cgMLST of 17 S. Bareilly human isolates showed 1-2 allele difference. The trawling questionnaire excluded consumption of unusual or imported foods. In September 2018, an isolate closely related to the outbreak isolates was identified in a powdered egg product. A spray dryer was recognised as the contamination source and the production plant was closed. Using molecular typing methods, we detected a diffuse cross-border outbreak caused by S. Bareilly.
- MeSH
- epidemický výskyt choroby * MeSH
- genom bakteriální MeSH
- lidé MeSH
- multilokusová sekvenční typizace MeSH
- pulzní gelová elektroforéza MeSH
- Salmonella * genetika MeSH
- sekvenování celého genomu MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- Slovenská republika MeSH
- MeSH
- acyklovir terapeutické užití MeSH
- Darierova nemoc * komplikace diagnóza farmakoterapie MeSH
- Kaposiho erupce variceliformní * komplikace diagnóza farmakoterapie MeSH
- lidé MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- dopisy MeSH
- MeSH
- herpes zoster patologie MeSH
- imunoglobuliny terapeutické užití MeSH
- infekce virem varicella zoster * diagnóza farmakoterapie komplikace patologie MeSH
- lidé MeSH
- plané neštovice komplikace patologie terapie MeSH
- syndromy imunologické nedostatečnosti * komplikace MeSH
- Varicellovirus fyziologie patogenita účinky léků MeSH
- virus varicella zoster * fyziologie patogenita účinky léků MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
NRL pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění, detekovala prvé 3 pozitivní případy v ČR 1. 3. 2020, Tyto 3 pozitivní případy byly odeslány ke konfirmaci do EU referenční laboratoře Charité v Berlíně, přesto ještě před oficiální konfirmací pozitivity, byla parciální sekvenací S genu potvrzena pozitivita přímo v la-boratoři. Shodou okolností právě u prvého záchytu jsme dokázali ve spolupráci s SVU Praha získat první českou celogenomovou sekvenci, která byla již 12. 3. 2020 přijata do databáze GISAID. Kmen se zařadil do skupiny „clade“ G, stejně jako další dva osekvenované materiály. Do této klády patří nejen většina italských záchytů viru, ale také většina záchytů z Evropy. Další 2 celogenomové sekvence byly získány v Charité a lze řící, že vyjma několika krátkých úseků, kde je čtení pro Oxford Nanopore technologii obtížné, jsou všechny 3 sekvence shodné, přestože se jedná o 3 nezávislé vstupy.Současně byla NRL úspěšná v izolaci 3 kmenů viru na VERO buňkách. V současnosti je v NRL prováděna především přímá laboratorní diagnostika nového pandemického viru SARS-CoV-2, doposud vyšetřila více než 4 000 pacientů.
The National Reference Laboratory for Influenza and Non-Influenza Viral Diseases (NRL) detected the first three COVID-19 cases in the Czech Republic on 1 March 2020. Their results were referred for confirmation to the EU reference laboratory Charité in Berlin. Before obtaining the official results, the NRL confirmed the COVID-19 positivity by partial S gene sequencing. Coincidentally, in collaboration with the State Veterinary Institute Prague, the first Czech whole genome sequence was obtained for the first virus detected and was submitted to the GISAID database on 12 March 2020. The strain was assigned to clade G, similarly to the other two strains sequenced. Clade G groups not only most Italian but also most European strains. The other two whole genome sequences were obtained from Charité. It can be stated that except for short nucleotide motifs, which are difficult to read by the Oxford Nanopore technology, all three sequences are identical although originating from three different inputs.The NRL also successfully isolated three strains of the virus on VERO cells. At present, the NRL performs mainly direct diagnosis of the new pandemic virus SARS-CoV-2. Over 4 000 patients have been tested to date by the NRL.
- MeSH
- Betacoronavirus * genetika izolace a purifikace MeSH
- koronavirové infekce diagnóza epidemiologie MeSH
- lidé MeSH
- sekvenování celého genomu * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
