Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is characterized by extraordinary heterogeneity concerning clinical presentation and molecular features. As the clonal disease of B lymphocytes, each case can be described by a specific immunoglobulin gene (IG) encoding for the B cell receptor. Extensive molecular evidence was provided on antigen stimulation operation in CLL, which is also supported by epidemiological studies. High-throughput sequence analysis has not been applied extensively in research focused on IG due to several limitations. The proposed project aims to expertly implement advanced methodology for the high-throughput IG sequence analysis to produce, manage and delve into extensive immunogenetic sequence datasets in CLL. Furthermore the obtained data will be associated with clinical, molecular and epidemiological features of CLL cases as these will be collected through the purpose-specific survey among Czech CLL patients. An extensive national-wide CLL database CLLEAR containing data on clinical course and molecular biomarkers will be used and extended during the project.

Chronická lymfocytární leukémie (CLL) se vyznačuje vysokou heterogenitou klinického průběhu a molekulárních vlastností maligních B lymfocytů. CLL má klonální charakter a díky tomu je možné popsat každý případ CLL jedinečnou přestavbou imunoglobulinových genů (IG), kódující B buněčný receptor. Publikované molekulárně-biologické analýzy dokládají význam antigenní stimulace u CLL, což je podpořeno také výsledky epidemiologických studií. Vysokokapacitní sekvenační technologie dosud nebyly široce využívány ve výzkumu IG kvůli řadě metodických nedostatků. Navrhovaný projekt si klade za cíl zavést moderní technologii vysokokapacitního sekvenování IG a provést národní screening nově diagnostikovaných CLL pacientů. Data generovaná pomocí sekvenování budou podrobně studována ve vztahu ke klinickému průběhu CLL, laboratorním parametrům a epidemiologickým nálezům. Abychom dosáhli vytyčených cílů, hodláme provést epidemiologickou studii nově diagnostikovaných CLL na národní úrovni. Jako prostředek plnění cílů také využijeme a dále rozšíříme národní databázi CLL pacientů CLLEAR.

• MeSH
• B-buněčný lymfom MeSH
• chronická lymfatická leukemie MeSH
• genetická heterogenita MeSH
• klonální evoluce MeSH
• plošný screening MeSH
• receptory antigenů B-buněk MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• onkologie
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) patients with differential somatic hypermutation status of the immunoglobulin heavy variable genes, namely mutated or unmutated, display fundamental clinico-biological differences. Considering this, we assessed prognosis separately within mutated (M-CLL) and unmutated (U-CLL) CLL in 3015 patients, hypothesizing that the relative significance of relevant indicators may differ between these two categories. Within Binet A M-CLL patients, besides TP53 abnormalities, trisomy 12 and stereotyped subset #2 membership were equivalently associated with the shortest time-to-first-treatment and a treatment probability at five and ten years after diagnosis of 40% and 55%, respectively; the remaining cases exhibited 5-year and 10-year treatment probability of 12% and 25%, respectively. Within Binet A U-CLL patients, besides TP53 abnormalities, del(11q) and/or SF3B1 mutations were associated with the shortest time-to-first-treatment (5- and 10-year treatment probability: 78% and 98%, respectively); in the remaining cases, males had a significantly worse prognosis than females. In conclusion, the relative weight of indicators that can accurately risk stratify early-stage CLL patients differs depending on the somatic hypermutation status of the immunoglobulin heavy variable genes of each patient. This finding highlights the fact that compartmentalized approaches based on immunogenetic features are necessary to refine and tailor prognostication in CLL. Copyright © 2019 Ferrata Storti Foundation.

• MeSH
• čas zasáhnout při rozvinutí nemoci MeSH
• chromozomální aberace MeSH
• chronická lymfatická leukemie * MeSH
• imunogenetika MeSH
• Kaplanův-Meierův odhad MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• náchylnost k nemoci * MeSH
• nádorové biomarkery * MeSH
• prognóza MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• staging nádorů MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Chemoimmunotherapy with bendamustine and rituximab is an alternative treatment for elderly patients with CLL. The aim of this observational multicenter study was to prospectively assess efficacy and safety of bendamustine and rituximab in front-line therapy in patients with CLL and significant comorbidities in real hematological practice. Eighty-three consecutive patients with cumulative illness rating scale (CIRS) >6 who received at least one cycle of BR as first-line treatment were included in the study. The median age was 71 years (range, 53-83), the median CIRS was 8 (range, 7-17), and 60.2% of patients had a creatinine clearance ≤70 mL/min. FISH analysis, available for 78 cases, showed a del(17p) in 11.5% and del(11q) in 20.5% of patients. Overall response rate was 88.0% with a complete response rate of 20.5%. With median follow-up time of 22 months, the estimated median progression free survival was 35.9 months. Progression free survival and overall survival rates at 2 years were 69.9% and 96.2%, respectively. Grade 3 or 4 neutropenia, thrombocytopenia, and anemia were documented in 40 (48.2%), 14 (16.9%), and 8 (9.6%) patients, respectively. Grade 3 or 4 infections occurred in 14.5% of patients. Chemoimmunotherapy with BR is an effective therapeutic option with manageable toxicity for the initial treatment of CLL patients with significant comorbidities. ClinicalTrials.gov Identifier: NCT02381899.

• MeSH
• bendamustin hydrochlorid aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• chronická lymfatická leukemie komplikace   farmakoterapie   epidemiologie   MeSH
• komorbidita MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• neoadjuvantní terapie MeSH
• protokoly antitumorózní kombinované chemoterapie terapeutické užití   MeSH
• rituximab aplikace a dávkování   škodlivé účinky   MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• výsledek terapie MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH
• pozorovací studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Chronic lymphocytic leukemia (CLL) stereotyped subsets #6 and #8 include cases expressing unmutated B cell receptor immunoglobulin (BcR IG) (U-CLL). Subset #6 (IGHV1-69/IGKV3-20) is less aggressive compared to subset #8 (IGHV4-39/IGKV1(D)-39) which has the highest risk for Richter's transformation among all CLL. The underlying reasons for this divergent clinical behavior are not fully elucidated. To gain insight into this issue, here we focused on epigenomic signatures and their links with gene expression, particularly investigating genome-wide DNA methylation profiles in subsets #6 and #8 as well as other U-CLL cases not expressing stereotyped BcR IG. We found that subset #8 showed a distinctive DNA methylation profile compared to all other U-CLL cases, including subset #6. Integrated analysis of DNA methylation and gene expression revealed significant correlation for several genes, particularly highlighting a relevant role for the TP63 gene which was hypomethylated and overexpressed in subset #8. This observation was validated by quantitative PCR, which also revealed TP63 mRNA overexpression in additional nonsubset U-CLL cases. BcR stimulation had distinct effects on p63 protein expression, particularly leading to induction in subset #8, accompanied by increased CLL cell survival. This pro-survival effect was also supported by siRNA-mediated downregulation of p63 expression resulting in increased apoptosis. In conclusion, we report that DNA methylation profiles may vary even among CLL patients with similar somatic hypermutation status, supporting a compartmentalized approach to dissecting CLL biology. Furthermore, we highlight p63 as a novel prosurvival factor in CLL, thus identifying another piece of the complex puzzle of clinical aggressiveness.

• MeSH
• apoptóza genetika   MeSH
• chronická lymfatická leukemie krev   genetika   patologie   MeSH
• epigenomika metody   MeSH
• lidé MeSH
• malá interferující RNA metabolismus   MeSH
• metylace DNA genetika   MeSH
• nádorové buňky kultivované MeSH
• nádorové supresorové proteiny genetika   metabolismus   MeSH
• primární buněčná kultura MeSH
• promotorové oblasti (genetika) genetika   MeSH
• receptory antigenů B-buněk metabolismus   MeSH
• regulace genové exprese u nádorů * MeSH
• sekvenční analýza RNA MeSH
• stanovení celkové genové exprese metody   MeSH
• transkripční faktory genetika   metabolismus   MeSH
• upregulace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• multicentrická studie MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Recent evidence suggests that complex karyotype (CK) defined by the presence of ≥3 chromosomal aberrations (structural and/or numerical) identified by using chromosome-banding analysis (CBA) may be relevant for treatment decision-making in chronic lymphocytic leukemia (CLL). However, many challenges toward the routine clinical application of CBA remain. In a retrospective study of 5290 patients with available CBA data, we explored both clinicobiological associations and the clinical impact of CK in CLL. We found that patients with ≥5 abnormalities, defined as high-CK, exhibit uniformly dismal clinical outcomes, independently of clinical stage, TP53 aberrations (deletion of chromosome 17p and/or TP53 mutations [TP53abs]), and the expression of somatically hypermutated (M-CLL) or unmutated immunoglobulin heavy variable genes. Thus, they contrasted with CK cases with 3 or 4 aberrations (low-CK and intermediate-CK, respectively) who followed aggressive disease courses only in the presence of TP53abs. At the other end of the spectrum, patients with CK and +12,+19 displayed an exceptionally indolent profile. Building upon CK, TP53abs, and immunoglobulin heavy variable gene somatic hypermutation status, we propose a novel hierarchical model in which patients with high-CK exhibit the worst prognosis, whereas those with mutated CLL lacking CK or TP53abs, as well as CK with +12,+19, show the longest overall survival. Thus, CK should not be axiomatically considered unfavorable in CLL, representing a heterogeneous group with variable clinical behavior. High-CK with ≥5 chromosomal aberrations emerges as prognostically adverse, independent of other biomarkers. Prospective clinical validation is warranted before ultimately incorporating high-CK in risk stratification of CLL.

