Multidisciplinary molecular tumor boards (MTB) are already well established in many comprehensive cancer centers and play an important role in the individual treatment planning for cancer patients. Comprehensive genomic profiling of tumor tissue based on next-generation sequencing is currently performed for diagnostic and mainly predictive testing. If somatic genomic variants are identified, which are suspected to be pathogenic germline variants (PGVs), MTB propose genetic counseling and germline DNA testing. Commonly used comprehensive genomic profiling approaches of tumor tissue do not include a matched germline DNA control. Therefore, the detection of PGVs could be only predicted based on the content of tumor cells (CTC) in selected tumor area (%) and variant allele frequency score (%). For conclusion, the role of a medical geneticist is essential in these cases. The overall prevalence of PGVs in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) and colorectal cancer (CRC) is approximately 10%. In this single-center study, we present 37 patients with PDAC and 48 patients with CRC who were presented at MTB and tested using the large combined DNA/RNA sequencing panel. Content of tumor cells and variant allele frequency scores were evaluated in all tested patients. In case of suspicion of PGV and no previous genetic testing based on the standard guidelines, genetic counseling was recommended regardless of age, sex, and family history. In the PDAC subgroup, five patients were recommended by MTB for genetic counseling based on suspicious genetic findings. Based on a medical geneticist's decision, germline DNA sequencing was performed in four of these cases, and all of them tested positive for PGV in the following genes: ATM, ATM, BRCA1, and BRCA2. In the CRC subgroup, no PGV was confirmed in the two patients genetically tested based on the MTB recommendations. Furthermore, we present data from our center's registry of patients with PDAC and CRC who underwent genetic counseling and germline DNA testing based on the standard screening criteria. Our data confirm that comprehensive genomic profiling of tumor tissue can identify patients with hereditary forms of PDAC, who could remain unidentified by standard screening for hereditary forms of cancer.
- MeSH
- dospělí MeSH
- duktální karcinom slinivky břišní genetika diagnóza MeSH
- genetické poradenství MeSH
- genetické testování metody MeSH
- genomika metody MeSH
- kolorektální nádory * genetika diagnóza MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- nádory slinivky břišní * genetika diagnóza MeSH
- náhodný nález MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody MeSH
- zárodečné mutace * MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Inherited thrombocytopenias (ITs) encompass a group of rare disorders characterized by diminished platelet count. Recent advancements have unveiled various forms of IT, with inherited thrombocytopenia 2 (THC2) emerging as a prevalent subtype associated with germline variants in the critical 5' untranslated region of the ANKRD26 gene. This region is crucial in regulating the gene expression of ANKRD26, particularly in megakaryocytes. THC2 is an autosomal dominant disorder presenting as mild-to-moderate thrombocytopenia with minimal symptoms, with an increased risk of myeloproliferative malignancies. In our study of a family with suspected IT, three affected individuals harbored the c.-118C>T ANKRD26 variant, while four healthy members carried the c.-140C>G ANKRD26 variant. We performed a functional analysis by studying platelet-specific ANKRD26 gene expression levels using quantitative real-time polymerase-chain reaction. Functional analysis of the c.-118C>T variant showed a significant increase in ANKRD26 expression in affected individuals, supporting its pathogenicity. On the contrary, carriers of the c.-140C>G variant exhibited normal platelet counts and no significant elevation in the ANKRD26 expression, indicating the likely benign nature of this variant. Our findings provide evidence confirming the pathogenicity of the c.-118C>T ANKRD26 variant in THC2 and suggest the likely benign nature of the c.-140C>G variant.
- MeSH
- 5' nepřekládaná oblast * MeSH
- dospělí MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mezibuněčné signální peptidy a proteiny MeSH
- rodokmen * MeSH
- trombocytopenie * genetika MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
The CYCS gene is highly evolutionarily conserved, with only a few pathogenic variants that cause thrombocytopenia-4 (THC4). Here, we report a novel CYCS variant NM_018947.6: c.59C>T [NP_061820.1:p.(Thr20Ile)] segregating with thrombocytopenia in three generations of a Czech family. The phenotype of the patients corresponds to THC4 with platelets of normal size and morphology and dominant inheritance. Intriguingly, a gradual decline in platelet counts was observed across generations. CRISPR/Cas9-mediated gene editing was used to introduce the new CYCS gene variant into a megakaryoblast cell line (MEG-01). Subsequently, the adhesion, shape, size, ploidy, viability, mitochondrial respiration, cytochrome c protein (CYCS) expression, cell surface antigen expression and caspase activity were analysed in cells carrying the studied variant. Interestingly, the variant decreases the expression of CYCS while increasing mitochondrial respiration and the expression of CD9 cell surface antigen. Surprisingly, the variant abates caspase activation, contrasting with previously known effects of other CYCS variants. Some reports indicate that caspases may be involved in thrombopoiesis; thus, the observed dysregulation of caspase activity might contribute to thrombocytopenia. The findings significantly enhance our understanding of the molecular mechanisms underlying inherited thrombocytopenia and may have implications for diagnosis, prognosis and future targeted therapies.
