INTRODUCTION: Cell-based pulp regeneration utilizes capping materials underneath a final restoration to seal the tooth after delivering cells into the canal system. Studying the immediate biocompatibility of materials with injected cells has been challenging. This study aimed to utilize a tube model to observe cell response directly and conveniently to the capping materials in a cell culture in vitro system. METHODS: A tapered plastic tube (14 mm in length, 2 mm diameter of the apex opening) to simulate root canal space was filled with fluorescence-labeled dental pulp cells mixed in fibrin gel and the larger end sealed with various capping materials including Mineral Trioxide Aggregate (MTA), Biodentine, hydroxyapatite-tricalcium phosphate (HA-TCP), composite, and glass ionomer. The tube was placed in wells of culture plates and incubated for various times in vitro and observed under the microscope for cell morphological changes. pH changes within the tube were monitored over time. RESULTS: Both fresh MTA and Biodentine caused adverse response to the cells in the tube. Only a few normally growing cells were observed at the apical end. Composite or glass ionomer appeared better tolerated by cells. HA-TCP mixed in fibrin gel demonstrated the highest compatibility with cells; however, using HA-TCP to separate cells from fresh MTA or Biodentine did not reduce the negative effect of these 2 calcium silicate cements. The pH increased within the tube may explain the observed toxicity. CONCLUSIONS: Using HA-TCP mixed in fibrin gel as a capping material appears highly biocompatible to cells while fresh MTA and Biodentine are not.

• MeSH
• biokompatibilní materiály * MeSH
• fixní kombinace léků MeSH
• kultivované buňky MeSH
• lidé MeSH
• materiály pro překrytí zubní dřeně a pulpektomii * farmakologie   MeSH
• oxidy farmakologie   MeSH
• regenerativní endodoncie * metody   MeSH
• silikáty farmakologie   MeSH
• skloionomerní cementy farmakologie   MeSH
• sloučeniny hliníku farmakologie   MeSH
• sloučeniny vápníku farmakologie   MeSH
• techniky in vitro MeSH
• testování materiálů MeSH
• zubní dřeň * cytologie   účinky léků   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) is a critical component of the cellular metabolism and also serves as an alternative 5' cap on various RNAs. However, the function of the NAD RNA cap is still under investigation. We studied NAD capping of RNAs in HIV-1-infected cells because HIV-1 is responsible for the depletion of the NAD/NADH cellular pool and causing intracellular pellagra. By applying the NAD captureSeq protocol to HIV-1-infected and uninfected cells, we revealed that four snRNAs (e.g., U1) and four snoRNAs lost their NAD cap when infected with HIV-1. Here, we provide evidence that the presence of the NAD cap decreases the stability of the U1/HIV-1 pre-mRNA duplex. Additionally, we demonstrate that reducing the quantity of NAD-capped RNA by overexpressing the NAD RNA decapping enzyme DXO results in an increase in HIV-1 infectivity. This suggests that NAD capping is unfavorable for HIV-1 and plays a role in its infectivity.

• MeSH
• HIV infekce * virologie   metabolismus   MeSH
• HIV-1 * MeSH
• lidé MeSH
• malá jadérková RNA * metabolismus   genetika   MeSH
• NAD * metabolismus   MeSH
• RNA čepičky metabolismus   MeSH
• RNA malá jaderná * metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• hydroxid vápenatý chemie   terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• nemoci zubní dřeně klasifikace   terapie   MeSH
• odhalení zubní dřeně terapie   MeSH
• překrytí zubní dřeně metody   trendy   využití   MeSH
• terapie kořenového kanálku metody   trendy   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

• Klíčová slova
• CALXYD (DENTAL, ČR), ADHESOR FINE (DENTAL, ČR), ADHESOR CARBOFINE (DENTAL, ČR),
• MeSH
• hydroxid vápenatý MeSH
• překrytí zubní dřeně MeSH
• techniky in vitro MeSH
• zubní cementy MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Nucleoside-containing metabolites such as NAD+ can be incorporated as 5' caps on RNA by serving as non-canonical initiating nucleotides (NCINs) for transcription initiation by RNA polymerase (RNAP). Here, we report CapZyme-seq, a high-throughput-sequencing method that employs NCIN-decapping enzymes NudC and Rai1 to detect and quantify NCIN-capped RNA. By combining CapZyme-seq with multiplexed transcriptomics, we determine efficiencies of NAD+ capping by Escherichia coli RNAP for ∼16,000 promoter sequences. The results define preferred transcription start site (TSS) positions for NAD+ capping and define a consensus promoter sequence for NAD+ capping: HRRASWW (TSS underlined). By applying CapZyme-seq to E. coli total cellular RNA, we establish that sequence determinants for NCIN capping in vivo match the NAD+-capping consensus defined in vitro, and we identify and quantify NCIN-capped small RNAs (sRNAs). Our findings define the promoter-sequence determinants for NCIN capping with NAD+ and provide a general method for analysis of NCIN capping in vitro and in vivo.

• MeSH
• DNA řízené RNA-polymerasy metabolismus   MeSH
• endoribonukleasy metabolismus   MeSH
• Escherichia coli genetika   metabolismus   MeSH
• exprese genu genetika   MeSH
• genetická transkripce genetika   MeSH
• NAD metabolismus   MeSH
• nukleotidy genetika   MeSH
• počátek transkripce fyziologie   MeSH
• promotorové oblasti (genetika) genetika   MeSH
• RNA čepičky genetika   MeSH
• transkriptom genetika   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH

Direct pulp capping is often perceived as procedure with very uncertain prognosis and can stress even experienced practitioners. Clinical instructions for direct pulp capping by means of composite resin and with the aid of haemostatic gel are described. The successful preservation of pulp vitality is dependent on practitioner's ability to comply with indications, maintain isolated working field and stick to basic principles of adhesive dentistry

• MeSH
• kavita zubní dřeně patologie   MeSH
• lidé MeSH
• materiály pro překrytí zubní dřeně a pulpektomii MeSH
• odhalení zubní dřeně * etiologie   terapie   MeSH
• překrytí zubní dřeně * metody   MeSH
• prognóza MeSH
• složené pryskyřice terapeutické užití   MeSH
• trvalá zubní náhrada MeSH
• zubní materiály MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• výukové testy MeSH

• MeSH
• dítě MeSH
• hydroxid vápenatý škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• materiály pro překrytí zubní dřeně a pulpektomii * škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• mladiství MeSH
• polykarboxylátový cement * škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• překrytí zubní dřeně MeSH
• zinkoxid-eugenolový cement * škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• zubní cementy škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• zubní dřeň anatomie a histologie   účinky léků   MeSH
• zubní kaz * farmakoterapie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH

• MeSH
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• polykarboxylátový cement * škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• překrytí zubní dřeně MeSH
• zinkoxid-eugenolový cement * škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• zubní cementy * škodlivé účinky   terapeutické užití   MeSH
• zubní dřeň patologie   účinky léků   MeSH
• zubní kaz * farmakoterapie   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the coronavirus disease-19 pandemic. One of the key components of the coronavirus replication complex are the RNA methyltransferases (MTases), RNA-modifying enzymes crucial for RNA cap formation. Recently, the structure of the 2'-O MTase has become available; however, its biological characterization within the infected cells remains largely elusive. Here, we report a novel monoclonal antibody directed against the SARS-CoV-2 non-structural protein nsp10, a subunit of both the 2'-O RNA and N7 MTase protein complexes. Using this antibody, we investigated the subcellular localization of the SARS-CoV-2 MTases in cells infected with the SARS-CoV-2.

• MeSH
• COVID-19 virologie   MeSH
• lidé MeSH
• methyltransferasy analýza   genetika   metabolismus   MeSH
• monoklonální protilátky analýza   MeSH
• RNA čepičky genetika   metabolismus   MeSH
• RNA virová genetika   metabolismus   MeSH
• SARS-CoV-2 chemie   enzymologie   genetika   MeSH
• transport proteinů MeSH
• virové nestrukturální proteiny analýza   genetika   metabolismus   MeSH
• virové regulační a přídatné proteiny analýza   genetika   metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• Publikační typ
• abstrakty MeSH