- MeSH
- Methotrexate adverse effects MeSH
- Urea analogs & derivatives adverse effects MeSH
- DNA Damage MeSH
- Publication type
- Comparative Study MeSH
Cíl studie: Posoudit míru fragmentace volné fetální DNA v plazmě těhotných žen v průběhu těhotenství. Typ studie: Zjištění efektivity záchytu fetálních DNA molekul s rozdílnou délkou a volné fetální DNA ve velikostních frakcích. Pracoviště: Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny FN Olomouc. Metodika: 1. Celkem 363 vzorků těhotných žen v rozmezí 4. až 37. t.g. bylo posouzeno v lokusech STR a AMELY analýzou efektivity QF PCR. 2. Fetální DNA rozdělená do velikostních frakcí byla kvantifikována metodou QF PCR u 91 těhotných (8. t.g. - 40. t.g.). 3. Real-time PCR (SRY/vnitřní kontrola) byla použita u 22 těhotných s plodem mužského pohlaví (9. t.g - 36. t.g.). Výsledky: 1. Efektivita QF PCR byla nepřímo úměrná délce amplifikovaných molekul. 2. Kvantifikací fragmentů fetální DNA kapilární elektroforézou nebyly kromě frakce obsahující nejdelší molekuly (frakce 500-760 bp) nalezeny odlišnosti ve vztahu k týdnu těhotenství. 3. Metodou real-time PCR byl pozorován nepřímý vztah mezi množstvím fetální DNA ve frakci 150-300 bp a stadiem gravidity. Závěr: Rozborem všech tří postupů byl pozorován trend, který naznačuje nárůst větších fetálních molekul v průběhu těhotenství, zatímco množství menších molekul fetálního původu se nemění.
Aim of study: To assess cell free fetal DNA (cffDNA) fragmentation rate in pregnant women during the course of gravidity. Study design: QF PCR efficiency in cffDNA and quantitative analyses in particular cffDNA molecular size fractions. Setting: The study was performed at Department of Medical Genetics and Fetal Medicine, University Hospital Olomouc. Method: 1. 363 plasma DNA samples from women in different week of pregnancy (from 4th w.g. to 37th w.g.) were tested for QF PCR efficiency in particular STRs and AMELX/Y. 2. Size fractionated cff DNA (150–300 bp, 300–500 bp, 500–760 bp) was quantified by QF PCR in 91 pregnant women (from 9th w.g. to 40th w.g.). 3. Size fractionated cff DNA from male fetuses was quantified by real time PCR (SRY/internal control) in 22 pregnant women (from 9th w.g. to 36th w.g.). Results: 1. QF PCR efficiency decreased from longer to shorter molecules. 2. The only 500 -760 bp fraction showed cffDNA increase in relation to week of gravidity. 3. Indirect relation between amount of cffDNA and week of gravidity was found in 150-300 bp fraction by Real-time PCR. Conclusion: Assembling of all 3 approaches indicates increase of longer cffDNA molecules during the gravidity while level of the short cffDNA molecule fragments probably remains from the approximately 9th w.g. the same.
- Keywords
- neinvazivní prenatální diagnostika, real-time PCR, QF PCR, velikostní frakce,
- MeSH
- DNA blood MeSH
- Electrophoresis, Capillary MeSH
- DNA Fragmentation MeSH
- Humans MeSH
- Chromosomes, Human, X genetics MeSH
- Chromosomes, Human, Y genetics MeSH
- Microsatellite Repeats genetics MeSH
- Fetus MeSH
- Polymerase Chain Reaction MeSH
- Pregnancy MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Male MeSH
- Pregnancy MeSH
- Female MeSH
Apoptosis has been recognized as a type of programmed cell death connected with characteristic morphological and biochemical changes in cells. This programmed cell death plays an important role in the genesis of a number of physiological and pathological processes. Thus, it can be very important to detect the signs of apoptosis in a study of cellular metabolism. The present paper provides an overview of methods often being used for detecting DNA fragmentation as one of the most specific findings in apoptosis. To date, three routine assays have been developed for detecting DNA fragmentation: DNA ladder assay, TUNEL assay, and comet assay. All these methods differ in their principles for detecting DNA fragmentation. DNA ladder assay detects the characteristic "DNA ladder" pattern formed during internucleosomal cleavage of DNA. Terminal deoxynUcleotidyl transferase Nick-End Labeling (TUNEL) assay detects DNA strand breaks using terminal deoxynucleotidyl transferase catalyzing attachment of modified deoxynucleotides on the DNA strand breaks. Comet assay can be used for detecting nucleus breakdown producing single/double-strand DNA breaks. The aim of this review is to describe the present knowledge on these three methods, including optimized approaches, techniques, and limitations.
- MeSH
- Apoptosis genetics physiology MeSH
- Biological Assay methods MeSH
- DNA analysis genetics metabolism MeSH
- DNA Fragmentation * MeSH
- Comet Assay methods MeSH
- In Situ Nick-End Labeling methods MeSH
- Humans MeSH
- Animals MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
- Animals MeSH
- Publication type
- Journal Article MeSH
- Review MeSH
Pomocí fingerprintingu založeného na detekci insertivní sekvence IS6110 v DNA M. tuberculosisnatrávené restrikčním enzymem PVUII byla prokázána epidemiologická souvislost u tří nemocnýchs bacilární tuberkulózou. Prvotním zdrojem infekce byl 44letý muž, etylik a bezdomovec, s tuberkulózou rozpoznanou při epizodě etylické ebriety, propuštěný předčasně z hospitalizace pro neukázněnost a opilství, který po 8 měsících zemřel s nálezem kaseózní pneumonie. První kontaktní osoboubyla 53letá žena, diabetička a hypertonička, pomocná síla v laboratoři, kde se pravděpodobněnakazila při manipulaci s infekčním sputem nemocného. Další nemocný byl 49letý muž, etylik,nezaměstnaný, u kterého byl zjištěn symptomatický tuberkulózní nález s celkovou slabostí, zvýšenými teplotami a expektorací, který se nejpravděpodobněji nakazil od nemocného zdroje při náhodných kontaktech v místě bydliště.Profily RFLP kmenů M. tuberculosis všech tří nemocných jevily identický obraz klonu DF1, tvořeného sedmi kopiemi IS6110. Tento profil nebyl zjištěn u žádného z celkového počtu 98 kmenů M.tuberculosis vyšetřených v rámci molekulárněpidemiologické prevalenční studie nemocných s bacilární tuberkulózou hlášených v Praze v roce 1999.
By means of fingerprinting based on detection of the insertive sequence IS6110 v DNA of M.tuberculosis predigested by the restrictive enzyme PVUII the authors proved epidemiologicalassociations in three patients with bacillary tuberculosis. The primary source of infection wasa 44-year-old man, alcoholic and homeless suffering from tuberculosis diagnosed during an episodeof ethylic ebriety, discharged prematurely from hospital because of lack of discipline and drunkenness who died after 8 months with a finding of caseous pneumonia. The first contact person wasa 53-year-old women suffering from diabetes and hypertension, an auxiliary worker in the laboratory where she probably was infected during manipulation of the patients infected sputum. Theother patient was a 49-year-old man, alcoholic, unemployed where a symptomatic tuberculousfinding was detected with general weakness, elevated temperatures and expectoration, who mostprobably was infected by a patient during accidental contact in his domicile.The profiles of RFLP strains of M. tuberculosis of all three patients had an identical appearance ofthe DF-1 clone formed by seven copies of IS6110. This profile was not found in any of the total of 98strains of M. tuberculosis examined within the framework of the molecular epidemiological prevalence study of patients with bacillary tuberculosis notified in Prague in 1999.
A compromised detection of radiation-induced plasmid DNA fragments results in underestimation of calculated damage yields. Electrophoretic methods are easy and cheap, but they can only detect a part of the fragments, neglecting the shortest ones. These can be detected with atomic force microscopy, but at the expense of time and price. Both methods were used to investigate their capabilities to detect the DNA fragments induced by high-energetic heavy ions. The results were taken into account in calculations of radiation-induced yields of single and double strand breaks. It was estimated that the double strand break yield is twice as high when the fragments are at least partially detected with the agarose electrophoresis, compared to when they were completely omitted. Further increase by 13% was observed when the measured fragments were corrected for the fraction of the shortest fragments up to 300 base pairs, as detected with the atomic force microscopy. The effect of fragment detection on the single strand break yield was diminished.
Druhá a třetí generace sekvenování DNA přinášejí nebo mají potenciál zlepšení důležitých parametrů jako je přesnost, rychlost nebo cena. Každá z konkrétních metod je zaměřena na různě dlouhé fragmenty DNA. Metody první generace vycházejí ze Sangerovy metody. Metody druhé generace k sekvenaci využívají stejný přístup jako generace první a to syntézu komplementárního vlákna, ale liší se principem získání signálu (pyrosekvenování), terminací (pyrosekvenování, sekvenace s využitím reversibilních terminátorů, sekvenace ligací), či způsobem syntézy komplementárního vlákna (sekvenace ligací). Třetí generace přináší i metody s jiným přístupem než je syntéza komplementárního vlákna a to sekvenování přímým zobrazením v elektronovém, či tunelovém mikroskopu a sekvenování pomocí přechodu DNA, nebo jednotlivých nukleotidů přes nanopór. Zatímco některé metody třetí generace jsou stále ve vývoji, jiné metody jsou již komerčně dostupné.
Second and third generation of DNA sequencing bring improvement in important parameters such as accuracy, speed and price. Every specific method is focused to the specific length of DNA fragments. The methods of first generation are based on Sanger‘s principle. The methods of second generation are based on the same approach towards sequencing as the first generation i.e. synthesis of complementary strands. Difference between the first and second generations is in the gaining signal (pyrosequencing), termination (pyrosequencing, The Solexa, SOLiD) or in manner of the sequencing complementary strand (SOLiD). The third generation brings methods with different approach, i.e. sequencing through direct display using electron or tunneling microscope and sequencing by DNA strand, or separate nucleotides passing nanopore. Some of the methods of the third generations are still in the development stage, some are already available.
- Keywords
- první generace, druhá generace, třetí generace,
- MeSH
- Humans MeSH
- Sequence Analysis, DNA * methods instrumentation trends MeSH
- Check Tag
- Humans MeSH
Cíl studie: Zavedení vyšetřování DNA sterilních mužů v AZF oblasti - výběr lokusů a primerů pro vyšetřování, optimalizace podmínek PCR (Polymerase Chain Reaction).Typ studie: Pro praxi.Název a sídlo pracoviště: Ústav lékařské genetiky a fetální medicíny LF UP a FN Olomouc.Metodika: Amplifikace DNA izolované z krve sterilních mužů metodou PCR a následná elektroforéza syntetizovaných DNA fragmentů k určení mikrodelecí v AZF.Výsledky: Od ledna do června 2000 byly pomocí kitu firmy Experteam odhaleny mikrodelece v AZF u 3 ze 79 sterilních mužů (3,80 %). Od července do prosince 2000 byly testovány a optimalizovány podmínky pro amplifikaci 10 lokusů z oblasti AZF za účelem nahrazení kitu a byly použity pro vyšetření prvních 20 sterilních mužů ze souboru.Závěr: Na našem pracovišti bylo zavedeno rutinní vyšetřování mužské sterility související s mikrodelecemi v AZF. Námi zavedeným souborem lokusů byl nahrazen původní fit firmy Experteam a rozšířeno spektrum sledovaných lokusů.
Objective: Establishment of investigation of sterile male DNA in AZF region - choice of loci and primers for investigation, optimization of PCR conditions (polymerase chain reaction).Design: For practice.Setting: Department of Medical Genetics and Foetal Medicine, Faculty of Medicine, Palacky University and Faculty Hospital Olomouc.Methods: PCR amplification of DNA isolated from blood of sterile men and consequential electrophoresis of synthesized DNA fragments to appoint microdeletions in AZF.Results: From January to June 2000 were detected the microdeletions in AZF of 3 out of 79 sterile men (3,80 %) by means of the Experteam firm kit. From July to December 2000 were tested and optimized conditions of amplification of 10 AZF loci to substitute the kit and they were used for examination of the first 20 sterile men of our collection.Conclusion: In our laboratory was established routine examination male sterility related to microdeletions in AZF. With our collection of loci was substituted the original Experteam Firm kit and was widened spectrum of observed loci.
