Streptococcus pneumoniae (pneumokok) je grampozitivní kok vyvolávající jak neinvazivní, tak invazivní infekční onemocnění. Onemocnění vyvolaná pneumokokem mohou být preventabilní očkováním. Invazivní pneumokoková onemocnění (IPO) musí splňovat mezinárodní definici případu, jsou hlášena na národní i mezinárodní úrovni a v řadě zemí, včetně České republiky, jsou sledována v programu surveillance. Důležitou součástí surveillance IPO je sledování vyskytujících se sérotypů, hodnocení četnosti jednotlivých sérotypů v čase a v relaci k probíhajícím vakcinačním programům. Ve světe i v České republice je u pneumokoků stále častěji prováděna metoda celogenomové sekvenace (whole genome sequencing, WGS), která umožňuje určování sérotypu pneumokoků ze sekvenačních dat, dále přesnou analýzu jejich genetických vztahů a studium genů obsažených v jejich genomu. Celogenomová sekvenace umožňuje získávat spolehlivá a mezinárodně srovnatelná sekvenační data, která lze snadno sdílet. Sekvenační data jsou analyzována pomocí bioinformatických nástrojů, které vyžadují znalosti z oblasti přírodních věd s důrazem na genetiku a znalosti z oblasti bioinformatiky. V publikaci jsou představeny některé možnosti analýzy pneumokoka, kterými jsou sérotypizace, multilokusová sekvenační typizace (MLST), ribozomální MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analýza, určení Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), stanovení genů virulence a genů antibiotické rezistence. U metody WGS je prezentována strategie její aplikace v Evropě a realizace v praxi. Analýza pneumokoků metodou WGS představuje zlepšení v provádění surveillance IPO, kdy je sérotyp určován molekulárně geneticky, jsou prováděny další podrobnější typizace, získaná data lze snadno mezinárodně porovnávat a lze lépe hodnotit účinnost vakcinačních programů.

Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) is a Gram-positive coccus causing both non-invasive and invasive infectious diseases. Pneumococcal diseases are vaccine preventable. Invasive pneumococcal diseases (IPD) meeting the international case definition are reported nationally and internationally and are subject to surveillance programmes in many countries, including the Czech Republic. An important part of IPD surveillance is the monitoring of causative serotypes and their frequency over time and in relation to ongoing vaccination programmes. In the world and in the Czech Republic, whole genome sequencing (WGS) is increasingly used for pneumococci, which allows for serotyping from sequencing data, precise analysis of their genetic relationships, and the study of genes present in their genome. Whole-genome sequencing enables the generation of reliable and internationally comparable data that can be easily shared. Sequencing data are analysed using bioinformatics tools that require knowledge in the field of natural sciences with an emphasis on genetics and expertise in bioinformatics. This publication presents some options for pneumococcal analysis, i.e., serotyping, multilocus sequence typing (MLST), ribosomal MLST (rMLST), core genome MLST (cgMLST), whole genome MLST (wgMLST), single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, assignment to Global Pneumococcal Sequence Cluster (GPSC), and identification of virulence genes and antibiotic resistance genes. The WGS strategies and applications for Europe and WGS implementation in practice are presented. WGS analysis of pneumococci allows for improved IPD surveillance, thanks to molecular serotyping, more detailed typing, generation of internationally comparable data, and improved evaluation of the effectiveness of vaccination programmes.

• MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• multilokusová sekvenční typizace klasifikace   metody   MeSH
• pneumokokové infekce mikrobiologie   MeSH
• sekvenování celého genomu * metody   normy   MeSH
• séroskupina MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   MeSH
• Streptococcus pneumoniae * genetika   izolace a purifikace   MeSH
• techniky typizace bakterií klasifikace   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

• Klíčová slova
• hexavakcína, odložené očkování kvůli respirační infekci, konjugované pneumokokové vakcíny,
• MeSH
• anamnéza MeSH
• antibakteriální látky * aplikace a dávkování   farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• apatie MeSH
• C-reaktivní protein normy   MeSH
• edém mozku MeSH
• fatální výsledek * MeSH
• fibrilace komor MeSH
• hemiplegie * diagnóza   MeSH
• horečka MeSH
• hospitalizace * MeSH
• infekce dýchací soustavy MeSH
• jednotky intenzivní péče pediatrické * MeSH
• kojenec * MeSH
• laboratoře MeSH
• lidé MeSH
• meningitida * diagnóza   etiologie   farmakoterapie   terapie   MeSH
• mozkomíšní mok * mikrobiologie   MeSH
• paracetamol aplikace a dávkování   farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• péče o pacienty v kritickém stavu MeSH
• pediatrie * metody   organizace a řízení   pracovní síly   MeSH
• pneumokokové vakcíny klasifikace   MeSH
• poruchy vědomí MeSH
• resuscitace MeSH
• sepse MeSH
• sérotypizace klasifikace   MeSH
• srdeční zástava MeSH
• status epilepticus diagnóza   MeSH
• Streptococcus pneumoniae * MeSH
• vakcinace * využití   zákonodárství a právo   MeSH
• zvracení MeSH
• Check Tag
• kojenec * MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

V programu surveillance bylo v roce 2013 zjištěno v České republice celkem 59 invazivních meningokokových onemocnění (nemocnost zůstala na 0,6/100 000 obyv.). Z 59 onemocnění 4 skončila úmrtím – celková smrtnost v roce 2013 stoupla ve srovnání s předchozím rokem z 4,7 % na 6,8 %. Jedno úmrtí bylo způsobené séroskupinou C, dvě séroskupinou B a u jednoho nebyla séroskupina určena. Ve srovnání s předchozím rokem v roce 2013 zůstalo procento onemocnění způsobených Neisseria meningitidis B prakticky stejné (71,9 % a 71,2 %) a procento onemocnění způsobených N. meningitidis C rovněž (12,5 % a 11,6 %). Onemocnění způsobených v roce 2013 séroskupinou Y bylo 3,4 %. V roce 2013 se zvýšilo procento onemocnění, u nichž nebyla prokázána séroskupina N. meningitidis (ND) z 9,3 % na 13,5 %. V roce 2013 kleslo procento invazivních meningokokových onemocnění prokázané metodou PCR z 62,5 % na 49,1 %. U 25,4 % invazivních meningokokových onemocnění bylo PCR jedinou metodou poskytující pozitivní výsledek. Také v roce 2013 se Národní referenční laboratoři pro meningokokové nákazy podařilo provést multilokusovou sekvenční typizaci (MLST) u všech kmenů z invazivního meningokokového onemocnění, které byly do NRL poslány. Nejčastěji zjištěným hypervirulentním komplexem způsobujícím v roce 2013 invazivní onemocnění byl cc269 (11,9 %), který patří mezi typické hypervirulentní klonální komplexy séroskupiny B a v České republice v posledních letech stoupá jeho výskyt. Na dalším místě byl rovněž typický hypervirulentní klonální komplex séroskupiny B cc41/44 (10,2 %). Byl zaznamenán pokračující pokles hypervirulentního klonálního komplexu cc11, který je typický pro séroskupinu C, na 1,7 %, což je jeho nejnižší výskyt za dobu trvání surveillance invazivního meningokokového onemocnění v České republice.

In the surveillance programme, 59 cases of invasive meningococcal disease (IMD) were reported in the Czech Republic in 2013, with the morbidity rate remaining unchanged at 0.6/100 000 population. Of the 59 cases, four were fatal – the overall case fatality rate increased from 4.7% in 2012 to 6.8% in 2013. One death was due to serogroup C, two deaths were caused by serogroup B, and the fatal causative serogroup was not determined in one patient. In comparison to the previous year, in 2013, the percentages of IMD cases due to Neisseria meningitidis B (71.9% and 71.2%, respectively) and N. meningitidis C (12.5% and 11.6%, respectively) remained practically the same. Serogroup Y was the cause of 3.4% of IMD cases in 2013. The rate of cases where the causative serogroup was not determined (ND) increased from 9.3% in 2012 to 13.5% in 2013. The percentage of PCR-positive IMD cases dropped from 62.5% in 2012 to 49.1% in 2013. PCR was the only method to detect positivity in 25.4% of IMD cases. The National Reference Laboratory for Meningococcal Infections performed multilocus sequence typing (MLST) for all strains from IMD cases referred to the NRL in 2013. The most common hypervirulent complex involved in IMD in 2013 was cc269 (11.9%), typical of serogroup B and showing an upward trend over the last years in the Czech Republic. It was followed by cc41/44 (10.2%), another typical hypervirulent clonal complex of serogroup B. Hypervirulent clonal complex cc11, typical of serogroup C, showed further decline to 1.7%, which is the lowest rate since the IMD surveillance has been conducted in the Czech Republic.

• Klíčová slova
• invazivní meningokokové onemocnění, aktivní surveillance, PCR,
• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• hlášení nemocí statistika a číselné údaje   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• meningokokové infekce * epidemiologie   klasifikace   mikrobiologie   přenos   MeSH
• meningokokové vakcíny imunologie   MeSH
• mladiství MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• morbidita MeSH
• předškolní dítě MeSH
• sekvenční analýza využití   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• vakcinace MeSH
• věkové rozložení MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• grafy a diagramy MeSH
• tabulky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

V roce 2013 bylo do surveillance databáze spojující data NRL a data EPIDATu zařazeno celkem 424 případů invazivních pneumokokových onemocnění (IPO). Celková nemocnost IPO v roce 2013 stoupla na 4,0 /100 000 oproti roku 2012 (3,2/100 000) v důsledku vysokého nárůstu nemocnosti ve věkové skupině 0-11m (z 1,8/100 000 na 9,2/100 000) a 1–4 roky (z 2,7/100 000 na 3,8/100 000). U pacientů nejvyšší věkové skupiny 65 let a starších došlo též k vzestupu (z 8,1/100 000 na 10,2/100 000). Nárůst nemocnosti u dětí pod 5 let věku lze vysvětlit minimální proočkovaností v roce 2013 konjugovanými vakcínami (PCV). Z 424 případů IPO bylo posláno do NRL k typizaci 362 (85,4 %) izolátů S. pneumoniae. V nejmladší věkové skupině 0-11 měsíců, která je cílovou vakcinační skupinou pro PCV, bylo zjištěno z deseti IPO šest způsobených sérotypy zahrnutými do PCV. Z celkového počtu 10 IPO u dětí 0-11měsíců byl jen jeden případ očkován.V roce 2013 dosáhla celková smrtnost IPO nižší hodnoty (16,3 %) než v předchozím roce (18,2 %), zůstává však na vysokých hodnotách po celou dobu provádění surveillance. Bylo zjištěno 69 úmrtí IPO, žádné v nejmladší věkové skupině dětí pod 5 let věku (4 věková skupina 20-39 let, 25 věková skupina 40-64 let a 40 věková skupina 65+).

In 2013, 424 cases of invasive pneumococcal disease (IPD) were reported by the surveillance database bringing together the data from the National Reference Laboratory (NRL) for Streptococcal Infections and EPIDAT data. The overall incidence of IPD increased from 3.2/100 000 population in 2012 to 4.0 /100 000 in 2013 due to the sharp rise in the age groups 0-11 month (from 1.8/100 000 to 9.2/100 000, respectively) and 1 - 4 years (from 2.7/100 000 to 3.8/100 000, respectively). An upward trend was also observed in the age group 65 years and over (from 8.1/100 000 to 10.2/100 000, respectively). Higher morbidity in children under five years of age can be explained by the low rate of pneumococcal conjugate vaccine (PCV) coverage achieved in 2013. Three hundred and sixty-two isolates of S. pneumoniae from IPD cases (85.4% of the total of 424 cases) were referred for typing to the NRL for Streptococcal Infections. In the youngest age group, 0-11 months, which is the target group for the PCV, six of ten IPD cases were caused by serotypes included in the PCV. Only one of the ten 0-11-month-olds with IPD was vaccinated with PCV. In 2013, the overall case fatality rate declined from18.2% in 2012 to 16.3%, remaining high over the whole period of surveillance. Sixty-nine deaths from IPD were reported, but none of them in the youngest age group under five years (4 deaths in the age group 20-39 years, 25 deaths in the age group 40-64 years, and 40 deaths in the age group 65+).

• Klíčová slova
• surveillance, invazivní pneumokokové onemocnění, nemocnost, smrtnost, sérotypy,
• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• hlášení nemocí statistika a číselné údaje   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• morbidita trendy   MeSH
• mortalita MeSH
• novorozenec MeSH
• pneumokokové infekce * epidemiologie   mikrobiologie   přenos   MeSH
• pneumokokové vakcíny imunologie   MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   statistika a číselné údaje   využití   MeSH
• věkové rozložení MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• grafy a diagramy MeSH
• tabulky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• antigeny virové izolace a purifikace   MeSH
• automatizované zpracování dat metody   přístrojové vybavení   využití   MeSH
• dítě MeSH
• feces enzymologie   virologie   MeSH
• finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
• lidé MeSH
• rotavirové infekce diagnóza   epidemiologie   etiologie   MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   využití   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Klíčová slova
• invazivní meningokokové onemocnění, aktivní surveillance, PCR,
• MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• hlášení nemocí statistika a číselné údaje   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• meningokokové infekce * epidemiologie   klasifikace   mikrobiologie   přenos   MeSH
• meningokokové vakcíny imunologie   MeSH
• mladiství MeSH
• molekulární epidemiologie MeSH
• morbidita MeSH
• předškolní dítě MeSH
• sekvenční analýza využití   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• vakcinace MeSH
• věkové rozložení MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• grafy a diagramy MeSH
• tabulky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• MeSH
• Leptospira MeSH
• lidé MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Geografické názvy
• Rumunsko MeSH
• Vietnam MeSH

• MeSH
• leptospiróza diagnóza   etiologie   MeSH
• lidé MeSH
• sérotypizace klasifikace   metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Německo východní MeSH