BACKGROUND: Ribosomal RNA (rRNA) accounts for the majority of the RNA in eukaryotic cells, and is encoded by hundreds to thousands of nearly identical gene copies, only a subset of which are active at any given time. In Arabidopsis thaliana, 45S rRNA genes are found in two large ribosomal DNA (rDNA) clusters and little is known about the contribution of each to the overall transcription pattern in the species. RESULTS: By taking advantage of genome sequencing data from the 1001 Genomes Consortium, we characterize rRNA gene sequence variation within and among accessions. Notably, variation is not restricted to the pre-rRNA sequences removed during processing, but it is also present within the highly conserved ribosomal subunits. Through linkage mapping we assign these variants to a particular rDNA cluster unambiguously and use them as reporters of rDNA cluster-specific expression. We demonstrate that rDNA cluster-usage varies greatly among accessions and that rDNA cluster-specific expression and silencing is controlled via genetic interactions between entire rDNA cluster haplotypes (alleles). CONCLUSIONS: We show that rRNA gene cluster expression is controlled via complex epistatic and allelic interactions between rDNA haplotypes that apparently regulate the entire rRNA gene cluster. Furthermore, the sequence polymorphism we discovered implies that the pool of rRNA in a cell may be heterogeneous, which could have functional consequences.
Věda kolem nás. Co to je... ; 19
Vydání 1. 15 stran : ilustrace ; 21 cm
RNA neboli ribonukleová kyselina je jednou z klíčových molekul v našich buňkách. Byla poprvé popsána na začátku 20. století, kdy si chemici pracující s nukleovými kyselinami uvědomili chemické rozdíly mezi DNA a RNA. Zpočátku se jí nedostávalo takové pozornosti jako DNA, která je nositelkou dědičné informace. Intenzivněji se RNA začala studovat až v 60. letech 20. století. Ještě poměrně nedávno se tvrdilo, že drtivá část našeho genomu nemá žádnou funkci. Výzkumy v posledních letech však ukázaly, že toto harampádí produkuje různé RNA vytvářející jako neviditelná temná hmota síť regulující produkci bílkovin a že i RNA svět ukrývající se v našich buňkách a ovlivňující naše životy je z velké části dosud neobjeven. V ČR se různými aspekty RNA biologie zabývá poměrně vysoký počet badatelů a naše země je v komunitě vědců velmi pozitivně vnímána. Význam těchto výzkumů spočívá nejen v rozšíření našeho poznání, ale také například v pochopení mechanismů řady závažných onemocnění. Nakladatelská anotace
- MeSH
- Molecular Biology MeSH
- RNA, Ribosomal chemistry MeSH
- RNA, Transfer chemistry MeSH
- RNA chemistry MeSH
- Research MeSH
- Conspectus
- Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
- NML Fields
- biologie
- genetika, lékařská genetika
- NML Publication type
- brožury
Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR
53 l. : il., grafy ; 32 cm
Investigation of the fuctional link between expression and phosphorylation of nucleolar transcription factors and regulatory mechanism of ribosomal RNA synthesis performed on normal and leukemic blood cells with stimulated or respressed growth activity.
Studium funkčního spojení mezi expresí a reverzibilní fosforylací nukleolár.protein. faktorů a regulací syntézy ribozomální RNA prováděné na buněčných modelech reprezent. normál.a leukem. hematopoetic.i buňkami indukovat.i k aktivaci či represi prolifer.
- MeSH
- Lymphocyte Activation MeSH
- RNA, Messenger MeSH
- Cell Transformation, Neoplastic MeSH
- RNA, Neoplasm biosynthesis MeSH
- RNA, Ribosomal biosynthesis MeSH
- Binding Sites MeSH
- Conspectus
- Patologie. Klinická medicína
- NML Fields
- hematologie a transfuzní lékařství
- biologie
- NML Publication type
- závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR
Internal ribosomal entry sites (IRESs) are structured cis-acting RNAs that drive an alternative, cap-independent translation initiation pathway. They are used by many viruses to hijack the translational machinery of the host cell. IRESs facilitate translation initiation by recruiting and actively manipulating the eukaryotic ribosome using only a subset of canonical initiation factor and IRES transacting factors. Here we present cryo-EM reconstructions of the ribosome 80S- and 40S-bound Hepatitis C Virus (HCV) IRES. The presence of four subpopulations for the 80S•HCV IRES complex reveals dynamic conformational modes of the complex. At a global resolution of 3.9 Å for the most stable complex, a derived atomic model reveals a complex fold of the IRES RNA and molecular details of its interaction with the ribosome. The comparison of obtained structures explains how a modular architecture facilitates mRNA loading and tRNA binding to the P-site. This information provides the structural foundation for understanding the mechanism of HCV IRES RNA-driven translation initiation.
- MeSH
- Hepatitis C metabolism MeSH
- Internal Ribosome Entry Sites * MeSH
- Humans MeSH
- Molecular Sequence Data MeSH
- Ribosome Subunits chemistry MeSH
- RNA, Viral chemistry MeSH
- Amino Acid Sequence MeSH
- Base Sequence MeSH
- Molecular Docking Simulation MeSH
- Protein Binding MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Publication type
- Journal Article MeSH
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