- MeSH
- kaspasy * metabolismus genetika MeSH
- lidé MeSH
- rodokmen MeSH
- trombocytopenie * genetika metabolismus MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Východiska: Familiární onemocnění krvetvorby (familial hematopoietic disorders – FHD) jsou vzácnou a heterogenní skupinou onemocnění, do které se řadí dědičné anemie, dědičné trombocytopenie, vrozené neutropenie a vrozené syndromy selhání kostní dřeně. Pro FHD je charakteristická variabilní klinická expresivita a neúplná penetrance fenotypu i v rámci jedné rodiny, což znesnadňuje určení správné anamnézy. Molekulární genetické defekty FHD se nachází ve > 300 genech zodpovědných zejména za buněčné procesy, jejichž funkční poruchy vedou k symptomatické cytopenii, dysfunkci orgánů, poškození tkání a k rozvoji syndromů. Některé varianty genů predisponují ke vzniku závažných hematologických malignit či vzácněji solidních nádorů. Na našem pracovišti jsme zavedli genetickou analýzu u rodin s podezřením na dědičné hematologické onemocnění. Naše zaměření je v rámci ČR unikátní. Soubor pacientů a metody: Od roku 2017 se věnujeme výzkumu a diagnostice vzácných nemocí FHD. Celkem jsme zanalyzovali 92 rodin s podezřením na FHD pomocí moderních genomických přístupů jako je celoexomové sekvenování, predikční analýza in silico, metoda MLPA a Sangerovo sekvenování. Výsledky: U 70 rodin jsme detekovali již známou patogenní / pravděpodobně patogenní variantu nebo novou variantu nejasného klinického významu (variant of unclear clinical significance – VUS), jejichž záchyt vedl k potvrzení nebo upřesnění diagnózy. Pozitivní nálezy poukázaly na výskyt dědičných trombocytopenií (geny TUBB1, ETV6 a ANKRD26 – riziko rozvoje hematologických malignit), Glanzmannových trombastenií (ITGA2B), anemií, talasemií, ale také na výskyt vzácných syndromových onemocnění, v ČR např. Bernard-Soulier (GP1BA); Heřmanský-Pudlák (HPS1); Wiskott-Aldrich (WAS – zvýšené riziko výskytu malignit); Shwachman-Diamondův syndrom (SBDS – 30% riziko myeloidních malignit) a Sebastianův syndrom (MYH9) apod. Závěr: Genetická diagnostika se stala součástí standardního vyšetření pacientů s dědičným hematologickým onemocněním. Zároveň pomohla objasnit mnohé nevyřešené případy a poukázala na výskyt vzácných variant klasifikovaných jako VUS, u nichž je nutné prokázat jejich funkční dopad pomocí proteomických technologií. Potvrzení diagnózy pacienta má také kladný dopad na jeho individualizovanou péči a ke stanovení rizika vzniku malignit či jiných přídavných onemocnění.
Background: Familial hematopoietic disorders (FHD) are a rare and heterogeneous group of disorders that include hereditary anemias, hereditary thrombocytopenias (inherited thrombocytopenias – IT), congenital neutropenias and congenital bone marrow failure syndromes. FHD is characterized by variable clinical expressivity and incomplete penetrance of the phenotype even within a single family, making it difficult to determine a correct history. The molecular genetic defects of FHD are found in > 300 genes mainly responsible for cellular processes whose functional disorders lead to symptomatic cytopenia, organ dysfunction, tissue damage and syndromes. Some gene variants predispose to the development of severe hematological malignancies or, more rarely, solid tumours. At our institution, we have introduced genetic analysis in families with suspected hereditary hematological diseases. Our focus is unique in the Czech Republic. Patients and methods: In total, we analyzed 92 families with suspected FHD using modern genomic approaches such as whole-exome sequencing (WES), in silico predictive analysis, multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) and Sanger sequencing. Results: In 70 families, we detected an already known pathogenic/probably pathogenic variant or a novel variant of unclear clinical significance (VUS), the detection of which led to confirmation or refinement of the diagnosis. Positive findings indicated the occurrence of hereditary thrombocytopenias (TUBB1, ETV6 and ANKRD26 genes – risk of the development of hematological malignancies), Glanzmann thrombasthenia (ITGA2B), anemias, thalassemias, but also the occurrence of rare syndromic diseases in the Czech Republic, e. g. Bernard-Soulier (GP1BA); Heřmanský-Pudlák (HPS1); Wiskott-Aldrich (WAS – increased risk of malignancies); Shwachman-Diamond syndrome (SBDS – a 30% risk of myeloid malignancies) and Sebastian syndrome (MYH9), etc. Conclusion: Genetic diagnosis has become part of the standard examination of patients with hereditary hematological diseases. It has also helped to clarify many unsolved cases and highlighted the occurrence of rare variants classified as VUS, for which it is necessary to determine their functional impact. Confirming a patient’s diagnosis also has a positive impact on their individualized care and on determining their risk of malignancies or other additional diseases.
- MeSH
- genetické nemoci vrozené diagnóza genetika MeSH
- genetické testování metody MeSH
- krevní nemoci * diagnóza genetika MeSH
- lidé MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Východiska: Molekulární klasifikace přináší zásadní změny do diagnosticko-léčebného algoritmu u pacientek s karcinomem endometria (endometrial cancer – EC). Cílem sdělení je analýza prvních zkušeností se zavedením molekulárního testování do reálné klinické praxe. Materiál a metody: Od května 2021 je ve FN Brno u všech pacientek s nově diagnostikovaným EC v rámci standardního histopatologického vyšetření stanovován také imunohistochemicky status proteinů p53 a mismatch repair (MMR). U tumorů nesplňujících klinická kritéria pro nízké riziko a vždy při průkazu deficience MMR nebo mutace p53 je prováděno také molekulárně genetické testování genu POLE. U každé pacientky je vyhodnoceno riziko recidivy podle nejnovějších guidelines z roku 2020 a na jeho základě doporučen další postup. Všem pacientkám s MMR-deficientními tumory a/nebo pozitivní rodinnou anamnézou je doporučena také genetická konzultace. Výsledky: Do analýzy bylo od května 2021 do května 2022 zařazeno celkem 85 pacientek s mediánem věku 66 let. MMR-deficientní tumory mělo 22 pacientek (26 %) a p53-mutované tumory 8 pacientek (9 %). U žádné ze 40 pacientek v nenízkém riziku s provedenou analýzou mutačního stavu genu POLE nebyl prokázán ultramutovaný typ tumoru. Celkem 46 (51 %) pacientek mělo v době diagnózy nízké riziko, 2 pacientky (2 %) střední, 14 pacientek (16 %) vyšší střední a 20 pacientek (24 %) vysoké riziko recidivy. Celkem 6 pacientek (7 %) bylo diagnostikováno s pokročilým nebo metastatickým onemocněním. Medián doby od operace po projednání na multidisciplinární komisi byl 21 dní (8–36). Celkem 76 pacientek (90 %) absolvovalo léčbu v plném rozsahu v souladu s rizikem recidivy. Z 18 pacientek s dostupnými výsledky genetického vyšetření byla u 4 (22 %) prokázána hereditární forma onemocnění. Závěr: Racionálně indikované molekulární testování kombinující imunohistochemické analýzy proteinů MMR i p53 u všech pacientek s EC a sekvenační analýzu genu POLE u pacientek v nenízkém riziku recidivy je v běžné praxi proveditelné a neprodlužuje dobu nutnou pro rozhodnutí o adjuvantní léčbě.
Background: Molecular classification has brought significant changes in the management of endometrial cancer (EC). In this article, we aim to analyze our first experience with an implementation of molecular testing into daily clinical practice. Materials and methods: In all newly diagnosed EC, the status of mismatch repair (MMR) and p53 proteins has been evaluated immunohistochemically as a part of the routine histopathological examination since May 2021. In tumors that do not meet clinical criteria for a low risk and those with MMR deficiency or p53 mutation, the molecular genetic testing of the POLE gene is performed as well. Recommendations for adjuvant treatment or follow-up are subsequently made based on the risk of recurrence. Genetic counselling is proposed to all patients with MMR-deficient tumors or family history of cancer. Results: A total of 85 patients with newly diagnosed EC between May 2021 and May 2022 were enrolled in the analysis. The median age was 66 years. The results of molecular testing were as follows: 22 (26%) MMR-deficient, 8 (9%) p53-mutated and none POLE-ultramutated of those 40 tumors with performed POLE sequencing. A total of 46 (51%) patient had a low risk, 2 (2%) intermediate, 14 (16%) high-intermediate and 20 (24%) patients had a high risk of recurrence. Advanced or metastatic diseases were diagnosed in 6 (7%) patients. The median time between surgery and multidisciplinary tumor board decision was 21 days (8–36). A total of 76 (90%) patients underwent the whole treatment plan according to the recurrence risk. At the time of analysis, the results of genetic testing were available in 18 patients and revealed 4 (22%) carriers of a pathogenic variant in any of the genes associated with Lynch syndrome. Conclusion: Molecular testing combining immunohistochemical analyses of MMR and p53 proteins in all newly diagnosed EC patients with sequencing analysis of POLE in those with non-low-risk disease is feasible and does not prolong the time needed for treatment decision.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- geny p53 MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé MeSH
- nádory endometria * diagnóza genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
INTRODUCTION: In contrast with the well-known and described deletion of the 22q11 chromosome region responsible for DiGeorge syndrome, 22q12 deletions are much rarer. Only a few dozen cases have been reported so far. This region contains genes responsible for cell cycle control, chromatin modification, transmembrane signaling, cell adhesion, and neural development, as well as several cancer predisposition genes. CASE PRESENTATION: We present a patient with cleft palate, sensorineural hearing loss, vestibular dysfunction, epilepsy, mild to moderate intellectual disability, divergent strabism, pes equinovarus, platyspondylia, and bilateral schwannoma. Using Microarray-based Comparative Genomic Hybridization (aCGH), we identified the de novo 3.8 Mb interstitial deletion at 22q12.1→22q12.3. We confirmed deletion of the critical NF2 region by MLPA analysis. DISCUSSION: Large 22q12 deletion in the proband encases the critical NF2 region, responsible for development of bilateral schwannoma. We compared the phenotype of the patient with previously reported cases. Interestingly, our patient developed cleft palate even without deletion of the MN1 gene, deemed responsible in previous studies. We also strongly suspect the DEPDC5 gene deletion to be responsible for seizures, consistent with previously reported cases.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Bernard-Soulier syndrome (BSS) is a rare inherited disorder characterized by unusually large platelets, low platelet count, and prolonged bleeding time. BSS is usually inherited in an autosomal recessive (AR) mode of inheritance due to a deficiency of the GPIb-IX-V complex also known as the von Willebrand factor (VWF) receptor. We investigated a family with macrothrombocytopenia, a mild bleeding tendency, slightly lowered platelet aggregation tests, and suspected autosomal dominant (AD) inheritance. We have detected a heterozygous GP1BA likely pathogenic variant, causing monoallelic BSS. A germline GP1BA gene variant (NM_000173:c.98G > A:p.C33Y), segregating with the macrothrombocytopenia, was detected by whole-exome sequencing. In silico analysis of the protein structure of the novel GPIbα variant revealed a potential structural defect, which could impact proper protein folding and subsequent binding to VWF. Flow cytometry, immunoblot, and electron microscopy demonstrated further differences between p.C33Y GP1BA carriers and healthy controls. Here, we provide a detailed insight into its clinical presentation and phenotype. Moreover, the here described case first presents an mBSS patient with two previous ischemic strokes.
- MeSH
- alely * MeSH
- Bernardův-Soulierův syndrom krev diagnóza genetika MeSH
- fenotyp * MeSH
- genetická predispozice k nemoci * MeSH
- genetická variace * MeSH
- genetické asociační studie MeSH
- imunofenotypizace MeSH
- lidé MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- počet trombocytů MeSH
- rodokmen MeSH
- trombocytopenie krev diagnóza MeSH
- trombocytový glykoproteinový komplex Ib-IX genetika metabolismus MeSH
- trombocyty metabolismus ultrastruktura MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Dědičné neutropenie (DN) patří mezi geneticky podmíněná onemocnění, která mohou být diagnostikována i v dospělém věku. DN se v dospělosti manifestuje spíše lehkými formami neutropenie a cytopenie. Případné další klinické příznaky bývají mírnější ve srovnání s DN diagnostikovanými u dětí. Molekulárně genetickou analýzou, zejména exomovým sekvenováním, bylo v různých genech identifikováno mnoho patogenních mutací zodpovídajících za fenotyp DN. Mutace některých těchto genů zároveň pacienty predisponuje ke zvýšenému riziku rozvoje myelodysplastického syndromu či akutní myeloidní leukemie. Správná strategie sledování pacientů, genetické poradenství a stanovení optimálního postupu léčby mohou poté významně ovlivnit prognózu tohoto onemocnění.
Congenital neutropenias (CNs) are a group of genetic disorders that may even be diagnosed in adulthood. In such cases, they manifest most often as mild neutropenia and cytopenia and other clinical symptoms tend to be less pronounced compared to CN diagnosed in childhood. Several gene variants responsible for the CN phenotype have been identified by molecular genetic approaches, especially by exome sequencing. Mutations of some of these genes also increase the risk of patients developing myelodysplastic syndrome or acute myeloid leukaemia. Proper patient monitoring strategies, genetic counselling and optimal treatment protocols can substantially affect the prognosis of these disorders.
- Klíčová slova
- varianty genů,
- MeSH
- genetické nemoci vrozené MeSH
- lidé MeSH
- neutropenie * genetika MeSH
- sekvenování exomu MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
