Cíl studie: Zhodnocení kaskádového vyšetření metodami kvantitativní fluorescenční PCR (QF-PCR – quantitative fluorescence PCR) a SNP array (single nucleotide polymorphism array) při identifikaci chromozomálních abnormalit u potracených plodů. Soubor a metodika: V průběhu let 2018–2020 bylo v laboratořích Gennetu zpracováno 1 094 vzorků potracených plodů. Standardní schéma kaskádového vyšetření zahrnovalo screening základních aneuploidií metodou QF-PCR setem Omnibor (STR markery 13, 18, 21, X a Y), setem SAB-nadstavba I (STR markery 2, 7, 15, 16, 22), setem SAB-nadstavba II (od listopadu 2019, STR markery 4, 6, 14) a následně vyšetření metodou SNP array (Illumina). U všech vzorků bylo provedeno ověření/vyloučení maternální kontaminace. Výsledky: Po vyloučení maternální kontaminace (32 % vzorků) bylo metodou QF-PCR vyšetřeno 742 vzorků, 469 (63,2 %) z nich mělo negativní nález a 273 (36,8 %) patologický nález. Vzorky 469 plodů s negativním QF-PCR nálezem byly následně vyšetřeny metodou SNP array. Normální ženský/mužský profil byl potvrzen u 402 plodů (85,7 %), chromozomální aneuploidie a velké chromozomální aberace (delece/duplikace > 10 Mb) u 51 vzorků (10,9 %). U 16 (3,4 %) vyšetřených plodů byla nalezena mikrodelece nebo mikroduplikace, ve dvou případech se jednalo o patogenní mikrodelece a ve 14 o variantu nejasného významu bez přímé souvislosti s abortem. Byl potvrzen statisticky významný vyšší záchyt chromozomálních aberací u plodů žen s věkem > 35 let. Mezi skupinami vyšetřených abortů u gravidit po spontánní koncepci a po in vitro fertilizaci nebyl prokázán statisticky významný rozdíl. Závěr: Kaskádovým vyšetřením metodami QF-PCR a SNP array byla objasněna genetická příčina u 43 % všech vyšetřených abortů. Záchyt chromozomálních abnormalit u časných abortů v I. trimestru byl 50,4 %.

Objective: The evaluation of quantitative fluorescence PCR (QF-PCR) and single nucleotide polymorphism array (SNP array) analysis for the identification of chromosomal abnormalities in products of conception (POC). Materials and methods: A total of 1,094 POC samples were processed at Gennet in the years 2018–2020. Chromosomal aneuploidies were tested by QF-PCR using a Omnibor set (STR markers 13, 18, 21, X a Y), SAB-I set (STR markers 2, 7, 15, 16, 22), SAB-II set (from November 2019, STR markers 4, 6, 14) followed by SNP array analysis (Illumina) on samples with a negative QF-PCR result. All POC samples were tested for maternal contamination. Results: After exclusion of maternal contamination (32% samples) the total number of 742 POC samples were tested by QF-PCR. Chromosomal aneuploidies were found in 273 POC samples (36.8%). Then, 469 QF-PCR negative POC samples were tested by SNP array analysis. Normal female/male profile was confirmed in 402 samples (85.7%) and chromosomal aneuploidies and chromosomal aberrations (deletion/duplication > 10 Mb) in 51 samples (10.9%). Microdeletion/microduplication was found in 16 POC samples (3.4%), two were classified as pathogenic variants and 14 as variants of unknown significance. In a group of women > 35 years of age, statistically significant increase of the chromosomal abnormalities was confirmed. No statistically significant difference between the in vitro fertilization group and the group of spontaneous conception was found. Conclusion: The application of the molecular work-up based on the stepwise use of QF-PCR and SNP array clarifies the cause of the abortion in 43% POC samples. The overall detection rate in the I. trimester was 50.4%.

