• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Východiska: Familiární onemocnění krvetvorby (familial hematopoietic disorders – FHD) jsou vzácnou a heterogenní skupinou onemocnění, do které se řadí dědičné anemie, dědičné trombocytopenie, vrozené neutropenie a vrozené syndromy selhání kostní dřeně. Pro FHD je charakteristická variabilní klinická expresivita a neúplná penetrance fenotypu i v rámci jedné rodiny, což znesnadňuje určení správné anamnézy. Molekulární genetické defekty FHD se nachází ve > 300 genech zodpovědných zejména za buněčné procesy, jejichž funkční poruchy vedou k symptomatické cytopenii, dysfunkci orgánů, poškození tkání a k rozvoji syndromů. Některé varianty genů predisponují ke vzniku závažných hematologických malignit či vzácněji solidních nádorů. Na našem pracovišti jsme zavedli genetickou analýzu u rodin s podezřením na dědičné hematologické onemocnění. Naše zaměření je v rámci ČR unikátní. Soubor pacientů a metody: Od roku 2017 se věnujeme výzkumu a diagnostice vzácných nemocí FHD. Celkem jsme zanalyzovali 92 rodin s podezřením na FHD pomocí moderních genomických přístupů jako je celoexomové sekvenování, predikční analýza in silico, metoda MLPA a Sangerovo sekvenování. Výsledky: U 70 rodin jsme detekovali již známou patogenní / pravděpodobně patogenní variantu nebo novou variantu nejasného klinického významu (variant of unclear clinical significance – VUS), jejichž záchyt vedl k potvrzení nebo upřesnění diagnózy. Pozitivní nálezy poukázaly na výskyt dědičných trombocytopenií (geny TUBB1, ETV6 a ANKRD26 – riziko rozvoje hematologických malignit), Glanzmannových trombastenií (ITGA2B), anemií, talasemií, ale také na výskyt vzácných syndromových onemocnění, v ČR např. Bernard-Soulier (GP1BA); Heřmanský-Pudlák (HPS1); Wiskott-Aldrich (WAS – zvýšené riziko výskytu malignit); Shwachman-Diamondův syndrom (SBDS – 30% riziko myeloidních malignit) a Sebastianův syndrom (MYH9) apod. Závěr: Genetická diagnostika se stala součástí standardního vyšetření pacientů s dědičným hematologickým onemocněním. Zároveň pomohla objasnit mnohé nevyřešené případy a poukázala na výskyt vzácných variant klasifikovaných jako VUS, u nichž je nutné prokázat jejich funkční dopad pomocí proteomických technologií. Potvrzení diagnózy pacienta má také kladný dopad na jeho individualizovanou péči a ke stanovení rizika vzniku malignit či jiných přídavných onemocnění.

Background: Familial hematopoietic disorders (FHD) are a rare and heterogeneous group of disorders that include hereditary anemias, hereditary thrombocytopenias (inherited thrombocytopenias – IT), congenital neutropenias and congenital bone marrow failure syndromes. FHD is characterized by variable clinical expressivity and incomplete penetrance of the phenotype even within a single family, making it difficult to determine a correct history. The molecular genetic defects of FHD are found in > 300 genes mainly responsible for cellular processes whose functional disorders lead to symptomatic cytopenia, organ dysfunction, tissue damage and syndromes. Some gene variants predispose to the development of severe hematological malignancies or, more rarely, solid tumours. At our institution, we have introduced genetic analysis in families with suspected hereditary hematological diseases. Our focus is unique in the Czech Republic. Patients and methods: In total, we analyzed 92 families with suspected FHD using modern genomic approaches such as whole-exome sequencing (WES), in silico predictive analysis, multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) and Sanger sequencing. Results: In 70 families, we detected an already known pathogenic/probably pathogenic variant or a novel variant of unclear clinical significance (VUS), the detection of which led to confirmation or refinement of the diagnosis. Positive findings indicated the occurrence of hereditary thrombocytopenias (TUBB1, ETV6 and ANKRD26 genes – risk of the development of hematological malignancies), Glanzmann thrombasthenia (ITGA2B), anemias, thalassemias, but also the occurrence of rare syndromic diseases in the Czech Republic, e. g. Bernard-Soulier (GP1BA); Heřmanský-Pudlák (HPS1); Wiskott-Aldrich (WAS – increased risk of malignancies); Shwachman-Diamond syndrome (SBDS – a 30% risk of myeloid malignancies) and Sebastian syndrome (MYH9), etc. Conclusion: Genetic diagnosis has become part of the standard examination of patients with hereditary hematological diseases. It has also helped to clarify many unsolved cases and highlighted the occurrence of rare variants classified as VUS, for which it is necessary to determine their functional impact. Confirming a patient’s diagnosis also has a positive impact on their individualized care and on determining their risk of malignancies or other additional diseases.

• MeSH
• genetické nemoci vrozené diagnóza   genetika   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• krevní nemoci * diagnóza   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Současný masivní rozvoj sekvenování lidských genomů či exomů v biomedicínském výzkumu je jednou z důležitých cest k personalizované medicíně. Čtení lidské genetické informace nicméně generuje potenciálně citlivá a zneužitelná data, což s sebou přináší etická, legislativní a bezpečnostní úskalí. Z tohoto důvodu je nutné při práci s těmito daty dodržovat řadu opatření, a to v průběhu jejich celého životního cyklu – při jejich získávání, úschově, zpracování, využití, sdílení, archivaci i opakovaném využití. Důležitost správné praxe při práci s genomickými daty je navíc umocněna aktuálními evropskými trendy směřujícími k otevřené vědě a digitalizaci. Proto byl vypracován následující soubor doporučení stanovujících zásady pro výzkumnou práci se sekvencemi lidského genomu nebo jeho částí. Doporučení se opírají o dva dokumenty vydané Světovou aliancí pro genomiku a zdraví (GA4GH) a zahraniční literaturu, čímž shrnují všechny klíčové recentní pokyny týkající se většiny relevantních aspektů pro práci s lidskými genomickými daty.

The current significant development of human genome/exome sequencing in biomedical research is one of the important paths leading to personalized medicine. However, sequencing of human genetic information generates potentially sensitive and exploitable data, which leads to ethical, legal, and security issues. For this reason, it is necessary to follow several measures when working with these data, applying to their entire life cycle – i.e., acquisition, storage, processing, usage, sharing, archiving, and reuse. In addition, importance of good practice during the whole data life cycle is emphasized by current European trends towards open science and digital transformation. Therefore, the following recommendations have been developed, establishing principles for work with the whole human genome sequences or parts of it in research context. The recommendations are based on two documents published by the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) and on foreign literature, thus summarizing recent relevant guidance on most aspects of working with human genomic data.

• MeSH
• etický kodex * MeSH
• genomika * etika   MeSH
• lidé MeSH
• šíření informací etika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• směrnice pro lékařskou praxi MeSH

Dědičné neutropenie (DN) patří mezi geneticky podmíněná onemocnění, která mohou být diagnostikována i v dospělém věku. DN se v dospělosti manifestuje spíše lehkými formami neutropenie a cytopenie. Případné další klinické příznaky bývají mírnější ve srovnání s DN diagnostikovanými u dětí. Molekulárně genetickou analýzou, zejména exomovým sekvenováním, bylo v různých genech identifikováno mnoho patogenních mutací zodpovídajících za fenotyp DN. Mutace některých těchto genů zároveň pacienty predisponuje ke zvýšenému riziku rozvoje myelodysplastického syndromu či akutní myeloidní leukemie. Správná strategie sledování pacientů, genetické poradenství a stanovení optimálního postupu léčby mohou poté významně ovlivnit prognózu tohoto onemocnění.

Congenital neutropenias (CNs) are a group of genetic disorders that may even be diagnosed in adulthood. In such cases, they manifest most often as mild neutropenia and cytopenia and other clinical symptoms tend to be less pronounced compared to CN diagnosed in childhood. Several gene variants responsible for the CN phenotype have been identified by molecular genetic approaches, especially by exome sequencing. Mutations of some of these genes also increase the risk of patients developing myelodysplastic syndrome or acute myeloid leukaemia. Proper patient monitoring strategies, genetic counselling and optimal treatment protocols can substantially affect the prognosis of these disorders.

• Klíčová slova
• varianty genů,
• MeSH
• genetické nemoci vrozené MeSH
• lidé MeSH
• neutropenie * genetika   MeSH
• sekvenování exomu MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Cancer is a complex disease underlaid by mutations in genes responsible for cell functions such as cell growth and reparation processes. It is known that about 5 to 10 % of all cancers are associated with germline gene mutations inherited from parents. Growing evidence suggests that the inherited gene variants predisposing to the development of numerous cancer types could be more common than previously appreciated. The aim of the proposed study is to search for germline mutations and changes leading to increased risk of leukemia and other hematological malignancies in selected families with aggregation of several affected individuals. To fulfill this aim, we will explore inherited sequence variants using exome sequencing and evaluate the oncopathogenic significance of found variants in a general patient cohort. We believe that our approach will enhance individualized patient care and disease management.

Rakovina je komplexní onemocnění podmíněné mutacemi v genech, které jsou důležité pro normální buněčné funkce jako např. buněčný růst a reparační procesy. Přibližně 5 až 10 % nádorů je asociováno se zárodečnou mutací zděděnou od rodičů. Současné poznatky naznačují, že dědičné predispozice k rozvoji nádorového onemocnění mohou být častější, než se dříve předpokládalo. Cílem navrhované studie je vyhledávání zárodečných mutací a změn, které vedou ke zvýšenému riziku vzniku leukemií a dalších hematologických malignit ve vybraných rodinách se opakovaným výskytem jedinců trpících hematoonkologickým onemocněním. Pro naplnění tohoto cíle využijeme exomové sekvenování a ověříme, zda mají sekvenční varianty nalezené ve vytipovaných rodinách onkopatogenetický význam také v obecném souboru pacientů. Předpokládáme, že zamýšlený postup povede ke zlepšení individualizované péče o onkologické pacienty a jejich rodiny a k modifikaci diagnostických a léčebných postupů onkologických onemocnění.

• MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• hematologické nádory genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• rizikové faktory MeSH
• sekvenování exomu MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• hematologie a transfuzní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Dědičné trombocytopenie jsou vzácnou a heterogenní skupinou onemocnění. V posledních letech se díky rozvoji zejména molekulárně biologických metod značně zlepšily možnosti jejich správné diagnózy. Pomocí sekvenování nové generace (next generation sequencing, NGS) bylo odhaleno mnoho vrozených variant v genech, které jsou za vznik těchto onemocnění zodpovědné. V současné době je známo několik desítek genů, které jsou se vznikem dědičných trombocytopenií asociovány. Kauzální varianty jsou často specifické pro danou rodinu. Identifikované kauzální varianty obvykle vedou k poruchám produkce nebo struktury a funkce trombocytů. Projevy onemocnění se u různých pacientů liší. Krvácení v důsledku sníženého počtu trombocytů se u řady pacientů obvykle nevyskytuje. Zato jsou některé typy dědičných trombocytopenií asociovány s dalšími získanými onemocněními a poruchami, například se zvýšeným rizikem vzniku hematologických malignit. Znalost správné diagnózy je tedy pro pacienty zásadní z hlediska volby odborné péče, léčby a zvážení rizika pro další generace.

Inherited thrombocytopenias are a rare and heterogeneous group of diseases. In recent years, an exceedingly detailed diagnosis of thrombocytopenia has become possible thanks to developments in the methods of molecular biology. Using next-generation sequencing (NGS), many congenital variants in genes responsible for the development of this disease have been identified. Currently, dozens of genes are associated with the development of inherited thrombocytopenias. Causal variants are often family-specific. Identified causal variants usually lead to the malfunction (impairment) of production or structure and function of platelets (thrombocytes). The disease may manifest differently in individual patients. Bleeding due to low-platelet count is usually not present in many patients. However, some inherited thrombocytopenias are associated with additional acquired disorders, for example haematological malignancies. Correct diagnosis of thrombocytopenia is essential for specialized care, therapeutic approach and risk assessment to the offspring of affected patients

• Klíčová slova
• varianty genů, megakaryopoéza,
• MeSH
• DNA vazebné proteiny klasifikace   MeSH
• genetické nemoci vrozené * MeSH
• geny * MeSH
• lidé MeSH
• megakaryocyty fyziologie   patologie   MeSH
• mutace genetika   MeSH
• progenitorové buňky megakaryocytů a erytrocytů patologie   MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• thrombopoetin genetika   MeSH
• trombocytopenie * diagnóza   genetika   klasifikace   komplikace   MeSH
• trombocyty patologie   MeSH
• trombopoéza * genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Lung cancer is the leading cause of cancer-related deaths worldwide. The p53 tumor suppressor is a transcription factor controlling expression of its target genes in response to various stress stimuli. Mutations of the TP53 gene occur very frequently in lung carcinomas and they play an important role in both oncogenic transformation of lung epithelial cells and lung carcinoma progression. We determined the TP53 status in 42 samples of squamous cell lung carcinoma (SQCC) and 56 samples of lung adenocarcinoma (AC) by the functional analysis FASAY and its variant called split assay. Altogether, we detected 64 TP53 mutations in 63 patients and analyzed them by cDNA and gDNA sequencing. The TP53 mutations were found in 76.2% (32/42) of SQCC cases, and 55.4% (31/56) of ACs. Immunoblotting revealed the p53 protein accumulation in 18 samples (42.9%) among SQCC cases and 19 samples (33.9%) among AC cases. Using fluorescence in situ hybridization we detected loss of the TP53-specific 17p13.3 locus in 23 from 41 analyzed SQCC samples (56.1%) and in 20 from 54 analyzed AC samples (37.0%). We did not find any statistically significant differences in overall and disease-free survival in relation to TP53 status.

• MeSH
• adenokarcinom genetika   patologie   MeSH
• dospělí MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádorová transformace buněk genetika   MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• nádory plic genetika   patologie   MeSH
• nemalobuněčný karcinom plic genetika   patologie   MeSH
• přežití po terapii bez příznaků nemoci MeSH
• prognóza MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• senioři MeSH
• spinocelulární karcinom genetika   patologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

In chronic lymphocytic leukemia (CLL), the worst prognosis is associated with TP53 defects with the affected patients being potentially directed to alternative treatment. Therapy administration was shown to drive the selection of new TP53 mutations in CLL. Using ultra-deep next-generation sequencing (NGS), we performed a detailed analysis of TP53 mutations' clonal evolution. We retrospectively analyzed samples that were assessed as TP53-wild-type (wt) by FASAY from 20 patients with a new TP53 mutation detected in relapse and 40 patients remaining TP53-wt in relapse. Minor TP53-mutated subclones were disclosed in 18/20 patients experiencing later mutation selection, while only one minor-clone mutation was observed in those patients remaining TP53-wt (n=40). We documented that (i) minor TP53 mutations may be present before therapy and may occur in any relapse; (ii) the majority of TP53-mutated minor clones expand to dominant clone under the selective pressure of chemotherapy, while persistence of minor-clone mutations is rare; (iii) multiple minor-clone TP53 mutations are common and may simultaneously expand. In conclusion, patients with minor-clone TP53 mutations carry a high risk of mutation selection by therapy. Deep sequencing can shift TP53 mutation identification to a period before therapy administration, which might be of particular importance for clinical trials.

• MeSH
• analýza přežití MeSH
• antitumorózní látky aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• B-lymfocyty účinky léků   metabolismus   patologie   MeSH
• buněčné klony MeSH
• chronická lymfatická leukemie farmakoterapie   genetika   mortalita   patologie   MeSH
• dospělí MeSH
• klonální evoluce účinky léků   genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   metabolismus   MeSH
• recidiva MeSH
• regulace genové exprese u leukemie * MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři MeSH
• signální transdukce MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH