Cíl práce: Sledování výskytu bakterií Campylobacter spp. u drůbeže na jatkách, u drůbeže a vepřových jater v tržní síti a kravského mléka na Moravě. Stanovení rezistence animálních izolátů k vybraným antibiotikům a porovnání s antibiogramem humánních kmenů. Materiál a metodika: V průběhu roku 2013 byly v Jihomoravském a Olomouckém kraji na jatkách odebírány směsné vzorky obsahu slepých střev brojlerů, v tržní síti chlazená i mražená kuřata, chlazená vepřová játra a syrové kravské mléko z mléčných automatů. Vzorky byly kvalitativně i kvantitativně vyšetřeny na přítomnost bakterií Campylobacter spp. Získané izoláty byly testovány na rezistenci k antibiotikům. Současně byla rezistence sledována i u humánních izolátů pocházejících ze stejné oblasti. Výsledky: Ve 41,8 % testovaných vzorků potravin byly prokázány bakterie Campylobacter spp. Nejvyšší míra kontaminace (73,2 %) byla zjištěna u chlazené drůbeže. Ve vzorcích syrového kravského mléka Campylobacter spp. prokázán nebyl. Izoláty vykazovaly vysokou míru rezistence k chinolonovým antibiotikům, v případě C. coli navíc i k tetracyklinu a streptomycinu. Závěr: Byla zjištěna častá kontaminace sledovaných komodit kampylobaktery. Míra kontaminace v CFU/g se u jednotlivých komodit liší a zřejmě tak ovlivňuje reálné riziko infekce člověka. V případě nutnosti antibiotické terapie nelze použít chinolonová antibiotika. Dobrá úroveň bezpečného zacházení s potravinami u spotřebitelů je zásadním předpokladem pro prevenci vzniku onemocnění.
Objectives: To monitor the prevalence of Campylobacter spp. in poultry in slaughterhouses, poultry and pork liver at retail, and cow's milk in Moravia. To determine the resistance of animal isolates to selected antibiotics; and to compare it with an antibiogram of human strains. Material and Methods: Throughout the year 2013, the following samples were collected in the South Moravian and Olomouc Regions: mixed samples of broiler cecal contents in slaughterhouses, fresh and frozen chickens and pork liver at retail, and raw cow's milk from vending machines. The samples were both qualitatively and quantitatively analyzed for the presence of Campylobacter spp. The isolates recovered were tested for resistance to antibiotics. For comparison, antimicrobial resistance was also studied in human isolates from the same regions. Results: A total of 41.8% of the tested food samples were found to contain Campylobacter spp.. The most contaminated (73.2%) were fresh chickens. Campylobacter spp. were not detected in raw cow's milk samples. The isolates showed high levels of resistance to quinolone antibiotics and, in the case of C. coli, also to tetracycline and streptomycin. Conclusion: The studied commodities were frequently contaminated with Campylobacter spp. The levels of contamination (in CFU/g) varied between commodities and so, evidently, did the real risk for human infections. When antibiotic therapy is needed, quinolone antibiotics cannot be used. Adherence to high standards of consumer safe food handling is crucial for the prevention of diseases.
- MeSH
- bakteriální léková rezistence MeSH
- bakteriologické techniky MeSH
- Campylobacter coli izolace a purifikace patogenita MeSH
- Campylobacter jejuni izolace a purifikace patogenita MeSH
- drůbež MeSH
- hodnocení rizik MeSH
- imunitní dozor MeSH
- kampylobakterové infekce * prevence a kontrola MeSH
- kontaminace potravin * zákonodárství a právo MeSH
- lidé MeSH
- mléko MeSH
- nemoci přenášené potravou MeSH
- prasata MeSH
- prevalence MeSH
- skot MeSH
- zoonózy * prevence a kontrola MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
AIMS: Limited aeration has been demonstrated to cause slowdown in proliferation and delayed budding, resulting eventually in a unique unbudded G2-arrest in the obligate aerobic pathogenic yeast Cryptococcus neoformans. Also, the ability to adapt to decreased oxygen levels during pathogenesis has been identified as a virulence factor in C. neoformans. The aim of this study was to identify and characterize genes that are necessary for the proliferation slowdown and G2-arrest caused by limited aeration. METHODS: Random mutants were prepared and screened for lack of typical slowdown of proliferation under limited aeration. The CNAG_00156.2 gene coding for a zinc-finger transcription factor was identified in mutants showing most distinctive phenotype. Targeted deletion strain and reconstituted strain were prepared to characterize and confirm the gene functions. This gene was also identified in a parallel studies as homologous both to calcineurin responsive (Crz1) and PKC1-dependent (SP1-like) transcription factors. RESULTS: We have confirmed the role of the cryptococcal homologue of CRZ1/SP1-like transcription factor in cell integrity, and newly demonstrated its role in slowdown of proliferation and survival under reduced aeration, in biofilm formation and in susceptibility to fluconazole. CONCLUSIONS: Our data demonstrate a tight molecular link between slowdown of proliferation during hypoxic adaptation and maintenance of cell integrity in C. neoformans and present a new role for the CRZ1 family of transcription factors in fungi. The exact positioning of this protein in cryptococcal signalling cascades remains to be clarified.
- MeSH
- anaerobióza MeSH
- antifungální látky farmakologie MeSH
- biofilmy růst a vývoj MeSH
- Cryptococcus neoformans účinky léků genetika růst a vývoj MeSH
- delece genu MeSH
- flukonazol farmakologie MeSH
- kontrolní body buněčného cyklu genetika MeSH
- mikrobiální viabilita MeSH
- proteiny Caenorhabditis elegans genetika MeSH
- transkripční faktory genetika MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Cíl práce: Vyvinout metodu detekce genů podmiňujících ESBL (extended spectrum beta lactamase) fenotyp bakterií přímo z klinického materiálu pacienta. Metoda umožňuje detekci genu blaCTX-M kódujícího CTX-M beta-laktamázy a detekci variant blaSHV genu technologií real-time PCR s využitím locked nucleic acid (LNA) oligonukleotidů. Materiál a metody: V pilotní studii byly testovány tracheální aspiráty získané od pacientů s umělou plicní ventilací hospitalizovaných na oddělení KAR FN Olomouc v období 1. 3. až 30. 8. 2010. Každý vzorek byl standardně mikrobiologicky vyšetřen, u enterobakterií bylo provedeno fenotypové stanovení přítomnosti ESBL. Každý klinický materiál byl současně podroben analýze na přítomnost nukleových kyselin (DNA) kódujících CTX-M a SHV ESBL beta-laktamázy metodou real-time PCR. Výsledky: Do testování bylo zařazeno 150 vzorků tracheálního aspirátu od 71 pacientů. V souboru bylo kultivačně identifikováno 13 (8,7 %) ESBL pozitivních vzorků, zatímco metodou real-time PCR jich bylo identifikováno 27 (18 %). Z 27 PCR pozitivních vzorků bylo pozitivních na přítomnost blaCTX-M sekvence 24 vzorků, dva na přítomnost ESBL blaSHV genu a v jednom vzorku byly identifikovány oba geny. Všechny kultivačně pozitivní vzorky byly zároveň PCR pozitivní na přítomnost blaCTX-M a/nebo blaSHV sekvence. Závěr. Nová metoda výrazně zkracuje dobu detekce kmenů enterobakterií s geny pro produkci SHV a CTX-M beta-laktamáz ze 48 na hodin. Umožňuje klinické využití stanovení přítomnosti ESBL-pozitivní enterobakterie v tracheálním aspirátu u pacientů se život ohrožující nozokomiální pneumonií, kde včasné zavedení adekvátní antimikrobiální terapie hraje významnou roli.
Objectives: A new method has been developed for detecting genes determining the extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) phenotype directly from patients' clinical material. The method enables detection of the blaCTX-M gene encoding CTX-M beta-lactamases and the blaSHV gene variants with real-time PCR technology using locked nucleic acid oligonucleotides. Material and methods: In this pilot study, tracheal aspirates obtained from patients with mechanical ventilation hospitalized at Department of Anaesthesiology and Resuscitation of the University Hospital in Olomouc between 1st March and 30th December 2010 period were tested. Each sample was identified with standard microbiological procedures including phenotypic determination of ESBL-positive enterobacteria. At the same time, each sample was analyzed for the presence of nucleic acids (DNA) which encode CTX-M and SHV ESBL using real-time PCR . Results: 150 samples of tracheal aspirates from 71 patients were included into testing. In the set, 13 (8.7 %) ESBL-positive samples were identified by culture methods while 27 (18 %) positive samples were identified by the real-time PCR method. Of the 27 PCR-positive samples, 24 were positive for the blacTx gene; in 2 samples, the ESBL blasHv gene was detected, and both genes were present in 1 sampie. All culture-positive samples were also PCR-positive for the presence of blaCTX and/or blaSHV sequences. Conclusions: The new real-time PCR assay is likely to shorten the time for detection of enterobacteria producing SHV and CTX-M beta-lactamases from 48 to 6 hours. It enables ESBL-positive enterobacteria determination in tracheal aspirates of patients suffered from life-threatening nosocomial pneumonia where the early introduction of adequate antimicrobial treatment plays the important role.
- MeSH
- bakteriální infekce diagnóza etiologie farmakoterapie genetika MeSH
- beta-laktamasy * analýza diagnostické užití genetika MeSH
- enterobakteriální infekce diagnóza etiologie genetika komplikace mikrobiologie MeSH
- fenotyp MeSH
- hlen mikrobiologie MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí * diagnóza etiologie mikrobiologie prevence a kontrola přenos MeSH
- kultivační techniky * metody statistika a číselné údaje trendy MeSH
- lidé MeSH
- oligoribonukleotidy analýza diagnostické užití genetika MeSH
- pneumonie diagnóza etiologie prevence a kontrola MeSH
- tělesné sekrety * mikrobiologie MeSH
- ventilace umělá s výdechovým přetlakem statistika a číselné údaje MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- bakteriální infekce * diagnóza genetika MeSH
- beta-laktamy analýza MeSH
- enterobakteriální infekce * diagnóza MeSH
- fenotyp MeSH
- hlen mikrobiologie MeSH
- infekce spojené se zdravotní péčí diagnóza mikrobiologie MeSH
- kultivační techniky MeSH
- lidé MeSH
- oligoribonukleotidy analýza MeSH
- pneumonie diagnóza MeSH
- tělesné sekrety mikrobiologie MeSH
- ventilace umělá s výdechovým přetlakem MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
Cíl práce: Cílem naší studie bylo stanovení výskytu qnr genů u ESBL-pozitivních izolátů Klebsiella pneumoniae získaných z klinického materiálu pacientů hospitalizovaných na jednotkách intenzivní péče několika klinik Fakultní nemocnice Olomouc. Materiál a metody: Do studie bylo zařazeno 100 ESBL-pozitivních izolátů Klebsiella pneumoniae získaných od pacientů hospitalizovaných v období od 1. 1. 2008 do 31. 1. 2011. Geny kódující jednotlivé typy beta-laktamáz blaTEM, blaSHV, blaCTX-M a geny qnr byly detekovány prostřednictvím PCR (polymerázové řetězové reakce). Identita, resp. podobnost izolátů byla analyzována porovnáním restrikčních profilů pomocí PFGE (pulzní gelové elektroforézy). Výsledky a závěr: Gen blaSHV byl detekován u 99 ze 100 izolátů Klebsiella pneumoniae, což odpovídá publikovaným údajům, které předpokládají umístění genu blaSHV-1 na chromozomu jmenovaného druhu. U 77 izolátů byl rovněž zachycen gen blaCTX-M. Přítomnost genu qnr byla odhalena u 56 izolátů, většina z tohoto počtu (76,8 %) nesla současně geny pro beta-laktamázy CTX-M a TEM. Ve všech případech se jednalo o variantu qnrB. Byly identifikovány plasmidy patřící do devíti různých inkompatibilních skupin, nejčastěji ze skupiny IncFII (52 izolátů). Byla prokázána vysoká míra rezistence nejen k beta-laktamovým antibiotikům, ale současně i k aminoglykosidům, tetracyklinu a kotrimoxazolu. PFGE odhalila 65 jedinečných kmenů a několik skupin izolátů se shodným restrikčním profilem. Přestože klinický význam qnr genů zatím není zcela jednoznačně definován, jejich výskyt u ESBL-pozitivních enterobakterií je významný.
Background: The study aimed at determining the presence of qnr genes in ESBL-positive strains of Klebsiella pneumoniae isolated from clinical material obtained from patients hospitalized in several intensive care units in the University Hospital Olomouc. Material and methods: The study comprised 100 ESBL-producing Klebsiella pneumoniae isolates from clinical samples obtained from patients hospitalized between 1 January 2008 and 31 January 2011. blaTEM, blaSHV, blaCTX-M and qnr genes were detected by polymerase chain reaction (PCR). To compare the similarity or identity of the isolates, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of DNA fragments was used. Results and Conclusion: The blaSHV gene was detected in 99 from 100 isolates of Klebsiella pneumoniae, which is in accordance with the published data that suppose the chromosomal position of the blaSHV-1 gene in this species. The blaCTX-M gene was detected in 77 isolates. The qnr genes were revealed in 56 isolates and majority (76.8 %) of these qnr-positive bacteria carried also the genes encoding the beta-lactamases CTX-M and TEM. In all cases, the qnrB variant was detected. Plasmids from nine different incompatibility groups were identified, in most cases from the IncFII group (52 isolates). Antibiotic susceptibility tests revealed high frequency of resistance not only to beta-lactams, but also to aminoglycosides, tetracycline and sulfamethoxazole/trimethoprim. PFGE detected 65 different strains and several groups of isolates with the same restriction profile. Although the clinical significance of the qnr genes is not well established, their presence in ESBL-positive Enterobacteriaceae is not negligible and it should be kept in mind.
- MeSH
- bakteriální léková rezistence genetika MeSH
- bakteriologické techniky MeSH
- beta-laktamasy genetika izolace a purifikace MeSH
- beta-laktamová rezistence genetika MeSH
- DNA bakterií genetika MeSH
- financování organizované MeSH
- Klebsiella pneumoniae genetika izolace a purifikace patogenita MeSH
- kohortové studie MeSH
- kultivační média chemie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- mnohočetná léková rezistence genetika MeSH
- pacienti hospitalizovaní MeSH
- plazmidy analýza MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- pulzní gelová elektroforéza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl práce: Cílem předložené regionální studie bylo sledování výskytu enterobakterií s produkcí širokospektrých beta-laktamáz u jatečných prasat a jejich základní molekulárně-biologická analýza. Materiál a metody: V rámci prezentované studie byly vyšetřeny rektální výtěry 118 jatečných prasat pocházejících z 5 farem Olomouckého kraje. Bakteriologické vyšetření bylo zaměřeno na průkaz a identifikaci bakterií z čeledi Enterobacteriaceae s produkcí širokospektrých beta-laktamáz. Suspektní izoláty byly dále typizovány fenotypovými i genotypovými metodami. Výsledky: Ze souboru 118 vyšetřených vzorků bylo izolováno 7 kmenů Escherichia coli s přítomností bla genů kódujících beta-laktamázy typu CTX-M-1. Geny pro enzymy typu TEM a SHV detekovány nebyly. Jedná se o první popis ESBL-pozitivních izolátů Escherichia coli u prasat v České republice.
Background: The goals of the presented regional study were monitoring the prevalence of Enterobacteriaceae producing broad-spectrum beta-lactamases in slaughter pigs and their basic molecular biology analysis. Material and methods: In the presented study, rectal swabs from 118 slaughter pigs from 5 farms in the Olomouc Region were analyzed. Bacteriological tests aimed at detection and identification of bacteria from the Enterobacteriaceae family producing broad-spectrum beta-lactamases. Suspected isolates were further analyzed using both phenotypic and genotypic methods. Results: From the group of 118 analyzed samples, seven Escherichia coli strains with the presence of the bla genes encoding CTX-M-1 beta-lactamases were isolated. Genes for TEM and SHV enzymes were not detected. This is the first report of ESBL-positive isolates of Escherichia coli in pigs in the Czech Republic.
- Klíčová slova
- CTX-M-1,
- MeSH
- bakteriální léková rezistence MeSH
- beta-laktamasy genetika izolace a purifikace sekrece MeSH
- DNA bakterií MeSH
- Escherichia coli enzymologie genetika MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- financování organizované MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- plazmidy genetika MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- prasata MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
- MeSH
- antibakteriální látky farmakologie MeSH
- beta-laktamasy * analýza MeSH
- beta-laktamová rezistence MeSH
- drůbež MeSH
- Enterobacteriaceae izolace a purifikace MeSH
- Escherichia coli * izolace a purifikace účinky léků MeSH
- feces mikrobiologie MeSH
- hospodářská zvířata * MeSH
- infekce vyvolané Escherichia coli mikrobiologie veterinární MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- prasata MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Rezistence ke karbapenemům u gramnegativních nefermentujících tyčinek zahrnuje několik typů mechanismů – enzymatickou inaktivaci, aktivní eflux, modifikaci cílového místa a změny v expresi proteinů ve vnější membráně [1]. V České republice byl již v roce 2011 zachycen kmen Acinetobacter baumannii nesoucí geny pro karbapene- mázy NDM-1 a OXA-23, který však byl izolován od pacienta, který pobýval v Egyptě [2]. Naše sdělení popisuje 3 pacienty s infekcemi vyvolanými kmeny Acinetobacter baumannii s průkazem genů kódujících enzym OXA- 23. Vzhledem ke skutečnosti, že pacienti prokazatelně nepobývali v poslední době v zahraničí, lze předpokládat českou provenienci těchto kmenů.
Carbapenem resistance in gram-negative non-fermentative rods involves several types of mechanisms – enzy- matic inactivation, active efflux, target site modification, and changes in porin expression in the outer membrane [1]. An Acinetobacter baumannii strain carrying genes for carbapenemases NDM-1 and OXA-23 was isolated in the Czech Republic in 2011 from a traveller to Egypt [2]. Our report describes three cases of infection caused by Acinetobacter baumannii encoding the OXA-23 enzyme. As these three patients demonstrably had not been abroad, it can be assumed that these strains are of Czech provenance.
- MeSH
- Acinetobacter baumannii * izolace a purifikace účinky léků MeSH
- bakteriální léková rezistence genetika MeSH
- beta-laktamasy genetika MeSH
- beta-laktamová rezistence * genetika MeSH
- DNA bakterií genetika MeSH
- genotyp MeSH
- infekce bakteriemi rodu Acinetobacter mikrobiologie MeSH
- karbapenemy * farmakologie MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
