BACKGROUND: Febrile neutropenia (FN) is a common complication of stem cell transplantation. AIM: To evaluate the frequency of sepsis in patients with FN colonized with resistant Gram-negative bacteria (extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-positive, multidrug-resistant (MDR) Pseudomonas aeruginosa) and the choice of primary antibiotic in colonized patients. METHODS: This retrospective study analysed data from patients undergoing haematopoietic stem cell transplantation from January 2018 to September 2022. Data were extracted from the hospital information system. FINDINGS: Carbapenem as the primary antibiotic of choice was chosen in 10.9% of non-colonized +/-AmpC patients, 31.5% of ESBL+ patients, and 0% of MDR P. aeruginosa patients. Patients with FN and MDR P. aeruginosa colonization had a high prevalence of sepsis (namely 100%, P = 0.0197). The spectrum of sepsis appeared to be different, with Gram-negative bacilli predominating in the ESBL+ group (OR: 5.39; 95% CI: 1.55-18.76; P = 0.0123). Colonizer sepsis was present in 100% of sepsis with MDR P. aeruginosa colonization (P = 0.002), all in allogeneic transplantation (P = 0.0003), with a mortality rate of 33.3% (P = 0.0384). The incidence of sepsis in patients with ESBL+ colonization was 25.9% (P = 0.0197), with colonizer sepsis in 50% of sepsis cases (P = 0.0002), most in allogeneic transplantation (P = 0.0003). CONCLUSION: The results show a significant risk of sepsis in FN with MDR P. aeruginosa colonization, a condition almost exclusively caused by the colonizer. At the same time, a higher risk of Gram-negative sepsis has been demonstrated in patients colonized with ESBL+ bacteria.

• MeSH
• antibakteriální látky * terapeutické užití   MeSH
• dospělí MeSH
• febrilní neutropenie * mikrobiologie   MeSH
• gramnegativní bakteriální infekce * farmakoterapie   epidemiologie   MeSH
• gramnegativní bakterie * účinky léků   izolace a purifikace   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• přenašečství mikrobiologie   epidemiologie   MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři MeSH
• sepse mikrobiologie   MeSH
• transplantace hematopoetických kmenových buněk škodlivé účinky   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Patients with burn injury and inhalation injury are highly susceptible to infectious complications, including opportunistic pathogens, due to the loss of skin cover and mucosal damage of respiratory tract as well as the disruption of homeostasis. This case report, a 34-year-old man suffered critical burns, provides the first literature description of triple-impact immunoparalysis (critical burns, inhalation injury, and SARS-CoV-2 infection), leading to a lethal multifocal infection caused by several fungi including very rare environmental representatives Metschnikowia pulcherrima and Wickerhamomyces anomalus. The co-infection by these common environmental yeasts in a human is unique and has not yet been described in the literature. Importantly, our patient developed refractory septic shock and died despite targeted antifungal therapy including the most potent current antifungal agent-isavuconazole. It can be assumed that besides immunoparalysis, effectiveness of therapy by isavuconazole was impaired by the large distribution volume in this case. As this is a common situation in intensive care patients, routine monitoring of plasmatic concentration of isavuconazole can be helpful in personalization of the treatment and dose optimization. Whatmore, many fungal species often remain underdiagnosed during infectious complications, which could be prevented by implementation of new methods, such as next-generation sequencing, into clinical practice.

• MeSH
• antifungální látky * terapeutické užití   MeSH
• COVID-19 * imunologie   komplikace   MeSH
• dospělí MeSH
• fatální výsledek MeSH
• koinfekce mikrobiologie   farmakoterapie   imunologie   MeSH
• lidé MeSH
• mykózy farmakoterapie   mikrobiologie   imunologie   diagnóza   MeSH
• nitrily terapeutické užití   MeSH
• popálení komplikace   mikrobiologie   MeSH
• pyridiny terapeutické užití   MeSH
• Saccharomycetales genetika   účinky léků   imunologie   MeSH
• SARS-CoV-2 imunologie   MeSH
• sepse farmakoterapie   mikrobiologie   imunologie   MeSH
• triazoly terapeutické užití   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

The positive detection rate of blood metagenomic next-generation sequencing (mNGS) was still too low to meet clinical needs, while pus from the site of primary infection may be advantageous for identification of pathogens. To assess the value of mNGS using pus in patients with sepsis, thirty-five samples were collected. Pathogen identification and mixed infection diagnosis obtained by use of mNGS or cultivation methods were compared. Fifty-three aerobic or facultative anaerobes, 59 obligate anaerobes and 7 fungi were identified by the two methods. mNGS increased the accuracy rate of diagnosing aerobic or facultative anaerobic infections from 44.4% to 94.4%; mNGS also increased the sensitivity of diagnosing obligate anaerobic infections from 52.9% to 100.0%; however, mNGS did not show any advantage in terms of fungal infections. Culture and mNGS identified 1 and 24 patients with mixed infection, respectively. For obligate anaerobes, source of microorganisms was analyzed. The odontogenic bacteria all caused empyema (n = 7) or skin and soft tissue infections (n = 5), whereas the gut-derived microbes all caused intra-abdominal infections (n = 7). We also compared the clinical characteristics of non-obligate anaerobic and obligate anaerobic infection groups. The SOFA score [9.0 (7.5, 14.3) vs. 5.0 (3.0, 8.0), P = 0.005], procalcitonin value [4.7 (1.8, 39.9) vs. 2.50 (0.7, 8.0), P = 0.035], the proportion of septic shock (66.7% vs. 35.3%, P = 0.044) and acute liver injury (66.7% vs. 23.5%, P = 0.018) in the non-obligate anaerobic infection group were significantly higher than those in the obligate anaerobic infection group. In patients with sepsis caused by purulent infection, mNGS using pus from the primary lesion may yield more valuable microbiological information.

• MeSH
• Bacteria * genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• dospělí MeSH
• hnisání mikrobiologie   MeSH
• houby genetika   izolace a purifikace   klasifikace   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• metagenomika * metody   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• senzitivita a specificita MeSH
• sepse * mikrobiologie   diagnóza   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

• MeSH
• hematologické testy * metody   přístrojové vybavení   MeSH
• infekce diagnóza   krev   mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• sepse diagnóza   krev   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Antibiotic resistance is an emerging problem worldwide. The aim of the present project is the in vivo study of clinically important antibiotic resistance mechanisms in Enterobacteriaceae on clinically relevant model of sepsis (pig model) using MALDI-TOF mass spectrometry and Raman spectroscopy. Novel assays that should allow explanation of the behavior of beta-lactamases into the bacterial cell during an infection will be developed. These assays should help us to validate and set up proper interpretation criteria for susceptibility testing. In the project, successful clones carrying clinically important beta-lactam resistance mechanisms will be selected based on whole-genome sequencing data. Additionally, a proper infection model must be established, in order a sufficient number of bacteria to be obtained. Methods for proper fixation and transport of the bacteria will be developed and validated. Thus, these techniques will enable us to better understand the pathogenesis of beta-lactamase-producing bacteria.

V poslední době dochází k celosvětovému šíření antibiotické rezistence. Cílem předkládaného projektu je studium mechanizmů klinicky významné antibiotické rezistence enterobakterií pomocí MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie a Ramanovy spektroskopie na klinicky relevantním modelu sepse (prasečí model). Budou vyvinuty nové spektrometrické metody, které by měly napomoci k objasnění chování beta-laktamáz v bakteriální buňce během infekce. Tyto metody napomohou k ustavení vhodných interpretačních kritérií při vyšetření citlivosti na antibiotika. Běhemm řešení budou použity epidemicky úspěšné klony enterobakterií, které budou detailně charakterizovány pomocí celogenomové sekvenace. Zároveň bude vyvinut vhodný animální model, který umožní získat dostatečnou koncentraci bakterií v klinickém vzorku (např. peritonitida). Budou rovněž validovány metody fixace a transportu klinického materiálu do laboratoře tak, aby byly vhodné pro výše uvedené analýzy. Zmíněné techniky umožní lépe pochopit patogenezi infekcí způsobených bakteriemi produkujícími beta-laktamázy.

• MeSH
• beta-laktamasy MeSH
• gramnegativní bakteriální infekce mikrobiologie   MeSH
• hmotnostní spektrometrie metody   MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mikrobiota MeSH
• mnohočetná bakteriální léková rezistence MeSH
• modely nemocí na zvířatech MeSH
• prasata MeSH
• sekvenování celého genomu metody   MeSH
• sepse mikrobiologie   MeSH
• spektrální analýza metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• infekční lékařství
• farmacie a farmakologie
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Due to the development of Marine aquaculture, infections caused by Vibrio vulnificus are common all over the world. Symptoms of V. vulnificus infection vary from gastrointestinal illness to septicemia. After infection with V. vulnificus, some patients showed gastrointestinal symptoms, including vomiting, fever, diarrhea, and so on. Others appeared wound infection at the site of contact with bacteria, and even developed sepsis. Once it develops into sepsis, the prognosis of patients is very poor. However, its underlying pathogenic mechanism remains largely undetermined. Growing evidence shows that it can induce primary septicemia mainly via essential virulence factors and regulators. Therefore, it is important to identify the factors that play roles in sepsis. In this review, we systematically expounded the role of V. vulnificus virulence factors and regulators in its infection-induced sepsis in order to provide useful information for the treatment and prevention of V. vulnificus.

• MeSH
• bakteriální proteiny genetika   metabolismus   MeSH
• faktory virulence genetika   metabolismus   MeSH
• infekce bakteriemi rodu Vibrio mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• sepse mikrobiologie   MeSH
• Vibrio vulnificus genetika   metabolismus   MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH

V programu surveillance bylo v roce 2019 hlášeno 25 závažných onemocnění způsobených Haemophilus influenzae. Do NRL pro hemofilové nákazy bylo odesláno k ověření 21 kmenů H. influenzae a dva izoláty DNA. Původci dalších dvou onemocnění byli identifikováni jen v regionálních laboratořích. Celková nemocnost činila 0,23/100000 obyvatel, nejvyšší byla ve věkové skupině 0–11 měsíců (0,86/100000 obyv.) a ve věkové skupině 65 let a více (0,71/100000 obyv.). V souvislosti s invazivním H. influenzae onemocněním zemřelo osm pacientů, celková smrtnost činila 32 %. Nejčastější klinickou formou byla sepse a pneumonie (obě po10 onemocněních). V roce 2019 byla hlášena dvě závažná onemocnění H. influenzae b (Hib). Z klinického materiálu byl nejčastěji izolován neopouzdřený H. influenzae (HiNT), který způsobil 14 případů onemocnění (2 meningitidy, 4 sepse, 7 pneumonií a 1 artritida). Opouzdřený kmen H. influenzae e (Hie) vyvolal dvě onemocnění (1 meningitida, 1 pneumonie) a opouzdřený H. influenzae f (Hif) byl původcem tří onemocnění (1 sepse, 1 pneumonie, 1 epiglotitida). Čtyři izoláty H. influenzae (3 sepse, 1 pneumonie) nebyly blíže identifikovány. Metodou multilokusové sekvenční typizace (MLST) byly určeny sekvenční typy u 19 izolátů H. influenzae (2 Hib, 1 Hie, 3 Hif a 13 neopouzdřených izolátů HiNT). Při charakterizaci dvou izolátů Hib vykazoval jeden izolát sekvenční typ ST6 a druhý jeho jednolokusovou variantu ST190. Izolát Hie vykazoval ST69. Všechny tři izoláty Hif měly shodný ST124. Dva z testovaných izolátů HiNT vykazovaly shodný sekvenční typ ST12. V letech 2009–2019 bylo celkem zaznamenáno 238 závažných onemocnění způsobených H. influenzae. Nejvyšší věkově specifická nemocnost byla opakovaně zjištěna u dětí do jednoho roku věku a starších osob (65 let a více). Závažné onemocnění způsobené H. influenzae bylo spojeno se smrtností v průměru 15,5 % (0–32 %). Ve sledovaném období byla nejčastěji hlášenou klinickou formou sepse (111 případů) a meningitida (64 případů). Nejčastějším původcem byl neopouzdřený HiNT, který vyvolal 134 onemocnění (56 %). Identifikace 56 původců závažných onemocnění (23 %) probíhala jen na úroveň H. influenzae bez další typizace.

In 2019, 25 cases of invasive Haemophilus influenzae disease were reported in the surveillance programme. Twenty-one Haemophilus influenzae (H. influenzae) strains and two DNA isolates were referred to the National Reference Laboratory for Haemophilus Infection for confirmation. Two other causative strains were only identified in regional laboratories. The overall incidence rate was 0.23 per 100000 population, and the most afflicted age groups were 0–11 months (0.86/100000) and 65 years and over (0.71/100000). Eight cases of H. influenzae disease were fatal, and the overall case fatality rate was 32%. The most common clinical forms were sepsis and pneumonia (10 cases each). Two cases of invasive H. influenzae b (Hib) disease were reported in 2019. The most frequent clinical isolates were non- -encapsulated H. influenzae (HiNT), which were recovered from 14 cases (two cases of meningitis, four cases of sepsis, seven cases of pneumonia and one case of arthritis). Two cases (meningitis and pneumonia) were caused by an encapsulated strain of H. influenzae e (Hie). Encapsulated H. influenzae f (Hif) was identified as the cause of three other cases (sepsis, pneumonia, and epiglottitis). Four H. influenzae isolates (from three cases of sepsis and one case of pneumonia) were not identified in detail. Using multilocus sequence typing (MLST), sequence types were identified in 19 H. influenzae isolates (two Hib, one Hie, three Hif, and 13 non-encapsulated HiNT). Of two Hib isolates, one was assigned to ST6 and the other to ST190, its single locus variant. The Hie isolate was ST69. All three Hif isolates were classified consistently as ST124. Two of HiNT isolates were assigned to ST12. Two hundred and thirty-eight cases of invasive H. influenzae disease were reported in 2009 to 2019. The highest age- -specific incidence was repeatedly found in children under one year of age and adults aged 65 years and over. The average case fatality rate was 15.5% (range 0–32%). The most frequent clinical forms in 2009–2019 were sepsis (111 cases) and meningitis (64 cases). The most common causative agent was non-encapsulated HiNT, responsible for 134 cases (56%). Fifty-six (23%) invasive H. influenzae strains were identified to the species level without further typing.

• MeSH
• bakteriální pneumonie epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• epiglotitida epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• Haemophilus influenzae typu B izolace a purifikace   izolace a purifikace   MeSH
• Haemophilus influenzae genetika   izolace a purifikace   MeSH
• hemofilové infekce * epidemiologie   klasifikace   mortalita   MeSH
• hemofilové vakcíny terapeutické užití   MeSH
• infekční artritida epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• meningitida hemofilová epidemiologie   MeSH
• mladiství MeSH
• multilokusová sekvenční typizace statistika a číselné údaje   MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• sepse epidemiologie   mikrobiologie   MeSH
• surveillance populace MeSH
• terapie neúspěšná MeSH
• věkové rozložení MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• dospělí MeSH
• kojenec MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladiství MeSH
• novorozenec MeSH
• předškolní dítě MeSH
• senioři MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Fast and accurate detection of causative agents of bloodstream infections remains a challenge of today's microbiology. We compared the performance of cutting-edge technology based on polymerase chain reaction coupled with electrospray ionization-mass spectrometry (PCR/ESI-MS) with that of conventional broad-range 16S rRNA PCR and blood culture to address the current diagnostic possibilities for bloodstream infections. Of 160 blood samples tested, PCR/ESI-MS revealed clinically meaningful microbiological agents in 47 samples that were missed by conventional diagnostic approaches (29.4% of all analyzed samples). Notably, PCR/ESI-MS shortened the time to positivity of the blood culture-positive samples by an average of 34 hr. PCR/ESI-MS technology substantially improved current diagnostic tools and represented an opportunity to make bloodstream infections diagnostics sensitive, accurate, and timely with a broad spectrum of microorganisms covered.

• MeSH
• bakteriemie diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   MeSH
• dospělí MeSH
• hmotnostní spektrometrie s elektrosprejovou ionizací metody   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mikrobiologické techniky MeSH
• mladý dospělý MeSH
• polymerázová řetězová reakce metody   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• RNA ribozomální 16S MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• sepse diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• Corynebacterium diphtheriae izolace a purifikace   MeSH
• dospělí MeSH
• imunokompetence MeSH
• korynebakteriální infekce diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• lidé MeSH
• osteomyelitida diagnostické zobrazování   mikrobiologie   MeSH
• sepse diagnóza   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• dopisy MeSH
• kazuistiky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

The authors report on the main threats in the Czech Republic connected with travel and migration. The spectrum of diseases differs in the group of Czech citizens departing abroad, especially in the tropics and subtropics, from infections detected in foreigners, in particular from developing countries. A case report of sepsis caused by the exotic bacteria Chromobacterium violaceum is added to illustrate the potential severity of imported infection. A 54-year-old man acquired the infection during a diving holiday in Thailand. The disease began as a local ear infection, and progressed to septic shock with multiple organ failure and ischemic necrosis of all extremities. The original infection was cured but the patient eventually died due to subsequent complications. In order to properly diagnose and treat such rare diseases, we feel useful to study their pathogenesis (Tab. 2, Ref. 16).

• Klíčová slova
• chromobacterium violaceum,
• MeSH
• cestovní nemoci MeSH
• Chromobacterium * klasifikace   patogenita   účinky léků   MeSH
• importované infekce * diagnóza   klasifikace   komplikace   mikrobiologie   MeSH
• končetiny mikrobiologie   patologie   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• multiorgánové selhání diagnóza   etiologie   mikrobiologie   MeSH
• nekróza etiologie   mikrobiologie   MeSH
• sepse diagnóza   etiologie   mikrobiologie   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• kazuistiky MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH
• Thajsko MeSH