A promoter can be regulated by various cis-acting elements so that delineation of the regulatory modes among them may help understand developmental, environmental and genetic mechanisms in gene activity. Here we report that the human dopamine transporter gene SLC6A3 carries a 5' distal 5-kb super enhancer (5KSE) which upregulated the promoter by 5-fold. Interestingly, 5KSE is able to prevent 3' downstream variable number tandem repeats (3'VNTRs) from silencing the promoter. This new enhancer consists of a 5'VNTR and three repetitive sub-elements that are conserved in primates. Two of 5KSE's sub-elements, E-9.7 and E-8.7, upregulate the promoter, but only the later could continue doing so in the presence of 3'VNTRs. Finally, E-8.7 is activated by novel dopaminergic transcription factors including SRP54 and Nfe2l1. Together, these results reveal a multimodal regulatory mechanism in SLC6A3.

• MeSH
• biologické modely MeSH
• dospělí MeSH
• genetická transkripce * MeSH
• haplotypy genetika   MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• myši inbrední C57BL MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• promotorové oblasti (genetika) * MeSH
• proteiny přenášející dopamin přes plazmatickou membránu genetika   MeSH
• transkripční faktory metabolismus   MeSH
• zesilovače transkripce MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• Clostridioides difficile klasifikace   genetika   MeSH
• epidemický výskyt choroby * MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza   epidemiologie   MeSH
• klostridiové infekce diagnóza   epidemiologie   MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• ribotypizace MeSH
• sekvenování celého genomu MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

This study aimed to implement a toxigenic culture as an optional third diagnostic step for glutamate dehydrogenase (GDH)-positive and toxin A/B-negative diarrheal stool samples into a diagnostic algorithm for Clostridioides (Clostridium) difficile infection (CDI), and to characterise C. difficile isolates for epidemiological purposes. During the 5-month study, 481 diarrhoeal stool samples from three Slovak hospitals were investigated and 66 non-duplicated GDH-positive stool samples were found. Of them, 36 were also toxin A/B-positive. Twenty-three GDH-positive and toxin A/B-negative stool samples were shown subsequently to be positive following toxigenic culture (TC). Molecular characterisation of C. difficile isolates showed the predominance of PCR ribotype (RT) 001 (n = 37, 56.1%) and the occurrence of RT 176 (n = 3, 4.5%). C. difficile RT 001 isolates clustered to eight clonal complexes (CCs) using multiple-locus variable-number tandem repeats analysis (MLVA). Interestingly, one third of RT 001 isolates clustering in these CCs were cultured from toxin A/B-negative stool samples. Our observations highlight the need of use multiple step diagnostic algorithm in CDI diagnosis in order to detect all CDI cases and to avoid the spread of C. difficile in healthcare settings.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• bakteriální proteiny analýza   MeSH
• Clostridioides difficile klasifikace   izolace a purifikace   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• enterotoxiny analýza   nedostatek   MeSH
• feces mikrobiologie   MeSH
• glutamátdehydrogenasa analýza   MeSH
• klostridiové infekce diagnóza   epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• molekulární typizace * MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• nemocnice MeSH
• polymerázová řetězová reakce * MeSH
• průjem diagnóza   epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• ribotypizace metody   MeSH
• shluková analýza MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH
• Geografické názvy
• Slovenská republika MeSH

PURPOSE: To characterise and compare twenty-eight Finnish Clostridium difficile RT027-like isolates, selected based on the presence of 18 bp deletion in the tcdC gene and toxin gene profile (A, B, binary), with eleven RT027 isolates from different Finnish geographical areas and time periods. METHODS: Twenty-eight C. difficile RT027-like isolates and 11 RT027 comparative strains were characterised by capillary-electrophoresis (CE) ribotyping, multi-locus variable tandem-repeats analysis (MLVA), multi-locus sequence typing (MLST), and sequencing of tcdC and gyrA gene fragments. Susceptibility to moxifloxacin was determined by E-test. RESULTS: Of 28 RT027-like isolates, seven RTs (016, 034, 075, 080, 153, 176 and 328), three WEBRIBO types (411, 475, AI-78) and three new profiles (F1-F3) were identified. MLVA revealed six clonal complexes (RTs 016, 027, 176 and F3). MLST showed eleven sequence types (1, 41, 47, 67, 95, 191,192, 223, 229, 264 and new ST). Twenty-two isolates (RTs 016, 080, 176, 328, F1, F2, F3 and WRTAI-78) carried Δ117 in the tcdC gene. Isolates of RTs 016, 027 and 176 were moxifloxacin resistant and harboured Thr82Ile in the GyrA. CONCLUSION: Our results show a high diversity within 28 Finnish RT027-like C. difficile isolates, with twelve CE-ribotyping profiles and eleven STs. MLVA revealed the regional spread of RTs 016, 027, 176 and F3. The presence of Δ117 in the tcdC gene in eight non-027 RTs highlights the importance of careful interpretation of the results from molecular systems targeting this site in the genome of C. difficile and the need of strain typing for epidemiological purposes.

• MeSH
• ADP-ribosatransferasy genetika   MeSH
• antibakteriální látky farmakologie   MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• bakteriální proteiny genetika   MeSH
• bakteriální toxiny analýza   genetika   MeSH
• Clostridioides difficile klasifikace   účinky léků   genetika   izolace a purifikace   MeSH
• DNA bakterií analýza   MeSH
• DNA gyráza genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• enterotoxiny genetika   MeSH
• fluorochinolony farmakologie   MeSH
• genotyp MeSH
• klostridiové infekce epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• mladý dospělý MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• moxifloxacin MeSH
• multilokusová sekvenční typizace metody   MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• represorové proteiny genetika   MeSH
• ribotypizace metody   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• techniky typizace bakterií * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• Geografické názvy
• Finsko MeSH

Pro klonální analýzu kmenů Streptococcus pneumoniae z invazivního pneumokokového onemocnění byla v NRLpro streptokokové nákazy SZÚ zavedena a ověřena metoda Multiple-Locus Variable number tandem repeat Ana-lysis (MLVA). Oproti rutinně používané metodě Multilocus Sequence Typing (MLST) je výhodou metody MLVAsnadnost a rychlost provedení i nižší nákladnost. Rozlišení klonů je u obou metod obdobné. Standardem klonálníanalýzy pro molekulární surveillance původců závažných pneumokokových infekcí je však MLST, MLVA můžebýt doplňkem pro klonální porovnání izolátů z lokálních epidemiologických situací.

The NRL for Streptococcal Infections implemented and tested Multiple-Locus Variable number tandem repeatAnalysis (MLVA) for clonal analysis of Streptococcus pneumoniae strains from invasive pneumococcal disease.As compared to the routinely used Multilocus Sequence Typing (MLST) method, MLVA has the advantage of beingeasier, faster, and less expensive to perform. Both methods have similar resolution. Nevertheless, the standardmethod for clonal analysis in molecular surveillance of causative agents of severe pneumococcal infections isMLST, and MLVA can be used as a complementary method for clonal comparison of local isolates.

• MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace * metody   MeSH
• pneumokokové infekce diagnóza   epidemiologie   MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• techniky typizace bakterií metody   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl práce: Cílem práce je Multiple-locus variable number tandem repeat analýza (MLVA) souboru kmenů B. pertussis ze sbírky Národní referenční laboratoře pro pertusi a difterii (NRL/DIPE) Státního zdravotního ústavu (SZÚ) Praha. Jedná se o kmeny získané ze vzorků klinického materiálu převážně na území ČR v téměř padesátiletém období 1967–2015 (červen). Je porovnávána genetická diverzita a zastoupení detekovaných MLVA typů (MT) ve třech obdobích lišících se vakcinační strategií a trendem výskytu pertuse. Na podkladě získaných výsledků je posouzena vhodnost použití metody MLVA pro analýzu epidemických výskytů B. pertussis v ČR. Materiál a metodiky: Vzorky DNA extrahované z kmenů B. pertussis studovaného souboru byly analyzovány metodou MLVA podle standardizovaného postupu. Data byla zpracová­na pomocí algoritmu eBURST, pro statistické zpracování byl zvolen výpočet Simpsonova indexu diverzity (DI). Data byla zpracována pro celý soubor a též odděleně pro skupiny kmenů z tří období: 1967–1980, 1990–2007 a 2008–2015 (červen). Výsledky: V souboru bylo detekováno 14 různých MT, z toho 3 dosud nezjištěné. Nejčetnější byly v celém souboru MT27 a MT29. MT29 převládal v období 1967–1980, MT27 v obdobích 1990–2007 a 2008–2015 (červen). Hodnota DI byla nejnižší (0,49) pro období 2008–2015 (červen), pro dvě předchozí období byly hodnoty vyšší a vzájemně srovnatelné (0,667 pro období 1967–1980 a 0,654 pro období 1990–2007). Závěr: MLVA analýzou souboru kmenů B. pertussis izolovaných z klinického materiálu na území ČR v období 1967–2015 (červen) byl prokázán pokles genetické diverzity ve studované populaci a změny v zastoupení a četnosti jednotlivých MT. Tyto změny lze charakterizovat jako po­stupný nárůst výskytu celosvětově rozšířených MT v České republice na úkor MT regionálně unikátních. Převažujícím MT, stejně jako ve většině geografických oblastí s dlouhodobě proočkovanou populací, je MT27. Výsledky MLVA analýzy souboru 136 kmenů B. pertussis mohou být podkladem pro účelné využití metody k molekulárně epidemiologickému zpracování souborů menšího rozsahu.

Aim: To perform multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA) of B. pertussis strains from the collection of the National Reference Laboratory for Diphtheria and Pertussis (NRL/DIPE), National Institute of Public Health (NIPH), Prague. The study strains were isolated from clinical specimens collected mostly in the Czech Republic over a nearly 50-year period from 1967 to 2015 (June). The isolates from three periods characterized by different vaccination strategies and trends in pertussis are compared for genetic diversity and distribution of MLVA types (MT). Based on the results obtained, the suitability for use of MLVA in the analysis of epidemic outbreaks of B. pertussis in the Czech Republic is considered. Material and methods: DNA samples extracted from B. pertussis strains included in the present study were examined by MLVA using the standard protocol. Data were processed by means of the eBURST algorithm and the calculation of the Simpson diversity index (DI) was used for the statistical analysis. Data were analyzed as a whole and also separately for strains from the three periods: 1967–1980, 1990–2007, and 2008–2015 (June). Results: Fourteen different MT were detected in the study strains, with three of them not being reported before. The most common MTs were MT27 and MT29. MT29 was predominant in 1967–1980 while MT27 was the most prevalent in 1990–2007 and 2008–2015 (June). The DI was the lowest (0.49) in 2008–2015 (June), and comparably higher DIs were calculated for the two previous periods (i.e. 0.667 for 1967–1980 and 0.654 for 1990–2007). Conclusion: MLVA revealed a decrease in genetic diversity and shifts in MT distribution of B. pertussis strains isolated from clinical specimens in the Czech Republic from 1967 to 2015 (June). These shifts in the Czech Republic can be characterized as a progressive increase in global MTs at the expense of the locally unique ones. The most common MT, similarly to other geographical areas with long-term high vaccination coverage, is MT27. The results of MLVA of 136 B. pertussis strains can provide a background for using this method in molecular epidemiological analysis of smaller groups of strains.

• MeSH
• acelulární vakcíny imunologie   MeSH
• bakteriální geny genetika   MeSH
• Bordetella pertussis * genetika   MeSH
• časové faktory MeSH
• DNA bakterií genetika   MeSH
• genetická variace genetika   MeSH
• hromadná vakcinace MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice * genetika   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace * MeSH
• pertuse epidemiologie   mikrobiologie   prevence a kontrola   MeSH
• pertusová vakcína imunologie   MeSH
• tandemové repetitivní sekvence genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Československo MeSH

BACKGROUND: ADHD and alcoholism are psychiatric diseases with pathophysiology related to dopamine system. DAT1 belongs to the SLC6 family of transporters and is involved in the regulation of extracellular dopamine levels. A 40 bp variable number tandem repeat (VNTR) polymorphism in the 3'-untranslated region of DAT1/SLC6A3 gene was previously reported to be associated with various phenotypes involving disturbed regulation of dopaminergic neurotransmission. METHODS: A total of 1312 subjects were included and genotyped for 40 bp VNTR polymorphism of DAT1/SLC6A3 gene in this study (441 alcoholics, 400 non-alcoholic controls, 218 ADHD children and 253 non ADHD children). Using miRBase software, we have performed a computer analysis of VNTR part of DAT1 gene for presence of miRNA binding sites. RESULTS: We have found significant relationships between ADHD and the 40 bp VNTR polymorphisms of DAT1/SLC6A3 gene (P < 0.01). The 9/9 genotype appeared to reduce the risk of ADHD about 0.4-fold (p < 0.04). We also noted an occurrence of rare genotypes in ADHD (frequency different from controls at p < 0.01). No association between alcoholism and genotype frequencies of 40 bp VNTR polymorphism of DAT1/SLC6A3 gene has been detected. CONCLUSIONS: We have found an association between 40 bp VNTR polymorphism of DAT1/SLC6A3 gene and ADHD in the Czech population; in a broad agreement with studies in other population samples. Furthermore, we detected rare genotypes 8/10, 7/10 and 10/11 present in ADHD boys only and identified miRNAs that should be looked at as potential novel targets in the research on ADHD.

• MeSH
• 3' nepřekládaná oblast genetika   MeSH
• alkoholismus epidemiologie   genetika   MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• genotyp MeSH
• hyperkinetická porucha epidemiologie   genetika   MeSH
• impulzivní chování MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• mladiství MeSH
• neuropsychologické testy MeSH
• počítačová simulace MeSH
• proteiny přenášející dopamin přes plazmatickou membránu genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

The oocyte (maternal) nucleolus is essential for early embryonic development and embryos originating from enucleolated oocytes arrest at the 2-cell stage. The reason for this is unclear. Surprisingly, RNA polymerase I activity in nucleolus-less mouse embryos, as manifested by pre-rRNA synthesis, and pre-rRNA processing are not affected, indicating an unusual role of the nucleolus. We report here that the maternal nucleolus is indispensable for the regulation of major and minor satellite repeats soon after fertilisation. During the first embryonic cell cycle, absence of the nucleolus causes a significant reduction in major and minor satellite DNA by 12% and 18%, respectively. The expression of satellite transcripts is also affected, being reduced by more than half. Moreover, extensive chromosome bridging of the major and minor satellite sequences was observed during the first mitosis. Finally, we show that the absence of the maternal nucleolus alters S-phase dynamics and causes abnormal deposition of the H3.3 histone chaperone DAXX in pronuclei of nucleolus-less zygotes.

• MeSH
• blastocysta cytologie   metabolismus   MeSH
• buněčné jadérko metabolismus   MeSH
• centromera metabolismus   MeSH
• embryo savčí cytologie   metabolismus   MeSH
• genetická transkripce MeSH
• genom genetika   MeSH
• heterochromatin genetika   MeSH
• messenger RNA genetika   metabolismus   MeSH
• mikrosatelitní repetice genetika   MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• myši MeSH
• oocyty cytologie   metabolismus   MeSH
• posttranskripční úpravy RNA genetika   MeSH
• prekurzory RNA genetika   MeSH
• rekombinace genetická genetika   MeSH
• replikace DNA genetika   MeSH
• restrukturace chromatinu genetika   MeSH
• RNA ribozomální biosyntéza   genetika   MeSH
• S fáze genetika   MeSH
• savčí chromozomy metabolismus   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• mužské pohlaví MeSH
• myši MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Mycobacterium marinum, the cause of chronic systemic infections in fish, occasionally causes granulomatous skin and soft tissue lesions in humans. Cutaneous mycobacterial infection in two patients owing to unusual circumstances is presented in this report. The first patient was infected through improper hygienic behavior, while infection in the second patient was previously misdiagnosed as rheumatoid arthritis and treated with methylprednisolone for a period of three months, which resulted in a rare systemic spread of M. marinum into the bones of the hand, testis, and epididymis. Simultaneously, screening for possible sources of M. marinum infection in patients' aquaria revealed positive fish harboring VNTR profiles identical to those obtained for clinical isolates from patients.

• MeSH
• atypické mykobakteriální infekce diagnóza   mikrobiologie   patologie   MeSH
• bakteriální nemoci kůže diagnóza   mikrobiologie   patologie   MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice genetika   MeSH
• Mycobacterium marinum genetika   izolace a purifikace   patogenita   MeSH
• ryby MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Although genetic lesions responsible for some mendelian disorders can be rapidly discovered through massively parallel sequencing of whole genomes or exomes, not all diseases readily yield to such efforts. We describe the illustrative case of the simple mendelian disorder medullary cystic kidney disease type 1 (MCKD1), mapped more than a decade ago to a 2-Mb region on chromosome 1. Ultimately, only by cloning, capillary sequencing and de novo assembly did we find that each of six families with MCKD1 harbors an equivalent but apparently independently arising mutation in sequence markedly under-represented in massively parallel sequencing data: the insertion of a single cytosine in one copy (but a different copy in each family) of the repeat unit comprising the extremely long (~1.5-5 kb), GC-rich (>80%) coding variable-number tandem repeat (VNTR) sequence in the MUC1 gene encoding mucin 1. These results provide a cautionary tale about the challenges in identifying the genes responsible for mendelian, let alone more complex, disorders through massively parallel sequencing.

• MeSH
• cytosin metabolismus   MeSH
• genetická vazba MeSH
• haplotypy MeSH
• lidé MeSH
• minisatelitní repetice * genetika   MeSH
• mucin 1 * genetika   metabolismus   MeSH
• mutace * MeSH
• polycystické ledviny autozomálně dominantní * MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH