The sweet cherry plant (Prunus avium L.) is primarily self-incompatible, with so-called S-alleles responsible for the inability of flowers to be pollinated not only by their own pollen grains but also by pollen from other cherries having the same S-alleles. This characteristic has wide-ranging impacts on commercial growing, harvesting, and breeding. However, mutations in S-alleles as well as changes in the expression of M locus-encoded glutathione-S-transferase (MGST) can lead to complete or partial self-compatibility, simplifying orchard management and reducing possible crop losses. Knowledge of S-alleles is important for growers and breeders, but current determination methods are challenging, requiring several PCR runs. Here we present a system for the identification of multiple S-alleles and MGST promoter variants in one-tube PCR, with subsequent fragment analysis on a capillary genetic analyzer. The assay was shown to unequivocally determine three MGST alleles, 14 self-incompatible S-alleles, and all three known self-compatible S-alleles (S3', S4', S5') in 55 combinations tested, and thus it is especially suitable for routine S-allele diagnostics and molecular marker-assisted breeding for self-compatible sweet cherries. In addition, we identified a previously unknown S-allele in the 'Techlovicka ́ genotype (S54) and a new variant of the MGST promoter with an 8-bp deletion in the ́Kronio ́ cultivar.
- MeSH
- alely MeSH
- polymerázová řetězová reakce MeSH
- Prunus avium * genetika MeSH
- šlechtění rostlin MeSH
- slivoň * genetika MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
"Candidatus Phytoplasma prunorum" (CPp) is a highly destructive phytopathogenic agent in many stone fruit-growing regions in Europe and the surrounding countries. In this work, we focused on documenting entire bacterial community in the phloem tissues of 60 stone fruit trees. Nested PCR and two real-time PCR assays were used to select CPp-positive (group A) and CPp-negative samples (group B). Afterwards, high-throughput amplicon sequencing was performed to assess bacterial community compositions in phloem tissues. The bacterial composition in phloem tissue consisted of 118 distinct genera, represented mainly by Pseudomonas, Acinetobacter, Methylobacterium, Sphingomonas, and Rhizobium. Statistics showed that CPp influenced the bacterial composition of infected plants (group A) and that the bacterial community depended on the geographical origin of the sample. This is the first work focusing on an analysis of the influence of CPp on the bacteria coexisting in the phloem tissues of stone fruit trees.
Background: Copy number variants (CNVs) are the genetic bases for microdeletion/ microduplication syndromes (MMSs). Couples with an affected child and desire to have further children are routinely tested for a potential parental origin of a specific CNV either by molecular karyotyping or by two color fluorescence in situ hybridization (FISH), yet. In the latter case a critical region probe (CRP) is combined with a control probe for identification of the chromosome in question. However, CNVs can arise also due to other reasons, like a recombination-event based on a submicroscopic, cryptic inversion in one of the parents. Results: Seventy-four patients with different MMSs and overall 81 CNVs were studied here by a novel three color FISH approach. The way how three locus-specific probes are selected (one is the CRP and two are flanking it in a distance of 5-10 Mb) enables to detect or exclude two possible parental conditions as origins of the CNV seen in the index: (i) direct parental origin of the CNV (deletion or duplication) or (ii) a parental cryptic inversion. Thus, for overall 51/81 CNVs (63%) a parental origin could be determined. 36/51 (70.5%) inherited the CNV directly from one of the parents, but 15/51 (29.5%) were due to an exclusively by three color FISH detectable parental inversion. A 2:1 ratio of maternal versus paternal inheritance was found. Also almost two times more male than female were among the index patients. Conclusion: The new, here suggested three color FISH approach is suited for more comprehensive parental studies of patients with MMS. The detection rate for parental origin was increased by 140% in this study. Still, for 30/81 cases (37%) no reason for the 'de novo' MMS in the affected index patient could be found by the here suggested FISH-probe set.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
We report a case of a 65-year-old man who developed an acute illness with fever, arthralgia and nephritic syndrome. Antinuclear antibodies were slightly positive and complement levels were low. Renal biopsy showed exudative diffuse proliferative endocapillary glomerulonephritis with diffuse immunoglobulin (IgG, IgA, IgM) and complement deposition (C3d, C4d, C1q) on immunofluorescence. The patient was first treated with corticosteroids and mycophenolate mofetil for suspected lupus with WHO class IV glomerulonephritis. The diagnosis was questioned and a diagnosis of parvovirus B19-associated nephritis was made based on elevation of serum IgM antibodies for parvovirus B19 and detection of parvovirus B19 DNA on renal biopsy. The immunosuppressive treatment was stopped and progressive spontaneous regression of clinical and laboratory abnormalities was observed. We conclude that human parvovirus B19 infection should be considered as a cause of lupus-like symptomatology and acute glomerulonephritis.
- MeSH
- akutní nemoc MeSH
- autoimunitní nemoci * MeSH
- biopsie MeSH
- DNA virů analýza MeSH
- glomerulonefritida farmakoterapie imunologie virologie MeSH
- glomerulus diagnostické zobrazování MeSH
- imunosupresiva terapeutické užití MeSH
- infekce viry z čeledi Parvoviridae MeSH
- lidé MeSH
- lidský parvovirus B19 izolace a purifikace MeSH
- senioři MeSH
- syndrom MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Huntingtonova nemoc (HN) je autozomálně dominantní neurodegenerativní onemocnění charakterizované poškozením volních a mimovolních pohybů, poruchami chování a zhoršením kognitivních funkcí. Společně s hlavními motorickými příznaky byly poruchy hlasu a řeči pozorovány u většiny pacientů s HN. Zvířecí prasečí model je často používán pro výzkum v preklinických studiích. I přes zjevné rozdíly v anatomii artikulačních orgánů mezi prasaty a lidmi lze očekávat stejné trendy u patofyziologických mechanizmů s ohledem na chrochtání i lidskou fonaci. Hlavním cílem této studie bylo proto navržení vhodného experimentu, který umožní získání dostatečně dlouhého záznamu chrochtání od co největšího počtu prasátek. Dalším cílem studie bylo zrealizovaní výsledné verze experimentu na celé databázi a vyhodnocení množství a kvality získaných nahrávek. Databáze použitá pro studii zahrnovala 17 HN transgenních miniprasátek a 16 zdravých sourozenců ze stejných vrhů. Testované varianty experimentu, provedené na části databáze zahrnující čtyři prasnice, byly rozděleni do čtyř podskupin: (a) pozitivní – krmení, (b) pozitivní – zvuková stimulace, (c) negativní – bránění v pohybu, (d) negativní – nepříjemné doteky. Hodnocení kvality získaných nahrávek bylo provedeno s pomocí audio softwaru, ve kterém bylo izolováno čisté prasečí chrochtání a všechny akustické artefakty vymazány. Nejlepších výsledků bylo dosaženo s použitím experimentu při kterém: (i) je záznamové zařízení upevněno na tělo prasátka, (ii) prasátko je ponecháno několik minut o samotě v místnosti, aby se uklidnilo a (iii) osoba vstoupí do místnosti a snaží se nabízet prasátku krmivo zatímco před ním couvá. V důsledku tohoto jednání prasátko následuje osobu s krmením, což je doprovázeno chrochtáním. Dostatečně dlouhé (20 chrochtnutí a více) a čisté nahrávky byly získány od 24 z 33 prasátek (73 %). Závěrem lze tedy říci, že experiment je proveditelný. Klíčová slova: Huntingtonova nemoc – chrochtání – transgenní model miniprasat – animální modely – poruchy hlasu a řeči Autoři deklarují, že v souvislosti s předmětem studie nemají žádné komerční zájmy. Redakční rada potvrzuje, že rukopis práce splnil ICMJE kritéria pro publikace zasílané do biomedicínských časopisů.
Huntington's disease (HD) is an autosomal-dominant neurodegenerative disorder characterized by the impairment of voluntary and involuntary movements, behavioral disorders and cognitive decline. Besides the main motor symptoms, voice and speech disorders have been documented in a large majority of patients with HD. The animal model of pigs is often used in preclinical studies. Although there are obvious differences in the anatomy of the articulation organs between pigs and humans, the same trends in pathophysiological mechanisms can be expected in both grunting and human phonation. The main aim of the study was therefore to design a suitable experiment that would allow for acquisition of a sufficiently long recording of grunting from as many pigs as possible. The second goal was to perform the final version of the experiment in all available pigs and to evaluate the amount and quality of the acquired recordings. The database consists of 17 HD transgenic minipigs and 16 healthy siblings. Tested variants of the experiment, performed on subgroup of four sows, were divided into four subgroups: (a) positive – feeding, (b) positive – sound stimulation, (c) negative – hindering in movement, (d) negative – unpleasant touch. The evaluation of the quality of the elicited recording was performed using audio software where pure pig grunting was selected and all acoustic artefacts deleted. The best results were reached using the experiment in which: (i) a recording device is put on the pig's body, (ii) the pig is left alone for few minutes in the pen in order to calm down, and (iii) a person enters the room and tries to offer the pig food while walking backwards. As a result, the pig follows the person and grunts. Sufficiently long (20 single grunts or more) and clear recordings were received from 24 out of 33 pigs (73%). The realisation of the experiment is therefore possible. Key words: Huntington's disease – grunting – transgenic pigs – animal models – voice and speech disorders The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE “uniform requirements” for biomedical papers.
- Klíčová slova
- chrochtání,
- MeSH
- akustika MeSH
- audiovizuální pomůcky MeSH
- geneticky modifikovaná zvířata MeSH
- Huntingtonova nemoc * komplikace MeSH
- miniaturní prasata MeSH
- modely u zvířat MeSH
- pilotní projekty MeSH
- prasata MeSH
- vokalizace zvířat * MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- srovnávací studie MeSH
Akutní leukemie (AL) představují heterogenní skupinu maligních onemocnění krvetvorby s různou prognózou. Díky této různorodosti AL nelze s jistotou predikovat odpověď pacienta na léčbu. Proto je velmi důležité sledovat množství zbytkové maligní populace buněk po léčbě, tzv. minimální reziduální nemoc (MRN). K detekci MRN se běžně využívají rekurentní cytogenetické abnormality a mutace v hematologicky významných genech, které jsou rutinním screeningem identifikovány u naprosté většiny dospělých pacientů s akutní lymfoblastickou leukemií a přibližně u poloviny dospělých pacientů s akutní myeloidní leukemií. Z tohoto důvodu je velmi žádoucí identifikovat nové specifické markery leukemických blastů, které budou sloužit ke sledování MRN u pacientů, u nichž nebyla nalezena žádná ze standardně vyšetřovaných aberací. Naším cílem bylo vyvinout zcela nový technický přístup k identifikaci a mapování unikátních klonálně specifických chromozomových abnormalit až na úroveň jednotlivých nukleotidů, a to pomocí moderních technik molekulární cytogenetiky, zejména mnohobarevné fluorescenční in situ hybridizace, mnohobarevného pruhování chromozomů (mFISH, mBAND) a multiplexní hybridizace fluorescenčně značených sond (BAC-FISH). Pro vyšší rozlišení byly fluorescenčně značené sondy aplikovány na linearizovaná vlákna DNA (molecular combing, fiber-FISH). Dalším nástrojem, který byl využit k přesné identifikaci zlomových míst aberovaných chromozomů byla mikrodisekce derivovaných chromozomů a následné sekvenování disekovaného materiálu pomocí technologie sekvenování nové generace (NGS). Posledním krokem byla konstrukce specifické molekulární PCR eseje v reálném čase pro monitorování MRN, která umožňuje sledovat odpověď pacienta na léčbu, příp. včas zachytit počínající molekulární relaps onemocnění. Moderní technologie umožňují detekovat a identifikovat unikátní klonálně specifické abnormality u pacientů s AL. Předložená práce jasně ukazuje, že mapování chromozomových aberací až na úroveň nukleotidů je pro vybrané pacienty s AL realizovatelné a vhodné pro standardní klinickou praxi. Jedná se o laboratorní přístup „šitý na míru“ nemocných s AL, který naplňuje naši představu o personalizované medicíně.
Acute leukaemia (AL) comprises a heterogeneous group of haematological malignancies with varying prognoses. In light of this heterogeneity, individual patient response to treatment can be difficult to predict. Sensitive monitoring of residual leukemic cell populations (minimal residual disease – MRD) is thus very important and holds great potential for improving treatment strategies. Commonly used MRD targets include recurrent cytogenetic abnormalities and mutations in important haematological genes. Unfortunately, such targets are identified in a majority of adult ALL patients but only in about 50% of adult AML patients. Identification of new specific leukemic blast molecular markers for MRD assessment is therefore highly desirable. Our goal was to develop a unique technical approach for the identification and mapping of clone-specific chromosomal abnormalities down to the single nucleotide level using current molecular cytogenetic techniques, particularly multicolour fluorescence in situ hybridization, multicolour chromosome banding (mFISH, mBAND) and multiplex hybridization of fluorescently labelled BAC clones (BAC-FISH). Higher resolution was achieved by hybridization of fluorescent probes to combed DNA fibres (molecular combing, fibre-FISH). Another approach used for the precise identification of chromosomal breakpoints was chromosome micro dissection followed by next-generation sequencing (NGS) of the dissected material. Finally, a specific Real-Time PCR assay to monitor MRD was designed. Modern technologies open new vistas for the detection and identification of unique clone-specific abnormalities in AL patients. Our work clearly suggests that mapping from the chromosomal level down to the nucleotide level is feasible and readily applicable in eligible AL patients, allowing its´ use in standard clinical practice and as a tool for personalized „tailor-made“ medicine.
- Klíčová slova
- akutní leukemie, personalizovaná medicína, sekvenování nové generace, chromozomová mikrodisekce, molekulární cytogenetika, minimální reziduální nemoc, mFISH, mBAND,
- MeSH
- akutní lymfatická leukemie genetika MeSH
- akutní myeloidní leukemie genetika MeSH
- body zlomu chromozomu MeSH
- chromozomální aberace MeSH
- cytogenetické vyšetření * metody MeSH
- dospělí MeSH
- hybridizace in situ fluorescenční MeSH
- lidé MeSH
- malování chromozomů MeSH
- mapování chromozomů metody MeSH
- pilotní projekty MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- reziduální nádor * diagnóza genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- vyšetřování kostní dřeně MeSH
- výzkum * MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- Publikační typ
- hodnotící studie MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
Friend leukemia virus integration 1 (Fli1) and erythroid Krüppel-like factor (EKLF) participate under experimental conditions in the differentiation of megakaryocytic and erythroid progenitor in cooperation with other transcription factors, cytokines, cytokine receptors, and microRNAs. Defective erythropoiesis with refractory anemia and effective megakaryopoiesis with normal or increased platelet count is typical for 5q- syndrome. We decided to evaluate the roles of EKLF and Fli1 in the pathogenesis of this syndrome and of another ribosomopathy, Diamond-Blackfan anemia (DBA). Fli1 and EKLF mRNA levels were examined in mononuclear blood and bone marrow cells from patients with 5q- syndrome, low-risk MDS patients with normal chromosome 5, DBA patients, and healthy controls. In 5q- syndrome, high Fli1 mRNA levels in the blood and bone marrow mononuclear cells were found. In DBA, Fli1 expression did not differ from the controls. EKLF mRNA level was significantly decreased in the blood and bone marrow of 5q- syndrome and in all DBA patients. We propose that the elevated Fli1 in 5q- syndrome protects megakaryocytic cells from ribosomal stress contrary to erythroid cells and contributes to effective though dysplastic megakaryopoiesis.
- MeSH
- buňky kostní dřeně metabolismus MeSH
- chromozomální delece MeSH
- CpG ostrůvky MeSH
- Diamondova-Blackfanova anemie genetika metabolismus MeSH
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- erytropoéza genetika MeSH
- genetická transkripce MeSH
- kvantitativní polymerázová řetězová reakce MeSH
- leukocyty mononukleární metabolismus MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 5 genetika metabolismus MeSH
- makrocytární anemie genetika metabolismus MeSH
- messenger RNA biosyntéza krev MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- myelodysplastické syndromy genetika metabolismus MeSH
- protoonkogenní protein c-fli-1 biosyntéza genetika fyziologie MeSH
- ribozomální proteiny fyziologie MeSH
- transkripční faktory Krüppel-like biosyntéza genetika fyziologie MeSH
- trombopoéza genetika MeSH
- Check Tag
- dítě MeSH
- dospělí MeSH
- lidé MeSH
- mladiství MeSH
- mladý dospělý MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
