In international cooperation with EuroFlow PID, we will introduce uniform and optimized methodology for a detailed immunophenotyping of lymphocytes using multicolor flow cytometry (8-12 parameters) in patients with immunodeficiency, which are examinated in regional centers in Prague and Brno. The project will lead to improved diagnostics and classification of immunodeficiencies, particularly the rare types of these diseases, as well as to revealing of patophysiological mechanisms and mechanisms that modify the clinical progress of the primary and secondary immunodeficiencies. The project is designed as multicentric to cover the majority of immunodeficient patients in the Czech Republic and to reach the maximal application of the results in practice. Cooperation with Institute of Molecular Genetics of Academy of Science of the Czech Republic will allow detection of patophysiological mechanisms on detailed molecular level.

U pacientů s imunodeficiencí vyšetřeným v regionálních centrech (Praha a Brno) zavedeme v mezinárodní spolupráci s EuroFlow-PID jednotnou a optimalizovanou metodiku vyšetření podrobného imunofenotypu lymfocytů metodou mnohobarevné průtokové cytometrie (8-12 parametrů). Projekt povede ke zlepšení diagnostiky a klasifikace imunodeficiencí, především u vzácných typů onemocnění. Povede také k objevení patofysiologických mechanismů a mechanismů jež modifikují klinický průběh onemocnění (u primárních i sekundárních imunodeficiencí). Projekt je koncipován jako multicentrický, což povede jednak k pokrytí většiny imunodeficientních pacientů v ČR, jednak k maximálnímu uplatnění výsledků v praxi. Spolupráce s ÚMG AV ČR umožní odhalení patofysiologických mechanismů na detailní molekulární úrovni.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• B-lymfocyty cytologie   MeSH
• běžná variabilní imunodeficience diagnóza   klasifikace   MeSH
• imunofenotypizace MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• T-lymfocyty cytologie   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• alergologie a imunologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Lyme borreliosis is important zoonosis in Czech Republic. Its’ diagnostic is not optimal. Due to this fact the study was suggested with the aim to solve this problem. It is intended to corre-late EIA and WB tests for the detection of antibodies with different antigens among them-selves and with methods of the direct proof of pathogen – PCR and electron microscopy. Dif-ferent PCR techniques will be tested (nested and real-time). Anaplasmosis and bartonellosis are less known infections that are infrequent but they were proven in our conditions. There-fore the study is targeted on verifying of the laboratory diagnostic of these pathogens also. The serological methods will be compared with the proof of the specific DNA. Results of all laboratory techniques will be correlated with clinical symptoms and with the other clinical data in prospective study. It can be presumed that guidelines for the diagnostic of Lyme bor-reliosis and the other above mentioned infections can be updated.

Významnou část neuroinfekcí tvoří lymeská borelióza. Její laboratorní diagnostika není opti-málně vyřešena. Proto byla navržena studie zabývající se jejím vyšetřováním. Je zamýšleno korelovat serologické testy typu EIA a WB s různými antigeny mezi sebou a dále s metodami přímé detekce borelií – PCR a elektronovou mikroskopií. Budou porovnávány různé varianty PCR technik (nested a real-time). Anaplazmóza a bartonelóza jsou další infekce, které jsou méně časté, ale prokazatelně se uplatňují na spektru lidských onemocnění v našich podmín-kách. Studie je proto také cílena na ověření laboratorní diagnostiky těchto dvou chorob. Bu-dou porovnávány serologické metody a průkaz specifické DNA. Výsledky všech laborator-ních vyšetření budou korelovány s klinickým průběhem onemocnění a dalšími rutinními vy-šetřeními v prospektivní studii. Lze předpokládat, že bude možno aktualizovat přístupy k diagnostice lymeské boreliózy a dalších uvedených infekcí.

• MeSH
• chemokin CXCL13 MeSH
• ehrlichióza diagnóza   MeSH
• ELISA MeSH
• fluorescenční protilátková technika MeSH
• infekce bakteriemi rodu Bartonella MeSH
• infekce centrálního nervového systému diagnóza   MeSH
• lymská neuroborelióza diagnóza   MeSH
• nemoci přenášené klíšťaty MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prospektivní studie MeSH
• ROC křivka MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The project consists in a conclusive prospective study of performance of MALDI-TOF spectrometry and High Resolution Melting Analysis of PCR-products (PCR-HRMA) in species identification, and MALDI-TOF and McRAPD in strain typing, compared to reference techniques (16S rDNA sequencing and MLST). For species identification purposes, a commercial MALDI-TOF approach and a published PCR-HRMA approach will be tested. For typing, MALDI-TOF and McRAPD will be tested in Haemophilus influenzae strains. This testing will be performed on bacterial isolates recovered from sputum samples of patients suffering Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD), Bronchiectasis (BE), and Cystic Fibrosis (CF). Accuracy and reproducibility will be determined for identification techniques and power of resolution for typing techniques. Based on evaluation of clinical data, the true contributing potential of the techniques to improve clinical management will also be estimated.

Předmětem projektu je průkazná prospektivní studie výkonnosti MALDI-TOF spektrometrie a analýzy tání produktů PCR-amplifikace s vysokým rozlišením (PCR-HRMA) resp. analýzy tání produktů RAPD (McRAPD) v identifikaci resp. typizaci patogenů ve srovnání s referenčními technikami (16S rDNA sekvenování, resp. MLST). Pro druhovou identifikaci bude otestován komerční MALDI-TOF přístup a již zavedený PCR-HRMA přístup. Pro typizaci bude otestován MALDI-TOF přístup a McRAPD přístup u kmenů Haemophilus influenzae. Testování bude prováděno na izolátech ze sputa pacientů trpících chronickou obstrukční plicní nemocí (CHOPN), bronchiektáziemi (BE) a cystickou fibrózou (CF). Pro identifikační techniky bude vypočtena přesnost a reprodukovatelnost a pro typizační techniky rozlišovací schopnost. Na základě klinických dat bude odhadnut potenciál skutečného přínosu testovaných technik pro klinickou péči o pacienty.

• MeSH
• bronchiektazie MeSH
• chronická obstrukční plicní nemoc MeSH
• cystická fibróza MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• patogeny v krvi MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
• technika náhodné amplifikace polymorfní DNA MeSH
• techniky typizace bakterií MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Project is focused on the analysis of the HLA antibody profile in patients following kidney transplantation with the use of more sensitive and modern solid-phase technology on micro-beads (Luminex technique). 1) Groups of recipients with/without antibody-mediated allograft rejection will be compared with the aim to evaluate the clinical relevance of particular HLA antibody types for prediction of the allograft rejection risk. Pre-transplant HLA antibody analysis might be useful for stratification of recipients into the groups with low/high rejection risk and with the use of different strategy of immunosuppressive therapy or post-transplant monitoring. 2) Detailed post-transplant monitoring of HLA antibody production might be useful for earlier detection of the allograft rejection development. Followed by the individualized intensive anti-rejection therapy, this approach might save the transplanted kidney. The project will propose the optimal schedule for allograft rejection post-transplant monitoring.

Projekt je zaměřen na analýzu profilu HLA protilátek u pacientů před a po transplantaci ledviny s použitím senzitivnější techniky jejich stanovení (Luminex). 1) Srovnáním skupin pacientů s/bez protilátkami zprostředkované rejekce štěpu bude hodnocen klinický význam jednotlivých typů HLA protilátek detekovaných nově zavedenou senzitivnější technikou pro předpověď stupně rizika rozvoje rejekce štěpu. Vyšetření HLA protilátek před transplantací poskytne možnost stratifikace pacientů do skupin s nízkým/vysokým rizikem rejekce štěpu a s možností různé strategie imunosupresivní terapie nebo potrasplantačního monitorování. 2) Podrobným monitorováním dynamiky tvorby HLA protilátek citlivějšími technikami v potransplantačním období je snaha dosáhnout včasného záchytu rozvíjející se rejekce štěpu s možností individualizace antirejekční terapie a záchrany transplantované ledviny. Projekt umožní nastavení optimálního časového harmonogramu monitorování rejekce štěpu v transplantačním protokolu.

• MeSH
• cytotoxicita imunologická MeSH
• HLA antigeny analýza   MeSH
• monitorování imunologické MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• rejekce štěpu MeSH
• specificita protilátek MeSH
• transplantační tolerance MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• nefrologie
• transplantologie
• alergologie a imunologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

CMV resistance of virostatic treatment is severe complication of the CMV therapy in patients after allogeneic haematopoietic stem cell transplantation (HSCT). Therefore, we plan to clarify risk factors for development of CMV resistance associated with clinical symptoms, immunosuppressive therapy etc., genetic CMV variability of glycoprotein B, glycoprotein H and UL144. Efficacy of therapy will be monitored by measuring of the blood levels of ganciclovir/valganciclovir and length of the virostatic treatment too. Retrospectively, CMV genotypes and presence of CMV resistance strains in the patients after HSCT in the Institute of Haematology and Blood Transfusion and Dept. of Paediatric Haematology and Oncology of Motol University Hospital between the years 2002-2011. For statistical analysis of the risk factors, we’ll collect the clinical data from tested patients. Prospective testing will be performed also in the centres with different historical frequency of this complication.

Rezistence CMV vůči virostatikům je zpravidla závažnou komplikací terapie CMV infekce u pacientů po alogenní transplantaci hematopoetických kmenových buněk (HSCT). Proto chceme ozřejmit rizikové faktory vzniku CMV rezistence dané klinickými příznaky, imunosupresivní terapií apd., ale také variabilitu CMV, kterou otestujeme pomocí real-time PCR a sekvenace typu glykoproteinu B, glykoproteinu H a UL144. Terapii pak budeme sledovat pomocí měření hladin gancikloviru/valgancikloviru a sledování délky nasazení virostatik. Retrospektivně otestujeme CMV genotypy a přítomnost rezistencí u pacientů po HSCT z let 2002-2011 na Ústavu hematologie a krevní transfúze a Klinice dětské hematologie a onkologie FN Motol a zároveň pro statistickou analýzu od daných pacientů sebereme klinická data pro testování rizikových faktorů. Při prospektivním sledování mimo výše uvedeného budeme sledovat ještě výskyt této komplikace v dalších centrech historicky rozdílným výskytem rezistence.

• MeSH
• antivirové látky MeSH
• cytomegalovirové infekce MeSH
• Cytomegalovirus MeSH
• ganciklovir analogy a deriváty   analýza   MeSH
• genotyp MeSH
• glykoproteiny MeSH
• homologní transplantace MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• mnohočetná virová léková rezistence MeSH
• multicentrické studie jako téma MeSH
• rizikové faktory MeSH
• toll-like receptory MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• virologie
• alergologie a imunologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Recently, novel small DNA viruses (Human Polyomavirus HPyV6, HPyV7, HPyV9, Human Bocavirus HBoV1, Anelloviruses TTMV and TTMDV) have been discovered. Although these viruses belong to different family, they are widespread in population and they all presumably cause common lifelong infections. There is an increasing consideration that novel small DNA viruses play the key role as emerging opportunistic pathogens after reactivation in immunocompromised patients. The aim of the project is to gain knowledge of prevalence and biology of the newly discovered DNA viruses in healthy population and in immunocompromised individuals. The proposed study includes detection of viral DNA, determination of viral load, searching the persistence of the viruses and the presence of virus specific antibodies. In immunocompromised patient we will evaluate the possible clinical manifestation of viral infections.

Během posledních let byla objevena řada nových malých DNA virů (lidské polyomaviry HPyV6, HPyV7, HPyV9, lidský bocavirus HBoV1, anelloviry TTMV a TTMDV). Přestože tyto viry nepatří do jedné skupiny, všechny se pravděpodobně vyskytují běžně v lidské populaci, způsobují celoživotní perzistentní infekci organismu. K reaktivaci s možnými patologickými následky pak může docházet především u imunokompromitovaných jedinců. V tomto projektu se zaměříme na detekci a sledování perzistence nově objevených DNA virů u zdravých a imunokompromitovaných jedinců. Cílem studie je zjistit virovou nálož, variabilitu genomů a přítomnost virově specifických protilátek. U imunokompromitivaných jedinců budeme analyzovat klinické projevy, které mohou souviset s virovou infekcí.

• MeSH
• Anelloviridae MeSH
• DNA virů MeSH
• ELISA MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• lidský bocavirus MeSH
• polyomavirové infekce MeSH
• protilátky virové MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství
• virologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Campylobacteriosis is the most frequent alimentary bacterial zoonosis in Europe. A detailed epidemiological analysis of potential sources of infection in the Czech Republic has not been performed as yet. The aims are to define the actual threat to human population from Campylobacter spp. from selected foods and young domestic animals, characterize the sources and ways of transmission, epidemiological relations and extent of antibiotic resistance of this significant pathogen. To determine potential prevention and possibly treatment of Campylobacter infections. To asses the potential use of MALDI-TOF MS for isolate subtyping in epidemiological studies. The effectiveness of MALDI-TOF MS will be compared with the PFGE and MLST. The prevalence of Campylobacter spp. will be studied in poultry, pork offal, raw milk and rectal swabs obtained from puppies and kittens. The isolates will be typed using MALDI-TOF as well as PFGE and MLST. Susceptibility to antibiotic will be determined by the microdilution method

Kampylobakterióza je nejčastější alimentární bakteriální zoonóza v Evropě. Detailní epidemiologická analýza potencionálních zdrojů infekce v ČR nebyla doposud řešena. Cílem projektu je definovat reálnou míru ohrožení lidské populace kampylobaktery z vybraných potravin a od mláďat domácích zvířat, charakterizovat nejdůležitější zdroje, možnosti přenosu, epidemické souvislosti a rozsah antibiotické rezistence tohoto významného patogena. Stanovit možnosti prevence a případné léčby kampylobakterových infekcí. Projekt plánuje posoudit možnosti využití metody MALDI-TOF MS pro subtypizaci izolátů v rámci epidemických studií. Účinnost metody MALDI-TOF MS bude porovnána se standardními metodami PFGE a MLST. Bude sledována prevalence kampylobakterů u chlazené a mražené drůbeže, vepřových vnitřností, syrového mléka, rektálních výtěrů štěňat a koťat. Izoláty budou typizovány současně MALDI-TOF, PFGE a MLST. Citlivost k antibiotikům bude určena kvantitativně mikrodiluční metodou.

• MeSH
• bakteriální infekce MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• beta-laktamasy MeSH
• Campylobacter coli MeSH
• Campylobacter jejuni MeSH
• domácí zvířata MeSH
• epidemiologické metody MeSH
• gastrointestinální nemoci mikrobiologie   MeSH
• hmotnostní spektrometrie MeSH
• kampylobakterové infekce MeSH
• multilokusová sekvenční typizace MeSH
• nemoci přenášené potravou MeSH
• pulzní gelová elektroforéza MeSH
• spektrometrie hmotnostní - ionizace laserem za účasti matrice MeSH
• zdroje nemoci MeSH
• zoonózy MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• bakteriologie
• epidemiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Interactions of tumour cells with the immune system are influenced by chemotherapy with genotoxic or tumour cell senescence-inducing effects leading to increased tumour cells sensitivity to immune responses. Subsequent immunotherapy could be very effective in tumour cell elimination. Epigenetic mechanisms play a crucial role in tumour cell escape from immune responses through silencing of the immunoactive genes, as well as in senescence induction. Therefore, combination of chemoimmunotherapy with the epigenetic agents administration should increase its efficacy. This project is focused on optimization of combined chemoimmunotherapy of the minimal residual tumour disease, using genotoxic and epigenetic agents combined with immunotherapy, using preclinical murine models. Therapeutic settings based on tumour cell senescence induction followed by their elimination will be suggested. A special attention will be paid to suppressing the protumorigenic effects of the tumour senescent cells.

Interakci nádorových buněk s imunitním systémem ovlivňuje chemoterapie indukující senescenci nádorových buněk, které pak mohou být citlivější k imunitní odpovědi. K efektivní eliminaci nádorových buněk po chemoterapii buňkami imunitního systému je důležitá následná imunoterapie. Velkou roli v umlčení imunoaktivních genů v nádorových buňkách i indukci senescence hrají epigenetické mechanismy. Proto by doplnění chemoimunoterapie podáním epigenetických agens (inhibitorů DNA metyltransferáz a histondeacetyláz) mělo zvýšit její účinnost. Projekt je zaměřen na optimalizaci kombinované chemoimunoterapie zbytkové nádorové choroby pomocí genotoxických a epigenetických agens a následné imunoterapie, s využitím preklinických myších modelů. Budou navrženy terapeutické postupy, kterými bude indukována senescence nádorových buněk, které budou následně eliminovány imunitním systémem. Pozornost bude věnována potlačení protumorigenních účinků senescentních buněk.

• MeSH
• epigeneze genetická MeSH
• histondeacetylasy MeSH
• imunitní dozor MeSH
• imunoterapie MeSH
• methyltransferasy antagonisté a inhibitory   MeSH
• reziduální nádor MeSH
• stárnutí buněk imunologie   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Sellar region tumors represent app. 20% of intracranial tumors. These tumors are benign in the majority of cases. Transsphenoidal surgery is indicated in the vast majority of these cases. Transcranial surgeries are performed rarely. The goal of the surgery is as radical extent of resection as possible but with minimal morbidity. Intraoperative MRI (iMRI) enables to depict the extent of resection intraoperatively. One can decide during the procedure whether the goal of surgery was reached (according to iMRI) or whether one should continue in resection. On the other hand, increased extent of resection is not sustainable if the risk of the surgery is increased as well. Therefore, study is focused on the impact of iMRI on extent of resection, postoperative neurologic morbidity, hypopituitarism and frequency of recurrent tumor. These findings would have major implications for patients (risk of surgery, decreased risk of recurrent tumor) and society (reduced cost due to less procedures).

Selární léze představují cca 20% intrakraniálních nádorových lézí. Jedná se ve většině případů o nezhoubné nádory. Ve většině případů je operační léčba indikována jako primární léčebná modalita. S rozvojem endoskopických technik je v současné době endonasální operace indikována téměř u všech těchto pacientů, transkraniální operace jsou indikovány zcela ojediněle. Cílem operace je co nejradikálnější resekce selární léze, avšak s minimální morbiditou. Intraoperační MRI umožňuje zobrazit rozsah výkonu a ihned se rozhodnout, zda je možné případné reziduum selární léze odstranit. Cílem projektu je prokázat, zda intraoperační MRI zvyšuje radikalitu chirurgického výkonu, dále prokázat, zda tento postup nezvyšuje neurologickou a endokrinologickou morbiditu, zda snižuje riziko reoperace pro reziduum/recidivu selární léze. Toto by mělo zásadní význam jak pro pacienta (rizika spojená s výkonem, nižší riziko další operace), tak pro společnost (snížení nákladů na celkovou léčbu pacienta).

• MeSH
• adenom chirurgie   MeSH
• hypopituitarismus MeSH
• intraoperační neurofyziologická monitorace MeSH
• magnetická rezonance intervenční MeSH
• nádory hypofýzy chirurgie   MeSH
• neuroendoskopie MeSH
• nosní dutina MeSH
• pooperační komplikace MeSH

• Konspekt
• Ortopedie. Chirurgie. Oftalmologie
• NLK Obory
• neurochirurgie
• neurovědy
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

The subject of this multicentric project is the identification and dissemination of nosocomial pneumonia etiologic agents. Monitoring the incidence of multidrug-resistant strains and the effect of initial antibiotic therapy on mortality in patients with regard to the adequacy and timeliness of deployment. The methodology of the solution lies in isolation and identification of pathogens from microbiological samples with biochemical identification tests and automated systems. Sensitivity to antibiotics will be tested according to standard dilution micromethod EUCAST criteria. Positive phenotypic results will be verified by polymerase chain reaction detecting the most frequently occurring genes. The identity of selected Enterobacteriaceae clinical isolates will be analyzed by comparing restriction fragment of genomic DNA separated by pulsed field gel electrophoresis.

Předmětem řešení tohoto multicentrického projektu je identifikace a šíření etiologických agens nozokomiálních pneumonií u kriticky nemocných pacientů. Projekt také sleduje zastoupení multirezistentních kmenů a vliv iniciální ATB léčby na mortalitu a morbiditu pacientů s ohledem na adekvátnost a včasnost jejího nasazení. Metodika řešení spočívá v izolaci a identifikaci patogenů ze vzorků endosekretu biochemickými identifikačními testy a automatizovanými systémy. Citlivost na ATB je testována standardní diluční mikrometodou dle kritérií EUCAST. Produkce širokospektrých beta-laktamáz typu ESBL a AmpC je detekována modifikovanými testy. Pozitivní fenotypové výsledky jsou ověřeny polymerázovou řetězovou reakcí, detekující nejčastěji se vyskytující geny. U vybraných enterobakterií je identita klinických izolátů analyzována srovnáním restrikčních fragmentů genomové DNA separovaných pomocí pulzní gelové elektroforézy.

• MeSH
• antibakteriální látky MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• beta-laktamasy MeSH
• bronchoalveolární lavážní tekutina mikrobiologie   MeSH
• DNA bakterií MeSH
• fenotyp MeSH
• iatrogenní nemoci MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza   MeSH
• infekce získané v komunitě MeSH
• jednotky intenzivní péče MeSH
• klinická chemie MeSH
• mikrobiální testy citlivosti MeSH
• multicentrické studie jako téma MeSH
• pacienti hospitalizovaní MeSH
• pneumonie diagnóza   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• pulzní gelová elektroforéza MeSH
• trachea mikrobiologie   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• pneumologie a ftizeologie
• anesteziologie a intenzivní lékařství
• bakteriologie
• genetika, lékařská genetika
• epidemiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR