Interactions between glycans and glycan binding proteins are essential for numerous processes in all kingdoms of life. Glycan microarrays are an excellent tool to examine protein-glycan interactions. Here, we present a microbe-focused glycan microarray platform based on oligosaccharides obtained by chemical synthesis. Glycans were generated by combining different carbohydrate synthesis approaches including automated glycan assembly, solution-phase synthesis, and chemoenzymatic methods. The current library of more than 300 glycans is as diverse as the mammalian glycan array from the Consortium for Functional Glycomics and, due to its microbial focus, highly complementary. This glycan platform is essential for the characterization of various classes of glycan binding proteins. Applications of this glycan array platform are highlighted by the characterization of innate immune receptors and bacterial virulence factors as well as the analysis of human humoral immunity to pathogenic glycans.

• MeSH
• antigeny bakteriální chemie   imunologie   MeSH
• CHO buňky MeSH
• Cricetulus MeSH
• druhová specificita MeSH
• glykomika MeSH
• imunitní systém MeSH
• lektiny MeSH
• lidé MeSH
• mikročipová analýza metody   MeSH
• oligosacharidy MeSH
• polysacharidy chemie   klasifikace   imunologie   MeSH
• rekombinantní proteiny MeSH
• transportní proteiny chemie   MeSH
• vazba proteinů MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Cíl sdělení: Pilotní analytická studie použití technologie proteinových biočipů Randox Evidence Investigator pro stanovení tyreoidních hormonů a jejich srovnání s rutinně používanou metodou elektrochemiluminiscence Roche. Metodika: Při měření TSH jsme srovnávali data naměřená systémem E-170 Modular (Roche) s výsledky měření na přístroji Evidence Investigator (Randox), získanými panely Thyroid total array a Thyroid free array. Systém Evidence Investigator™ firmy Randox pracuje s technologií proteinových biočipů umožňujících současné stanovení několika analytů z jednoho vzorku. Výsledky a závěry: Použitím rozdílových Blandových-Altmanových diagramů bylo zjištěno, že oba systémy poskytují statisticky významně odlišné výsledky. Byly stanoveny intervaly spolehlivosti bias (95% CI): -1,3 až 2,7 mU/l pro TSH (total modul), -1,7 až 3,0 mU/l pro TSH (free modul), -53,9 až 54,0 nmol/l (T4), -1,11 až 0,66 nmol/l (T3), -4,7 až 3,0 pmol/l (fT4) a -1,4 až 4,2 pmol/l (fT3). Za hlavní příčinu nesouladu lze považovat nedostatečnou harmonizaci kalibrací biočipového systému s klasickými rutinními postupy.

Objective: Presented is the pilot study using Randox Evidence Investigator biochip array technology in measurement of thyroid hormones in serum compared to electrochemiluminiscent immunoassay by Modular E-170 (Roche). Method: In the determination of TSH we compared data measured by system Evidence Investigator (Thyroid total panel and Thyroid free panel, Randox), with results gained on equipment Modular E-170 (Elecsys TSH, Roche). Investigator Biochip Array Technology is used to perform simultaneous quantitative detection of multiple analytes from a single patient. A combination of competitive and sandwich chemiluminiscent immunoassays is employed. Results and Conclusion: The Bland & Altman plots comparing two measurements techniques shows statistically significant differences in results. We determined bias (95% confidence interval): -1.3 to 2.7 mU/l for TSH (Thyroid total panel); -1.7 to 3.0 mU/l for TSH (Thyroid free panel); -53.9 to 54.0 nmol/l (total T4), -1.11 to 0.66 nmol/l (total T3), -4.7 to 3.0 pmol/l (free T4) and -1,4 - 4,2 pmol/l (free T3). The main reason for result differences appears to be in insufficient harmonisation of biochip and routine method calibrations.

• MeSH
• čipová analýza proteinů metody   přístrojové vybavení   MeSH
• hormony štítné žlázy analýza   MeSH
• imunoanalýza metody   MeSH
• luminiscenční měření metody   MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

Chromatin adopts a diversity of regular and irregular fiber structures in vitro and in vivo. However, how an array of nucleosomes folds into and switches between different fiber conformations is poorly understood. We report the 9.7 Å resolution crystal structure of a 6-nucleosome array bound to linker histone H1 determined under ionic conditions that favor incomplete chromatin condensation. The structure reveals a flat two-start helix with uniform nucleosomal stacking interfaces and a nucleosome packing density that is only half that of a twisted 30-nm fiber. Hydroxyl radical footprinting indicates that H1 binds the array in an on-dyad configuration resembling that observed for mononucleosomes. Biophysical, cryo-EM, and crosslinking data validate the crystal structure and reveal that a minor change in ionic environment shifts the conformational landscape to a more compact, twisted form. These findings provide insights into the structural plasticity of chromatin and suggest a possible assembly pathway for a 30-nm fiber.

• MeSH
• DNA chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• elektronová kryomikroskopie MeSH
• Escherichia coli genetika   metabolismus   MeSH
• exprese genu MeSH
• genetické vektory chemie   metabolismus   MeSH
• histony chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• hydroxylový radikál chemie   MeSH
• interakční proteinové domény a motivy MeSH
• klonování DNA MeSH
• konformace proteinů, alfa-helix MeSH
• konformace proteinů, beta-řetězec MeSH
• krystalografie rentgenová MeSH
• lidé MeSH
• molekulární modely MeSH
• multimerizace proteinu MeSH
• nukleozomy chemie   metabolismus   ultrastruktura   MeSH
• osmolární koncentrace MeSH
• protein 1 vytvářející nukleozómy chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• rekombinantní proteiny chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• vazba proteinů MeSH
• vazebná místa MeSH
• Xenopus laevis MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

S nástupem NGS a zvláště sekvenování transkriptomu došlo k nové specializaci microarray technologie a jejímu rozvoji k novým prakticky nenahraditelným nástrojům diagnostiky. Jakkoliv se objevují názory, že NGS zcela nahradí microarrays, trendy vyplývající z odborných článků, výzkumné a klinické praxe hovoří o výrazně rozdílném vývoji. NGS zejména v oblasti měření DNA exprese a transkriptomu skutečně přináší potenciál získání relativně kvalitativně bohatší informace, která se využívá zejména při hledání neznámých sekvencí, nicméně u analýz aplikovaných a známých sekvencí si microarrays naopak udržují dominantní postavení. Zcela unikátní platformou jsou tzv. VIPTM čipy, které přinesly možnost provádět populační studie s DNA až 10 tisíc jedinců v 10lokusech. Zároveň je opomíjen fakt, že současné sekvenační technologie mohou přinést informace pouze o DNA, na rozdíl od široké škály biomarkerových sond, které lze kotvit a tudíž analyzovat na substrátu microarrays, včetně proteinových biočipů, které zaznamenali velký boom především v poslední dekádě a těší se praktickému a klinickému využití.

With the advent of NGS and especially the transcriptome sequencing, a novel specialization of microarray technology has taken place and its development towards new practically indispensable diagnostic tools. Although it has been argued that NGS will eventually replace microarrays, the trends inferred from scientific articles, the research and clinical practice as well as the actual principal difference between these technologies, corroborate a significantly different development. In particular, in the measurement of DNA expression, NGS has brought the potential of obtaining a relatively richer qualitative information, which is used mainly for finding unknown sequences, however, microarrays conversely maintain dominance in the case of applied analyses and of known sequences. Furthermore, in the last decade, an entirely unique platform, called VIPTM microarrays, has been developed, which enabled to carry out cost -effectively population -based studies of DNA of up to 10,000 individuals in 10 loci. Moreover, another fact has been condoned, i.e. the current sequencing technologies can address only information related to DNA. Microarrays, to the contrary, permit immobilizing a wide spectrum of biomarker probes on the substrate and thus analyze a variety starting from DNA through proteins, small molecules, cells, tissues and others. As a consequence, the two technologies seem to be rather in a convenient complementarity than in any real competition.

• MeSH
• čipová analýza proteinů * metody   MeSH
• lékařství MeSH
• lidé MeSH
• mikročipová analýza * metody   MeSH
• potravinářský průmysl MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * metody   MeSH
• zemědělství MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Východisko. Multianalytový přístup je doporučován pro rychlou diagnostiku a stratifikaci rizika akutního koronárního syndromu. Testovali jsme analytickou vhodnost technologie proteinových biočipů pro stanovení kardiálních markerů. Metody. Analýza kardiálních markerů: CK-MB mass, cTnI, myoglobinu, glykogen fosforylázy BB (GPBB), srdečního typu proteinu vázajícího mastné kyseliny (h-FABP) a karboanhydrázy III (CAIII) bylo provedeno systémem Evidence Investigator (Randox). Byly testovány analytické parametry soupravy Cardiac array. Výsledky získané systémem Evidence Investigator byly porovnány s hodnotami měřenými metodami na stanovení CK-MB mass a myoglobinu pro Elecsys 2010 (Roche). Markery poškození myokardu byly měřeny u 28 dárců krve, 28 pacientů s akutním infarktem myokardu a 21 pacientů po chemoterapii antracykliny (monitorování kardiotoxicity). Výsledky. Passing-Bablokova regrese ukazuje statisticky významné rozdíly ve výsledcích. Důvodem těchto odchylek je nedostatečná standardizace metod a diskrepance mezi kalibracemi. Nové analyty h-FABP a GPBB jsou slibnými časnými markery akutního infarktu myokardu a diagnostická sensitivita h-FABP by mohla být vyšší než u myoglobinu. Tyto markery mohou být užitečné pro monitoring kardiotoxicity antracyklinů. Závěry. Použití biočipové technologie v kardiologické diagnostice představuje výzvu do budoucna, ale bude nutná dokonalejší standardizace imunochemických metod.

Background. Multi-marker approach is recommended for rapid diagnostics and risk stratification of acute coronary syndrome. We tested the analytical performance of protein biochip technology for determination cardiac markers. Methods. Analysis of cardiac markers: CK-MB mass, cTnI, myoglobin, glycogen phosphorylase BB (GPBB), heart type of fatty acid binding protein (h-FABP) and carbonic anhydrase III (CAIII) was performed by system Evidence Investigator (Randox). Analytical parameters of Cardiac array were tested. The Evidence Investigator results were compared with Elecsys 2010 (Roche) CK-MB mass and myoglobin methods. Markers of myocardial injury were determined in 28 blood donors, 28 patients with acute myocardial infarction diagnosis and 21 patients after chemotherapy containing anthracyclines (monitoring of cardiotoxicity). Results. The Passing-Bablok regression shows statistically significant differences in results. The reasons for these differences are poor standardization of methods and discrepancies between calibrations. New substances h-FABP and GPBB are promising early markers of acute myocardial infarction and diagnostic sensitivity of h-FABP would be better than myoglobin test. These markers can be useful for monitoring of cardiotoxicity of anthracyclines. Conclusions. In future, the use of biochip technology in cardiology diagnostic represents an important challenge but it is a necessary standardization of immunochemical methods.

• MeSH
• akutní koronární syndrom diagnóza   MeSH
• biologické markery krev   MeSH
• čipová analýza proteinů MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Series of multivalent α-l-fucoside containing glycoclusters and variously decorated l-fucosides were synthesized to find potential inhibitors of fucose-specific lectins and study the structure-binding affinity relationships. Tri- and tetravalent fucoclusters were built using copper-mediated azide-alkyne click chemistry. Series of fucoside monomers and dimers were synthesized using various methods, namely glycosylation, an azide-alkyne click reaction, photoinduced thiol-en addition, and sulfation. The interactions between compounds with six fucolectins of bacterial or fungal origin were tested using a hemagglutination inhibition assay. As a result, a tetravalent, α-l-fucose presenting glycocluster showed to be a ligand that was orders of magnitude better than a simple monosaccharide for tested lectins in most cases, which can nominate it as a universal ligand for studied lectins. This compound was also able to inhibit the adhesion of Pseudomonas aeruginosa cells to human epithelial bronchial cells. A trivalent fucocluster with a protected amine functional group also seems to be a promising candidate for designing glycoconjugates and chimeras.

• MeSH
• bakteriální proteiny chemie   metabolismus   MeSH
• fukosa chemie   metabolismus   MeSH
• fungální proteiny chemie   metabolismus   MeSH
• hemaglutinace MeSH
• lektiny chemie   metabolismus   MeSH
• lidé MeSH
• testy inhibice hemaglutinace MeSH
• vazba proteinů MeSH
• vztahy mezi strukturou a aktivitou MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Cíl sdělení: Byly sledovány analytické a klinické vlastnosti technologie proteinových biočipů pro imunochemická stanovení kardiálních markerů a jejich možné využití v diagnostice infarktu myokardu. Metodika: Stanovení hladiny kardiálních markerů (CKMB, MYO, GPBB, H-FABP, CAIII a cTnI) bylo provedeno systémem Evidence Investigator (Randox). Pro jednotlivé kardiální markery stanovené panelem Cardiac Array byly hodnoceny analytické parametry testu. Kardiální markery byly stanoveny ve vzorcích sér 28 pacientů (21 mužů, 7 žen, věk 47–86 let) s diagnózou akutního infarktu myokardu. Výsledky a závěry: Mezilehlá přesnost pro všechny analyty, kromě myoglobinu, je ve shodě s výrobcem (CV < 10%). H-FABP i GPBB jsou časnými markery akutního infarktu myokardu, přičemž H-FABP má pravděpodobně vyšší diagnostickou senzitivitu než myoglobin. Dá se očekávat, že stanovení kardiálních markerů proteinovými biočipy do budoucna najde své uplatnění v biochemické diagnostice poškození myokardu.

Objective: The analytical and clinical performance of protein biochip technology of immunochemical analysis of cardiac markers and their use in diagnosis of acute myocardial infarction were evaluated. Method: Determination of concentration of cardiac markers (CKMB, MYO, GPBB, H-FABP, CAIII and cTnI) was performed by system Evidence Investigator (Randox). Analytical parameters of Cardiac array were tested. Markers of myocardial injury were determined in group of the 28 patients (21 men, 7 women, age 47–86 years) with acute myocardial infarction diagnosis. Results and conclusions: Reproducibility of all tests agree with data of producer (CV < 10%), except myoglobin assay. New substances H-FABP and GPBB are promising early markers of acute myocardial infarction and diagnostic sensitivity of H-FABP would be better than myoglobin test. In future, determination of new cardiac markers by protein biochips technology probably will be used in cardiologic diagnosis.

• MeSH
• biologické markery krev   MeSH
• čipová analýza proteinů přístrojové vybavení   využití   MeSH
• financování organizované MeSH
• glykogenfosforylasa krev   MeSH
• infarkt myokardu krev   MeSH
• karboanhydrasa III krev   MeSH
• lidé MeSH
• nekróza krev   MeSH
• proteiny vázající mastné kyseliny krev   MeSH
• sérum MeSH
• troponin krev   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Intrinsically disordered regions (IDRs) are protein regions that lack persistent secondary or tertiary structure under native conditions. IDRs represent >40% of the eukaryotic proteome and play a crucial role in protein-protein interactions. The classical approach for identification of these interaction interfaces is based on mutagenesis combined with biochemical techniques such as coimmunoprecipitation or yeast two-hybrid screening. This approach either provides information of low resolution (large deletions) or very laboriously tries to precisely define the binding epitope via single amino acid substitutions. Here, we report the use of a peptide microarray based on the human scaffold protein AXIN1 for high-throughput and -resolution mapping of binding sites for several AXIN1 interaction partners in vitro For each of the AXIN1-binding partners tested, i.e. casein kinase 1 ϵ (CK1ϵ); c-Myc; peptidyl-prolyl cis/trans isomerase, NIMA-interacting 1 (Pin1); and p53, we found at least three different epitopes, predominantly in the central IDR of AXIN1. We functionally validated the specific AXIN1-CK1ϵ interaction identified here with epitope-mimicking peptides and with AXIN1 variants having deletions of short binding epitopes. On the basis of these results, we propose a model in which AXIN1 competes with dishevelled (DVL) for CK1ϵ and regulates CK1ϵ-induced phosphorylation of DVL and activation of Wnt/β-catenin signaling.

• MeSH
• axin protein metabolismus   MeSH
• beta-katenin metabolismus   MeSH
• čipová analýza proteinů metody   MeSH
• fosforylace MeSH
• interakční proteinové domény a motivy * MeSH
• kaseinkinasa Iepsilon metabolismus   MeSH
• kompetitivní vazba MeSH
• lidé MeSH
• peptidy metabolismus   MeSH
• protein dishevelled metabolismus   MeSH
• proteiny Wnt metabolismus   MeSH
• signální dráha Wnt MeSH
• vazba proteinů MeSH
• vazebná místa MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Recently we characterised TRB1, a protein from a single-myb-histone family, as a structural and functional component of telomeres in Arabidopsis thaliana. TRB proteins, besides their ability to bind specifically to telomeric DNA using their N-terminally positioned myb-like domain of the same type as in human shelterin proteins TRF1 or TRF2, also possess a histone-like domain which is involved in protein-protein interactions e.g., with POT1b. Here we set out to investigate the genome-wide localization pattern of TRB1 to reveal its preferential sites of binding to chromatin in vivo and its potential functional roles in the genome-wide context. Our results demonstrate that TRB1 is preferentially associated with promoter regions of genes involved in ribosome biogenesis, in addition to its roles at telomeres. This preference coincides with the frequent occurrence of telobox motifs in the upstream regions of genes in this category, but it is not restricted to the presence of a telobox. We conclude that TRB1 shows a specific genome-wide distribution pattern which suggests its role in regulation of genes involved in biogenesis of the translational machinery, in addition to its preferential telomeric localization.

• MeSH
• Arabidopsis genetika   metabolismus   MeSH
• genová knihovna MeSH
• histony metabolismus   MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• nukleotidové motivy MeSH
• promotorové oblasti (genetika) genetika   MeSH
• proteiny huseníčku genetika   metabolismus   MeSH
• proteiny vázající telomery genetika   metabolismus   MeSH
• proteosyntéza MeSH
• ribozomy genetika   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• telomery metabolismus   MeSH
• vazba proteinů MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Protein microarray technology became an important research tool for study and detection of proteins, protein-protein interactions and a number of other applications. The utilization of nanoparticle-based materials and nanotechnology-based techniques for immobilization allows us not only to extend the surface for biomolecule immobilization resulting in enhanced substrate binding properties, decreased background signals and enhanced reporter systems for more sensitive assays. Generally in contemporarily developed microarray systems, multiple nanotechnology-based techniques are combined. In this review, applications of nanoparticles and nanotechnologies in creating protein microarrays, proteins immobilization and detection are summarized. We anticipate that advanced nanotechnologies can be exploited to expand promising fields of proteins identification, monitoring of protein-protein or drug-protein interactions, or proteins structures.

• MeSH
• biologické markery chemie   MeSH
• čipová analýza proteinů metody   MeSH
• DNA chemie   MeSH
• kovové nanočástice chemie   MeSH
• lékové transportní systémy MeSH
• lidé MeSH
• mapování interakce mezi proteiny MeSH
• mikroskopie atomárních sil MeSH
• nanočástice chemie   MeSH
• nanotechnologie metody   MeSH
• polysacharidy chemie   MeSH
• povrchová plasmonová rezonance MeSH
• proteiny chemie   MeSH
• reportérové geny MeSH
• vazba proteinů MeSH
• zlato chemie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH