Cílem publikace je představit čtenářům charakteristiku open-source software a otevřených formátů. Hlavní důraz bude kladem především na posílení bezpečnosti informačních systémů díky využívání open source software, ekonomické úspory při využívání tohoto typu software a zodpovězení nejčastějších právních otázek týkajících se distribuce a využívání open source software. Open source software a otevřené formáty jsou dle názoru autora ideální pro využití ve veřejné správě i soukromém sektoru, a to zejména z důvodů posílení bezpečnosti IT/IS (neomezený přístup ke zdrojovým kódům) a ekonomickým úsporám.

Karl Fogel je velice aktivní vývojář a advokát svobodného softwaru. Pravděpodobně nejznámější je jeho role ve vývoji populárního systému pro správu verzí Subversion, jehož byl po řadu let hlavním vývojářem. Podílel se také na tvorbě systému pro hostování projektů Launchpad či editoru Emacs a napsal řadu esejů a článků popularizujících svodobný přístup k vývoji softwaru.; Příručka poskytuje ucelený přehled problematiky vedení vývoje svobodného softwaru. Popisuje jednotlivé části managementu vývoje open-source softwaru, dotýká se také licenčních a právních aspektů těchto programů.

Kniha Výkonnost open source aplikací obsahuje dvanáct případových studií, jejichž autoři popisují řadu metod a triků vedoucích ke zlepšení výkonu. Škála je opravdu široká: počínaje spekulativními optimalizacemi, díky nimž nás moderní webové prohlížeče udivují svou předvídavostí, přes sofistikované algoritmy syntaktické analýzy, až po specifika mobilních zařízení.; Příručka se zabývá laděním výkonnosti softwarových aplikací.

Nové webové (HTML 5, WebAssembly, JavaScript, Web Components) a modelovací (FMI) standardy otevírají možnosti vytváření webových simulátorů propojujících simulační modely, grafiku, hypertext a multimédia, které lze spouštět na jakémkoliv zařízení s internetovým prohlížečem. Na těchto standardech je založena i naše technologie BodyLight.js.

• MeSH
• biologické modely MeSH
• fyziologické jevy MeSH
• fyziologie MeSH
• internet MeSH
• lidé MeSH
• počítačem řízená výuka MeSH
• počítačová simulace * MeSH
• software MeSH
• teoretické modely MeSH
• učební pomůcky * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Benchmarking and monitoring of urban design and transport features is crucial to achieving local and international health and sustainability goals. However, most urban indicator frameworks use coarse spatial scales that either only allow between-city comparisons, or require expensive, technical, local spatial analyses for within-city comparisons. This study developed a reusable, open-source urban indicator computational framework using open data to enable consistent local and global comparative analyses. We show this framework by calculating spatial indicators-for 25 diverse cities in 19 countries-of urban design and transport features that support health and sustainability. We link these indicators to cities' policy contexts, and identify populations living above and below critical thresholds for physical activity through walking. Efforts to broaden participation in crowdsourcing data and to calculate globally consistent indicators are essential for planning evidence-informed urban interventions, monitoring policy effects, and learning lessons from peer cities to achieve health, equity, and sustainability goals.

• MeSH
• celosvětové zdraví * MeSH
• lidé MeSH
• prostorová analýza MeSH
• software MeSH
• velkoměsta MeSH
• zdravotní stav * MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH
• Research Support, U.S. Gov't, P.H.S. MeSH
• Geografické názvy
• velkoměsta MeSH

Open source paradigm is becoming widely accepted in scientific communities and open source hardware is finding its steady place in chemistry research. In this review article, we provide the reader with the most up-to-date information on open source hardware and software resources enabling the construction and utilization of an "open source capillary electrophoresis instrument". While CE is still underused as a separation technique, it offers unique flexibility, low-cost, and high efficiency and is particularly suitable for open source instrumental development. We overview the major parts of CE instruments, such as high voltage power supplies, detectors, data acquisition systems, and CE software resources with emphasis on availability of the open source information on the web and in the scientific literature. This review is the first of its kind, revealing accessible blueprints of most parts from which a fully functional open source CE system can be built. By collecting the extensive information on open source capillary electrophoresis in this review article, the authors aim at facilitating the dissemination of knowledge on CE within and outside the scientific community, fosters innovation and inspire other researchers to improve the shared CE blueprints.

• MeSH
• design vybavení MeSH
• elektroforéza kapilární přístrojové vybavení   MeSH
• elektronika přístrojové vybavení   MeSH
• software MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

In this short report we introduce DigitalVHI, a free open-source software application for obtaining Voice Handicap Index (VHI) and other questionnaire data, which can be put on a computer in clinics and used in clinical practice. The software can simplify performing clinical studies since it makes the VHI scores directly available for analysis in a digital form. It can be downloaded from http://www.christian-herbst.org/DigitalVHI/.

• MeSH
• akustika * MeSH
• jazyk (prostředek komunikace) * MeSH
• kvalita hlasu * MeSH
• lidé MeSH
• měření tvorby řeči metody   MeSH
• počítačová grafika MeSH
• počítačové zpracování signálu * MeSH
• poruchy hlasu diagnóza   patofyziologie   MeSH
• posuzování pracovní neschopnosti * MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• prognóza MeSH
• průzkumy a dotazníky MeSH
• software * MeSH
• stupeň závažnosti nemoci MeSH
• uživatelské rozhraní počítače MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Recent COVID-19 vaccines unleashed the potential of mRNA-based therapeutics. A common bottleneck across mRNA-based therapeutic approaches is the rapid design of mRNA sequences that are translationally efficient, long-lived and non-immunogenic. Currently, an accessible software tool to aid in the design of such high-quality mRNA is lacking. Here, we present mRNAid, an open-source platform for therapeutic mRNA optimization, design and visualization that offers a variety of optimization strategies for sequence and structural features, allowing one to customize desired properties into their mRNA sequence. We experimentally demonstrate that transcripts optimized by mRNAid have characteristics comparable with commercially available sequences. To encompass additional aspects of mRNA design, we experimentally show that incorporation of certain uridine analogs and untranslated regions can further enhance stability, boost protein output and mitigate undesired immunogenicity effects. Finally, this study provides a roadmap for rational design of therapeutic mRNA transcripts.

• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

For decades, biologists have relied on software to visualize and interpret imaging data. As techniques for acquiring images increase in complexity, resulting in larger multidimensional datasets, imaging software must adapt. ImageJ is an open-source image analysis software platform that has aided researchers with a variety of image analysis applications, driven mainly by engaged and collaborative user and developer communities. The close collaboration between programmers and users has resulted in adaptations to accommodate new challenges in image analysis that address the needs of ImageJ's diverse user base. ImageJ consists of many components, some relevant primarily for developers and a vast collection of user-centric plugins. It is available in many forms, including the widely used Fiji distribution. We refer to this entire ImageJ codebase and community as the ImageJ ecosystem. Here we review the core features of this ecosystem and highlight how ImageJ has responded to imaging technology advancements with new plugins and tools in recent years. These plugins and tools have been developed to address user needs in several areas such as visualization, segmentation, and tracking of biological entities in large, complex datasets. Moreover, new capabilities for deep learning are being added to ImageJ, reflecting a shift in the bioimage analysis community towards exploiting artificial intelligence. These new tools have been facilitated by profound architectural changes to the ImageJ core brought about by the ImageJ2 project. Therefore, we also discuss the contributions of ImageJ2 to enhancing multidimensional image processing and interoperability in the ImageJ ecosystem.

• MeSH
• počítačové zpracování obrazu * MeSH
• software * MeSH
• umělá inteligence * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• Research Support, N.I.H., Extramural MeSH