Sekvenování nové generace se stává stále rozšířenější technologií s obrovským potenciálem vyšetřování onkologických onemocnění. Předkládáný projekt využívá tuto technologii k detekci mutací v genech, které se zapojují do procesu metylace genomu (TET2, ASXL1, IDH1/2, TP53 a EZH2) u pacientů s myelodysplastickým syndromem (MDS). Budeme zjišťovat vztah mezi úspěšností demetylační léčby a mutačním stavem genů. Navíc budeme studovat souvislost mezi kvantitou mutace TP53 a efektem léčby u pacientů léčených lenalidomidem. Dále budeme zjišťovat prediktivní dopady ultracitlivé detekce mutací v kinázové doméně BCR-ABL s rozvojem rezistence na léčbu imatinibem, nilotinibem a dasatinibem u pacientů s chronickou myeloidní leukémií (CML). Zaměříme se také na asociace mezi polymorfismy v promotorových oblastech genů transportních přenašečů (ABC a SLC) a odpovědí na léčbu. Touto studií bychom chtěli modelově představit možnost využití molekulární high-technologie jako nástroje pro individualizaci terapie MDS a CML.; The proposed project applies Next-generation sequencing for ultra-deep mutation detection in genes involved in genome methylation processes (TET2, ASXL1, IDH1 / 2, TP53, EZH2) in patients with myelodysplastic syndrome (MDS). We will determine the relationship between the success of therapy and the gene mutation status in patients receiving the demethylation treatment. In addition, we will study the relationship between quantity of TP53 mutations and treatment failure in patients treated with Lenalidomide. In chronic myeloid leukemia (CML) we would like to determine the predictive value of ultra-deep sequencing of BCR-ABL mutations for resistance development on tyrosine kinase inhibitors. We will also study the association between polymorphisms found in promoter regions of genes belonging to the superfamilies of membrane transporters (ABC and SLC) and response to treatment. This project introduces the possibility of using molecular high-technology as a tool for individualizing therapy of MDS and CML.

• MeSH
• bcr-abl fúzní proteiny MeSH
• chemorezistence MeSH
• chronická myeloidní leukemie MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• inhibitory proteinkinas MeSH
• membránové transportní proteiny MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• myelodysplastické syndromy MeSH
• nádorový supresorový protein p53 MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• hematologie a transfuzní lékařství
• molekulární biologie, molekulární medicína
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Bone marrow transplantation or ponatinib treatment are currently recommended strategies for management of patients with chronic myeloid leukemia (CML) harboring the T315I mutation and compound or polyclonal mutations. However, in some individual cases, these treatment scenarios cannot be applied. We used an alternative treatment strategy with interferon-α (IFN-α) given solo, sequentially or together with TKI in a group of 6 cases of high risk CML patients, assuming that the TKI-independent mechanism of action may lead to mutant clone repression. IFN-α based individualized therapy decreases of T315I or compound mutations to undetectable levels as assessed by next-generation deep sequencing, which was associated with a molecular response in 4/6 patients. Based on the observed results from immune profiling, we assumed that the principal mechanism leading to the success of the treatment was the immune activation induced with dasatinib pre-treatment followed by restoration of immunological surveillance after application of IFN-α therapy. Moreover, we showed that sensitive measurement of mutated BCR-ABL1 transcript levels augments the safety of this individualized treatment strategy.

• MeSH
• bcr-abl fúzní proteiny účinky léků   genetika   MeSH
• chronická myeloidní leukemie farmakoterapie   genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• individualizovaná medicína MeSH
• inhibitory proteinkinas aplikace a dávkování   farmakologie   MeSH
• interferon alfa aplikace a dávkování   farmakologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• protokoly protinádorové kombinované chemoterapie aplikace a dávkování   farmakologie   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• výsledek terapie MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

TP53 mutations are frequently detected in patients with higher-risk myelodysplastic syndromes (MDS); however, the clinical impact of these mutations on the disease course of patients with lower-risk MDS is unclear. In this study of 154 lower-risk MDS patients, TP53 mutations were identified in 13% of patients, with prevalence in patients with del(5q) (23.6%) compared to non-del(5q) (3.8%). Two-thirds of the mutations were detected at the time of diagnosis, and one-third were detected during the course of the disease. Multivariate analysis demonstrated that a TP53 mutation was the strongest independent prognostic factor for overall survival (OS) (HR: 4.39) and progression-free survival (PFS) (HR: 3.74). Evaluation of OS determined a TP53 variant allele frequency (VAF) threshold of 6% as an optimal cut-off for patient stratification. The median OS was 43.5 months in patients with mutations detected at the time of diagnosis and a mutational burden of > 6% VAF compared to 138 months (HR 12.2; p = 0.003) in patients without mutations; similarly, the median PFS was 20.2 months versus 116.6 months (HR 79.5; p < 0.0001). In contrast, patients with a mutational burden of < 6% VAF were stable for long periods without progression and had no significant impact on PFS or OS. Additionally, we found a high correlation in the mutational data from cells of the peripheral blood and those of the bone marrow, indicating that peripheral blood is a reliable source for mutation monitoring. Our results indicate that the clinical impact of TP53 mutations in lower-risk MDS patients depends on the level of mutational burden.

• MeSH
• alely MeSH
• chromozomální delece * MeSH
• dospělí MeSH
• frekvence genu MeSH
• Kaplanův-Meierův odhad MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 5 genetika   MeSH
• mladý dospělý MeSH
• multivariační analýza MeSH
• mutace * MeSH
• myelodysplastické syndromy genetika   MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• prognóza MeSH
• rizikové faktory MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Myelodysplastický syndrom je heterogenní skupina onemocnění, jejichž typickým projevem je neefektivní krvetvorba a závislost na krevních transfuzích. Chelátory železa v současné době představují důležitou léčebnou modalitu u těch pacientů s myelodysplastickým syndromem, u kterých v důsledku přítomnosti anémie a opakovaných krevních transfuzí dochází k hromadění toxického železa v orgánech. Bylo prokázáno, že chelatační terapie u pacientů s mye-lodysplastickým syndromem významně prodlužuje celkové přežití a oddaluje leukemickou transformaci. Kromě vlastní chelatace iontů železa bylo u těchto chelatačních látek prokázáno i výrazné antiproliferační a proapoptotické působení na nádorové buňky. Předpokládanými mechanismy protinádorových účinků chelátorů železa jsou inhibice progrese buněčného cyklu, vyvolání stresu endoplazmatického retikula, akumulace poškozené DNA specificky u nádorových buněk i modulace protinádorové imunitní odpovědi. Přesný mechanismus působení chelatačních látek na nádorové buňky však prozatím není zcela objasněn a i naše výsledky naznačují, že bude velmi komplexní.

Myelodysplastic syndrome represents a heterogeneous group of diseases, typically characterised by ineffective haematopoiesis and transfusion dependency. Iron chelators currently represent an important treatment modality in patients with myelodysplastic syndrome (MDS), who given the presence of anaemia, are dependent on repeated blood transfusions leading to the accumulation of toxic iron in organs. It has been shown that chelation therapy significantly improves overall survival and leukaemia-free survival in patients with MDS. Besides iron chelation, iron chelators also exhibit significant antiproliferative and pro-apoptotic effects on cancer cells. The suggested mechanisms of antitumor effects of iron chelators include inhibition of cell cycle progression, induction of endoplasmic reticulum stress, accumulation of DNA damage specifically in cancer cells and modulation of antitumor immune response. The exact mechanism of action of chelating agents on cancer cells is not yet fully understood and even our data suggest that it is likely to be very complex.

• Klíčová slova
• deferoxamin mesylát, ionty železa,
• MeSH
• apoptóza účinky léků   MeSH
• buněčná imunita účinky léků   MeSH
• buněčný cyklus účinky léků   MeSH
• chelátory železa * farmakologie   metabolismus   terapeutické užití   MeSH
• deferasirox MeSH
• deferipron MeSH
• deferoxamin terapeutické užití   MeSH
• ionty MeSH
• lidé MeSH
• myelodysplastické syndromy * farmakoterapie   metabolismus   MeSH
• přetížení železem farmakoterapie   prevence a kontrola   MeSH
• protinádorové látky * farmakologie   terapeutické užití   MeSH
• signální transdukce účinky léků   MeSH
• stres endoplazmatického retikula účinky léků   MeSH
• železo metabolismus   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

PURPOSE: Here, we studied whether amplicon next-generation deep sequencing (NGS) could improve the detection of emerging BCR-ABL1 kinase domain mutations in chronic phase chronic myeloid leukemia (CML) patients under tyrosine kinase inhibitor (TKI) treatment and discussed the clinical relevance of such sensitive mutational detection. METHODS: For NGS data evaluation including extraction of biologically relevant low-level variants from background error noise, we established and applied a robust and versatile bioinformatics approach. RESULTS: Results from a retrospective longitudinal analysis of 135 samples of 15 CML patients showed that NGS could have revealed emerging resistant mutants 2-11 months earlier than conventional sequencing. Interestingly, in cases who later failed first-line imatinib treatment, NGS revealed that TKI-resistant mutations were already detectable at the time of major or deeper molecular response. Identification of emerging mutations by NGS was mirrored by BCR-ABL1 transcript level expressed either fluctuations around 0.1 %(IS) or by slight transcript level increase. NGS also allowed tracing mutations that emerged during second-line TKI therapy back to the time of switchover. Compound mutants could be detected in three cases, but were not found to outcompete single mutants. CONCLUSIONS: This work points out, that next-generation deep sequencing, coupled with a robust bioinformatics approach for mutation calling, may be just in place to ensure reliable detection of emerging BCR-ABL1 mutations, allowing early therapy switch and selection of the most appropriate therapy. Further, prospective assessment of how to best integrate NGS in the molecular monitoring and clinical decision algorithms is warranted.

• MeSH
• bcr-abl fúzní proteiny genetika   MeSH
• benzamidy terapeutické užití   MeSH
• chronická myeloidní leukemie farmakoterapie   genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• inhibitory proteinkinas terapeutické užití   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• longitudinální studie MeSH
• mutace účinky léků   MeSH
• piperaziny terapeutické užití   MeSH
• polymerázová řetězová reakce s reverzní transkripcí MeSH
• protinádorové látky terapeutické užití   MeSH
• pyrimidiny terapeutické užití   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři MeSH
• tyrosinkinasy antagonisté a inhibitory   MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

BACKGROUND: Interactions between genetic variants and risk factors in myelodysplastic syndromes are poorly understood. In this case-control study, we analyzed 1 421 single nucleotide polymorphisms in 408 genes involved in cancer-related pathways in 198 patients and 292 controls. METHODS: The Illumina SNP Cancer Panel was used for genotyping of samples. The chi-squared, p-values, odds ratios and upper and lower limits of the 95% confidence interval were calculated for all the SNPs that passed the quality control filtering. RESULTS: Gene-based analysis showed nine candidate single nucleotide polymorphisms significantly associated with the disease susceptibility (q-value<0.05). Four of these polymorphisms were located in oxidative damage/DNA repair genes (LIG1, RAD52, MSH3 and GPX3), which may play important roles in the pathobiology of myelodysplastic syndromes. Two of nine candidate polymorphisms were located in transmembrane transporters (ABCB1 and SLC4A2), contributing to individual variability in drug responses and patient prognoses. Moreover, the variations in the ROS1 and STK6 genes were associated with the overall survival of patients. CONCLUSIONS: Our association study identified genetic variants in Czech population that may serve as potential markers for myelodysplastic syndromes.

• MeSH
• DNA nádorová genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• enzymy opravy DNA genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genotyp MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• míra přežití MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• myelodysplastické syndromy epidemiologie   etiologie   mortalita   MeSH
• oprava DNA genetika   MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prognóza MeSH
• rizikové faktory MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• studie případů a kontrol MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• srovnávací studie MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

PURPOSE: Serum procalcitonin (PCT) has become a routinely utilized parameter with a high prediction value of the severity of bacterial infectious complications and their immediate outcomes. Whereas the utility of PCT in differentiating between bacterial and viral infection is generally accepted, its significance in fungal infections has yet to be determined. The aim of the study was to determine the role of PCT testing in patients at high risk for invasive fungal infections. METHODS: Immunocompromised hematological patients undergoing cyclic chemotherapy treatment or allogeneic hemopoietic stem cell transplantation with infectious complications in which the infectious agents were identified during the disease course were evaluated. In patients with bacterial infection, positive hemocultures were documented, and in patients with fungal infection, the presence of either proven or probable disease was confirmed according to Ascioglu criteria. C-reactive protein (CRP) and PCT were prospectively assessed from the day following fever onset, for four consecutive days. RESULTS: Overall, 34 patients were evaluated, 21 with bacterial and 13 with fungal infections. Significant elevations of CRP concentrations (i.e., above the upper normal limit) were observed in all patients, with a tendency toward higher levels in bacterial (both gram-positive [Gr+] and Gr-negative [Gr-]) than in fungal infections. PCT levels were significantly elevated in patients with bacterial infections (e.g., predominantly in Gr- compared to Gr+), whereas in patients with fungal infections, we identified minimal or no PCT elevations, p < 0.01. For the fungal infections, according to constructed receiver operating characteristic curves, a combination of PCT <0.5 μg/L and CRP 100-300 mg/L offers the best specificity, sensitivity and positive and negative predictive values (81, 85, 73, and 89 %, respectively). CONCLUSION: Altogether, our data suggest that the finding of substantially elevated CRP combined with low PCT in immunocompromised patients may indicate systemic fungal infection. The use of this combination might simplify the diagnostic process, which otherwise can often be lengthy and arduous.

• MeSH
• bakteriální infekce krev   imunologie   MeSH
• C-reaktivní protein metabolismus   MeSH
• dospělí MeSH
• hematologické nádory krev   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• horečka krev   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• imunokompromitovaný pacient MeSH
• kalcitonin krev   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mykózy krev   imunologie   MeSH
• nemoc štěpu proti hostiteli krev   imunologie   mikrobiologie   MeSH
• prediktivní hodnota testů MeSH
• proteinové prekurzory krev   MeSH
• ROC křivka MeSH
• senioři MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Chromosome 11 abnormalities are found in many hematological malignancies. In acute myeloid leukemia (AML), a proto-oncogene MLL (11q23.3) is frequently altered. However, rearrangements involving other regions of chromosome 11 have been reported. Therefore, we have characterized the chromosome 11 breakpoints and common deleted and amplified areas in the bone marrow or peripheral blood cells of newly diagnosed patients with AML. Using molecular-cytogenetic methods (multicolor fluorescence in situ hybridization (mFISH), multicolor banding (mBAND), microarrays, and FISH with bacterial artificial chromosome (BAC) probes, chromosome 11 abnormalities were delineated in 54 out of 300 (18%) newly diagnosed AML patients. At least 36 different chromosome 11 breakpoints were identified; two were recurrent (11p15.4 in the NUP98 gene and 11q23.3 in the MLL gene), and three were possibly nonrandom: 11p13 (ch11:29.31-31.80 Mb), 11p12 (ch11:36.75-37.49 Mb) and 11q13.2 (68.31-68.52 Mb). One new MLL gene rearrangement is also described. No commonly deleted region of chromosome 11 was identified. However, some regions were affected more often: 11pter-11p15.5 (n = 4; ch11:0-3.52 Mb), 11p14.1-11p13 (n = 4; ch11:28.00-31.00 Mb) and 11p13 (n = 4; ch11:31.00-31.50 Mb). One commonly duplicated (3 copies) region was identified in chromosomal band 11q23.3-11q24 (n = 9; ch11:118.35-125.00 Mb). In all eight cases of 11q amplification (>3 copies), only the 5' part of the MLL gene was affected. This study highlights several chromosome 11 loci that might be important for the leukemogeneic process in AML.

• MeSH
• akutní myeloidní leukemie genetika   patologie   MeSH
• amplifikace genu MeSH
• body zlomu chromozomu * MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• chromozomální delece * MeSH
• dospělí MeSH
• hybridizace in situ fluorescenční MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• lidské chromozomy, pár 11 genetika   MeSH
• mladý dospělý MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH