Vývoj nádorů kolonu je doprovázen komplexními změnami buněčných lipidů a jejich metabolismu a je spojen s dalšími modulacemi chování buněk působením dietetických i endogenních lipidových složek. Zcela však chybí komplexní studie analyzující buněčný lipidom a identifikující vztahy lipidových molekul a běžně užívaných markerů nádorů kolonu. Kombinace analýz vzorků z nádorových pacientů a experimentální práce in vitro, plánovaná v projektu, směřuje k identifikaci a další charakterizaci prediktivního, diagnostického a terapeutického významu lipidových biomarkerů u nádorů kolonu. Využity budou pokročilé lipidomické a biomatematické přístupy. Identifikace změn ve složení lipidů, nebo v proteinech regulujících transport a metabolismus lipidů, poskytnou unikátní informace o lipidových nádorových markerech spojených s nádory kolonu i potenciálních terapeutických cílech. To pomůže zlepšit diagnostiku i terapeutické přístupy v klinické praxi.; The development of colon cancer (CC) is accompanied with complex changes of cellular lipids and/or their metabolism, and it is associated with further modulations of cell behaviour by both dietary and endogenous lipid compounds. However, complex studies analysing the CC cellular lipidome, and identifying relationships of these lipid molecules and currently used tumour biomarkers in CC, are largely missing. The proposed project intends to employ a combination of tumour patient sample screening and experimental work in vitro, in order to identify and further characterize predictive, diagnostic and/or therapeutic power of lipid biomarkers in CC, using the currently available advanced lipidomic and biomathematical techniques. Based on the identified changes in lipid composition, and/or proteins involved in regulation of lipid transport/metabolism, the project will provide unique information about lipid-related CC tumour markers and potential therapeutic targets. This may help to improve CC diagnostics or therapeutic tools in clinical practice.

• MeSH
• epitelové buňky chemie   MeSH
• lidé MeSH
• lipidomika MeSH
• lipidy chemie   MeSH
• mastné kyseliny chemie   MeSH
• metabolismus lipidů MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory tračníku diagnóza   MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biochemie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Přestože se spektrum biomarkerů užívaných v onkologii neustále rozšiřuje, zůstává stanovení morfologie nádorů rozhodujícím kritériem diagnostiky. U karcinomů prsu bylo nedávno zjištěno, že stupeň diferenciace je provázen změnami exprese miRNA. Není však nic známo o tom, zda popsané změny souvisí se změnou morfologie a zda mají individuální nebo obecný charakter. Cílem navrhovaného projektu je použít zatím unikátní přístup a srovnat expresní profil miRNA z různých částí téhož nádoru s rozdílnou morfologickou charakteristikou i nádorů se stejnou morfologií od různých pacientek a zároveň zjistit, zda je možné tyto specifické miRNA detekovat v krvi. Pro řešení navrhujeme použít mikrodisekční metody izolace buněk z parafínových bloků TNBC a mikročipovou analýzu miRNA. Tkáňové a sérové hladiny vybraných miRNA budou sledovány pomocí qPCR v rozšířeném validačním souboru a jejich funkce bude studována pomocí experimentů na buněčných liniích. Projekt by mohl přispět k odhalení nových principů řídících morfogenezi v nádorech a rovněž k identifikaci nových diagnostických a prognostických znaků.; Although the spectrum of cancer biomarkers is constantly expanding, determining the morphology is a decisive criterion for diagnosis. Recent research in breast cancer has shown that the degree of differentiation is accompanied by changes in miRNA expression. However, nothing is known about relationship between the described changes and tumor morphology or whether these changes have an individual or general character. We suggest to compare the miRNA expression profiles from different parts of the same tumor which have different morphology as well as tumors with the same morphology from different patients and analyse whether specific miRNAs are released into blood. Microdissection of cells from paraffin blocks of TNBC and miRNA microarray analysis will be used. Tissue and serum levels of selected miRNAs will be monitored by qPCR in an extended validation set and their functions will be studied by experiments on cell lines. The project could contribute to the discovery of new principles governing morphogenesis in tumors as well as identify novel diagnostic and prognostic markers.

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• exprese genu MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• mikrodisekce MeSH
• morfogeneze MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• prognóza MeSH
• triple-negativní karcinom prsu diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Dosažení patologické kompletní odpovědi po neoadjuvantní chemoterapii je ukazatelem dlouhodobé kontroly onemocnění. V předchozím projektu byla patologická kompletní odpověď pozorována významně častěji u nemocných s nádory expresí HER-2 a bez exprese HER-2 i hormonálních receptorů. Cílem předkládaného projektu je studovat biologickou odpověď na neoadjuvantní chemoterapii. Použity budou standardní režimy chemoterapie používané v jednotlivých centrech a volbu léčby projekt neovlivní. V retrospektivní studii na materiálu nemocných z 2 center budou vyhodnoceny rozdíly tumor infiltrujících lymfocytů u nemocných s různým fenotypem nádoru, bude také studován vliv exprese indoleamin 2,3-dioxygenázy na přítomnost tumor infiltrujících lymfocytů a bude provedeno imunohistochemické zhodnocení fenotypu nádoru. Budou rovněž sledovány změny metabolismu železa a citrulin, ukazatel toxicity léčby.; Pathologic complete response is an indicator of long-term disease control after neoadjuvant chemotherapy in breast carcinoma. In our earlier study, patologic complete response was observed significantly more often in patients with tumors expressing HER-2 or triple negative tumors. The aim of the present study is to study biologic response to neoadjuvant chemotherapy in patients treated with standard regimens that will not be affected by the project. In a retrospective study on material from patients in 2 centers difference in tumor infiltrating lymphocytes in patients with different tumor phenotype as well as the association between indoleamine 2,3-dioxygenase expression and the presence of tumor infiltrating lymphocytes will be evaluated together with tumor phenotype using immunohistochemistry. Alterations of iron metabolism and citrulline, an indicator of intestinal toxicity, will also be assessed.

• MeSH
• alfa-tokoferol MeSH
• citrulin analýza   MeSH
• fenotyp MeSH
• imunohistochemie MeSH
• imunologické faktory MeSH
• indolamin-2,3,-dioxygenasa MeSH
• karcinom prsu in situ MeSH
• kynurenin MeSH
• lymfocyty účinky léků   MeSH
• nádory prsu MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• neopterin MeSH
• poruchy metabolismu železa MeSH
• prognóza MeSH
• receptor erbB-2 MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• triple-negativní karcinom prsu MeSH
• vitamin A MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. Exprese Skp2 a její změny budou analyzovány u subpopulací nádorových kmenových buněk a po modulaci aktivity androgenového receptoru a signálních drah indukujících EMT. 2. Význam proteinu Skp2 v biologii nádorových kmenových buněk a v nádorové progresi bude studován po snížení exprese Skp2 pomocí siRNA/shRNA metodami, které umožňují analyzovat cytokinetické parametry nádorových buněk. 3. Exprese Skp2 a dalších vybraných proteinů bude retrospektivně vyšetřena na archivních vzorcích nádoru prostaty. 4. Získané výsledky přispějí k objasnění úlohy Skp2 a signálních drah ovlivňujících buněčnou plasticitu ve vzniku a rozvoji nádorového onemocnění prostaty a ukáží nové možnosti terapie tohoto vážného onemocnění.; 1. Expression of Skp2 will be analyzed in various subpopulations of prostate cancer stem cells and after modulation of AR activity and EMT-inducing signaling pathways. 2. Importance of Skp2 in biology of cancer stem cells and prostate cancer progression will be studied after its knock-down with siRNA/shRNA and after modulation of AR activity and EMT-inducing signaling pathways by proliferation, differentiation and invasion tests. 3. Expression of Skp2 and other selected proteins will be evaluated in archive specimens of prostate cancer. 4. The obtained data will contribute to elucidating the role of Skp2 and cell plasticity modulating pathways in prostate cancer and can bring important implications for treatment of this serious disease.

• MeSH
• epitelo-mezenchymální tranzice MeSH
• hybridizace in situ MeSH
• imunohistochemie MeSH
• karcinom MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• nádorové kmenové buňky MeSH
• nádory prostaty MeSH
• plasticita buňky MeSH
• prognóza MeSH
• proteiny asociované s kinázou S-fáze MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• testy nádorových kmenových buněk MeSH
• western blotting MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

V současné době pro pacienty s BE neexistuje možnost spolehlivé predikce rizika progrese do EAC. Předkládaný projekt směřuje k nalezení nových diagnostických a prediktivních markerů (diagnostického panelu miRNA). Analýza exprese vybraných miRNA (diagnostický panel) umožní zpřesnění histopatologické diagnostiky (stupně dysplázie a časného záchytu progrese do HGD a EAC) pacientů s BE, především tím, že molekulárně-genetická vyšetření nejsou zatížena variabilitou danou subjektivním hodnocením histopatologického nálezu, a vykazují vyšší míru senzitivity. Diagnostický panel miRNA dále umožní stratifikaci pacientů s BE do skupin dle rizika progrese do EAC, konkrétně umožní nalézt tzv. ?high-risk? podskupinu. Přesnější predikce rizika u pacientů s BE umožní racionálnější nastavení programu jejich sledování, a následně také časnější záchyt progrese do vyššího stupně dysplazie a EAC.; Nowadays there is no reliable possibility for BE patients to predict risk of progression to adenocarcinoma (EAC). Proposed project aims finding of new diagnostic and predictive markers (miRNA based diagnostic panel). Particular miRNA expression analysiswill enable the histopathological diagnostics refinement (dysplastic grade and early detection of progression into HGD and EAC). This statement is based on fact that molecular-genetic examinations are very sensitive and are not influenced by variabilityof histopathological sample subjective evaluation. MiRNA based diagnostic panel will further enable stratification of BE patients to subgroups according to their individual risk of progression to EAC, particularly it will enable the ?high-risk? subgroupsdetection. More accurate risk prediction in BE patients enable more rationalized monitoring design and early detection of progression to higher dysplastic grade or EAC.

• MeSH
• adenokarcinom in situ MeSH
• Barrettův syndrom patofyziologie   MeSH
• biopsie MeSH
• cytodiagnostika MeSH
• hodnocení rizik MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• mikro RNA analýza   diagnostické užití   MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• nádory jícnu prevence a kontrola   MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Projekt je zaměřen na poznání nových mechanismů účinků vybraných platinových (Pt) cytostatik, ligandů PPAR? a jejich kombinací na molekulární a buněčné úrovni. U buněčných linií odvozených z nádorů kolonu a prostaty (senzitivních i rezistentních včetně specifických transfektantů a ?knock-out? linií) budou analyzovány specifické geny a proteiny regulující buněčný cyklus a apoptózu. Očekáváme odlišnou expresi u buněčných populací odvozených z normálních a nádorových tkání. Zjištěné rozdíly budou srovnávány s výsledky klinických vzorků z pacientů s analogickými nádory, což přispěje k lepšímu pochopení a nové interpretaci výsledků. Cílem je postihnout podstatné rozdíly z hlediska cytokinetiky a pokusit se odvodit jejich význam pro predikci účinnosti léčbyPt cytostatiky (včetně nových vysoce účinných komplexů) a posoudit úlohu ligandů PPAR? (potenciální kooperativní efekt) v těchto procesech s využitím nejmodernějších metod molekulární biologie a analytické cytometrie.; The project aims to improve our understanding of novel mechanisms of the effects of platinum (Pt) cytostatics, PPAR? ligands and their combinations at both molecular and cellular level. We will analyze specific genes and proteins regulating cell cycle and apoptosis in cell lines derived from colon and prostate carcinoma (incl. both sensitive and resistant cells, specific transfectants and knock-outs). We expect a distinct expression in cells derived from tumour and normal tissues. The identified differences will be compared with clinical samples derived from patients with analogous tumours, in order to improve the interpretation of results. The goal is understanding of significant differences from the point of view of cytokinetics, interpretation of their importance for prediction of therapy with Pt cytostatics (incl. novel complexes) and analysis of the role of PPAR? ligands in these potential cooperative effect using up-to-date methods of molecular biology and analytical cytometry.

• MeSH
• apoptóza MeSH
• buněčný cyklus MeSH
• cytostatické látky terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie MeSH
• nádory prostaty farmakoterapie   MeSH
• nádory tračníku farmakoterapie   MeSH
• nádory farmakoterapie   MeSH
• platina terapeutické užití   MeSH
• PPAR gama terapeutické užití   MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. Osteolýza (OL) je považována za největší problém endoprotetiky kyčle/kolena. Pro indukci OL jsou nejdůležitější DAMP receptory makrofágů a fibroblastů, které reagují na protetické částice. 2. O rozsahu OL rozhodují amplifikační prozánětlivé/protizánětlivé dráhy a zejména stupeň osteoklastogeneze. Pokud se rozvine adaptace na částice, nerozvine se ani výrazný zánět, ani osteoklastogeneze, tj. nevzniknou rozsáhlé kostní defekty. 3. Projekt je zaměřen na analýzu expresních profilů (mRNA, proteiny) vybraných kandidátních molekul (KM) v periprotetických tkáních v různých časových obdobích po implantaci endoprotézy. Analýza expresních profilů bude doplněna imunohistochemickou detekcí, resp. vyšetřením vybraných genových polymorfismů regulujících expresi KM. 4. Srovnání expresního profilu u pacientů v různých obdobích po operaci/s různým rozsahem OL umožní identifikovat molekuly/dráhy, které jsou sdruženy s nevýznamnou/významnou OL/předčasným selháním. Projekt umožní určit KM pro diagnostiku/léčbu OL.; 1.Osteolysis(OL) is considered a major cause of hip/knee arthroplasty failure. DAMP receptors on macrophages, fibroblasts stimulated by particles induce increased inflammatory chemokine/cytokine synthesis. 2.The extent of OL depends on regulatory molecules (RM) of pro-inflammatory pathways and increased osteoclastogenesis. If the tissues do not adapt to particles then OL develops and vice versa. 3.Project is focused on analysis of expression profiles (EP) - mRNA, proteins - of selected RM in periprosthetic tissues obtained from patients with different extent of OL/time to surgery. EP will be supplemented with immunohistochemical/joint fluid analysis/ investigation of candidate gene polymorphism. 4. Comparing EPs and further data between cases with different extent of OL/time to reoperation we will be able to identify molecules/pathways connected with insignificant/ significant OL/early prosthetic failure. Project can identify candidate molecules for diagnostics/treatment of OL.

• MeSH
• amplifikace genu MeSH
• chirurgie operační MeSH
• exprese genu MeSH
• genetické testování MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kloubní pouzdro imunologie   MeSH
• messenger RNA MeSH
• náhrada kyčelního kloubu MeSH
• osteolýza diagnóza   etiologie   imunologie   terapie   MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• totální endoprotéza kolene MeSH
• zánět genetika   imunologie   MeSH

• Konspekt
• Ortopedie. Chirurgie. Oftalmologie
• NLK Obory
• ortopedie
• biochemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Barrettův jícen s možností přechodu v dysplazii a následně v adenokarcinom je jasnou prekancerozou. Dispenzarizace pacientů s Barrettovým jícnem je šancí k odhalení high - grade dysplazie a časné formy adenokarcinomu, což může prognózu těchto pacientů zlepšit. Využitím nových endoskopických metod NBI ( narrow band imaging ) a AFI ( autofluorescence imaging ) zpřesníme diagnostiku Barrettova jícnu a zpřesníme i odběr biopsií k histologickému vyšetření. Z hlediska experimentálního je Barrettův jícen ideálním modelem pro studium karcinogeneze ? pomocí imunohistochemických a molekulárně biologických metod (analýza změn exprese proteinů podílejících se na odpovědi na DNA poškození; sledování aktivity telomerázy; změny expresního profilu miRNA) můžeme v biopsiích z Barrettova jícnu odhalit již u pacientů s obrazem bez dysplazie nebo s obrazem low-grade dysplazie případy s vysokým rizikem maligního zvratu.; Because of a sequence of histological changes in Barrett?s oesophagus (intestinal metaplasia, dysplasia, adenocarcinoma), it is considered as precancerosis. Therefore, dispenzarization of patiens with BE may help us find high-grade dysplasia and early adenocarcinoma cases and consequently improve the prognosis of these patients. The recent endoscopic methods, NBI (narrow band imaging) and AFI (autofluorescence imaging) can help find suspect lessions, to predict the histology in real time and to take accurate biopsy specimen for histological examination. From the experimental point of view, BE is also excellent example for studying cancerogenesis with using immunohistochemical and molecular-biologic approaches (analysis of expression of DNA damage response related proteins; changes in telomerase activity; analysis of miRNA) we will be able to detect cases with high risk of malignant transformation even in patiens with no or low-grade dysplasia.

• MeSH
• Barrettův syndrom patofyziologie   MeSH
• biopsie MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   využití   MeSH
• fluorescenční spektrometrie metody   využití   MeSH
• gastrointestinální endoskopie metody   využití   MeSH
• histocytochemie metody   využití   MeSH
• mikro RNA analýza   MeSH
• nádorové procesy MeSH
• nádory jícnu etiologie   MeSH
• poškození DNA MeSH
• prekancerózy diagnóza   MeSH
• telomerasa analýza   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• gastroenterologie
• onkologie
• radiologie, nukleární medicína a zobrazovací metody
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Zjistit, zda vybrané ligandy PPARs (ciglitazon a příbuzné látky) ovlivňují růst a diferenciaci linií gliálních nádorů mozku získaných metodou explantace a primokultury. Analýza vlivu antagonistů PPARs (Diclofenac, Nimesulid, MK 886, atd.) na proliferacia diferenciaci gliálních nádorů mozku a testování nových látek vhodných k potenciálnímu terapeutickém zásahu. Vzhledem k existenci hematoencefalické bariéry bude analyzována schopnost průniku těchto látek přes tuto bariéru. Bude sledován vliv těchto látek na některé důležité regulační proteiny buněčného cyklu, zvl. PTEN, jehož poškození hraje v patogenezi gliálních nadorů jednu z klíčových rolí.; To find if selected synthetic ligands of PPARs (ciglitazone, etc.) affect growth and differentiation of cell explants of glial tumors. Analysis of effect of PPAR antagonists (Diclofenac, Nimesulid, MK 886, etc.) on proliferation and differentiation of glial tumors and searching for other molecules which may be potentially used for therapeutic intervention. Due to existence of haematoencephalic barrier, we will analyze the ability of selected molecules to cross this barrier. Study of the effect of PPARsagonists and antagonists on expression of particular proteins of cell cycle, especially PTEN, which is known to be one of the most important regulatory protein involved in the pathogenesis of glial tumors.

• MeSH
• astrocytom farmakoterapie   MeSH
• buněčná diferenciace MeSH
• buněčný cyklus účinky léků   MeSH
• glioblastom patologie   MeSH
• proliferace buněk MeSH
• receptory aktivované proliferátory peroxizomů terapeutické užití   MeSH
• receptory cytoplazmatické a nukleární MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• neurologie
• farmacie a farmakologie
• biochemie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Porušení signálních drah JAK/STAT a jejich inhibitorů může být příčinou selhání imunitního dozoru a může napomáhat při vzniku a šíření různých nádorů, včetně karcinomů prostaty, mléčné žlázy a astrogliálních nádorů. Cílem je analýza exprese proteinů rodiny STAT,JAK a jejich inhibitorů SOCS u nádorů mozku, mléčné žlázy a prostaty a jejich korelace s proliferační aktivitou, gradingem a expresí hormonálních receptorů či proteinů regulujících apoptózu a buněčný cyklus. Předpokládáme identifikaci nových prognostických a prediktivních znaků u nádorů mozku, mléčné žlázy a prostaty.; Disruption of signaling of JAK/STAT/SOCS may be the cause of failure of immune surveillance and may participate in development and invasion of various tumors, including carcinomas of prostate gland, breast and glial tumors of brain. The aim is analysis of expression of proteins JAK/STAT/SOCS in carcinomas of prostate gland, breast and in gliomas and its correlation with grading, expression of steroid receptors and proteins regulating apoptosis, proliferation and cell cycle. We suppose identification ofnew prognostic and predictive markers in glial tumors of brain and in carcinomas of breast and prostate gland.

• MeSH
• cellular apoptosis susceptibility protein MeSH
• nádory mozku MeSH
• nádory prostaty MeSH
• nádory prsu MeSH
• prognóza MeSH
• proteiny buněčného cyklu MeSH
• steroidní receptory MeSH
• transkripční faktory MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR