Today, applications for Grids emerge in various scientific fields, each with specific requirements. We present concept and architecture which enables biomedical experts to collaborate and share resources by encapsulating their knowledge and expertise as grid services, with (semi-)formally described semantics. Grid Services allow machine processing of the encapsulated knowledge, while their semantic description provides means for their automated discovery and interaction. This brings new possibilities of building biomedical systems offering machine-driven assistance to the biomedical experts.
... 124 vi -- Contents -- 3.5 Coefficients of the Interpolating Polynomial 129 -- 3.6 Interpolation on a Grid ... ... Entropy (All-Poles) -- Method 681 -- 13.8 Spectral Analysis of Unevenly Sampled Data 685 -- 13.9 Computing ... ... -- 20.6 Multigrid Methods for Boundary Value Problems 1066 -- 20.7 Spectral Methods 1083 -- 21 Computational ...
3rd ed. xxi, 1235 s. : il. ; 27 cm + 1 CD-ROM
- MeSH
- Mathematical Computing MeSH
- Mathematics MeSH
- Numerical Analysis, Computer-Assisted * MeSH
- Publication type
- Monograph MeSH
- Conspectus
- Počítačová věda. Výpočetní technika. Informační technologie
- NML Fields
- přírodní vědy
- přírodní vědy
Infrastruktura jako služba, tedy infrastruktura poskytovaná zákazníkovi formou služby poskytovatele, je jedním z modelu nasazení tzv. cloud computingu, který umožňuje využít datovou a výpočetní kapacitu v cloudu jako množinu fyzických či virtuálních zařízení. Infrastruktura jako služba může být poskytována zvlášť každému výzkumnému projektu a přitom sdílet stejné fyzické kapacity zapojených počítačů a zařízení. V současné době je testováno poskytování infrastruktury jako služby několika projektům v rámci aktivit sdružení CESNET, 1. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze (1. LF UK) a Hudební a taneční fakulty Akademie múzických umění v Praze (HAMU). Současný výzkum v oblasti výpočetní fyziologie je náročný na výpočetní kapacitu. Výpočetní úlohy jsou distribuovány počítačům, které jsou poskytovány infrastrukturou. Projekt v oblasti analýzy lidského hlasu je náročný na propustnost počítačové sítě mezi akustickým a video zařízením na lokální straně a analytickou aplikací na straně výkonného serveru. Tento příspěvek popisuje hlavní vlastnosti a výzvy pro infrastruktury určené pro takovýto typ aplikací. Infrastruktura jako model nasazení v rámci cloud computingu může být vhodná pro mezioborové týmy a pro spolupráci a integraci vysoce specializovaných softwarových aplikací.
Infrastructure as a service (infrastructure which is offered to a customer in the form of service of the provider) is a deployment model which allows utilize data and computing capacity of a cloud as a set of virtual devices and virtualized machines. Infrastructure as a service can be offered separately to each project. The same capacity of connected physical machines and devices can be shared. Currently, the concept of an Infrastructure as a service is tested on several projects within activity of the CESNET association, First Faculty of Medicine, Charles University, Prague and Musical and Dance Faculty of Academy of Performing Arts in Prague. The current research in the field of computation physiology is demanding on a high computation capacity. The computation tasks are distributed to computers, which are provided by the infrastructure. The project in the field of the analysis of a human voice is demanding on high throughput of a computer network between an acoustic or video device on the local side and an analytic application on the remote high performance server side. This paper describes features and main challenges for infrastructure dedicated for such a type of an application. Infrastructure as a deployment model of cloud computing might be beneficial for a multi domain team and for collaboration and integration of a high specialized software application.
- Keywords
- infrastruktura jako služba, virtualizace, virtualizace, výpočetní fyziologie, identifikace fyziologických systémů, validace fyziologických systémů, protokol vzdálené plochy, grid computing, hlasové pole,
- MeSH
- Biomedical Technology MeSH
- Cloud Computing MeSH
- Financing, Organized MeSH
- Computer Communication Networks organization & administration trends utilization MeSH
- Computer Systems trends utilization MeSH
- Medical Informatics Applications MeSH
- MeSH
- Financing, Organized MeSH
- Humans MeSH
- Local Area Networks utilization MeSH
- Tomography, X-Ray Computed utilization MeSH
- Computer Communication Networks organization & administration instrumentation utilization MeSH
- Computing Methodologies MeSH
- Computer Systems utilization MeSH
- Programming Languages MeSH
- Software MeSH
- Ultrasonography utilization MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
Sdílení výpočetní kapacity ve vysokorychlostních počítačových sítích otevírá nové možnosti pro komplexní zpracování dat v oblasti biomedicíny. Nutnou podmínkou pro takové zpracování dat je však existence dostatečně flexibilních nástrojů pro jejich indexování. vývoj posledních let naznačuje, že takovými nástroji by mohly být ontologické systémy, navazující na systémy klasifikace medicínských pojmů.
V návaznosti na budovanou vysokorychlostní síťovou infrastrukturu CESNET2 se zvětšují možnosti aplikací, které mohou v takovém prostředí pracovat. Jedním ze směrů, které navazují na výzkum v oblasti multimediálních aplikací většinou pro technické a umělecké obory, je využití stereoskopických prezentací v medicíně. Druhá sledovaná oblast souvisí s výpočetními 3D modely. Tato část je natolik obsáhlá, že je prezentována v samostatné přednášce [1]. Třetí oblastí je rozšiřování specializované infrastruktury pro medicínské aplikace v návaznosti na technologie gridu a virtualizace. Tuto část řešíme hlavně v souvislosti s rozvojem systémů PACS. Čtvrtá oblast zájmu reaguje na nejnovější medicínské technologie. Ve spolupráci s Pardubickou krajskou nemocnicí, HAMU a ÚVN je připravována podpora nových zajímavých projektů v oblasti ORL medicíny.
Providing secure, extensible, pervasive and easy to implement collaborative environment for medical applications poses significant challenge for state-of-the-art computer systems and networks. In this paper, we describe such a collaborative environment developed for Ithanet project, based on Grid authentication mechanisms. Significant effort has been put into developing a system, that is capable of deployment across tightly secured networking environments as implemented in vast majority of hospitals. The environment is extensible enough to incorporate Grid-service based collaborative systems like AccessGrid.
... 3.2.3 LAN 183 -- 3.2.4 Protokoly aplikační vrstvy 184 -- 3.3 Architektura klient-server 192 -- 3.3.1 Grid ...
1. vyd. 427 s. : il. ; 21 cm
Čtvrtý díl edice Biomedicínská informatika pojednává o různých typech dat a znalostí se kterými se můžeme v této oblasti setkat. Data a znalosti představují klíčový prvek pro kvantifikaci informace v každé oblasti. Není tomu jinak ani v biomedicíně a zdravotnictví.
The knowledge of the access paths connecting interior of molecular systems with surrounding environment is important for the understanding of structurefunction relationships and engineering of molecules for biotechnological applications. CAVER is a computer program developed for calculations of tunnels, channels or pores in the biomolecules, inorganic materials and molecular ensembles. The algorithm performs a skeleton search based on a reciprocal distance function grid. The algorithm is implemented in the stand-alone version, web version and as plug-in for PyMol. CAVER is available from the website http://loschmidt.chemi.muni.cz/caver
- MeSH
- Algorithms MeSH
- Inorganic Chemicals chemistry MeSH
- Models, Chemical MeSH
- Financing, Organized MeSH
- Macromolecular Substances chemistry MeSH
- Molecular Conformation MeSH
- Models, Molecular MeSH
- Nucleic Acids chemistry ultrastructure MeSH
- Computer Graphics MeSH
- Computer Simulation MeSH
- Proteins chemistry ultrastructure MeSH
- Software MeSH
- User-Computer Interface MeSH
