Vývoj nádorů kolonu je doprovázen komplexními změnami buněčných lipidů a jejich metabolismu a je spojen s dalšími modulacemi chování buněk působením dietetických i endogenních lipidových složek. Zcela však chybí komplexní studie analyzující buněčný lipidom a identifikující vztahy lipidových molekul a běžně užívaných markerů nádorů kolonu. Kombinace analýz vzorků z nádorových pacientů a experimentální práce in vitro, plánovaná v projektu, směřuje k identifikaci a další charakterizaci prediktivního, diagnostického a terapeutického významu lipidových biomarkerů u nádorů kolonu. Využity budou pokročilé lipidomické a biomatematické přístupy. Identifikace změn ve složení lipidů, nebo v proteinech regulujících transport a metabolismus lipidů, poskytnou unikátní informace o lipidových nádorových markerech spojených s nádory kolonu i potenciálních terapeutických cílech. To pomůže zlepšit diagnostiku i terapeutické přístupy v klinické praxi.; The development of colon cancer (CC) is accompanied with complex changes of cellular lipids and/or their metabolism, and it is associated with further modulations of cell behaviour by both dietary and endogenous lipid compounds. However, complex studies analysing the CC cellular lipidome, and identifying relationships of these lipid molecules and currently used tumour biomarkers in CC, are largely missing. The proposed project intends to employ a combination of tumour patient sample screening and experimental work in vitro, in order to identify and further characterize predictive, diagnostic and/or therapeutic power of lipid biomarkers in CC, using the currently available advanced lipidomic and biomathematical techniques. Based on the identified changes in lipid composition, and/or proteins involved in regulation of lipid transport/metabolism, the project will provide unique information about lipid-related CC tumour markers and potential therapeutic targets. This may help to improve CC diagnostics or therapeutic tools in clinical practice.

• MeSH
• epitelové buňky chemie   MeSH
• lidé MeSH
• lipidomika MeSH
• lipidy chemie   MeSH
• mastné kyseliny chemie   MeSH
• metabolismus lipidů MeSH
• nádorové biomarkery MeSH
• nádory tračníku diagnóza   MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• biochemie
• gastroenterologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Přestože se spektrum biomarkerů užívaných v onkologii neustále rozšiřuje, zůstává stanovení morfologie nádorů rozhodujícím kritériem diagnostiky. U karcinomů prsu bylo nedávno zjištěno, že stupeň diferenciace je provázen změnami exprese miRNA. Není však nic známo o tom, zda popsané změny souvisí se změnou morfologie a zda mají individuální nebo obecný charakter. Cílem navrhovaného projektu je použít zatím unikátní přístup a srovnat expresní profil miRNA z různých částí téhož nádoru s rozdílnou morfologickou charakteristikou i nádorů se stejnou morfologií od různých pacientek a zároveň zjistit, zda je možné tyto specifické miRNA detekovat v krvi. Pro řešení navrhujeme použít mikrodisekční metody izolace buněk z parafínových bloků TNBC a mikročipovou analýzu miRNA. Tkáňové a sérové hladiny vybraných miRNA budou sledovány pomocí qPCR v rozšířeném validačním souboru a jejich funkce bude studována pomocí experimentů na buněčných liniích. Projekt by mohl přispět k odhalení nových principů řídících morfogenezi v nádorech a rovněž k identifikaci nových diagnostických a prognostických znaků.; Although the spectrum of cancer biomarkers is constantly expanding, determining the morphology is a decisive criterion for diagnosis. Recent research in breast cancer has shown that the degree of differentiation is accompanied by changes in miRNA expression. However, nothing is known about relationship between the described changes and tumor morphology or whether these changes have an individual or general character. We suggest to compare the miRNA expression profiles from different parts of the same tumor which have different morphology as well as tumors with the same morphology from different patients and analyse whether specific miRNAs are released into blood. Microdissection of cells from paraffin blocks of TNBC and miRNA microarray analysis will be used. Tissue and serum levels of selected miRNAs will be monitored by qPCR in an extended validation set and their functions will be studied by experiments on cell lines. The project could contribute to the discovery of new principles governing morphogenesis in tumors as well as identify novel diagnostic and prognostic markers.

• MeSH
• časná detekce nádoru MeSH
• exprese genu MeSH
• lidé MeSH
• mikro RNA MeSH
• mikročipová analýza MeSH
• mikrodisekce MeSH
• morfogeneze MeSH
• nádorové biomarkery analýza   MeSH
• prognóza MeSH
• triple-negativní karcinom prsu diagnóza   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

1. Exprese Skp2 a její změny budou analyzovány u subpopulací nádorových kmenových buněk a po modulaci aktivity androgenového receptoru a signálních drah indukujících EMT. 2. Význam proteinu Skp2 v biologii nádorových kmenových buněk a v nádorové progresi bude studován po snížení exprese Skp2 pomocí siRNA/shRNA metodami, které umožňují analyzovat cytokinetické parametry nádorových buněk. 3. Exprese Skp2 a dalších vybraných proteinů bude retrospektivně vyšetřena na archivních vzorcích nádoru prostaty. 4. Získané výsledky přispějí k objasnění úlohy Skp2 a signálních drah ovlivňujících buněčnou plasticitu ve vzniku a rozvoji nádorového onemocnění prostaty a ukáží nové možnosti terapie tohoto vážného onemocnění.; 1. Expression of Skp2 will be analyzed in various subpopulations of prostate cancer stem cells and after modulation of AR activity and EMT-inducing signaling pathways. 2. Importance of Skp2 in biology of cancer stem cells and prostate cancer progression will be studied after its knock-down with siRNA/shRNA and after modulation of AR activity and EMT-inducing signaling pathways by proliferation, differentiation and invasion tests. 3. Expression of Skp2 and other selected proteins will be evaluated in archive specimens of prostate cancer. 4. The obtained data will contribute to elucidating the role of Skp2 and cell plasticity modulating pathways in prostate cancer and can bring important implications for treatment of this serious disease.

• MeSH
• epitelo-mezenchymální tranzice MeSH
• hybridizace in situ MeSH
• imunohistochemie MeSH
• karcinom MeSH
• kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
• nádorové kmenové buňky MeSH
• nádory prostaty MeSH
• plasticita buňky MeSH
• prognóza MeSH
• proteiny asociované s kinázou S-fáze MeSH
• průtoková cytometrie MeSH
• testy nádorových kmenových buněk MeSH
• western blotting MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Dosažení patologické kompletní odpovědi po neoadjuvantní chemoterapii je ukazatelem dlouhodobé kontroly onemocnění. V předchozím projektu byla patologická kompletní odpověď pozorována významně častěji u nemocných s nádory expresí HER-2 a bez exprese HER-2 i hormonálních receptorů. Cílem předkládaného projektu je studovat biologickou odpověď na neoadjuvantní chemoterapii. Použity budou standardní režimy chemoterapie používané v jednotlivých centrech a volbu léčby projekt neovlivní. V retrospektivní studii na materiálu nemocných z 2 center budou vyhodnoceny rozdíly tumor infiltrujících lymfocytů u nemocných s různým fenotypem nádoru, bude také studován vliv exprese indoleamin 2,3-dioxygenázy na přítomnost tumor infiltrujících lymfocytů a bude provedeno imunohistochemické zhodnocení fenotypu nádoru. Budou rovněž sledovány změny metabolismu železa a citrulin, ukazatel toxicity léčby.; Pathologic complete response is an indicator of long-term disease control after neoadjuvant chemotherapy in breast carcinoma. In our earlier study, patologic complete response was observed significantly more often in patients with tumors expressing HER-2 or triple negative tumors. The aim of the present study is to study biologic response to neoadjuvant chemotherapy in patients treated with standard regimens that will not be affected by the project. In a retrospective study on material from patients in 2 centers difference in tumor infiltrating lymphocytes in patients with different tumor phenotype as well as the association between indoleamine 2,3-dioxygenase expression and the presence of tumor infiltrating lymphocytes will be evaluated together with tumor phenotype using immunohistochemistry. Alterations of iron metabolism and citrulline, an indicator of intestinal toxicity, will also be assessed.

• MeSH
• alfa-tokoferol MeSH
• citrulin analýza   MeSH
• fenotyp MeSH
• imunohistochemie MeSH
• imunologické faktory MeSH
• indolamin-2,3,-dioxygenasa MeSH
• karcinom prsu in situ MeSH
• kynurenin MeSH
• lymfocyty účinky léků   MeSH
• nádory prsu MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• neopterin MeSH
• poruchy metabolismu železa MeSH
• prognóza MeSH
• receptor erbB-2 MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• triple-negativní karcinom prsu MeSH
• vitamin A MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• gynekologie a porodnictví
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Projekt je zaměřen na poznání nových mechanismů účinků vybraných platinových (Pt) cytostatik, ligandů PPAR? a jejich kombinací na molekulární a buněčné úrovni. U buněčných linií odvozených z nádorů kolonu a prostaty (senzitivních i rezistentních včetně specifických transfektantů a ?knock-out? linií) budou analyzovány specifické geny a proteiny regulující buněčný cyklus a apoptózu. Očekáváme odlišnou expresi u buněčných populací odvozených z normálních a nádorových tkání. Zjištěné rozdíly budou srovnávány s výsledky klinických vzorků z pacientů s analogickými nádory, což přispěje k lepšímu pochopení a nové interpretaci výsledků. Cílem je postihnout podstatné rozdíly z hlediska cytokinetiky a pokusit se odvodit jejich význam pro predikci účinnosti léčbyPt cytostatiky (včetně nových vysoce účinných komplexů) a posoudit úlohu ligandů PPAR? (potenciální kooperativní efekt) v těchto procesech s využitím nejmodernějších metod molekulární biologie a analytické cytometrie.; The project aims to improve our understanding of novel mechanisms of the effects of platinum (Pt) cytostatics, PPAR? ligands and their combinations at both molecular and cellular level. We will analyze specific genes and proteins regulating cell cycle and apoptosis in cell lines derived from colon and prostate carcinoma (incl. both sensitive and resistant cells, specific transfectants and knock-outs). We expect a distinct expression in cells derived from tumour and normal tissues. The identified differences will be compared with clinical samples derived from patients with analogous tumours, in order to improve the interpretation of results. The goal is understanding of significant differences from the point of view of cytokinetics, interpretation of their importance for prediction of therapy with Pt cytostatics (incl. novel complexes) and analysis of the role of PPAR? ligands in these potential cooperative effect using up-to-date methods of molecular biology and analytical cytometry.

• MeSH
• apoptóza MeSH
• buněčný cyklus MeSH
• cytostatické látky terapeutické užití   MeSH
• lidé MeSH
• molekulární biologie MeSH
• nádory prostaty farmakoterapie   MeSH
• nádory tračníku farmakoterapie   MeSH
• nádory farmakoterapie   MeSH
• platina terapeutické užití   MeSH
• PPAR gama terapeutické užití   MeSH
• průtoková cytometrie metody   využití   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Farmacie. Farmakologie
• NLK Obory
• farmacie a farmakologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• diagnostické techniky a postupy MeSH
• diagnóza MeSH
• patologické stavy, příznaky a symptomy MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• Učební osnovy. Vyučovací předměty. Učebnice
• NLK Obory
• patologie
• NLK Publikační typ
• učebnice vysokých škol

Na odpovídajícím prospektivním i retrospektivním souboru pacientů s BPH, CaP a AGA budou testovány níže uvedené hypotézy. Polymorfismus genu pro AR (SNP rs6152) může ovlivňovat nejen výskyt, ale i průběh onemocnění závislých na funkčním AR (BPH, CaP, AGA). Změny exprese sledovaných androgeny regulovaných genů mohou zpřesnit diagnostiku časných fází CaP (PCA3, KLK7/11) nebo definovat pacienty, kteří budou profitovat z radikální léčby (TMPRSS2-ERG). Současná přítomnost alely G (SNP rs6152) a určitého typuAGA může predikovat vyšší riziko výskytu agresivně se chovajících CaP.; The below mentioned hypotheses will be tested using appropriate prospective as well as retrospective sample of patients with BPH, CaP and AGA. AR gene polymorphism (SNP rs6152) can have impact not only on incidence but also on course of androgen receptordependent disorders such as BPH, CaP and AGA. Changes in expression of investigated androgen sensitive genes (PCA3, KLK7/11) could make diagnosis of earlier CaP more precise and/or, in the case TMPRSS2-ERG, define patients who could benefit from radicaltreatment. The existence of G allele in SNP rs6152 together with certain types of AGA could predict higher risk for aggressive (metastazing) CaP.

• MeSH
• alopecie MeSH
• androgeny MeSH
• hyperplazie prostaty MeSH
• nádory prostaty MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• regulace genové exprese MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• andrologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1. Exprese asporinu a dalších proteinů extracelulární matrix (CTHRC1, POSTN, LRRC15, CSPG2) bude sledována po modulaci signálních drah TGF beta a Wnt. 2. Význam asporinu pro invazivní růst bude studován po knock-down pomocí siRNA/shRNA a po modulaci signálních drah TGF beta a Wnt v adhezivních, migračních a invazivních testech. 3. Exprese asporinu a dalších vybraných genů bude stanovena u pacientů s invazivními karcinomy prsu a prostaty. 4. Získané výsledky přispějí k objasnění úlohy asporinu v karcinomech prsu a prostaty a mohou vést k identifikaci nových terapeutických postupů u těchto závažných onemocnění.; 1. Expression of asporin and other extracellular matrix related proteins (CTHRC1, POSTN, LRRC15, CSPG2) will be analysed after modulation of TGF beta and Wnt signaling pathways. 2. Importance of asporin in invasive growth will be studied after its knock-down with siRNA/shRNA and modulation of TGF beta and Wnt pathways by adhesion, migration and invasive tests. 3. Expression of asporin and other selected protein will be evaluated in archive specimens with invasive breast and prostate cancer. 4. The obtained data will contribute to elucidating the role of asporin in breast and prostate cancer and can bring important therapeutic implications for treatment of these cancers.

• MeSH
• buněčná adheze MeSH
• extracelulární matrix - proteiny MeSH
• inhibice migrace buněk MeSH
• invazivní růst nádoru MeSH
• nádory prostaty MeSH
• nádory prsu MeSH
• proteiny Wnt MeSH
• proteoglykany MeSH
• transformující růstový faktor beta MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• onkologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

1/ Regulace mechanismu, při kterém se korepresory společně s koaktivátory ucházejí o vazbu s androgenovým receptorem. 2/ Objasnit vliv inhibitoru histonových deacetylaz na změny kovalentních histonových modifikací. 3/ Zjistit, zda-li změny histonových modifikací (acetylace a metylace) stimulují korepresory anebo jsou důsledkem jejich aktivace. 4/ Předpokládáme-li, že metylace může být příčinou umlčení exprese androgenového receptoru, ověřit účinek demetylačního agens případně v jeho kombinaci s inhibitorem histonových deacetyláz na obnovenou expresi androgenového receptoru.; 1/ Regulation of mechanism by which corepressors compete with coactivators for binding to androgen receptor. 2/ Elucidate an effect of the inhibitor histone deacetylation on changes of covalent histone modifications. 3/ Determine whether histone modifications changes (acetylation and methylation) stimulate corepressors or they are results of their activation. 4/ If we suppose that methylation could be a reason of androgen receptor silencing, we would like to test the effect of demethylation agents or aits combination with inhibitor of histone deacetylation, on possible expression of androgen receptor.

• MeSH
• acetylace MeSH
• androgenní receptory MeSH
• cílená molekulární terapie MeSH
• inhibitory histondeacetylas MeSH
• korepresorové proteiny MeSH
• metylace MeSH
• nádory prostaty terapie   MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• andrologie
• onkologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Studium na ligandu nezávislé regulace androgenového receptoru. Objasnit úlohu korepresorů na ligandu nezávislé regulaci androgenového receptoru. Objasnit úlohu histonových deacetyláz na ligandu nezávislé regulaci androgenového receptoru. Sledovat efekt kombinace inhibitoru deacetyláz (NaB) a inhibitoru DNA metylace (5-Aza-CdR) u transkripčně neaktivního genu ZNF185.; Annotation I: The study of ligand independent regulation of the androgen receptor. Annotation II: Clarify the role of corepressors in ligand independent regulation of androgen receptor. Annotation III: Clarify the role of histone deacetylases in ligand independent regulation of androgen receptor. Annotation IV: Investigate the effect of the inhibitor of histone deacetylation (NaB) and the inhibitor of DNA methylation (5-Aza-CdR) on transcriptional silencing of methylated gene.

• MeSH
• acetylace MeSH
• genetická transkripce MeSH
• histony chemie   MeSH
• metylace DNA MeSH
• nádorové buněčné linie MeSH
• nádory prostaty diagnóza   MeSH
• prostatický specifický antigen MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• transkripční faktory MeSH
• umlčování genů MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• andrologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR