Quantitative genomic mapping of DNA damage may provide insights into the underlying mechanisms of damage and repair. Sequencing based approaches are bound to the limitations of PCR amplification bias and read length which hamper both the accurate quantitation of damage events and the ability to map them to structurally complex genomic regions. Optical Genome mapping in arrays of parallel nanochannels allows physical extension and genetic profiling of millions of long genomic DNA fragments, and has matured to clinical utility for characterization of complex structural aberrations in cancer genomes. Here we present a new mapping modality, Repair-Assisted Damage Detection - Optical Genome Mapping (RADD-OGM), a method for single-molecule level mapping of DNA damage on a genome-wide scale. Leveraging ultra-long reads to assemble the complex structure of a sarcoma cell-line genome, we mapped the genomic distribution of oxidative DNA damage, identifying regions more susceptible to DNA oxidation. We also investigated DNA repair by allowing cells to repair chemically induced DNA damage, pinpointing locations of concentrated repair activity, and highlighting variations in repair efficiency. Our results showcase the potential of the method for toxicogenomic studies, mapping the effect of DNA damaging agents such as drugs and radiation, as well as following specific DNA repair pathways by selective induction of DNA damage. The facile integration with optical genome mapping enables performing such analyses even in highly rearranged genomes such as those common in many cancers, a challenging task for sequencing-based approaches.
- MeSH
- bromičnany toxicita MeSH
- lidé MeSH
- mapování chromozomů * přístrojové vybavení metody MeSH
- mikrofluidní analytické techniky * přístrojové vybavení metody MeSH
- nádorové buněčné linie MeSH
- nanotechnologie * přístrojové vybavení metody MeSH
- oprava DNA genetika MeSH
- oxidační stres účinky léků genetika MeSH
- poškození DNA * genetika MeSH
- regulace genové exprese MeSH
- stanovení celkové genové exprese MeSH
- toxikogenetika * přístrojové vybavení metody MeSH
- variabilita počtu kopií segmentů DNA MeSH
- zobrazení jednotlivé molekuly * přístrojové vybavení metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
Cestou ovlivnění receptorů (aktivací či inhibicí) působí téměř polovina léčiv, která podáváme. Článek dává přehled o typech cílových receptorů, o jejich přímém ovlivnění či působení o etáž níže, na úrovni „druhého posla”, o významu interakce léčivo–receptor, interakce organismus–receptor či interakce organismus–léčivo (tj. uvedeny jsou důležité ukazatele farmakokinetické). V neposlední řadě jsou probrány farmakogenetické vlivy, které výsledný efekt léčby zásadně modifikují. Specifikou článku je výrazná orientace na klinický význam jednotlivých probíraných skutečností.
Nearly half the drugs that we use act by influencing receptors (activation or inhibition). This paper provides an overview of the types of targets, of their direct influence or action on the level below, at the level of the „second messenger", of the importance of drug-receptor interactions, organism- receptor interactions or organism-drug interactions (i.e. important pharmacokinetic indicators are listed). Finally the paper discusses the pharmacogenetic effects that significantly modify the resulting effect of the treatment. A specific feature of the article is its strong focus on the clinical implication of the presented facts.
- MeSH
- adrenergní antagonisté farmakokinetika MeSH
- beta blokátory farmakokinetika MeSH
- farmakogenetika MeSH
- farmakokinetika * MeSH
- farmakologické účinky - molekulární mechanismy MeSH
- individualizovaná medicína MeSH
- inhibitory agregace trombocytů farmakokinetika MeSH
- léčivé přípravky * MeSH
- lidé MeSH
- toxikogenetika MeSH
- vztah mezi dávkou a účinkem léčiva MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
2., upr. a rozš. vyd. 410 s. : il. (některé barev.), tab. ; 25 cm
Kniha se zabývá převážně chemickou stránkou mnohavrstevné problematiky interakcí škodlivých látek s živými organismy. V centru pozornosti stojí biotransformace cizorodých látek a interakce jejich reaktivních metabolitů s biologicky důležitými molekulárními cíli, jako jsou proteiny a DNA. Tyto chemické přeměny látek vstupujících do živého organismu jsou zasazeny do širšího kontextu obecné toxikologie a doplněny o vybrané kapitoly ze speciální toxikologie tak, aby poskytly čtenářům pokud možno ucelený pohled na toxikologii jako bytostně interdisciplinární obor. Kapitola nově zařazená do druhého vydání pojednává o toxicitě některých běžných chemických činidel a rozpouštědel a o rizicích pro zdraví a životní prostředí, se kterými je či může být práce v chemických laboratořích spojena. Kniha je určena pokročilejším studentům chemických, biochemických a farmaceutických oborů, ale i odborné veřejnosti, pracovníkům v oblasti toxikologického i farmakologického výzkumu či chemické bezpečnosti.
- MeSH
- biotransformace MeSH
- chemické látky - účinky a užití MeSH
- farmakogenetika MeSH
- jedy MeSH
- látky znečišťující životní prostředí MeSH
- toxikogenetika MeSH
- vystavení vlivu životního prostředí MeSH
- xenobiotika MeSH
- Konspekt
- Farmacie. Farmakologie
- Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
- NLK Obory
- farmacie a farmakologie
- toxikologie
- chemie, klinická chemie
- biomedicínské inženýrství
- NLK Publikační typ
- učebnice vysokých škol
Fenotyp člověka je ovládán genotypem – souborem genetických informací uložených v DNA. Pokud si pomůžeme s tradiční terminologií, jde o něco přes 20 000 genů, jejichž vliv na utváření fenotypu je různě „silný“ a uplatňuje se většinou v rámci celého genomu, tedy v prostředí plném působení ostatních genů. Výsledný efekt je závislý nejen na pevně stanovených programech, které jsme zdědili od svých předků (a jejichž minulost bychom mohli sledovat do samého počátku života na zemi, který začal používat informační molekuly nukleových kyselin), ale i na vnějších vlivech, které na organismus působily od okamžiku jeho vzniku jako individua. I když se úspěšně propracováváme k porozumění, co je nám dáno do vínku v podobě zděděných genetických informací, stále máme příliš veliký zmatek v hodnocení toho, co na nás působilo během našeho života a jen málo víme, jaký měl ten který vliv význam. Proto jakákoliv predikce toho, co nás čeká a nemine, by měla být omezena na „nesporné“ situace a v každém případě – tzv. vysoce kvalifikovaná a odpovědná.
Human phenotype is governed by its genotype – a set of genetic information materialized in DNA. Using traditional terminology we speak about a little more than 20 thousands genes that differ in strength to become realized and their effect is modified by a large number of other genes. The result originates from firmly established programmes we obtained from our ancestors. Development and activity of such molecules selected for maintenance, copying and transfer of information i.e. nucleic acids can be followed back to the very origin of the life. Nevertheless the final result is achieved not only by confrontation of the original information with other genetic information but largely also by external influences – environment. Though we are relatively successful in understanding what we have inherited from our parents, our knowledge of environmental factors and their effects on formation of the phenotype is still limited. From this point of view medical prediction has always to be very cautious and interpretations at the probability level must be done by a very experienced and responsible professional. Key words: genome, genotype, phenotype, toxicogenomics, epigenetics, mutation, penetrance, pleiotropy, monogenic inheritance, multifactorial inheritance, genetic risk.
- Klíčová slova
- DNA genom, toxikogenomika, epigenetika, pleiotropie, monogenní dědičnost, genetické riziko,
- MeSH
- dědičnost MeSH
- DNA MeSH
- epigenomika MeSH
- fenotyp MeSH
- financování organizované MeSH
- genetická pleiotropie MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- genetické testování etika metody využití MeSH
- genom MeSH
- genotyp MeSH
- interakce genů a prostředí MeSH
- lékařská genetika metody trendy MeSH
- lidé MeSH
- multifaktoriální dědičnost MeSH
- mutace MeSH
- penetrance MeSH
- toxikogenetika MeSH
- životní prostředí MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Interdisciplinary toxicology, ISSN 1337-6853
svazky ; 30 cm
- MeSH
- cytotoxicita imunologická MeSH
- ekotoxikologie MeSH
- imunotoxiny MeSH
- karcinogeny MeSH
- kongresy jako téma MeSH
- kontaminace potravin MeSH
- nežádoucí účinky léčiv MeSH
- poruchy spojené s užíváním psychoaktivních látek MeSH
- právní vědy MeSH
- soudní toxikologie MeSH
- testy genotoxicity MeSH
- toxikogenetika MeSH
- xenobiotika MeSH
- Publikační typ
- sborníky MeSH
- zprávy MeSH
- Konspekt
- Farmacie. Farmakologie
- NLK Obory
- toxikologie
- farmacie a farmakologie
sv.
- MeSH
- cytotoxicita imunologická MeSH
- farmakokinetika MeSH
- toxikogenetika MeSH
- toxikologie MeSH
- Publikační typ
- periodika MeSH
- Konspekt
- Farmacie. Farmakologie
- NLK Obory
- toxikologie
- farmacie a farmakologie
- fyziologie
- MeSH
- lidé MeSH
- molekulární epidemiologie metody trendy MeSH
- mutageneze fyziologie genetika imunologie MeSH
- poruchy vyvolané vnějšími činiteli diagnóza epidemiologie etiologie MeSH
- testy karcinogenity metody trendy využití MeSH
- toxikogenetika metody organizace a řízení trendy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
40 l. : tab. ; 21 cm