• MeSH
• chromozomální aberace * MeSH
• chronická lymfatická leukemie genetika   mortalita   patologie   MeSH
• cytogenetika metody   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• míra přežití MeSH
• mutace * MeSH
• nádorové biomarkery genetika   MeSH
• nádorový supresorový protein p53 genetika   MeSH
• následné studie MeSH
• prognóza MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři MeSH
• somatická hypermutace imunoglobulinových genů genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie farmakoterapie   mortalita   MeSH
• dospělí MeSH
• farmakoterapie mortalita   MeSH
• imunoterapie mortalita   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• míra přežití MeSH
• mladý dospělý MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři nad 80 let MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• dopisy MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

Chronická lymfocytární leukemie je onemocnění s mimořádně různorodým klinickým průběhem. Diagnostiku a léčbu je nutno individualizovat s přihlédnutím k věku, celkovému stavu, přidruženým chorobám a cílům léčby. V posledních letech přibyly zásadní poznatky týkající se posouzení prognózy i léčby (význam mutací genu TP53, nové monoklonální protilátky, inhibitory drah B-buněčného receptoru, inhibitory Bcl-2 a další). Česká skupina pro CLL, sekce České hematologické společnosti ČLS JEP, proto vytvořila tato aktualizovaná doporučení k usnadnění rozhodování o diagnostických a léčebných postupech v klinické praxi. Doporučení se zakládají na důkladné analýze současné literatury a vycházejí z principů medicíny založené na důkazech.

Chronic lymphocytic leukaemia has a remarkably heterogeneous clinical course. The diagnostic procedures and therapeutic interventions need to be individually tailored according to patient age, comorbidities and therapeutic aims. There have been crucial developments in prognostication and therapy in recent years (e.g., significance of TP53 mutations, introduction of novel monoclonal antibodies, B-cell receptor signalling and Bcl-2 inhibitors). Therefore, the Czech CLL Study Group, the working group of the Czech Haematological Society, has developed these updated guidelines to facilitate the decision-making process for diagnosis and treatment in clinical practice. The guidelines are based on a comprehensive analysis of current literature and the principles of evidence-based medicine.

• MeSH
• chronická lymfatická leukemie * diagnóza   terapie   MeSH
• hematologické testy metody   MeSH
• lidé MeSH
• protokoly protinádorové léčby MeSH
• recidiva MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• směrnice pro lékařskou praxi MeSH

• MeSH
• B-lymfocyty metabolismus   MeSH
• chronická lymfatická leukemie genetika   MeSH
• imunofenotypizace metody   MeSH
• lidé MeSH
• přestavba genů pro těžké řetězce B-lymfocytů genetika   MeSH
• těžké řetězce imunoglobulinů genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• dopisy MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

BACKGROUND: High-throughput bioinformatics analyses of next generation sequencing (NGS) data often require challenging pipeline optimization. The key problem is choosing appropriate tools and selecting the best parameters for optimal precision and recall. RESULTS: Here we introduce ToTem, a tool for automated pipeline optimization. ToTem is a stand-alone web application with a comprehensive graphical user interface (GUI). ToTem is written in Java and PHP with an underlying connection to a MySQL database. Its primary role is to automatically generate, execute and benchmark different variant calling pipeline settings. Our tool allows an analysis to be started from any level of the process and with the possibility of plugging almost any tool or code. To prevent an over-fitting of pipeline parameters, ToTem ensures the reproducibility of these by using cross validation techniques that penalize the final precision, recall and F-measure. The results are interpreted as interactive graphs and tables allowing an optimal pipeline to be selected, based on the user's priorities. Using ToTem, we were able to optimize somatic variant calling from ultra-deep targeted gene sequencing (TGS) data and germline variant detection in whole genome sequencing (WGS) data. CONCLUSIONS: ToTem is a tool for automated pipeline optimization which is freely available as a web application at  https://totem.software .

• MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• software MeSH
• výpočetní biologie metody   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH