Dynamic visualization
Dotaz
Zobrazit nápovědu
[1st ed.] elektronický optický disk (CD-ROM)
BACKGROUND: Protein function is determined by many factors, namely by its constitution, spatial arrangement, and dynamic behavior. Studying these factors helps the biochemists and biologists to better understand the protein behavior and to design proteins with modified properties. One of the most common approaches to these studies is to compare the protein structure with other molecules and to reveal similarities and differences in their polypeptide chains. RESULTS: We support the comparison process by proposing a new visualization technique that bridges the gap between traditionally used 1D and 3D representations. By introducing the information about mutual positions of protein chains into the 1D sequential representation the users are able to observe the spatial differences between the proteins without any occlusion commonly present in 3D view. Our representation is designed to serve namely for comparison of multiple proteins or a set of time steps of molecular dynamics simulation. CONCLUSIONS: The novel representation is demonstrated on two usage scenarios. The first scenario aims to compare a set of proteins from the family of cytochromes P450 where the position of the secondary structures has a significant impact on the substrate channeling. The second scenario focuses on the protein flexibility when by comparing a set of time steps our representation helps to reveal the most dynamically changing parts of the protein chain.
Motivation: Studying the transport paths of ligands, solvents, or ions in transmembrane proteins and proteins with buried binding sites is fundamental to the understanding of their biological function. A detailed analysis of the structural features influencing the transport paths is also important for engineering proteins for biomedical and biotechnological applications. Results: CAVER Analyst 2.0 is a software tool for quantitative analysis and real-time visualization of tunnels and channels in static and dynamic structures. This version provides the users with many new functions, including advanced techniques for intuitive visual inspection of the spatiotemporal behavior of tunnels and channels. Novel integrated algorithms allow an efficient analysis and data reduction in large protein structures and molecular dynamic simulations. Availability and implementation: CAVER Analyst 2.0 is a multi-platform standalone Java-based application. Binaries and documentation are freely available at www.caver.cz. Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
Jednostranná statická záťaž, minimálna pohybová aktivita a zvýšené psychické napätie zohrávajú významnú úlohu pri vzniku bolesti chrbta. V rámci komplexnej rehabilitácie je doporučované striedanie ergonomických sedov a relaxačných sedov. Ide však len o statické pozície s predpokladaným minimalizujúcim negatívnym vplyvom na pohybový systém. V našom príspevku prezentujeme perspektívny a účinnejší terapeuticko - preventívny prístup, ktorým je dynamizácia ergonomického sedu. Z pohľadu kinezioterapie predstavuje dynamizácia sedu koaktiváciu svalových skupín prostredníctvom pohybových synergii typu uzavretých reťazcov, facilitujúc posturálny systém. Testovali sme hypotézu, či dynamizácia ergonomického sedu môže byť parciálnou prevenciou funkčnej patológie pohybového systému u pacientov so sedavvm zamestnaním. Vyšetrili a sledovali sme 25 subjektov. Sledovanie pozostávalo z hodnotenia bolestí pomocou vizuálnej analógovej škály (VAS) a z objektívneho klinického a posturografického vyšetrenia počas sedu a stoja. Pacientov sme vyšetrili pred rehabilitáciou, po rehabilitácii a po mesiaci sedenia na vzduchom plnenom PC vankúši. Vyhodnotenie VAS poukázalo na významný ústup pocitu bolesti po rehabilitácii ako aj po mesiaci sedenia na PC vankúši. Posturografické vyšetrenie oporných síl pri sede na molitane so zatvoreným očami ukázalo významné zlepšenie stability sedu po rehabilitácii a po mesiaci sedenia na PC vankúši. Po rehabilitácii ako aj po dynamizácii sedu sme zaznamenali tendenciu k úprave postúry v stoji so zatvorenými očami a extenziou hlavy. Naše výsledky podporujú predpoklad, že dynamizácia ergonomického sedu na PC vankúši, by mohla byť dôležitou zložkou prevencie a liečby funkčnej patológie pohybového systému.
Stereotype in static load, minimal motor activity and psychic tension results often in low back pain. Based on present knowledge, for complex motor rehabilitation is supposed an alternation of ergonomic sitting condition with decreased static load and also relaxed sitting position. These rehabilitation approaches are of course only static positions where minimal negative influence on motor system is predicted. In our contribution we presents the perspective approach for effective therapy and prevention - an dynamic condition in the ergonomic sitting position. From point of view of kinesiotherapy the dynamic sitting means an coactivation of muscle groups through motion synergies of type closed up chains facilitating posture system. We tested hypothesis that the increase of dynamic condition during the ergonomic sitting position could be a partial prevention of the functional pathology of locomotor system in patients whose sitting position is the most common working posture. We observed 25 patients. Our observation was based on: patientës evaluation of pain by visual analog scale, physical examination, and postural activity measurement on posturography during sitting and in the upright posture. Patient was evaluated: before rehabilitation after rehabilitation and after one-month period of dynamic sitting in ergonomic position on air pillow. Assessment of pain showed significant decrease of pain after rehabilitation and after dynamic condition of seating on air pillow. During seating on soft support with eyes closed results showed significant improvement of sitting posture after rehabilitation and after dynamic sitting. Influence of rehabilitation and dynamic condition of seating on postural stability showed a tendency of balance improvement in upright posture with eyes closed and head extension. Our results support a view that the dynamic condition of seating on air pillow might be an important part of therapy and prevention of functional pathology of locomotors system
- MeSH
- bolesti zad MeSH
- kineziologie aplikovaná metody MeSH
- lidé MeSH
- obnova funkce MeSH
- postura těla MeSH
- rehabilitace metody MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Cíl: Popsat klinický nález u pacientky s dynamickými změnami vitreomakulárního rozhraní a sítnice. Poskytnout souhrn poznatků o mechanismu akomodace a možném vlivu na sklivec a sítnici. Metody: U pacientky ve věku 57 let jsme provedli oční vyšetření včetně optické koherenční tomografie se spektrální doménou (SD-OCT). Sledovali jsme vliv akomodačního úsilí, předklonu hlavy, kombinace akomodačního úsilí s předklonem hlavy a vliv fotoreakce na vitreomakulární rozhraní a sítnici a změnu minimální tloušťky fovey. Výsledky: Při vyšetření SD-OCT byla na obou očích přítomna vitreofoveální adheze. Při akomodačním úsilí a v kombinaci s předklonem hlavy došlo ke vzniku symptomatické dynamické vitreomakulární trakce s dočasným zvýšením minimální tloušťky fovey. Nebyl pozorován vliv samotného předklonu hlavy, čtení s přídavkem nablízko ani osvícení na změnu vitreomakulárního rozhraní a sítnice. Závěr: Na dynamické změny vitreomakulárního rozhraní a sítnice je vhodné pomýšlet při kolísavém zhoršování centrální zrakové ostrosti, zvláště pokud je spojeno s akomodací a předklonem hlavy. Klíčová slova: akomodace, předklon hlavy, vitreomakulární rozhraní, SD-OCT
Purpose: To describe clinical findings in patient with dynamic changes of vitreomacular interface and retina. To provide summary of findings about mechanism of accommodation and its potential impact on vitreous and retina. Methods: In 57 year old patient we performed comprehensive ophtalmological examination including spectral domain optical coherent tomography (SD-OCT). We observed the impact of accommodative effort, head-downward position, combination of accommodative effort and head-downward position and influence of light reflex on vitreomacular interface and retina and change of minimal foveal thickness. Results: On SD-OCT we could observe vitreofoveal adhesion on both eyes. During accommodative effort in combination with head-downward position we could observe symptomatic dynamic vitreomacular traction with temporary elevation of minimal foveal thickness. We could not observe impact of only head-downward posture, reading with spectacle correction of presbyopia or light reflex on change of vitreomacular interface or retina. Conclusion: We should suspect dynamic changes of vitreomacular interface and retina when we see fluctuating impairment of central visual acuity particularly when it is in connection with accommodation and head-downward posture. Key words: accommodation, head-downward position, vitreomacular interface, SD-OCT
- MeSH
- akomodace oka * fyziologie MeSH
- diagnostické techniky oftalmologické MeSH
- epiretinální membrána patologie MeSH
- fovea centralis * patologie MeSH
- hlava - pohyby MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- optická koherentní tomografie metody využití MeSH
- sklivec * patofyziologie MeSH
- zraková ostrost fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
Současná zdravotnická technika produkuje každým okamžikem velké objemy dat. Výsledkem je informační přetížení a nemožnost zvládnout tato enormní data, např. na odd. intenzivní péče. Nástroje pro vizualizaci dat mají za cíl zmenšit toto informační přetížení pomocí inteligentní abstrakce a vizualizace zajímavých atributů zpracovávaných dat. Nově vyvíjené soft - warové nástroje pro vizualizaci by měly podporovat rychlé porozumění složitým, rozsáhlým a dynamicky rostoucím datovým souborům ve všech oblastech medicíny. Jednou z takových oblastí je analýza a vyhodnocování dlouhodobých záznamů EEG. S vyhodnocováním EEG je spojena celá řada problémů. Jedním z nich je potřeba vizuální kontroly záznamu lékařem. V případě, že lékař musí kontrolovat a hodnotit dlouhodobý záznam EEG, je počítačová podpora analýzy a vizualizace velkou pomocí. Právě možnosti vizualizace EEG záznamů a procesu jejich analýzy jsou předmětem našeho příspěvku.
Healthcare technology produces today large sets of data every second. An information overload results from these enormous data volumes not manageable by physicians, e.g. in intensive care. Data visualization tools aim at reducing the information overload by intelligent abstraction and visualization of the features of interest in the current situation. Newly developed soft - ware tools for visualization should support fast comprehension of complex, large, and dynamically growing datasets in all fi elds of medicine. One of such fi elds is the analysis and evaluation of long–term EEG recordings. One of the problems that are connected with the evaluation of EEG signals is that it necessitates visual checking of such a recording performed by a physician. In case the physician has to check and evaluate long–term EEG recordings computer–aided data analysis and visualization might be of great help. Soft ware tools for visualization of EEG data and data analysis are presented in the paper.
- MeSH
- algoritmy MeSH
- anatomické modely MeSH
- elektroencefalografie využití MeSH
- epilepsie diagnóza MeSH
- financování organizované MeSH
- klasifikace MeSH
- kóma diagnóza patofyziologie MeSH
- lidé MeSH
- mapování mozku metody přístrojové vybavení MeSH
- modely neurologické MeSH
- neuronové sítě MeSH
- počítačové zpracování signálu přístrojové vybavení MeSH
- shluková analýza MeSH
- spánek fyziologie MeSH
- zobrazování trojrozměrné MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
We provide a high-level survey of multiscale molecular visualization techniques, with a focus on application-domain questions, challenges, and tasks. We provide a general introduction to molecular visualization basics and describe a number of domain-specific tasks that drive this work. These tasks, in turn, serve as the general structure of the following survey. First, we discuss methods that support the visual analysis of molecular dynamics simulations. We discuss, in particular, visual abstraction and temporal aggregation. In the second part, we survey multiscale approaches that support the design, analysis, and manipulation of DNA nanostructures and related concepts for abstraction, scale transition, scale-dependent modeling, and navigation of the resulting abstraction spaces. In the third part of the survey, we showcase approaches that support interactive exploration within large structural biology assemblies up to the size of bacterial cells. We describe fundamental rendering techniques as well as approaches for element instantiation, visibility management, visual guidance, camera control, and support of depth perception. We close the survey with a brief listing of important tools that implement many of the discussed approaches and a conclusion that provides some research challenges in the field.
- MeSH
- Bacteria MeSH
- DNA ultrastruktura MeSH
- lidé MeSH
- molekulární modely MeSH
- nanostruktury * MeSH
- proteiny chemie MeSH
- simulace molekulární dynamiky * MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
- přehledy MeSH
- MeSH
- akomodace oka * fyziologie MeSH
- diagnostické techniky oftalmologické MeSH
- epiretinální membrána patologie MeSH
- fovea centralis * patologie MeSH
- hlava - pohyby MeSH
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- optická koherentní tomografie metody využití MeSH
- sklivec * patofyziologie MeSH
- zraková ostrost fyziologie MeSH
- Check Tag
- lidé středního věku MeSH
- lidé MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
