Heterogeneity of colorectal carcinoma (CRC) represents a major hurdle towards personalized medicine. Efforts based on whole tumor profiling demonstrated that the CRC molecular subtypes were associated with specific tumor morphological patterns representing tumor subregions. We hypothesize that whole-tumor molecular descriptors depend on the morphological heterogeneity with significant impact on current molecular predictors. We investigated intra-tumor heterogeneity by morphology-guided transcriptomics to better understand the links between gene expression and tumor morphology represented by six morphological patterns (morphotypes): complex tubular, desmoplastic, mucinous, papillary, serrated, and solid/trabecular. Whole-transcriptome profiling by microarrays of 202 tumor regions (morphotypes, tumor-adjacent normal tissue, supportive stroma, and matched whole tumors) from 111 stage II-IV CRCs identified morphotype-specific gene expression profiles and molecular programs and differences in their cellular buildup. The proportion of cell types (fibroblasts, epithelial and immune cells) and differentiation of epithelial cells were the main drivers of the observed disparities with activation of EMT and TNF-α signaling in contrast to MYC and E2F targets signaling, defining major gradients of changes at molecular level. Several gene expression-based (including single-cell) classifiers, prognostic and predictive signatures were examined to study their behavior across morphotypes. Most exhibited important morphotype-dependent variability within same tumor sections, with regional predictions often contradicting the whole-tumor classification. The results show that morphotype-based tumor sampling allows the detection of molecular features that would otherwise be distilled in whole tumor profile, while maintaining histopathology context for their interpretation. This represents a practical approach at improving the reproducibility of expression profiling and, by consequence, of gene-based classifiers.

• MeSH
• kolorektální nádory * genetika   patologie   MeSH
• lidé MeSH
• regulace genové exprese u nádorů MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• transkriptom MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

BAP1-inactivated melanocytic tumor (BIMT) is a group of melanocytic neoplasms with epithelioid cell morphology molecularly characterized by the loss of function of BAP1, a tumor suppressor gene located on chromosome 3p21, and a mutually exclusive mitogenic driver mutation, more commonly BRAF. BIMTs can occur as a sporadic lesion or, less commonly, in the setting of an autosomal dominant cancer susceptibility syndrome caused by a BAP1 germline inactivating mutation. Owing to the frequent identification of remnants of a conventional nevus, BIMTs are currently classified within the group of combined melanocytic nevi. "Pure" lesions can also be observed. We studied 50 BIMTs from 36 patients. Most lesions were composed of epithelioid melanocytes of varying size and shapes, resulting extreme cytomorphological heterogeneity. Several distinctive morphological variants of multinucleated/giant cells were identified. Some hitherto underrecognized microscopic features, especially regarding nuclear characteristics included nuclear blebbing, nuclear budding, micronuclei, shadow nuclei, peculiar cytoplasmic projections (ant-bear cells) often containing micronuclei and cell-in-cell structures (entosis). In addition, there were mixed nests of conventional and BAP1-inactivated melanocytes and squeezed remnants of the original nevus. Of the 26 lesions studied, 24 yielded a BRAF mutation, while in the remaining two cases there was a RAF1 fusion. BAP1 biallelic and singe allele mutations were found in 4/22 and 16/24 neoplasms, respectively. In five patients, there was a BAP1 germline mutation. Six novel, previously unreported BAP1 mutations have been identified. BAP1 heterozygous loss was detected in 11/22 lesions. Fluorescence in situ hybridization for copy number changes revealed a related amplification of both RREB1 and MYC genes in one tumor, whereas the remaining 20 lesions studied were negative; no TERT-p mutation was found in 14 studied neoplasms. Tetraploidy was identified in 5/21 BIMTs. Of the 21 patients with available follow-up, only one child had a locoregional lymph node metastasis. Our results support a progression of BIMTs from a conventional BRAF mutated in which the original nevus is gradually replaced by epithelioid BAP1-inactivated melanocytes. Some features suggest more complex underlying pathophysiological events that need to be elucidated.

• MeSH
• dítě MeSH
• epiteloidní a vřetenobuněčný névus * genetika   MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• lidé MeSH
• nádorové supresorové proteiny genetika   MeSH
• nádory kůže * genetika   patologie   MeSH
• névus * MeSH
• pigmentový névus * genetika   patologie   MeSH
• protoonkogenní proteiny B-raf genetika   MeSH
• thiolesterasa ubikvitinu genetika   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Nekrobiotický xantogranulom je vzácné chronické onemocnění, řazené do skupiny non-Langerhans cell histiocytóz. Může mít závažné mimokožní příznaky. Obvykle je asociováno s monoklonální gamapatií typu MGUS nebo s mnohočetným myelomem. V textu popisovaný případ nekrobiotického xantogranulomu byl diagnostikován rok po stanovení diagnózy asymptomatického myelomu. Po léčbě složené z bortezomibu, lenalidomidu a dexametazonu bylo dosaženo kompletní remise mnohočetného myelomu, což znamená, že byla potlačena tvorba monoklonálního imunoglobulinu, takže nebyl detekovatelný ani imunofixační elektroforézou a v téže době vymizela kožní i jaterní ložiska nekrobiotického xantogranulomu na FDG-PET/CT zobrazení. Tento případ dokumentuje kauzální souvislost mezi monoklonálním imunoglobulinem a nekrobiotickým xantogranulomem.

Necrobiotic xanthogranuloma (NXG) is a rare chronic condition, belonging to the group non-Langerhans cell histiocytoses, which is relevant due to the possibility of extracutaneous involvement and association with systemic diseases, particularly monoclonal gammopathy, MGUS and multiple myeloma. The case reported here NXG was diagnosed after 1 years of evolution in patient with asymptomatic multiple myeloma. After treatment with bortezomib, lenalidomid and dexamethasone, there was evident abrupt decrease of monoclonal immunoglobulin to not measurable level (complete remission of multiple myeloma) and in the same time was evident disappearance of cutaneous and hepatic lesions of NXG on FDG-PET/CT. The etiopathogenetic association of monoclonal immunoglobulin with NXG is documented in this case report with disappearance of NXG in the time of disappearance of monoclonal immunoglobulin.

• MeSH
• bortezomib terapeutické užití   MeSH
• dexamethason terapeutické užití   MeSH
• lenalidomid terapeutické užití   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• myelomové proteiny * účinky léků   MeSH
• nekrobiotický xantogranulom * diagnostické zobrazování   diagnóza   terapie   MeSH
• paraproteinemie komplikace   MeSH
• PET/CT MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• autoimunitní nemoci MeSH
• bortezomib terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• lineární IgA bulózní dermatóza farmakoterapie   patologie   MeSH
• mnohočetný myelom farmakoterapie   MeSH
• pemfigus * farmakoterapie   patologie   MeSH
• rituximab terapeutické užití   MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

• Klíčová slova
• fluorescenční imunohistochemie,
• MeSH
• autoimunitní nemoci * patologie   MeSH
• biopsie MeSH
• fluorescenční protilátková technika nepřímá MeSH
• fluorescenční protilátková technika přímá * metody   přístrojové vybavení   MeSH
• fluorescenční protilátková technika MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kožní nemoci * patologie   MeSH
• kryoprezervace MeSH
• lidé MeSH
• odběr tkání a orgánů MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• MeSH
• barvení a značení metody   přístrojové vybavení   metody   normy   přístrojové vybavení   MeSH
• imunohistochemie metody   přístrojové vybavení   MeSH
• nádory diagnóza   patologie   ultrastruktura   MeSH

• MeSH
• Clostridioides difficile MeSH
• diferenciální diagnóza MeSH
• kožní T-buněčný lymfom * diagnóza   klasifikace   MeSH
• kůže anatomie a histologie   MeSH
• lidé MeSH
• lymfoproliferativní nemoci klasifikace   MeSH
• mycosis fungoides patologie   terapie   MeSH
• pseudomembranózní enterokolitida MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• Sézaryho syndrom MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

Rozsah nádoru a jeho úplné chirurgické odstranění patří k hlavním prognostickým faktorům v léčbě karcinomu rekta. Počet pooperačních lokálních recidiv závisí na úplnosti odstranění mezorekta –TME (total mesorectal excision) a dosažení bezpečných resekčních okrajů bez nádorů. Prostřednictvím multicentrické prospektivní studie bude parametricky sledována kvalita TME ve vztahu k onkologickému výsledku léčby. Na základě analýzy budou identifikována kritická místa a navržena potřebná opatření. Parametrické sledování má podpořit zvýšení kvality chirurgické léčby a v důsledku snížit počet lokálních recidiv po operacích karcinomu rekta.; Extent of the tumor and its complete surgical removal are major prognostic factors in rectal cancer treatment. Number of postoperative local recurrences depends on the completeness and quality of mesorectal excision -TME (total mesorectal excision) and tumor free resection margins. The aim of multicenter prospective study is to improve the quality of TME and verify whether the surgical and pathological measures help to reduce local recurrence.

• MeSH
• klinické protokoly MeSH
• kolorektální chirurgie MeSH
• kritické cesty MeSH
• lokální recidiva nádoru MeSH
• multicentrické studie jako téma MeSH
• nádory rekta chirurgie   terapie   MeSH
• prognóza MeSH
• prospektivní studie MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Úvod: Rozsah nádoru a kvalita jeho chirurgického odstranění patří k hlavním prognostickým faktorům v léčbě karcinomu rekta. Počet pooperačních lokálních recidiv závisí na úplnosti odstranění mezorekta – TME (total mesorectal excision) – a dosažení bezpečných resekčních okrajů bez nádoru. Provedení a kvalita operace záleží na předoperační diagnostice a detekci rizikových míst na rektu a mezorektu, na chirurgické schopnosti výkon správně provést a na patologickém vyšetření, hodnotícím úplnost odstranění nádoru v parametrech resekčních okrajů včetně cirkumferentního (CRO) a kompletnost mezorektální excize. Cílem práce bylo zavést a standardizovat metodu hodnocení kvality chirurgického výkonu − mezorektální excize – v léčbě karcinomu rekta hodnocením resekčních okrajů včetně CRO a kompletnosti excize. Metody: Studie měla dvě části. V první, retrospektivní části multicentrické studie byly v sestavě 288 pacientů analyzovány jednotlivé dílčí parametry diagnostiky, operací a histologického vyšetření karcinomu rekta, identifikována kritická místa a připraven jednotný protokol sledování. Ve druhé, prospektivní části studie byla v sestavě 600 pacientů tato data sledována parametricky a byla hodnocena kvalita TME ve vztahu k onkologickému výsledku léčby. Výsledky: V předoperační diagnostice se zvýšil podíl pacientů, kterým byl proveden restaging po neoadjuvantní léčbě z 60,0 % na 81,7 %. Podíl resekátů, u nichž nebyla hodnocena kvalita excize mezorekta, se snížil z 52,9 % v retrospektivní části na 22,8 % v části prospektivní. Podíl kompletních excizí mezorekta se zvýšil z 22,6 % na 26,0 %, podíl téměř kompletních excizí se zvýšil z 10,1 % v retrospektivní části na 24,0 % v prospektivní části studie. Závěr: Zavedení parametrického sledování do rutinní praxe zvýšilo kvalitu předléčebné a předoperační diagnostiky, vyšetření resekátu patologem a vlivem zpětnovazebné informace také kvalitu chirurgického výkonu.

Introduction: Tumour size and the quality of its complete surgical removal are the main prognostic factors in rectal cancer treatment. The number of postoperative local recurrences depends on whether the mesorectum has been completely removed – total mesorectal excision (TME) – and whether tumour-free resection margins have been achieved. The surgery itself and its quality depend on the accuracy of preoperative diagnosis and detection of risk areas in the rectum and mesorectum, on the surgeon’s skills, and finally on pathological assessment evaluating whether complete tumour excision has been accomplished including circumferential margins of the tumour, and whether mesorectal excision is complete. The aim of our study was to implement and standardize a new method of evaluation of the quality of the surgical procedure – TME – in rectal cancer treatment using an assessment of its circumferential margins (CRO) and completeness of the excision. Methods: The study consisted of two parts. The first, multi-centre retrospective phase with 288 patients analysed individual partial parameters of the diagnosis, operations and histological examinations of the rectal cancer. Critical points were identified and a unified follow-up protocol was prepared. In the second, prospective part of this study 600 patients were monitored parametrically focusing on the quality of the TME and its effect on the oncological treatment results. Results: The proportion of patients with restaging following neoadjuvant therapy increased from 60.0% to 81.7% based on preoperative diagnosis. The number of specimens missing an assessment of the mesorectal excision quality decreased from 52.9% in the retrospective part of to the study to 22.8% in the prospective part. The proportion of actually complete TMEs rose from 22.6% to 26.0%, and that of nearly complete TMEs from 10.1% to 24.0%. Conclusion: The introduction of parametric monitoring into routine clinical practice improved the quality of pre-treatment and preoperative diagnosis, examination of the tissue specimen, and consequently improved quality of the surgical procedure was achieved.

• Klíčová slova
• mezorektum, restaging,
• MeSH
• chirurgická patologie * normy   MeSH
• chirurgie trávicího traktu * metody   normy   MeSH
• dospělí MeSH
• klinické protokoly normy   MeSH
• kombinovaná terapie MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lokální recidiva nádoru prevence a kontrola   MeSH
• mezioborová komunikace MeSH
• nádory rekta * diagnóza   patologie   terapie   MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• prospektivní studie MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• reziduální nádor patologie   MeSH
• řízení kvality MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• staging nádorů MeSH
• statistika jako téma MeSH
• ukazatele kvality zdravotní péče MeSH
• zajištění kvality zdravotní péče normy   organizace a řízení   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• multicentrická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• srovnávací studie MeSH

BACKGROUND: Genomics and proteomics are nowadays the dominant techniques for novel biomarker discovery. However, histopathology images contain a wealth of information related to the tumor histology, morphology and tumor-host interactions that is not accessible through these techniques. Thus, integrating the histopathology images in the biomarker discovery workflow could potentially lead to the identification of new image-based biomarkers and the refinement or even replacement of the existing genomic and proteomic signatures. However, extracting meaningful and robust image features to be mined jointly with genomic (and clinical, etc.) data represents a real challenge due to the complexity of the images. RESULTS: We developed a framework for integrating the histopathology images in the biomarker discovery workflow based on the bag-of-features approach - a method that has the advantage of being assumption-free and data-driven. The images were reduced to a set of salient patterns and additional measurements of their spatial distribution, with the resulting features being directly used in a standard biomarker discovery application. We demonstrated this framework in a search for prognostic biomarkers in breast cancer which resulted in the identification of several prognostic image features and a promising multimodal (imaging and genomic) prognostic signature. The source code for the image analysis procedures is freely available. CONCLUSIONS: The framework proposed allows for a joint analysis of images and gene expression data. Its application to a set of breast cancer cases resulted in image-based and combined (image and genomic) prognostic scores for relapse-free survival.

• MeSH
• genomika metody   MeSH
• Kaplanův-Meierův odhad MeSH
• lidé MeSH
• nádory prsu genetika   patologie   MeSH
• počítačové zpracování obrazu * MeSH
• regulace genové exprese u nádorů * MeSH
• shluková analýza MeSH
• stanovení celkové genové exprese MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH