The aim of this study was to monitor the persistence of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis in environmental samples taken from a Holstein farm with a long history of clinical paratuberculosis. A herd of 606 head was eradicated, and mechanical cleaning and disinfection with chloramine B with ammonium (4%) was carried out on the farm; in the surrounding areas (on the field and field midden) lime was applied. Environmental samples were collected before and over a period of 24 months after destocking. Only one sample out of 48 (2%) examined on the farm (originating from a waste pit and collected before destocking) was positive for M. avium subsp. paratuberculosis by cultivation on solid medium (Herrold's egg yolk medium). The results using real-time quantitative PCR (qPCR) showed that a total of 81% of environmental samples with an average mean M. avium subsp. paratuberculosis cell number of 3.09 × 10(3) were positive for M. avium subsp. paratuberculosis before destocking compared to 43% with an average mean M. avium subsp. paratuberculosis cell number of 5.86 × 10(2) after 24 months. M. avium subsp. paratuberculosis-positive samples were detected in the cattle barn as well as in the calf barn and surrounding areas. M. avium subsp. paratuberculosis was detected from different matrices: floor and instrument scrapings, sediment, or scraping from watering troughs, waste pits, and cobwebs. M. avium subsp. paratuberculosis DNA was also detected in soil and plants collected on the field midden and the field 24 months after destocking. Although the proportion of positive samples decreased from 64% to 23% over time, the numbers of M. avium subsp. paratuberculosis cells were comparable.
- MeSH
- Bacteriological Techniques methods MeSH
- Housing, Animal MeSH
- DNA, Bacterial genetics MeSH
- Animals, Domestic MeSH
- Infection Control methods MeSH
- Real-Time Polymerase Chain Reaction methods MeSH
- Environmental Microbiology MeSH
- Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis genetics growth & development isolation & purification MeSH
- Cattle Diseases diagnosis microbiology MeSH
- Paratuberculosis diagnosis microbiology MeSH
- Plants microbiology MeSH
- Cattle MeSH
- DNA Transposable Elements MeSH
- Veterinary Medicine methods MeSH
- Animals MeSH
- Check Tag
- Cattle MeSH
- Animals MeSH
- Publication type
- Journal Article MeSH
- Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH
V posledních 20 letech vzrůstá počet humánních nokardiových infekcí v důsledku zlepšené diagnostiky a zvyšujícího se počtu imunokompromitovaných pacientů. Klinické manifestace mohou mít formu kožní, plicní, při diseminaci může být postižen kterýkoli orgán včetně mozku. Při diagnostice a léčbě pacientů s nokardiovými infekcemi je nezbytná mezioborová spolupráce. Popisujeme dva případy nemocných s mozkovými abscesy nokardiové etiologie s neurochirurgickým zákrokem.
The recorded incidence of human infections caused by Nocardia spp. has increased over the past 20 years, both in response to improved diagnostic techniques and to rising numbers of immunocompromised patients. Nocardial infections primarily affect the skin and lungs, but the bacteria may disseminate to any organ, including the brain. The diagnosis and treatment of patients suffering from a Nocardia infection require an interdisciplinary approach. Here we describe two case reports of patients suffering from brain abscesses caused by Nocardia that required neurosurgical treatment.
- Keywords
- mozkový absces, Nocardia farcinica, léčba, antibiotika, mozkový nádor,
- MeSH
- Brain Abscess diagnosis etiology surgery MeSH
- Anti-Bacterial Agents administration & dosage adverse effects therapeutic use MeSH
- Adrenal Cortex Hormones administration & dosage adverse effects therapeutic use MeSH
- Disease Attributes MeSH
- Middle Aged MeSH
- Humans MeSH
- Magnetic Resonance Imaging MeSH
- Brain Neoplasms diagnosis surgery therapy MeSH
- Neurosurgical Procedures MeSH
- Nocardia Infections diagnosis drug therapy MeSH
- Tomography, X-Ray Computed MeSH
- Polymerase Chain Reaction MeSH
- Antineoplastic Agents administration & dosage adverse effects therapeutic use MeSH
- Risk Factors MeSH
- Aged MeSH
- Immunologic Deficiency Syndromes complications MeSH
- Check Tag
- Middle Aged MeSH
- Humans MeSH
- Male MeSH
- Aged MeSH
- Publication type
- Case Reports MeSH
Cíl: Ověřit mikrobiální nálezy v moči pacientů po cystektomii s rekonstrukcí močových cest s využitím střevního segmentu ilea, se zjištěním citlivosti mikrobů na antibakteriální léky a příčin infekce. Ve spolupráci s Ústavem klinické mikrobiologie vytipovat zajištění operačního výkonu vzhledem k primárnímu osídlení střeva bakteriální flórou a vhodnost následné antibiotické léčby v pooperačním období. Materiál a metoda: V souboru 31 nemocných po cystektomii s kontinentní derivací v modifikaci V.I.P. (Vesica ileale padovana) operovaných na Urologické klinice v Hradci Králové v letech 1998-2007 jsme v intervalech po 1, 3 a 6 měsících vyšetřili kvantitativní bakteriurii (KBÚ), citlivost na antibiotika a účinnost podané antimikrobní léčby. Výsledky: Bakteriurie se v pooperačním období vyskytla u 35,5% nemocných. Nejčastěji šlo o Escherichia coli citlivou na běžná antibiotika. Z ostatních uropatogenů byly prokázány zejména Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis a Klebsiella pneumoniae s citlivostí jen na vázaná antibiotika. I přes cílenou léčbu byla bakteriurie opakovaně pozitivní, ale klinicky v 77,4 % asymptomatická. Závěr: Dle zkušeností lze k zajištění operace využít chinolony, trimetoprim se sulfamethoxazolem nebo ampicilin s inhibitorem beta-laktamáz v kombinaci s metronidazolem (i.v.) podané jednu hodinu předoperačně a následně po operaci 7-10 dní. Přetrvávající asymptomatickou bakteriurii není třeba v souladu s literárními citacemi léčit, v případě aktivace infekce s klinickými známkami sepse nebo pyelonefritidy je třeba ihned nasadit antibiotika dle citlivosti.
Aim: The verification of microbial findings in the urine of the patients after a cystectomy with urinary tract reconstruction using ileum and determining sensitivity to antimicrobial drugs and ways of the protection. According to results we plan to propose the appropriate prophylaxis. The suitability of subsequent therapy in postoperative period has been consulted with Department of Clinical Microbiology. Material and method: The authors evaluated the cohort of 31 patients after cystectomy with continent derivation of urine in modification Vesica Ileale Padovana (V.I.P.), who underwent surgery on Department of Urology in Hradec Králové. Quantitative bacteriuria, sensitivity to antimicrobial drugs and efficiency of administered antimicrobial therapy were examined in one, three and six month interval. Results: Bacteriuria was present in 35.5% of patients in the postoperative period. Escherichia coli were the most common finding, sensitive to all common antibiotics. The sensitivity of others microbes as Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis and Klebsiella pneumoniae was only to high generation of cephalosporines, aminoglycosides or another more toxic antibiotics. Despite targeted therapy, bacteriuria was repeatedly positive in 77.4% of patients, but clinically asymptomatic. Conclusion: Quinelones, Trimethoprim + Sulfamethoxazolum or Ampicillin with beta-lactamase inhibitors (i.v.) in combination with metronidazolum one hour before and 7-10 days after operation can be used to cover the serious operation. Asymptomatic bacteriuria is not necessary to treat. In the case of infection with clinical sings of sepsis or pyelonephritis, it is necessary to immediately initiate antibiotic therapy according to the sensitivity to antimicrobial agents.
- Keywords
- léčba, ileální neovesika,
- MeSH
- Anti-Bacterial Agents administration & dosage MeSH
- Bacteriuria epidemiology etiology drug therapy MeSH
- Cystectomy MeSH
- Urinary Diversion methods adverse effects MeSH
- Urinary Tract Infections epidemiology microbiology MeSH
- Humans MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Male MeSH
- Female MeSH
Cílem sdělení jsou možnosti dvoustupňové polyfázové identifikace původce nokardiózy u pacienta s abscesem mozku, vyšetření citlivosti na antibiotika a etiologická léčba pacienta po neurochirurgickém zákroku. Pacient léčený kortikoidy pro fibrózu plic byl přijat na neurochirurgickou kliniku s pestrými neurologickými projevy. Při CT vyšetření a při kontrastním zobrazení pomocí magnetické rezonance (MRI) byl zjištěn multilokulární expanzní proces velikosti 4,5 x 3,5 cm v parietálním laloku vlevo, diferenciálně diagnosticky označen jako maligní gliom. Byla provedena punkce ložiska. Histologicky byl diagnostikován absces mozku obsahující leukocyty a nekrotické hmoty. Z hnisu získaného punkcí byly vykultivovány bakterie rodu Nocardia, které byly fenotypovými metodami (grampozitivita, částečná acidorezistence, průkaz vzdušného mycelia, růst při 45 °C, rezistence na lysozym a fenotyp rezistence na antibiotika) v prvním stupni fenotypové diagnostiky zařazeny do fenotypu rezistence V., v.s. N. farcinica (rezistence na aminoglykosidy kromě amikacinu a rezistence na cefalosporiny III. generace). Ve druhém stupni polyfázové diagnostiky byla izolována rDNA a byla provedena sekvenace genu pro 16S rRNA ve velikosti 1000 bp. Získaná sekvence byla určena v databázi GenBank pomocí softwaru BLAST jako N. farcinica (100%). Citlivost kmene byla vyšetřena diluční metodou podle standardu NCCLS /CLSI. Kmen byl dobře citlivý na kotrimoxazol, amikacin a imipenem. Pacient byl dlouhodobě intravenózně léčen kombinací kotrimoxazolu s amikacinem s pokračující úpravou klinického stavu a hodnot zánětlivých parametrů. N.farcinica patří mezi tři nejčastěji izolované nokardie v Evropě i v ČR. Byla opakovaně izolována v České republice zejména z plic a dýchacích cest u případů systémové nokardiózy obvykle u pacientů s imunodeficiencí.
This case report describes a two-step protocol for the identification of the causative agent of nocardiosis in a patient with brain abscess, antibiotic susceptibility testing and etiological treatment after neurosurgery. The patient treated with corticosteroids for pulmonary fibrosis and presenting with multiple neurological manifestations was admitted to a neurosurgery clinic. CT and contrast MRI revealed an expansive multilocular lesion 45 x 35 mm in size in the left parietal lobe, differentially diagnosed as malignant glioma. The lesion was biopsied and the histology showed a brain abscess containing white blood cells and dead tissue. The aspirated pus culture yielded bacteria of the genus Nocardia that were further identified, in the first step, by phenotypic methods (Gram positivity, partial acidoresistance, airborne mycelium detection, growth at 45 °C, lysozyme resistance and antibiotic resistance phenotype) as belonging to resistance phenotype V., v.s. N. farcinica (resistance to aminoglycosides except amikacin and to third-generation cephalosporins). In the second step of the polyphasic identification, rDNA was isolated and a 1000 bp part of the 16S rRNA gene was sequenced. Sequence comparison with the GenBank database using BLAST software identified the agent as N. farcinica (100%). The isolate was tested for susceptibility by the NCCLS /CLSI dilution method and showed good susceptibility to co-trimoxazole, amikacin and imipenem. The patient was treated with long-term intravenous cotrimoxazole acid in combination with amikacin and his clinical condition and laboratory parameters of inflammation improved. N. farcinica is among the three most frequently isolated Nocardia species in Europe as well as in the Czech Republic where it was repeatedly recovered from the lungs and respiratory tract of immunocompromised patients with systemic nocardiosis.
- MeSH
- Brain Abscess drug therapy surgery microbiology MeSH
- Anti-Bacterial Agents administration & dosage MeSH
- Molecular Diagnostic Techniques utilization MeSH
- Financing, Organized MeSH
- Drug Combinations MeSH
- Humans MeSH
- Microbial Sensitivity Tests utilization MeSH
- Microbiological Techniques utilization MeSH
- Nocardia isolation & purification MeSH
- Nocardia Infections diagnosis genetics MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Male MeSH
- Publication type
- Case Reports MeSH
Nocardia farcinica byla izolována z abscesu mozku u imunosuprimovaného pacienta s plicní fibrózou při léčbě kortikosteroidy. Kmen byl orientačně identifikován podle fenotypu rezistence na antibiotika a ve druhém stupni polyfázově identifikován pomocí sekvenace genu pro 16S rRNA. Účinnost kotrimoxazolu a amikacinu, léků volby pro nokardiózu, byla potvrzena diluční mikrometodou.
Nocardia farcinica was isolated from a cerebral abscess in an immunocompromised patient with lung fibrosis treated with corticosteroids. The strain was identified by a polyphasic approach based on 16S rRNA gene sequencing and antibiotic resistance pattern. Antimicrobial activity of co-trimoxazole and amikacin, the drugs of choice for the treatment of nocardiosis, was confirmed by the standard microdilution method.
- MeSH
- Brain Abscess diagnosis microbiology MeSH
- Anti-Bacterial Agents administration & dosage MeSH
- Drug Resistance, Bacterial MeSH
- Glucocorticoids administration & dosage adverse effects MeSH
- Humans MeSH
- Nocardia isolation & purification pathogenicity drug effects MeSH
- Pulmonary Fibrosis drug therapy MeSH
- Aged MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Male MeSH
- Aged MeSH
- Publication type
- Case Reports MeSH
Závažnost streptokokokových infekcí se odvíjí od rozdílné virulence jednotlivých kmenů. Nejvýznamnějším druhem rodu streptokoků jsou streptokoky skupiny A. Klinické manifestace zahrnují mj. infekce dýchacích cest, kožní infekce a nejzávažnější, systémové invaživní infekce. Patogenita streptokoků skupiny A (Group A streptococci = GAS) je dána především komponentami buněčné stěny a extracelulámími produkty, kde na prvním místě stojí toxiny, které mají vlastnosti tzv. superantigenů. Mezi invazívní formy onemocnění jsou řazeny nekrotizující fasciitida, myozitida, pneumonie, sepse bez ložiskového zdroje infekce, arttňtida, meningitida, puerperální sepse, streptokokový syndrom toxického šoku (SSTŠ) a závažné průběhy erysipelu a celuhtidy s pozitivním záchytem GAS v hemokultuře. V celkovém počtu onemocnění dominují infekce měkkých tkání, u starších pacientů často ve spojení s chronickými onemocnenmu dobiich končetin, ostatní klinické formy se vyskytují mnohem vzácněji. U dětí je zřetelná vazba na onemocnění varicelou. Mezi obecně přijímané léčebné postupy patří komplexní intenzivní péče, časné nasazení penicilinu v kombinaci s klindamycinem a chirurgická léčba, diskutované je použití intravenózních imunoglobulinů (IVIG), eliminačnicti metod a hyperbarické oxygenoterapie. Jejich mírně stoupající výskyt a dosud málo účinná prevence vyžadují rychlé stanovení diagnóňzy a odpovídající léčbu, neboť protrahovaný průběh je spojen s vysokou mortalitou.
The severity of streptococcal infections depends upon different virulence of individual strains of its causative agent. The most important species are beta-haemolytic group A streptococci (GAS). CUnical manifestations include skin affections, respiratory tract infections and, in particular, serious systemic invasive infections. The pathogenicity of GAS is derived from cell wall cccomponents and extracellular products, especially toxins with properties of the so-called superantigens. Less invasive forms of the disease are include necrotizing fasciitis, myositis, pneumonia, sepsis without focus, arthritis, meningitis, puerperal sepsis, streptococcal toxic shock syndrome (STSS) and severe course of erysipelas and cellulitis with blood culture positive for GAS. In most cases, soft tissue infections dominate, often accompanied by chronic diseases of lower extremities in elderly patients. The other clinical forms are rather rare. In children, the condition is clearly frequently related to chickenpox. The generally accepted therapeutic management comprises comprehensive intensive care, early administration of penicillin in combination with clindamycin, and surgical intervention. The use of intravenous immunoglobulins (IVIG), elimination methods and hyperbaric oxygen are under discussion. The slight increase in cases and ineffective prevention require rapid assessment of diagnosis and adequate treatment as a protracted course of the condition is connected with a high mortality rate.
- MeSH
- Fasciitis, Necrotizing diagnosis drug therapy microbiology MeSH
- Clindamycin therapeutic use MeSH
- Drug Therapy, Combination MeSH
- Humans MeSH
- Penicillin G therapeutic use MeSH
- Shock, Septic drug therapy microbiology MeSH
- Streptococcal Infections diagnosis drug therapy surgery MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
