Quantitative genomic mapping of DNA damage may provide insights into the underlying mechanisms of damage and repair. Sequencing based approaches are bound to the limitations of PCR amplification bias and read length which hamper both the accurate quantitation of damage events and the ability to map them to structurally complex genomic regions. Optical Genome mapping in arrays of parallel nanochannels allows physical extension and genetic profiling of millions of long genomic DNA fragments, and has matured to clinical utility for characterization of complex structural aberrations in cancer genomes. Here we present a new mapping modality, Repair-Assisted Damage Detection - Optical Genome Mapping (RADD-OGM), a method for single-molecule level mapping of DNA damage on a genome-wide scale. Leveraging ultra-long reads to assemble the complex structure of a sarcoma cell-line genome, we mapped the genomic distribution of oxidative DNA damage, identifying regions more susceptible to DNA oxidation. We also investigated DNA repair by allowing cells to repair chemically induced DNA damage, pinpointing locations of concentrated repair activity, and highlighting variations in repair efficiency. Our results showcase the potential of the method for toxicogenomic studies, mapping the effect of DNA damaging agents such as drugs and radiation, as well as following specific DNA repair pathways by selective induction of DNA damage. The facile integration with optical genome mapping enables performing such analyses even in highly rearranged genomes such as those common in many cancers, a challenging task for sequencing-based approaches.

• MeSH
• Bromates toxicity   MeSH
• Humans MeSH
• Chromosome Mapping * instrumentation   methods   MeSH
• Microfluidic Analytical Techniques * instrumentation   methods   MeSH
• Cell Line, Tumor MeSH
• Nanotechnology * instrumentation   methods   MeSH
• DNA Repair genetics   MeSH
• Oxidative Stress drug effects   genetics   MeSH
• DNA Damage * genetics   MeSH
• Gene Expression Regulation MeSH
• Gene Expression Profiling MeSH
• Toxicogenetics * instrumentation   methods   MeSH
• DNA Copy Number Variations MeSH
• Single Molecule Imaging * instrumentation   methods   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH
• Publication type
• Journal Article MeSH

Cestou ovlivnění receptorů (aktivací či inhibicí) působí téměř polovina léčiv, která podáváme. Článek dává přehled o typech cílových receptorů, o jejich přímém ovlivnění či působení o etáž níže, na úrovni „druhého posla”, o významu interakce léčivo–receptor, interakce organismus–receptor či interakce organismus–léčivo (tj. uvedeny jsou důležité ukazatele farmakokinetické). V neposlední řadě jsou probrány farmakogenetické vlivy, které výsledný efekt léčby zásadně modifikují. Specifikou článku je výrazná orientace na klinický význam jednotlivých probíraných skutečností.

Nearly half the drugs that we use act by influencing receptors (activation or inhibition). This paper provides an overview of the types of targets, of their direct influence or action on the level below, at the level of the „second messenger", of the importance of drug-receptor interactions, organism- receptor interactions or organism-drug interactions (i.e. important pharmacokinetic indicators are listed). Finally the paper discusses the pharmacogenetic effects that significantly modify the resulting effect of the treatment. A specific feature of the article is its strong focus on the clinical implication of the presented facts.

• MeSH
• Adrenergic Antagonists pharmacokinetics   MeSH
• Adrenergic beta-Antagonists pharmacokinetics   MeSH
• Pharmacogenetics MeSH
• Pharmacokinetics * MeSH
• Molecular Mechanisms of Pharmacological Action MeSH
• Precision Medicine MeSH
• Platelet Aggregation Inhibitors pharmacokinetics   MeSH
• Pharmaceutical Preparations * MeSH
• Humans MeSH
• Toxicogenetics MeSH
• Dose-Response Relationship, Drug MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

Kniha se zabývá převážně chemickou stránkou mnohavrstevné problematiky interakcí škodlivých látek s živými organismy. V centru pozornosti stojí biotransformace cizorodých látek a interakce jejich reaktivních metabolitů s biologicky důležitými molekulárními cíli, jako jsou proteiny a DNA. Tyto chemické přeměny látek vstupujících do živého organismu jsou zasazeny do širšího kontextu obecné toxikologie a doplněny o vybrané kapitoly ze speciální toxikologie tak, aby poskytly čtenářům pokud možno ucelený pohled na toxikologii jako bytostně interdisciplinární obor. Kapitola nově zařazená do druhého vydání pojednává o toxicitě některých běžných chemických činidel a rozpouštědel a o rizicích pro zdraví a životní prostředí, se kterými je či může být práce v chemických laboratořích spojena. Kniha je určena pokročilejším studentům chemických, biochemických a farmaceutických oborů, ale i odborné veřejnosti, pracovníkům v oblasti toxikologického i farmakologického výzkumu či chemické bezpečnosti.

• MeSH
• Biotransformation MeSH
• Chemical Actions and Uses MeSH
• Pharmacogenetics MeSH
• Poisons MeSH
• Environmental Pollutants MeSH
• Toxicogenetics MeSH
• Environmental Exposure MeSH
• Xenobiotics MeSH

• Conspectus
• Farmacie. Farmakologie
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NML Fields
• farmacie a farmakologie
• toxikologie
• chemie, klinická chemie
• biomedicínské inženýrství
• NML Publication type
• učebnice vysokých škol

• MeSH
• Academies and Institutes * trends   MeSH
• Cytogenetics MeSH
• Pharmacogenetics * MeSH
• Precision Medicine MeSH
• Drug Discovery * MeSH
• Drug Design * MeSH
• Toxicogenetics * MeSH
• Publication type
• Interview MeSH

Fenotyp člověka je ovládán genotypem – souborem genetických informací uložených v DNA. Pokud si pomůžeme s tradiční terminologií, jde o něco přes 20 000 genů, jejichž vliv na utváření fenotypu je různě „silný“ a uplatňuje se většinou v rámci celého genomu, tedy v prostředí plném působení ostatních genů. Výsledný efekt je závislý nejen na pevně stanovených programech, které jsme zdědili od svých předků (a jejichž minulost bychom mohli sledovat do samého počátku života na zemi, který začal používat informační molekuly nukleových kyselin), ale i na vnějších vlivech, které na organismus působily od okamžiku jeho vzniku jako individua. I když se úspěšně propracováváme k porozumění, co je nám dáno do vínku v podobě zděděných genetických informací, stále máme příliš veliký zmatek v hodnocení toho, co na nás působilo během našeho života a jen málo víme, jaký měl ten který vliv význam. Proto jakákoliv predikce toho, co nás čeká a nemine, by měla být omezena na „nesporné“ situace a v každém případě – tzv. vysoce kvalifikovaná a odpovědná.

Human phenotype is governed by its genotype – a set of genetic information materialized in DNA. Using traditional terminology we speak about a little more than 20 thousands genes that differ in strength to become realized and their effect is modified by a large number of other genes. The result originates from firmly established programmes we obtained from our ancestors. Development and activity of such molecules selected for maintenance, copying and transfer of information i.e. nucleic acids can be followed back to the very origin of the life. Nevertheless the final result is achieved not only by confrontation of the original information with other genetic information but largely also by external influences – environment. Though we are relatively successful in understanding what we have inherited from our parents, our knowledge of environmental factors and their effects on formation of the phenotype is still limited. From this point of view medical prediction has always to be very cautious and interpretations at the probability level must be done by a very experienced and responsible professional. Key words: genome, genotype, phenotype, toxicogenomics, epigenetics, mutation, penetrance, pleiotropy, monogenic inheritance, multifactorial inheritance, genetic risk.

• Keywords
• DNA genom, toxikogenomika, epigenetika, pleiotropie, monogenní dědičnost, genetické riziko,
• MeSH
• Heredity MeSH
• DNA MeSH
• Epigenomics MeSH
• Phenotype MeSH
• Financing, Organized MeSH
• Genetic Pleiotropy MeSH
• Genetic Predisposition to Disease MeSH
• Genetic Testing ethics   methods   utilization   MeSH
• Genome MeSH
• Genotype MeSH
• Gene-Environment Interaction MeSH
• Genetics, Medical methods   trends   MeSH
• Humans MeSH
• Multifactorial Inheritance MeSH
• Mutation MeSH
• Penetrance MeSH
• Toxicogenetics MeSH
• Environment MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• MeSH
• Cytotoxicity, Immunologic MeSH
• Ecotoxicology MeSH
• Immunotoxins MeSH
• Carcinogens MeSH
• Congresses as Topic MeSH
• Food Contamination MeSH
• Drug-Related Side Effects and Adverse Reactions MeSH
• Substance-Related Disorders MeSH
• Jurisprudence MeSH
• Forensic Toxicology MeSH
• Mutagenicity Tests MeSH
• Toxicogenetics MeSH
• Xenobiotics MeSH
• Publication type
• Collected Work MeSH
• News MeSH

• Conspectus
• Farmacie. Farmakologie
• NML Fields
• toxikologie
• farmacie a farmakologie

• MeSH
• Aryl Hydrocarbon Hydroxylases genetics   MeSH
• Atherosclerosis drug therapy   MeSH
• Hydroxymethylglutaryl-CoA Reductase Inhibitors therapeutic use   MeSH
• Cytochrome P-450 Enzyme System genetics   MeSH
• Toxicogenetics MeSH

• MeSH
• Cytotoxicity, Immunologic MeSH
• Pharmacokinetics MeSH
• Toxicogenetics MeSH
• Toxicology MeSH
• Publication type
• Periodical MeSH

• Conspectus
• Farmacie. Farmakologie
• NML Fields
• toxikologie
• farmacie a farmakologie
• fyziologie

• MeSH
• Humans MeSH
• Molecular Epidemiology methods   trends   MeSH
• Mutagenesis physiology   genetics   immunology   MeSH
• Disorders of Environmental Origin diagnosis   epidemiology   etiology   MeSH
• Carcinogenicity Tests methods   trends   utilization   MeSH
• Toxicogenetics methods   organization & administration   trends   MeSH
• Check Tag
• Humans MeSH

• MeSH
• Chromosome Aberrations MeSH
• Cytogenetic Analysis methods   MeSH
• Genetic Testing MeSH
• Lymphocytes MeSH
• Toxicogenetics MeSH
• Publication type
• Academic Dissertation MeSH

• Conspectus
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NML Fields
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• toxikologie
• cytologie, klinická cytologie