Various tools have been developed to predict B-cell epitopes. We proposed a multistrategy approach by integrating two ensemble learning techniques, namely bagging and meta-decision tree, with a threshold-based cost-sensitive method. By exploiting the synergy among multiple retrainable inductive learners, it directly learns a tree-like classification architecture from the data, and is not limited by a prespecified structure. In addition, we introduced a new three-dimensional sphere-based structural feature to improve the window-based linear features for increased residue description. We performed independent and cross-validation tests, and compared with previous ensemble meta-learners and state-of-the-art B-cell epitope prediction tools using bound-state and unboundstate antigens. The results demonstrated the superior performance of the bagging meta-decision tree approach compared with single epitope predictors, and showed performance comparable to previous meta-learners. The new approach—requiring no predictions from other B-cell epitope tools—is more flexible and applicable than are previous meta-learners relying on specific pretrained B-cell epitope prediction tools.
- Klíčová slova
- studie LixiLan-O, lixisenatid, iGlarLixi,
- MeSH
- diabetes mellitus 2. typu farmakoterapie MeSH
- dospělí MeSH
- fixní kombinace léků * MeSH
- glykovaný hemoglobin účinky léků MeSH
- hypoglykemie epidemiologie chemicky indukované MeSH
- hypoglykemika * škodlivé účinky terapeutické užití MeSH
- inzulin glargin * terapeutické užití MeSH
- krevní glukóza účinky léků MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- peptidy * klasifikace terapeutické užití MeSH
- receptor pro glukagonu podobný peptid 1 agonisté MeSH
- senioři MeSH
- transportní proteiny MeSH
- výsledek terapie MeSH
- změny tělesné hmotnosti MeSH
- Check Tag
- dospělí MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- senioři MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- klinické zkoušky, fáze III MeSH
- multicentrická studie MeSH
- randomizované kontrolované studie MeSH
- srovnávací studie MeSH
Cíl: Trefoil peptidy patří do skupiny malých peptidů, jejichž exprese je místně i tkáňově specifická. Tyto peptidy mají význam pro hojení sliznic, u nádorových onemocnění a v lidské reprodukci. Typ studie: Literární přehled. Název a sídlo pracoviště: Porodnicko-gynekologická klinika FN a LF UP Olomouc; Oddělení klinické biochemie, Středomoravská nemocniční a.s., Nemocnice Prostějov. Výsledky: Trifoláty jsou v různé míře exprimovány v celé řadě karcinomů a u zánětlivých gastrointestinálních onemocnění. Mimo gastrointestinální trakt byly fyziologicky identifikovány v hypotalamu, hypofýze, endometriu a v normální prsní tkáni, kde reagují na stimulaci estrogeny. Exprese trifolátů byla zjištěna v nádorech urologických, gynekologických, gastrointestinálních, plicních a v karcinomu prsu. Navíc byly prokázány možné souvislosti mezi genetickými polymorfismy TFF3 a habituálním potrácením. Závěr: V budoucnu by mohly být sérové hladiny trifolátů využívány jako markery pro nádorová a zánětlivá onemocnění, stejně jako pro poruchy reprodukce.
Aim: Trefoil peptides are a family of small proteins that are expressed in a site-specific fashion by certain epithelial tissues. These peptides appear to be important in mucosal healing processes, in neoplastic disease and in human reproduction. Design: Literature review. Setting: Department of Obstetrics and Gynaecology, University Hospital, Medical Faculty, Palacký University, Olomouc, Czech Republic; Department of Laboratory Biochemistry, Central Moravian Hospital Trust, Member of Agel holding, Prostějov. Methods: Literature review. Results: Trefoil peptides are aberrantly expressed by a wide range of human carcinomas and gastrointestinal inflammatory conditions. Outside the gastrointestinal tract, members of this group of peptides have also been identified in the normal hypothalamus and pituitary, and in normal breast tissue where it is responsive to oestrogen stimulation. Evidence of peptide expression has been found in a range of urological, gynaecological, gastrointestinal, pulmonary and breast carcinomas. Furthermore, possible associations between recurrent spontaneous abortion susceptibility and genetic variation in the TFF3 gene were shown. Conclusion In the future, serum levels of trefoil peptides might be used as markers for neoplastic and inflammatory diseases, as well as some defects of reproduction.
- Klíčová slova
- TFF, trefoil faktor,
- MeSH
- gynekologická onemocnění * MeSH
- habituální potrat etiologie MeSH
- karcinom diagnóza MeSH
- kolorektální nádory diagnóza chemie MeSH
- lidé MeSH
- nádorové biomarkery chemie MeSH
- nádory endometria diagnóza chemie MeSH
- nádory plic diagnóza chemie MeSH
- nádory prostaty diagnóza chemie MeSH
- nádory prsu diagnóza chemie MeSH
- nádory žaludku diagnóza chemie MeSH
- peptidy * fyziologie klasifikace terapeutické užití MeSH
- střevní sliznice fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Klíčová slova
- lipidové antigeny,
- MeSH
- antigeny fyziologie klasifikace MeSH
- geny MHC třídy I fyziologie imunologie MeSH
- geny MHC třídy II fyziologie imunologie MeSH
- HLA antigeny * analýza fyziologie genetika imunologie MeSH
- hlavní histokompatibilní komplex fyziologie imunologie MeSH
- lidé MeSH
- peptidy fyziologie klasifikace MeSH
- protilátky analýza MeSH
- testování histokompatibility metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Incidence sexuálně přenosných infekcí (nemocí) již opět více než 10 let stoupá; odhaduje se celosvětově 125–340 milionů nových případů ročně. Patnáct tisíc nových HIV-pozitivních osob denně představuje významný příspěvek k celkovému počtu. Kromě zvyšujícího se počtu neplánovaných těhotenství je velké rozšíření sexuálně přenosných infekcí především druhé generace hlavním důvodem pro obnovený zájem o výzkum lokálních kontraceptiv, tj. spermicidů. Objevila se urgentní potřeba nového, nedetergentního, syntetického nebo přírodního spermicidu, který by nahradil tradiční nonoxynol-9. Nový přípravek mikrobicidního spermicidu by měl poskytovat dvojí ochranu, jak proti neplánovanému početí, tak proti sexuálně přenosným infekcím.
Incidence of sexually transmitted infections (diseases) has been already increasing again for more than one decade; the world number of 125-340 millions of new cases a year is estimated. Fifteen thousands of new HIV-positive persons daily present a substantial contribution to the total amount. Besides an increasing number of unplanned pregnancies, the huge spreading of sexually transmitted infections predominantly of the second generation is the main reason for a renewed interest in search of local contraceptives, i.e. spermicides. An urgent need for a new, non-detergent, synthetic or natural spermicide emerged to replace the traditional nonoxynol-9. New preparation of microbicidal spermicide should offer dual protection against both unplanned conception and sexually transmitted infections.
- Klíčová slova
- sexuálně přenosné infekce, nonoxynol-9, nedetergentní sloučenina,
- MeSH
- antimikrobiální peptidy MeSH
- kontraceptiva ženská farmakologie terapeutické užití MeSH
- lidé MeSH
- nonoxynol farmakologie terapeutické užití MeSH
- peptidy farmakologie klasifikace MeSH
- preklinické hodnocení léčiv MeSH
- sexuálně přenosné nemoci virové epidemiologie přenos MeSH
- sexuálně přenosné nemoci * epidemiologie farmakoterapie klasifikace přenos MeSH
- spermicidy * farmakologie terapeutické užití MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
- MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- hybridomy cytologie fyziologie účinky léků MeSH
- monoklonální protilátky krevní zásobení MeSH
- myši MeSH
- oligopeptidy farmakologie klasifikace MeSH
- peptidy farmakologie klasifikace MeSH
- řízení kvality MeSH
- tvorba protilátek účinky záření MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- myši MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
- MeSH
- energetický metabolismus fyziologie MeSH
- leptin MeSH
- peptidy fyziologie klasifikace MeSH
- růstový hormon fyziologie sekrece MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