• MeSH
• aneuploidie MeSH
• chromozomální aberace embryologie   MeSH
• chromozomální delece MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce * MeSH
• lidé MeSH
• potracený plod * abnormality   embryologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

We observed bilateral cataracts on second trimester ultrasound, in two consecutive pregnancies, with no other structural defects detected. The parents were unrelated and had no family history for the disease. The first pregnancy was terminated in week 22. Copy number variation analysis revealed, in both the aborted fetus and the mother, a 495 kb duplication at 22q11.23 encompassing CRYBB3 and CRYBB2, and not present in variation databases. In the second pregnancy, lens hyperechogenicity was detected by ultrasound at week 13 and 4 days. The identical duplication at 22q11.23 was found in the fetus and considered as possibly pathogenic. At weeks 22 and 30, smaller orbit measurements were elucidated on ultrasound, raising concerns as to the underlying molecular genetic cause, necessitating further investigation. Whole-exome sequencing, using DNA of the first fetus, was performed shortly after the birth of a male child, and two truncating RAB3GAP1 mutations were detected: c.538G>T; p. (Glu180*) and c.943C>T; p. (Arg315*). Neither mutation has been previously reported to be disease-causing; however, evaluation in the context of previously published literature indicated their deleterious nature, implying a clinical diagnosis of Warburg micro syndrome or Martsolf syndrome. Sanger sequencing confirmed segregation of the two mutations within the family, consistent with autosomal recessive inheritance. The child born from the second pregnancy showed features typical of Warburg micro syndrome, with the exception of microcephaly, at age 31 months. © 2016 Wiley Periodicals, Inc.

• MeSH
• atrofie optického nervu diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• beta-krystaliny - řetězec B genetika   MeSH
• exony genetika   MeSH
• hypogonadismus diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• katarakta vrozené   diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mentální retardace diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• mikrocefalie diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• mnohočetné abnormality diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• mutace MeSH
• novorozenec MeSH
• potracený plod patofyziologie   MeSH
• rab3 proteiny vázající GTP genetika   MeSH
• rodokmen MeSH
• rohovka abnormality   patofyziologie   MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• těhotenství MeSH
• ultrasonografie prenatální MeSH
• variabilita počtu kopií segmentů DNA genetika   MeSH
• Check Tag
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• novorozenec MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíl studie: Analýza klinického přínosu array vyšetření choriové biopsie (CVS) a návrh efektivnějšího postupu genetického vyšetření v I. trimestru. Typ studie: Retrospektivní studie. Název a sídlo pracoviště: Gennet, Centrum lékařské genetiky a reprodukční medicíny, Praha. Materiál a metodika: V rámci prenatální diagnostiky v I. trimestru bylo u 913 vzorků CVS provedeno QF-PCR (screening aneuploidií chromozomů 13,18, 21, X, Y) a stanovení karyotypu. Paralelně s těmito metodami bylo u 179 vzorků s normálním výsledkem z obou metod provedeno vyšetření SNP-array (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1). Výsledky: Metodou QF-PCR bylo zachyceno 229 chromozomálních aneuploidií z 911 úspěšně provedených vyšetření (25 %). Konvenčními cytogenetickými metodami byly zachyceny nebalancované chromozomální aberace u 239 z 897 úspěšně vyšetřených plodů (27 %), v 95 % šlo o potvrzení výsledku QF-PCR (227/239), 10 nebalancovaných chromozomálních aberací nezahrnovalo chromozomy sledované metodou QF-PCR. Metodou array bylo u plodů s normálním výsledkem z obou výše uvedených metod odhaleno dalších 13 klinicky relevantních chromozomálních aberací (7,5 %). Závěr: Na základě analýzy našich dat a publikovaných studií jsme v laboratořích Gennetu navrhli nový algoritmus pro vyšetření choriových klků v I. trimestru. Hlavní změnou je nahrazení karyotypu metodou array u všech plodů, kde je normální výsledek z QF-PCR. Výsledkem bude efektivnější záchyt patologických klinicky relevantních chromozomálních aberací u vyšetřovaných plodů.

Objective: Array technology in chorionic villus sampling (CVS) – analysis of clinical benefit and a proposal of a more effective 1st trimester genetic testing policy. Design: Retrospective study. Setting: Gennet, Center of Medical Genetics and Reproductive Medicine, Prague. Material and methods: Total of 913 CVS were performed at Gennet between 2010–2014. All 913 samples were tested by QF-PCR rapid test for aneuploidy of chromosomes 13, 18, 21, X and Y and karyotyping following standard long term culture. Microarray analysis (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1) was performed on 179 samples with normal result from both – QF-PCR and karyotyping. Results: At 229 samples the common chromosomal aneuploidy was detected using rapid QF-PCR (25% from 911 successful rapid tests). Conventional karyotyping revealed 239 unbalanced chromosome aberrations (27% from 897 successful cultivations). 227/239 (95%) positive karyotypes confirmed QF-PCR finding of common aneuploidies. 10 unbalanced chromosome aberrations were not covered by rapid QF-PCR test. Microarray analysis of samples with normal result from both– QF-PCR and karyotyping– revealed 13 clinically relevant chromosome aberrations (7.5%). Conclusion: New policy for chorionic villi testing at Gennet was established. Based on evaluation of the results of karyotyping, array and QF-PCR and analysis of published data we decided to replace karyotyping by microarray analysis in all cases of foetuses with normal results from QF-PCR. More effective detection of pathological and clinically relevant chromosome aberrations in examined foetuses is expected.

• Klíčová slova
• QF-PCR, kvantitativní fluorescenční PCR,
• MeSH
• algoritmy MeSH
• aneuploidie MeSH
• chromozomální poruchy * diagnóza   genetika   MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• karyotypizace MeSH
• kultivované buňky MeSH
• lidé MeSH
• odběr choriových klků * MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• první trimestr těhotenství MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• těhotenství MeSH
• ultrasonografie prenatální MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Walker-Warburg syndrome (WWS) is a rare form of autosomal recessive, congenital muscular dystrophy that is associated with brain and eye anomalies. Several genes encoding proteins involved in abnormal α-dystroglycan glycosylation have been implicated in the aetiology of WWS, most recently the ISPD gene. Typical WWS brain anomalies, such as cobblestone lissencephaly, hydrocephalus and cerebellar malformations, can be prenatally detected through routine ultrasound examinations. Here, we report two karyotypically normal foetuses with multiple brain anomalies that corresponded to WWS symptoms. Using a SNP-array examination on the amniotic fluid DNA, a homozygous microdeletion was identified at 7p21.2p21.1 within the ISPD gene. Published data and our findings led us to the conclusion that a homozygous segmental intragenic deletion of the ISPD gene causes the most severe phenotype of Walker-Warburg syndrome. Our results also clearly supports the use of chromosomal microarray analysis as a first-line diagnostic test in patients with a foetus with one or more major structural abnormalities identified on ultrasonographic examination.

• MeSH
• delece genu * MeSH
• exprese genu MeSH
• homozygot MeSH
• karyotyp MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 7 MeSH
• mozek metabolismus   patologie   MeSH
• nukleotidyltransferasy nedostatek   genetika   MeSH
• plod MeSH
• potrat eugenický MeSH
• rodina MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• syndrom Walker-Walburgové diagnóza   genetika   patologie   ultrasonografie   MeSH
• ultrasonografie prenatální MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

Jacobsen syndrome (JBS) is a rare chromosomal disorder caused by terminal deletion of the long arm of chromosome 11. We report on four prenatally diagnosed patients with JBS with variable prenatal and postnatal phenotypes and 11q deletions of varying sizes. Precise characterization of the deleted region in three patients was performed by SNP arrays. The severity of both the prenatal and postnatal phenotypes did not correlate with the size of the haploinsufficient region. Despite the large difference in the deletion size (nearly 6 Mb), both of the live-born patients had similar phenotypes corresponding to JBS. However, one of the most prominent features of JBS, thrombocytopenia, was only present in the live-born boy. The girl, who had a significantly longer deletion spanning all four genes suspected of being causative of JBS-related thrombocytopenia (FLI1, ETS1, NFRKB, and JAM3), did not manifest a platelet phenotype. Therefore, our findings do not support the traditional view of deletion size correlation in JBS or the causative role of FLI1, ETS1, NFRKB, and JAM3 deletion per se for the development of disease-related thrombocytopenia.

• MeSH
• chromozomální delece * MeSH
• dospělí MeSH
• fenotyp MeSH
• genetické asociační studie MeSH
• Jacobsenův syndrom genetika   patofyziologie   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 11 genetika   MeSH
• mladý dospělý MeSH
• protoonkogenní protein c-fli-1 genetika   MeSH
• trombocytopenie genetika   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

BACKGROUND: A decrease in the age at cancer onset and increase in cancer incidence in successive generations in Li-Fraumeni syndrome (LFS) families with germline TP53 mutations have been previously described. In the current study a possible relation was analyzed between telomere length and cancer onset in TP53 mutation carriers. METHODS: Telomere length was measured using real-time quantitative polymerase chain reaction (PCR) in 20 carriers of germline TP53 mutations and in 83 unrelated healthy individuals. According to the age at blood sampling, patients and controls were divided into 2 age groups, children and adults. Telomere length was correlated to TP53 mutation status and telomere shortening in patients to the age at cancer onset. A t-test and linear regression were used to analyze the data. RESULTS: Compared with healthy controls, telomere length was significantly shorter both in the child (P = .001) and adult (P = .034) germline T53 mutation carriers. Although a statistically significant correlation between telomere shortening and the age at cancer onset was not observed, there was a trend of shorter telomeres in mutation carriers affected in childhood compared with those affected later in life. Neither cancer therapy nor sex differences were likely to affect the results. CONCLUSIONS: The findings suggest a possible link between the carriership of a germline TP53 mutation, telomere length, predisposition to early-onset cancer, and anticipation in LFS. (c) 2007 American Cancer Society.

• MeSH
• detekce genetických nosičů MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• lidé MeSH
• Liův-Fraumeniho syndrom genetika   krev   MeSH
• messenger RNA genetika   metabolismus   MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• nádory genetika   krev   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• telomery fyziologie   MeSH
• věk při počátku nemoci MeSH
• zárodečné mutace genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Clonality was tested in 86 tumours from 25 patients with recurrent and multifocal superficial bladder transitional cell carcinomas (TCCs) using the analysis of TP53 mutations and of LOH in the 17p13 and 9p21 regions. Tumours from the majority of individuals showed either absence or presence of the same TP53 mutation and/or an identical LOH pattern, with the same allele lost in all tumours. Only two pairs of tumours from two patients had discordant findings, which were incompatible with monoclonality. Therefore, our results rather support the monoclonal model of development of highly recurrent superficial bladder TCCs.

• MeSH
• financování organizované MeSH
• karcinom z přechodných buněk genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 17 MeSH
• lidské chromozomy, pár 9 MeSH
• monoklonální protilátky chemie   MeSH
• mutace MeSH
• nádorový supresorový protein p53 biosyntéza   genetika   MeSH
• nádory močového měchýře genetika   MeSH
• progrese nemoci MeSH
• recidiva MeSH
• senioři MeSH
• ztráta heterozygozity MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• nádory močového měchýře etiologie   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH

• MeSH
• diagnostické techniky urologické statistika a číselné údaje   využití   MeSH
• lidé MeSH
• mutageny diagnostické užití   klasifikace   MeSH
• nádorové biomarkery metabolismus   MeSH
• nádory močového měchýře diagnóza   MeSH
• ztráta heterozygozity MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH