genetic map
Dotaz
Zobrazit nápovědu
We report the construction of the first complete genetic linkage map of the laboratory rat. By testing 1171 simple sequence length polymorphisms (SSLPs), we have identified 432 markers that show polymorphisms between the SHR and BN rat strains and mapped them in a single (SHR x BN) F2 intercross. The loci define 21 large linkage groups corresponding to the 21 rat chromosomes, together with a pair of nearby markers on chromosome 9 that are not linked to the rest of the map. Because 99.5% of the markers fall into one of the 21 large linkage groups, the maps appear to cover the vast majority of the rat genome. The availability of the map should facilitate whole genome scans for genes underlying qualitative and quantitative traits relevant to mammalian physiology and pathobiology.
- MeSH
- DNA primery genetika MeSH
- genetická vazba * MeSH
- genetické markery MeSH
- genom MeSH
- křížení genetické MeSH
- krysa rodu rattus * genetika MeSH
- mapování chromozomů * MeSH
- molekulární sekvence - údaje MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- polymorfismus genetický MeSH
- potkani inbrední BN MeSH
- potkani inbrední SHR MeSH
- repetitivní sekvence nukleových kyselin MeSH
- sekvence nukleotidů MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- krysa rodu rattus * genetika MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Research Support, U.S. Gov't, Non-P.H.S. MeSH
- Research Support, U.S. Gov't, P.H.S. MeSH
- MeSH
- biologické jevy genetika MeSH
- enzymy genetika MeSH
- geny MeSH
- krysa rodu rattus genetika MeSH
- lidé MeSH
- mapování chromozomů MeSH
- myši MeSH
- patologické procesy genetika MeSH
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- krysa rodu rattus genetika MeSH
- lidé MeSH
- myši MeSH
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- srovnávací studie MeSH
- MeSH
- databáze genetické využití MeSH
- hypertriglyceridemie genetika MeSH
- krysa rodu rattus genetika MeSH
- lidé MeSH
- mapování chromozomů MeSH
- modely u zvířat MeSH
- myši genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- krysa rodu rattus genetika MeSH
- lidé MeSH
- myši genetika MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
BACKGROUND: A complete genome sequence is an essential tool for the genetic improvement of wheat. Because the wheat genome is large, highly repetitive and complex due to its allohexaploid nature, the International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC) chose a strategy that involves constructing bacterial artificial chromosome (BAC)-based physical maps of individual chromosomes and performing BAC-by-BAC sequencing. Here, we report the construction of a physical map of chromosome 6B with the goal of revealing the structural features of the third largest chromosome in wheat. RESULTS: We assembled 689 informative BAC contigs (hereafter reffered to as contigs) representing 91% of the entire physical length of wheat chromosome 6B. The contigs were integrated into a radiation hybrid (RH) map of chromosome 6B, with one linkage group consisting of 448 loci with 653 markers. The order and direction of 480 contigs, corresponding to 87% of the total length of 6B, were determined. We also characterized the contigs that contained a part of the nucleolus organizer region or centromere based on their positions on the RH map and the assembled BAC clone sequences. Analysis of the virtual gene order along 6B using the information collected for the integrated map revealed the presence of several chromosomal rearrangements, indicating evolutionary events that occurred on chromosome 6B. CONCLUSIONS: We constructed a reliable physical map of chromosome 6B, enabling us to analyze its genomic structure and evolutionary progression. More importantly, the physical map should provide a high-quality and map-based reference sequence that will serve as a resource for wheat chromosome 6B.
- MeSH
- chromozomy rostlin MeSH
- fyzikální mapování chromozomů metody MeSH
- genetické markery MeSH
- genová přestavba MeSH
- molekulární evoluce MeSH
- organizátor jadérka MeSH
- pořadí genů MeSH
- pšenice genetika MeSH
- umělé bakteriální chromozomy genetika MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
V současnosti již není schizofrenie považována jen za důsledek zvýšené dopaminergní signalizace. Řada nedávných zjištění, včetně genetických studií, dokládá také význam porušené glutamátergní a GABAergní neurotransmise. Schizofrenii však nelze zjednodušeně označit za dědičnou poruchu, neboť vykazuje také významnou podmíněnost faktory prostředí. Má ale svou genetickou složku podmíněnou existencí řady tzv. kandidátních genů. Většina z těchto genů souvisí se syntézou a inaktivací glutamátu a GABA, s aktivitami těchto neuromediátorů na úrovni specifických receptorů a také se strukturálním a funkčním vývojem příslušných synaptických spojení. Literární přehled ukazuje na asociaci schizofrenie s více než 40 geny, které se nacházejí na všech 23 chromozomech člověka. Z něho je zřejmé, že s výjimkou několika málo genů ( NRG1 – chromozom 8 nebo DTNBP1 – chromozom 6), většina jednonukleotidových polymorfizmů nalezených v kandidátních genech je jen slabě, pokud vůbec, asociována se schizofrenií ve studiích s omezením na určité etnikum. Pro dosažení konečné odpovědi bude třeba provést studie na větších souborech subjektů, které by vykazovaly větší genetickou homogenitu danou věkem, pohlavím a etnickým původem.
Schizophrenia is no longer viewed as predominantly a consequence of overactive dopaminergic signalling. In fact, many recent findings, including those from human genetic studies, strongly support involvement of glutamatergic and GABAergic disturbances. Schizophrenia is not a simply inherited disorder and displays significant dependence on environmental factors, too. Nevertheless, there is a definite genetic component in the morbidity and the existence of so called “candidate genes” has been proposed. Many of the genes are intimately linked to the activities (at specific receptors), synthesis and inactivation of glutamate and GABA as well as to the structural and functional development of glutamatergic and GABAergic synapses. The article reviews evidence of links to schizophrenia for more than forty candidate genes located on all human chromosomes. It concludes that, with exception of a few, such as NRG1 on chromosome 8 or DTNBP1 on chromosome 6 the associations between mutations in the candidate genes and schizophrenia are tenuous at best or might exist only in certain groups of patients. Studies using larger populations displaying greater genetic homogeneity may be needed to obtain more positive answers.
- MeSH
- chromozomální aberace MeSH
- financování organizované MeSH
- lidé MeSH
- mapování chromozomů MeSH
- polymorfismus genetický genetika MeSH
- schizofrenie genetika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH