Single-nucleotide polymorphism Dotaz Zobrazit nápovědu
Cíl: Stanovení alelové frekvence polymorfizmu p.Val66Met (rs6265) v genu pro mozkový neurotrofní faktor (brain-derived neurotrophic factor; BDNF) v české populaci. Přítomnost polymorfizmu p.Val66Met v genu BDNF je spojována s porušeným intracelulárním transportem a sekrecí BDNF. Změny v expresi a funkci BDNF jsou spojeny s různými onemocněními mozku a představují jeden z mechanizmů odpovědi na stres. Soubor a metodika: Retrospektivně bylo v kontrolní skupině vyšetřeno 317 vzorků DNA jedinců z české populace (173 mužů a 144 žen) ve věku 45–81 let. Polymorfizmus p.Val66Met v genu BDNF byl vyšetřen analýzou křivek tání. Výsledky: Frekvence mutantní alely (A) v kontrolní skupině činila 16,3 %; frekvence standardní alely (G) činila 83,7 %. Závěr: Byla stanovena frekvence polymorfizmu p.Val66Met v genu BDNF, která je srovnatelná s frekvencemi v okolních zemích.
Aim: To determine the allele frequency of the p.Val66Met (rs6265) polymorphism in BDNF gene (brain-derived neurotrophic factor, BDNF) in the Czech population. The p.Val66Met (rs6265) polymorphism in the BDNF gene is associated with impaired intracellular trafficking and secretion of BDNF. Alterations in BDNF expression and function are involved in different brain disorders and represent a major downstream mechanism for stress response. Material and methods: Retrospectively, 317 DNA control samples of Czech individuals aged between 45 and 81 years (173 men and 144 women), were examined for p.Val66Met polymorphism in the BDNF gene using the melting analysis. Results: Frequency of the mutant allele (A) was 16.3% and it was 83.7% for the wild type allele (G). Conclusion: The requency of the p.Val66Met polymorphism in the BDNF gene in the Czech population was determined.
- MeSH
- dospělí MeSH
- genotyp MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus * MeSH
- klinická studie jako téma MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mozkový neurotrofický faktor * genetika MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři nad 80 let MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
This paper reports an approach to detection of single nucleotide polymorphism based on special amplification assay and surface plasmon resonance biosensor technology. In this assay, a part of the target DNA is recognized by a probe (probe A) coupled with streptavidin-oligonucleotide (SON) complexes ex situ, and when the mixture is injected in the sensor, another part of the target DNA is recognized by a DNA probe (probe B) immobilized on the sensor surface. To achieve high sensitivity and specificity, the assay is optimized in terms of composition of SON complexes, probe design, and assay temperature. It is demonstrated that this approach provides high specificity (no response to targets containing single-mismatched bases) and sensitivity (improves sensor response to perfectly matched oligonucleotides by one order of magnitude compared to the direct detection method). The assay is applied to detection of a short synthetic analogue of TP53 containing a "hot spot"-single nucleotide mismatch frequently mutated in germ line cancer-at levels down to 40 pM.
- MeSH
- biosenzitivní techniky metody MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- DNA sondy genetika MeSH
- DNA genetika MeSH
- geny p53 genetika MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus genetika MeSH
- lidé MeSH
- oligonukleotidy genetika MeSH
- povrchová plasmonová rezonance přístrojové vybavení metody MeSH
- senzitivita a specificita MeSH
- streptavidin chemie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Klasifikace nádorových onemocnění a identifikace terapeutických cílů pro jejich léčbu vyžaduje důkladnou znalost a popis genetických změn. Analýza single nukleotidových polymorfi zmů je cenným nástrojem pro detekci a charakterizaci genetických variací u nádorových onemocnění. Účelem této práce je podat souhrnný přehled o metodách detekce SNP aplikovatelných na výzkum MM.
Tumor classification and identifi cation of targets for therapeutic applications requires very good knowledge and description of genetic changes connected to an illness. SNP analysis seems to be a valuable tool for detection and characterisation of genetic variations in cancer. The aim of this review is to summarise methods usable for SNP detection and its applicabillity for MM research.
Studium polymorfizmů v genech asociovaných s mnohočetným myelomem (MM) je atraktivní oblastí výzkumu, který může přispět k celkovému pochopení této nemoci. Výzkumy v oblasti polymorfi zmů u MM jsou zatím na experimentální úrovní. Cílem této práce je demonstrovat na vybraných zahraničních prácích možnost klinického využití polymorfi zmů v oblasti MM.
Study of polymorphisms in genes associated with multiple myeloma (MM) is promising fi eld of research. Study of this field could bring important piece to a global understanding of this illness. Research of polymorphisms associated with MM still remain at experimental stage. The aim of this work is to demonstrate a possible clinical utilization of polymorphisms in MM field.
- MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus * genetika MeSH
- lidé MeSH
- mnohočetný myelom genetika MeSH
- molekulární biologie MeSH
- oprava DNA MeSH
- výzkumný projekt MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- MeSH
- dospělí MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- kolorektální nádory genetika MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- matrixová metaloproteinasa 1 genetika metabolismus MeSH
- senioři MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Východisko. Familiární adenomatózní polypóza je autozomálně dominantně dědičné onemocnění charakterizované predispozicí ke vzniku polypů v tlustém střevě a v rektu a ke kolorektálnímu karcinomu. Příčinou onemocnění jsou zárodečné mutace v genu APC. Cílem studie bylo stanovit frekvenci jednonukleotidové substituce c.645+32C>T v intronu 5 genu APC u pacientů s mnohočetnou střevní polypózou a v obecné populaci a pokusit se objasnit, zda je tato substituce nepatogenním polymorfismem (tj. populační variantou) nebo onemocnění způsobující mutací. Metody a výsledky. Frekvence substituce c.645+32C>T v genu APC byla studována v souboru 170 pacientů s fenotypem familiární adenomatózní polypózy nebo její atenuované formy metodou denaturační gradientové gelové elektroforézy a přímou sekvenací. Dále byla frekvence této substituce vyšetřena u souboru 200 neonkologických pacientů pomocí metody alelické specifické polymerázové řetězové reakce. Substituce c.645+32C>T byla zjištěna u 27 ze 170 pacientů s mnohočetnou střevní polypózou (tj. 15,9 %) a dále u 32 z 200 pacientů v kontrolní skupině (tj. 16 %). Rozdíl ve výskytu substituce mezi pacienty s polypózou a kontrolní skupinou nebyl statisticky významný (p = 0,979; test chí-kvadrát). Závěry. Jednonukleotidová substituce c.645+32C>T v intronu 5 genu APC je nepatogenním polymorfismem, tedy populační variantou, která se vyskytuje přibližně u 16 % české populace
Background. Familial adenomatous polyposis is an autosomal dominant disease characterised by predisposition to colon polyposis and colorectal cancer and caused by germline mutations in the APC gene. The aim of the study was to establish the frequency of c.645+32C>T substitution in intron 5 of the APC gene in patients with multiple colon polyposis and in the general population and to determine if this substitution is a nonpathogenic polymorphism or a pathogenic mutation associated with multiple polyposis coli. Methods and Results. The frequency of c.645+32C>T substitution in the APC gene was established in 170 patients with the clinical phenotype of familial adenomatous polyposis or its attenuated form using denaturating gradient gel electrophoresis and direct sequencing. We tested a population of 200 noncancer persons using allelic specific polymerase chain reaction. The c.645+32C>T substitution was detected in 27 of 170 patients with multiple colon polyposis (i.e. 15.9%). The substitution was found in 32 of 200 control persons, i.e. in 16%. The difference between patients with polyposis and the control group was not statistically significant (p = 0.979; chí-square test). Conclusions. Our results suggest that the c.645+32C>T substitution is a non-pathogenic single nucleotide polymorphism appearing in about 16% of the Czech population.
- MeSH
- elektroforéza v polyakrylamidovém gelu metody využití MeSH
- familiární adenomatózní polypóza etiologie genetika patologie MeSH
- financování organizované MeSH
- geny APC MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus genetika imunologie MeSH
- mutace genetika imunologie MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody využití MeSH
Monocyte chemoattractant protein (MCP)-1 is the key chemokine in the process of atheroslerotic vascular inflammation. Examining already reported association between coronary artery disease (CAD) and the SNP A/G in the MCP-1 gene (position -2518), 139 Czech patients with CAD manifested as myocardial infarction (MI) and 359 unrelated healthy control (C) subjects were genotyped by PCR-SSP. Genotype and allele frequencies were not different in MI and C groups (allele G: MI, 20.5%; C, 23.8%, OR = 0.8, P > 0.05). No differences were detected when the patients were subdivided based on sex or the age of MI first occurrence. Further, no relationship was observed between circulating MCP-1 levels and carriage of the G allele. The data do not support a role for the MCP-1 -2518 single nucleotide polymorphism in susceptibility to CAD manifested by myocardial infarction.
- MeSH
- alely MeSH
- chemokin CCL2 genetika imunologie MeSH
- financování organizované MeSH
- genetická predispozice k nemoci genetika MeSH
- infarkt myokardu genetika imunologie MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus genetika imunologie MeSH
- koronární nemoc genetika imunologie MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- prediktivní hodnota testů MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
Cíl: Gen pro adiponektin bývá označován jako kandidátní gen inzulinové rezistence (IR). V naší práci byl sledován možný vztah mezi jednonukleotidovým polymorfi smem (SNP) +276 G > T a markery inzulinové rezistence včetně lipidového a lipoproteinového profi lu u 355 dyslipidemických pacientů lipidové ambulance III. interní kliniky Fakultní nemocnice Olomouc a jejich prvostupňových příbuzných. Metody: SNP genu pro adiponektin byl detekován metodou polymerázové řetězové reakce v reálném čase s hybridizačními fl uorescenčními sondami. Rozdíly mezi genotypy ve spojitých proměnných byly analyzovány metodou ANOVA (upraveno na věk, pohlaví a obvod pasu). Výsledky: Nosiči genotypu GG měli významně vyšší hladiny celkového cholesterolu (GG: 6,54 ± 1,74 mmol/l, GT: 6,18 ± 1,45 mmol/l, TT: 6,25 ± 1,64 mmol/l, p < 0,05) a LDL cholesterolu (GG: 4,12 ± 1,49 mmol/l, GT: 3,78 ± 1,31 mmol/l, TT: 3,70 ± 1,34 mmol/l, p < 0,05) než jedinci s alelou T. Přítomnost alely T na pozici 276 byla u heterozygotů naopak spojena s vyšší koncentrací inhibitoru aktivátoru plasminogenu 1 (PAI-1) (GG: 71,50 ± 41,0 μg/l, GT: 81,0 ± 38,7 μg/l, TT: 70,14 ± 44,4 μg/l, p < 0,05). Závěr: Ve studii byla zjištěna slabá asociace heterozygotů-nosičů T alely polymorfi smu +276 G > T genu pro adiponektin a jedním markerem inzulinové rezistence, avšak nebyl nalezen vztah k sérovému adiponektinu, inzulinu, body mass indexu a dyslipidemickým fenotypům.
Aim: The adiponectin gene has been proposed as a potential candidate gene for IR. We analysed possible relationship between +276 G > T SNP and IR markers together with lipid and lipoprotein profi les in 355 Czech dyslipidemic patients of Lipid Center, University Hospital Olomouc, and their fi rst degree relatives. Methods: The +276 G > T SNP of adiponectin gene was detected by real time PCR method with hybridization fl uorescence probes in LightCycler. Between-genotype differences in continuous variables were analyzed by ANOVA after adjustment for age, sex and waist circumference. Results: Subjects with GG genotype were associated with higher total cholesterol (GG: 6.54 ± 1.74 mmol/l, GT: 6.18 ± 1.45 mmol/l, TT: 6.25 ± 1.64 mmol/l, p < 0.05) and LDL cholesterol (GG: 4.12 ± 1.49 mmol/l, GT: 3.78 ± 1.31 mmol/l, TT: 3.70 ± 1.34 mmol/l, p < 0.05) in comparison with T allele carriers. On the contrary, the presence of T allele in position 276 in heterozygotes was associated with higher levels of plasma inhibitor of activator of plasminogen 1 (PAI-1) (GG: 71.50 ± 41.0 μg/l, GT: 81.0 ± 38.7 μg/l, TT: 70.14 ± 44.4 μg/l, p < 0.05). Conclusion: In this study, the poor association between carriers- heterozygotes of T alelle of +276 G > T polymorphism of gene for adiponectin and one marker of insulin resistance was found. However, no relationship was detected with plasma adiponectin, insulin, body mass index and dyslipidemic phenotypes.
