Rostoucí výskyt rezistencí u původců nozokomiálních infekcí je jedním z hlavních problémů současné medicíny. Úspěšnou léčbu dále komplikuje schopnost těchto bakterií růst ve formě biofilmu. Mezi perspektivní alternativy léčby takových infekcí patří využití bakteriofágů. V rámci projektu budou izolovány nové fágy či jejich subtypy účinné vůči nozokomiálním kmenům stafylokoků a pseudomonád. Fágy budou podrobně charakterizovány z hlediska jejich biologických a genetických vlastností, včetně kompletní sekvence genomu. Pomocí metod kapilární elektroforézy bude ověřena možnost jejich kvantifikace ve vzorku pro účely kontroly kvality fágové kultury. Účinky těchto fágů či jejich synergické kombinace s antimikrobiálními látkami budou ověřovány na nozokomiálních izolátech, zejm. na multirezistentních kmenech. Na základě analýzy schopnosti testovaných fágů infikovat bakterie perzistující uvnitř makrofágů a bakterie rostoucí ve formě biofilmu bude navržena optimální terapeutická strategie pro léčbu chronických infekcí spojených s intracelulárním přežíváním bakterií či s tvorbou biofilmu.; The increasing resistance in agents of nosocomial infections is one of the main problems of current medicine. The efficient treatment is also complicated by their ability to form biofilm. One of perspective alternatives to the treatment of these infections is the use of bacteriophages. The project is focused on the isolation of new phages and their subtypes effective against multiresistant strains of staphylococci and pseudomonades. Phages will be biologically and genetically characterized, including complete genome sequence. Capillary electrophoresis methods will be employed for the detection of phages in cultures. The lytic effect of the virulent phages as well as the synergistic effect of bacteriophages with antimicrobials will be assessed on nosocomial isolates. Within the analysis of tested phages and their ability to induce infections in bacteria persisting intracellulary in macrophages and bacteria growing in biofilm, the optimal therapeutic strategy for the treatment of chronic infections caused by intracellular-living and/or biofilm-forming bacteria will be proposed.

• MeSH
• antiinfekční látky terapeutické užití   MeSH
• biofilmy účinky léků   MeSH
• elektroforéza MeSH
• fágová terapie metody   MeSH
• infekce spojené se zdravotní péčí terapie   MeSH
• lidé MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence účinky léků   MeSH
• Pseudomonas aeruginosa izolace a purifikace   MeSH
• Staphylococcus aureus izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Nově zavedenými molekulárními metodami na přímý průkaz infekcí S. aureus, MRSA, small colny variants (SCV) S. aureus a SCV-MRSA a speciálními kultivačními metodami opakovaně vyšetříme klinický materiál pacientů s CF (ročně zhruba 300 kmenů). Nově zavedené molekulárně diagnostické a typizační metody umožní přímý průkaz a klonální charakterizaci patogena, ale i analýzu rezistence (determinanty rezistence, hypermutatorový typ rezistence) a virulence (superantigeny, gen pvl). Aplikace těchto progresivních metod a interpretace jejich výsledků poslouží k přímé racionalizaci léčby konkrétních pacientů s CF. Analýza intracelulární perzistence a citlivosti kmenů k bakteriofágům, s důrazem na SCV a SCV-MRSA, in vitro vytvoří předpoklady pro další studium specifické fagoterapie u pacientů s CF.; The newly developed molecular methods for direct detection of S. aureus, MRSA, small colony variants (SCV) of S. aureus and SCV-MRSA and special culture methods will be used for repeat analyses of clinical specimens from CF patients (about 300 strains per year). The molecular diagnostic and typing methods will be helpful not only in direct detection and clonal characterization of the pathogen but also in the analysis of resistance (resistance determinants, hypermutator phenotype) and virulence (superantigens, the pvl gene). The obtained results and their interpretation will be vital for tailored treatment of CF patients. The analysis of intracellular persistence of strains and their in vitro susceptibility to bacteriophages, with emphasis on SCV and SCV-MRSA strains, will be a point of departure for the development of candidate phage therapy in CF patients.

• MeSH
• cystická fibróza komplikace   mikrobiologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus MeSH
• molekulární biologie MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• stafylokokové infekce MeSH
• Staphylococcus aureus patogenita   MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• bakteriologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Analýza výskytu vankomycin-rezistentních enterokolů humánní a animální provenience v olomouckém regionu, analýza jejich chromozomální i plazmidové DNA. Vliv selekčního tlaku antimikrobních preparátů na výskyt vankomycin-rezistentních enterokoků a možnosti jejich prevence v rámci racionální antobiotické politiky. Zavedení metodiky, umožňující rychlou a spolehlivou detekci determinant rezistence typu VanA a VanB pomocí PCR.amplifikace specifických genů kódujících rezistenci k vankomycinu.; Analysis of occurrence of vancomycin-resistant enterococci of human and animal origin in the region of Olomouc, analysis of their chromosomal and plasmide DNA. Effect of selection pressure of antimicrobial agents on the occurrence of vancomycin-resistantenterococci and possibilites of their prevention in the frame of rational antibiotic policy. Implementation of method enabling fast and reliable detection of determining factors of VanA and VanB resistance using PCR - amplification of specific genes coding resistance against vancomycin.

• MeSH
• antibiotická profylaxe MeSH
• bakteriální chromozomy MeSH
• bakteriální léková rezistence MeSH
• DNA bakterií analýza   MeSH
• Enterococcus faecalis MeSH
• rezistence na vankomycin MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• infekční lékařství
• biologie
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Určení patogenního stafylokoka S. aureus pomocí mutant jeho polyvalentního fága XXX XXX XXX

• MeSH
• stafylokokové bakteriofágy analýza   MeSH
• stafylokokové infekce genetika   diagnóza   MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• embryologie a teratologie
• genetika, lékařská genetika
• chemie, klinická chemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• Klíčová slova
• Staphylococcus brunensis,
• MeSH
• lidé MeSH
• Staphylococcus genetika   izolace a purifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Cíl práce: Kmeny Staphylococcus aureus patří mezi obávané bakteriální původce nozokomiálních i komunitních infekcí, a to hlavně tehdy, jsou-li rezistentní k antibiotikům, či mají-li významné faktory patogenity, nebo jsou schopny tvořit odolný biofilm. Hledání nových terapeutik, účinných na takové kmeny, je jednou z hlavních priorit medicíny a vědeckého výzkumu. Cílem studie bylo popsat výskyt S. aureus a podíl kmenů rezistentních k methicilinu (MRSA) diagnostikovaných v laboratořích Mikrobiologického ústavu Lékařské fakulty Masarykovy univerzity (LF MU) a Fakultní nemocnice (FN) u sv. Anny v Brně v letech 2011–2018. U vybraných kmenů S. aureus byla studována schopnost tvorby biofilmu, testována citlivost k antibiotikům a k fágovému přípravku Stafal®. Podmínkou bylo navrhnout metodu vhodnou pro jednoduché rutinní testování citlivosti bakterií k fágům. Materiál a metody: U 867 klinických izolátů S. aureus a u 132 kmenů náležících k dalším druhům rodu Staphylococcus (izolovaných v letech 2011–2017) byla testována citlivost k fágovému preparátu Stafal® za použití metody dvouvrstevného agaru. U všech kmenů S. aureus byla testována schopnost tvorby biofilmu modifikovanou Christensenovou metodou využívající mikrotitrační destičky a citlivost k protistafylokokovým antibiotikům (Diskovým difuzním testem). U 95 kmenů S. aureus byla metoda dvouvrstevného agaru (MDA) porovnána s námi navrženou metodou, která je založena na úbytku optické denzity (MOZ) bakteriální suspenze. Výsledky: Ve sledovaném období bylo v laboratořích LF MU a FN u sv. Anny v Brně diagnostikováno průměrně 2 900 kmenů S. aureus ročně. V hemokulturách a venózních katetrech s nálezem S. aureus byl podíl kmenů MRSA 8,8–15,2 %. Bylo potvrzeno, že kmeny S. aureus izolované z venózních katetrů a hemokultur byly silnějšími producenty biofilmu než kmeny z jiných klinických materiálů. Kmeny MRSA produkovaly biofilm silněji než kmeny methicilin citlivé (MSSA). K preparátu Stafal® bylo citlivých 90,4 % kmenů S. aureus. V souboru MRSA to bylo dokonce 99,0 % citlivých kmenů. Nebyla prokázána souvislost mezi citlivostí ke Stafalu® a schopností tvořit biofilm. Přesto, že jde o preparát zaměřený na S. aureus, byla určitá citlivost (26,5 %) prokázána i u dalších druhů stafylokoků. Nová jednoduchá metoda navržená pro rutinní testování citlivosti k fágovým preparátům pomocí MOZ byla srovnatelně citlivá a spolehlivá jako běžně používaná metoda MDA, kromě jednoduchosti a časové nenáročnosti přináší výhodu také v tom, že po prodloužení kultivace suspenze a frekvence měření můžeme sledovat i dynamiku působení fágů. Závěry: Ukázalo se, že podíl diagnostikovaných kmenů MRSA odpovídá výskytu kmenů v celé České republice a že zjištění týkající se produkce biofilmu jsou v souladu s dosavadními vědeckými poznatky. Hostitelské spektrum přípravku Stafal® je relativně široké a zahrnuje většinu kmenů S. aureus i některé koaguláza-negativní stafylokoky. Nejvyšší účinnost vykazuje na kmeny MRSA s další přidruženou rezistencí k antibiotikům (99,4 %). Na základě testování 867 kmenů S. aureus a 132 jiných druhů stafylokoků in vitro bylo prokázáno, že fágový preparát Stafal® je vhodným kandidátem pro léčbu stafylokokových infekcí i tam, kde klasická antibiotika selhávají. Navíc byla navržena jednoduchá metoda, jak rutinně testovat citlivost k fágům u klinických bakteriálních izolátů, což je nezbytným předpokladem terapeutické aplikace.

Aim: Staphylococcus aureus strains are the cause of frightening hospital and community infections, especially when they are resistant to antimicrobials, have important pathogenicity factors, or have biofilm production ability. Looking for novel therapeutic options which would be effective against such strains is one of the highest priorities of medicine and medical research. The study aim was to describe the occurrence of S. aureus strains and proportion of methicillin resistant strains (MRSA) detected in laboratories of the Microbiological Institute, Faculty of Medicine, Masaryk University (FM MU) and St. Anne's University Hospital, Brno in 2011-2018. Selected strains of S. aureus were tested for biofilm production ability and susceptibility to antimicrobials and Stafal®, a phage therapeutic agent. A prerequisite was to develop a simple routine method suitable for phage susceptibility testing of bacteria. Material and methods: Altogether 867 clinical isolates of S. aureus and 132 strains of other species of the genus Staphylococcus (isolated in 2011-2017) were tested for susceptibility to the phage therapy preparation Stafal® using the double-layer agar method. All strains of S. aureus were tested for biofilm production ability by the modified Christensen method with the use of titration microplates and for susceptibility to antistaphylococcal antibiotics by the disk diffusion test. For 95 S. aureus strains, the outcome of the double-layer agar method (DAM) was compared with that of our newly designed method (ODM) based on optical density decrease of the bacterial suspension. Results: During the study period, the laboratories of the Faculty of Medicine, Masaryk University (FM MU) and St. Anne's University Hospital, Brno detected 2900 strains of S. aureus per year on average. The proportion of MRSA among S. aureus isolates from blood culture and venous catheters ranged between 8.8-15.2 %. S. aureus strains recovered from venous catheters and blood culture were confirmed as stronger biofilm producers than those from other clinical specimens. MRSA strains showed higher biofilm production than methicillin susceptible strains (MSSA). As many as 90.4 % of S. aureus strains tested susceptible to the Stafal® preparation. Even a higher proportion, i.e. 99.0 %, of MRSA strains were Stafal® susceptible. No relationship was found between Stafal® susceptibility and biofilm production ability. Although Stafal® targets primarily S. aureus, some susceptibility (26.5 %) was also found for other staphylococcal species. A novel simple method designed for routine testing of susceptibility to phage therapy preparations based on optical density decrease was comparably sensitive and reliable as the commonly used double-layer agar method (DAM) and, in addition to being easy and rapid to perform, after prolonged suspension culture and at higher measurement frequency, it has an extra advantage of providing the possibility for monitoring also phage action dynamics. Conclusions: The proportion of MRSA strains detected in this study is comparable to that reported for the whole Czech Republic, and the biofilm production data are consistent with scientific evidence. The host range of the Stafal® preparation is relatively wide and covers most strains of S. aureus and some coagulase negative staphylococci. The highest efficiency of Stafal® (99.4 %) was observed against MRSA strains with multiple types of antibiotic resistance. In vitro testing of 867 strains of S. aureus and 132 other staphylococcal species has shown the phage therapy preparation Stafal® to be a suitable candidate therapeutic option for the treatment of staphylococcal infections, especially in case of failure of conventional antibiotic therapy. Moreover, a simple method for routine phage susceptibility testing of clinical bacterial isolates has been designed, which is an essential tool to be used in phage therapy.

• Klíčová slova
• STAFAL,
• MeSH
• biofilmy účinky léků   MeSH
• fágová terapie * metody   MeSH
• klinická studie jako téma MeSH
• lidé MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus * účinky léků   MeSH
• Staphylococcus aureus účinky léků   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Klíčová slova
• Staphylococcus pseudintermedius, MLSB rezistence,
• MeSH
• bakteriální léková rezistence * MeSH
• faktory virulence * genetika   klasifikace   MeSH
• genotyp MeSH
• methicilin MeSH
• mikrobiální testy citlivosti metody   MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• multiplexová polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• psi MeSH
• stafylokokové infekce kůže * mikrobiologie   MeSH
• stafylokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus * genetika   klasifikace   patogenita   MeSH
• virulence genetika   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• psi MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

A prospective study (2007-2013) was undertaken to investigate clinical features and prognostic factors of necrotizing pneumonia caused by Staphylococcus aureus producing Panton-Valentine leukocidin (PVL) in the Czech Republic. Twelve cases of necrotizing pneumonia were detected in 12 patients (median age 25 years) without severe underlying disease. Eight cases occurred in December and January and the accumulation of cases in the winter months preceding the influenza season was statistically significant (P < 0·001). The course of pneumonia was very rapid, leading to early sepsis and/or septic shock in all but one patient. Seven patients died and mortality was fourfold higher in those patients presenting with primary pneumonia than with pneumonia complicating other staphylococcal/pyogenic infection elsewhere in the body. The S. aureus isolates displayed considerable genetic variability and were assigned to five lineages CC8 (n = 3), CC15 (n = 2), CC30 (n = 2), CC80 (n = 1), and CC121 (n = 3) and one was a singleton of ST154 (n = 1), all were reported to be associated with community-acquired infection. Four strains were methicillin resistant. The high case-fatality rate can only be reduced by improving the speed of diagnosis and a rapid test to detect S. aureus in the airways is needed.

• MeSH
• bakteriální pneumonie farmakoterapie   mikrobiologie   mortalita   MeSH
• bakteriální toxiny biosyntéza   MeSH
• dospělí MeSH
• exotoxiny biosyntéza   MeSH
• genetická variace MeSH
• infekce získané v komunitě mikrobiologie   MeSH
• kojenec MeSH
• leukocidiny biosyntéza   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• methicilin rezistentní Staphylococcus aureus genetika   metabolismus   MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• nekróza mikrobiologie   MeSH
• plíce patologie   MeSH
• prognóza MeSH
• prospektivní studie MeSH
• roční období MeSH
• septický šok mikrobiologie   MeSH
• Staphylococcus aureus MeSH
• streptokokové infekce farmakoterapie   mikrobiologie   mortalita   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Od léta 2013, kdy jsme ve Zprávách CEM naposled referovali o aktuálních taxonomických změnách v rodu Staphylococcus, bylo popsáno pět dalších nových stafylokoků. V červenci 2013 byl v International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) popsán druh S. jettensis, který byl následně v lednu 2014 reklasifikován jako třetí poddruh S. petrasii. Tento nový poddruh S. petrasii subsp. jettensis se stejně jako další poddruhy S. petrasii vyskytuje v humánním klinickém materiálu. V letošním lednu byl publikován popis dalších dvou druhů S. argenteus a S. schweitzeri. Oba druhy jsou koaguláza pozitivní a fenotypově i fylogeneticky jsou velmi blízké druhu S. aureus. Aktuálně byly v IJSEM přijaty do tisku popisy dalších dvou nových stafylokoků. V březnu byl akceptován popis celkem již devátého stafylokoka popsaného českými autory, S. petrasii subsp. pragensis, izolovaného z humánního klinického materiálu. Dalším, zatím posledním popsaným druhem, je S. argensis, izolovaný v Německu z říčního sedimentu. V současnosti zahrnuje rod Staphylococcus 49 různých druhů, 9 druhů má dva poddruhy, jeden tři a jeden čtyři poddruhy.

Since the summer of 2013 when changes to the taxonomy of the genus Staphylococcus were last reported, five novel staphylococcal species have been described. In July 2013, the species S. jettensis was proposed in the International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) but was reclassified into the third subspecies of S. petrasii in January 2014. Similarly to other subspecies of S. petrasii, the novel subspecies S. petrasii subsp. jettensis is found in human clinical specimens. In January 2015, two novel staphylococcal species, S. argenteus and S. schweitzeri, were described. They are both coagulase positive and phenotypically and phylogenetically close to the species S. aureus. The manuscripts describing two additional staphylococcal species have been accepted for publication in IJSEM in 2015. In March 2015, the description of the ninth novel staphylococcal species proposed by Czech authors, S. petrasii, subsp. pragensis, isolated from human clinical material, was accepted for publication. Another, the most recent novel staphylococcal species is S. argensis isolated from river sediment in Germany, the proposal of which was accepted for publication in IJSEM in May 2015. Currently, the genus Staphylococcus includes 49 different species, with nine species having two subspecies, one species having three subspecies, and one species having four subspecies.

• MeSH
• deoxyribonukleasa EcoRI * klasifikace   MeSH
• lidé MeSH
• ribotypizace využití   MeSH
• Staphylococcus * klasifikace   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH