Q95460464
Dotaz
Zobrazit nápovědu
- MeSH
- časná detekce nádoru metody MeSH
- kolorektální nádory diagnóza prevence a kontrola MeSH
- lidé MeSH
- nádory plic diagnóza patologie prevence a kontrola MeSH
- nádory prsu diagnóza prevence a kontrola MeSH
- nádory * diagnóza klasifikace prevence a kontrola MeSH
- screeningové diagnostické programy * MeSH
- výběr pacientů MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Východiska: Prognóza pacientů s karcinomem kolorekta (colorectal cancer – CRC) závisí především na rozsahu onemocnění v době diagnózy, proto je brzký záchyt jedním z hlavních předpokladů úspěšné léčby. Současný výzkum ukazuje, že exozomální dlouhé nekódující RNA (lncRNA) jsou spojeny s rozvojem nádorových onemocnění. Jelikož jsou lncRNA často tkáňově specifické, jejich kvantifikace v exozomech se nabízí jako neinvazivní metoda pro včasnou detekci CRC. V naší práci jsme se zaměřili na optimalizaci protokolu pro analýzu exozomálních lncRNA z krevního séra pacientů s CRC jako potenciálních diagnostických biomarkerů. Materiál a metody: Exozomy byly izolovány pomocí gelové chromatografie ze 150 μl séra pacientů s CRC a zdravých dárců. Jejich kvalita a kvantita byla potvrzena elektronovou mikroskopií a analýzou dynamického rozptylu světla (dynamic light scattering – DLS) a proteinové markery byly detekovány metodou Western blot. Po izolaci RNA byly ze vzorků připraveny cDNA knihovny, které byly sekvenovány pomocí NextSeq 550. Výsledky: Úspěšně jsme izolovali exozomy a ověřili jsme jejich vlastnosti několika různými metodami. Knihovny byly připraveny ze všech vzorků i přes velmi nízký objem výchozího materiálu. Sekvenační data potvrzují přítomnost protein kódující (50 %) i nekódující RNA, kterou tvoří především lncRNA (28,2 %), pseudogeny (15,2 %) a další typy RNA (6,5 %). Výsledky dále ukázaly významně změněné hladiny některých lncRNA, na základě jejichž exprese bylo možné odlišit vzorky od pacientů s CRC od vzorků zdravých kontrol. Pomocí analýzy obohacení genové sady (gene set enrichment analysis – GSEA) jsme pozorovali významně obohacené třídy genů, které souvisejí s opravami DNA nebo regulací buněčného cyklu. Závěr: Naše pilotní data naznačují, že lncRNA představují významnou část RNA přítomné v exozomech a jejich rozdílné hladiny mají schopnost odlišit CRC pacienty od zdravých kontrol. Analýza obohacených genů zároveň prokázala významné zastoupení lncRNA podílejících se na regulaci buněčného cyklu a oprav DNA, což naznačuje jejich možné zapojení do procesů kancerogeneze. Výsledky je však třeba ověřit na větším souboru pacientů.
Background: The prognosis of patients with colorectal cancer (CRC) depends mainly on the extent of the disease at the time of diagnosis; therefore, early detection is one of the main prerequisites for successful treatment. Current research shows that exosomal long non-coding RNAs (lncRNAs) are associated with cancer development. As lncRNAs are often tissue specific, their quantification in exosomes is proposed as a non-invasive method for early detection of CRC. In this study, we aimed to optimize a protocol for analyzing exosomal lncRNAs from blood serum of CRC patients as potential diagnostic biomarkers. Material and methods: Exosomes were isolated by gel chromatography from 150 μl of serum of CRC patients and healthy donors. Their quality and quantity were confirmed by electron microscopy and dynamic light scattering (DLS) analysis; protein markers were detected by Western blot. After RNA isolation, cDNA libraries were prepared and sequenced using NextSeq 550. Results: We successfully isolated exosomes and verified them by several methods. Libraries were prepared from all samples despite very low volume of starting material. The sequencing data confirmed the presence of both protein-coding (50%) and non-coding RNAs, which consisted mainly of lncRNAs (28.2%), pseudogenes (15.2%) and other RNA types (6.5%). The results also showed significantly altered levels of some lncRNAs that could distinguish samples from CRC patients and healthy controls. Using gene set enrichment analysis (GSEA), we observed significantly enriched classes of genes related to DNA repair or cell cycle regulation. Conclusion: Our preliminary data suggest that lncRNAs represent a significant fraction of the RNA present in exosomes and that their distinct levels can separate CRC patients from healthy controls. The analysis of enriched genes also showed a significant representation of lncRNAs involved in cell cycle regulation and DNA repair, suggesting their possible involvement in cancerogenesis. However, the results need to be verified in a larger cohort of patients.
Syndrom adenokarcinomu žaludku a mnohočetné polypózy žaludku (GAPPS) je variantou syndromu familiární adenomatózní polypózy. Jedná se o autozomálně dominantně dědičný syndrom nádorové predispozice s časně se vyvíjející masivní polypózou žaludku, lokalizovanou ve fundu a těle žaludku, nikoliv v antru, s vysokým rizikem vzniku adenokarcinomu. V roce 2016 Li et al publikovali výsledky výzkumu, kde zjistili, že bodové mutace v oblasti Ying Yang 1 vazebného místa 1B promotoru APC genu jsou zodpovědné za asociaci s GAPPS příznaky. Tato regulační oblast většinou není zahrnuta v panelech pro masivní paralelní sekvenování a je nutné ji dovyšetřit Sangerovým sekvenováním. První údaje o rodině s GAPPS v České republice byly publikovány v roce 2016. V Masarykově onkologickém ústavu bylo zachyceno osm rodin s výskytem dědičného syndromu GAPPS. U všech rodin byla zjištěna jedna patogenní mutace v promotoru 1B APC genu, NM_001127511: c.-191T > C. Tato mutace nebyla nalezena u žádného pacienta s mnohočetnou polypózou tlustého střeva bez zjištěné klasické mutace v genu APC. Celkem bylo diagnostikováno 24 osob nosičů této mutace v promotoru 1B APC genu. Z těchto 24 osob mělo 20 nosičů masivní polypózu žaludku s více než 100 fundickými glandulárními polypy diagnostikovanou ve věku od 22 do 65 let, 5 již zemřelo na adenokarcinom žaludku (ve věku 29, 40, 59, 60 a 64 let), další žena ve věku 29 let se léčila. Dvě nosičky mutace ve věku 31 a 65 let zatím nemají vyvinutou polypózu žaludku, u jedné ve věku 58 let je incipientní polypóza žaludku. Nosič mutace nemá žádné klinické příznaky, gastroskopie nebyla vzhledem k věku indikována. Preventivní totální gastrektomie s D2 lymfadenektomií byla provedena 6x v Masarykově onkologickém ústavu, v 5 případech bez nálezu adenokarcinomu ve věku 27, 34, 44, 51, 66, u jedné nosičky mutace byl ve věku 29 let nalezen G2 adenokarcinom žaludku v histologickém preparátu. Další dvě profylaktické gastrektomie s D1 lymfadenektomií byly provedeny ve Fakultní nemocnici Brno u nosičů ve věku 42 a 50 let. Bodová mutace c.-191T > C (rs879253783) v 1B promotoru APC genu je v České republice častou příčinou polypózy žaludku a nese vysoké riziko adenokarcinomu žaludku i v mladém věku. Pozitivně testovaní pacienti jsou dispenzarizováni v rizikové onkologické ambulanci. Nezbytnou součástí diskuze s pacientem je informace o preventivní gastrektomii.
Gastric adenocarcinoma and proximal polyposis of the stomach (GAPPS) is a rare variant of familial adenomatous polyposis. It is an autosomal-dominant cancer-predisposition syndrome with massive polyposis of the stomach and a significant risk of gastric adenocarcinoma. Li et al., 2016, described point mutations in the Ying Yang 1 binding site of the APC gene 1B promoter associated with GAPPS syndrome. The first GAPPS syndrome in a Czech family was described in 2016. At Masaryk Memorial Cancer Institute, GAPPS syndrome was diagnosed in eight families using Sanger sequencing. In all families, one mutation in promoter 1B of APC gene NM_001127511: c.-191T > C was detected. This mutation was not found in any patient with multiple colon polyposis without a detected classic mutation in the APC gene. In total, 24 carriers of this mutation in promoter 1B of the APC gene were detected. Out of those 24 carriers, 20 had massive gastric polyposis with more than 100 fundic glandular polyps diagnosed between the age of 22 and 65, 5 had already died of adenocarcinoma of the stomach (at the ages of 29, 40, 59, 60 and 64, respectively) and another woman was treated at the age of 29. Two female carriers do not yet have polyposis of the stomach at the ages of 31 and 65, respectively; one female carrier has incipient polyposis at the age of 58. A male carrier does not have any clinical symptoms, gastroscopy was not indicated because of his age. Prophylactic total gastrectomy with D2 lymphadenectomy has already been performed 6 times at Masaryk Memorial Cancer Institute, in 5 cases without adenocarcinoma at the ages of 27, 34, 44, 51 and 66, respectively; in one female carrier adenocarcinoma of the stomach was detected in a histology specimen. Two prophylactic gastrectomies with D1 lymphadenectomy were performed at University Hospital Brno at the ages of 42 and 50, respectively. In the Czech Republic point mutation c.-191T > C (rs879253783) in the 1B promoter of the APC gene is a frequent cause of gastric polyposis with a high risk of gastric adenocarcinoma, even at a young age. Positively tested individuals are recommended to high-risk oncology clinic. A necessary part of the discussion with the patient is information about a preventive gastrectomy.
- MeSH
- dědičné nádorové syndromy * MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé MeSH
- nádory žlučníku * genetika prevence a kontrola MeSH
- polypy MeSH
- rodina MeSH
- žaludek chirurgie patologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
