Microbiological diagnostics
Dotaz
Zobrazit nápovědu
OBJECTIVES: High-quality diagnosis of bloodstream infections (BSI) is important for successful patient management. As knowledge on current practices of microbiological BSI diagnostics is limited, this project aimed to assess its current state in European microbiological laboratories. METHODS: We performed an online questionnaire-based cross-sectional survey comprising 34 questions on practices of microbiological BSI diagnostics. The ESCMID Study Group for Bloodstream Infections, Endocarditis and Sepsis (ESGBIES) was the primary platform to engage national coordinators who recruited laboratories within their countries. RESULTS: Responses were received from 209 laboratories in 25 European countries. Although 32.5% (68/209) of laboratories only used the classical processing of positive blood cultures (BC), two-thirds applied rapid technologies. Of laboratories that provided data, 42.2% (78/185) were able to start incubating BC in automated BC incubators around-the-clock, and only 13% (25/192) had established a 24-h service to start immediate processing of positive BC. Only 4.7% (9/190) of laboratories validated and transmitted the results of identification and antimicrobial susceptibility testing (AST) of BC pathogens to clinicians 24 h/day. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry from briefly incubated sub-cultures on solid media was the most commonly used approach to rapid pathogen identification from positive BC, and direct disc diffusion was the most common rapid AST method from positive BC. CONCLUSIONS: Laboratories have started to implement novel technologies for rapid identification and AST for positive BC. However, progress is severely compromised by limited operating hours such that current practice of BC diagnostics in Europe complies only partly with the requirements for optimal BSI management.
- MeSH
- diagnostické techniky molekulární metody MeSH
- diagnostické testy rutinní metody MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- průřezové studie MeSH
- sepse diagnóza MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Geografické názvy
- Evropa MeSH
Článek shrnuje obecné přístupy k mikrobiologické diagnostice ve vztahu k léčbě antibiotiky v komunitě. Zabývá se vztahem mikrobiologického vyšetření k empirické, úvodní a cílené terapii, jeho postavením v diagnosticko terapeutické rozvaze praktického lékaře a správnými postupy při indikaci vyšetření a výběru diagnostických vzorků. Autoři připomínají základní principy správné laboratorní práce a obecnou strukturu mikrobiologického vyšetření. Zdůrazňují význam správných postupů pro klinicky relevantní diagnostiku, jejímž cílem je průkaz původce infekce a ověření účinnosti léků volby v cílené antimikrobní terapii. Krátce hodnotí dostupnost mikrobiologického vyšetření v terénní praxi a možnosti rychlých diagnostických metod, určených k provádění v ordinaci. Současně vysvětlují přístupy k selekčnímu sdělování výsledků mikrobiologických vyšetření a komentují jeho význam. Závěrečná část připomíná některé aspekty nákladové efektivity mikrobiologické diagnostiky a antimikrobní terapie v podmínkách terénní praxe.
General approaches to microbiological diagnostics in relation to antibiotic treatment in community. Are reviewed and relations between microbiological examination and patogen non-specific, initial and patogen specific therapy discussed. It also concerns with position of microbiological examination in practitioner's diagnostic and therapeutic consideration. Another aspects discussed in this article are right proceedings in indication of examinations and diagnostic samples choice. Basic principles of correct laboratory diagnostics and microbiological examination general structure are mentioned. Right proceedings are necessary for clinically relelevant diagnostics, which aim is an identification of infection agent and verification of used drugs effectiveness in patogen specific anti-microbial therapy. Microbiologic examination accessibility in general practise and possibilites of quick diagnostic methods, which can be provided in a consulting room, are also shortly evaluated. Approaches to selective notifying of results of microbiological examinations and its signifikance are explained. Finally several aspects of microbiological diagnostics and anti-microbial therapy cost effectiveness are recommended in general practise conditions.
Úvod: Mycobacterium haemophilum je v zahraniční literatuře popsáno jako původce onemocnění kůže, podkoží a lymfatických uzlin u imunokompetentních osob, u pacientů s AIDS a po transplantaci ledvin jako původce osteomyelitid a diseminovaných infekcí. Materiál a metody: Byla testována možnost použití BioFM média s X-faktorem pro detekci Mycobacterium haemophilum v klinickém vzorku a použití Middlebrookova 7H9 média s ADC a X-faktorem pro stanovení citlivosti kmenů na antibakteriální léky metodou MIK. Závěr. Na základě příznivých výsledků predpokusů bylo použití BioFM média zařazeno do rutinních metod používaných oddělením. Během jednoho roku bylo touto metodou Mycobacterium haemophilum detekováno u 3 pacientů s mimoplicní mykobakteriózou.
Introduction: According to foreign Uterature Mycobacterium haemophilum causes diseases of the skin, subcutis and lymph nodes in immunocompetent individuals, while in AIDS patients and in subjects after kidney transplantations it is responsible for osteomyelitis and disseminated infections. Material and methods: The authors tested the possibility of using a BioFM medium with the X-factor for the detection of Mycobacterium Jiaemophilum in clinical samples and Middlebrook's 7H9 medium with ADC and the X-factor to establish the sensitivity of strains to antimicrobials using the MIC method. Conclusions: Given the favourable results of preliminary tests the use of the BioFM medium was included among the routine methods applied at the department. In one year Mycobacterium haemophilum was detected with this method in 3 patients presenting extrapulmonary mycobacteriosis.
- MeSH
- antituberkulotika farmakologie terapeutické užití MeSH
- diagnostické techniky a postupy MeSH
- kožní nemoci diagnóza MeSH
- kultivační média speciální MeSH
- lidé MeSH
- lymfatické nemoci diagnóza MeSH
- mikrobiální testy citlivosti MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- Mycobacterium haemophilum izolace a purifikace patogenita MeSH
- mykobakteriózy diagnóza patologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- kazuistiky MeSH
- MeSH
- buněčná stěna chemie MeSH
- Candida fyziologie izolace a purifikace klasifikace MeSH
- klinické laboratorní techniky MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky MeSH
- orální kandidóza diagnóza mikrobiologie MeSH
- protilátky fungální analýza MeSH
- reagenční diagnostické soupravy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Rutinní využití molekulárně biologických technik v mikrobiologické diagnostice vyžaduje zvýšenou pozornost kontroly kvality prováděných metod. Kontrola kvality molekulárně biologických metod se skládá z vnitřní kontroly kvality – VKK (pozitivní, negativní a inhibiční kontrola) a externí hodnocení kvality – EHK. Pro externí kontrolu patogenů lze využít program QCMD – Quality Control for Molecular Diagnostics, nebo mezilaboratorní kontrolní cykly organizované anglickou společností UK NEQAS.
Routine applications of molecular biological techniques in microbiological diagnostics require an increased attention to the quality control of carried out these methods. The quality control of these methods consists of the internal control (positive and negative controls and control of inhibition of PCR) and external control. Program QCMD (Quality Control for Molecular Diagnostics) or interlaboratory control cycles organized by UK NEQAS can be used for the external control of pathogens.
Pomocí mikroextrakce do pevné fáze (SPME) a plynové chromatografie byly v souboru 137 mikrobiologicky positivních i negativních klinických exsudátů stanoveny profily těkavých karboxylových kyselin (VFA). Zatímco aerobní bakterie poskytovaly málo charakteristické profily s malým obsahem nižších kyselin nebo byly chromatograficky negativní, poskytovaly anaerobní bakterie profily s větším obsahem vyšších kyselin. Ve 20,4 % exsudátů umožnila tato metoda během 15 minut detekci mikrobů nenalezených kultivačním vyšetřením, pravděpodobně nesporolujících anaerobů. Jejich bližší charakterizace je touto metodou v důsledku nestandardních podmínek jejich růstu možná jen orientačně.
The volatile fatty acid (VFA) patterns were determined in 137 microbiologically positive and negative clinical exudates using solid phase microextraction (SPME) and gas chromatography. The aerobic bacteria yielded less distinctive patterns with small content of lower acids, whereas patterns of anaerobes contained larger amounts of higher acids. The method made it possible to detect within 15 minutes bacteria, probably non-sporulating anaerobes, in 20,4 % of exudates false-negative by cultivation. Only tentative characterisation of these bacteria was possible due to the poorly defined conditions of their growth.
- MeSH
- aerobní bakterie izolace a purifikace metabolismus MeSH
- anaerobní bakterie izolace a purifikace metabolismus MeSH
- chromatografie plynová využití MeSH
- exsudáty a transsudáty mikrobiologie MeSH
- finanční podpora výzkumu jako téma MeSH
- kyseliny karboxylové analýza MeSH
- lidé MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Pacienti s cystickou fibrózou (CF) jsou náchylní k chronickým infekcím dýchacích cest, které zásadním způsobem ovlivňují jejich prognózu. Mezi nejzávažnější původce těchto infekcí patří bakterie komplexu Burkholderia cepacia a Pseudomonas aeruginosa, které navíc hrozí epidemickým rozsevem infekce v CF populaci. Z tohoto důvodu je důležité umět nejen časně a spolehlivě takové patogeny diagnostikovat, ale též určit, zda mají schopnost se mezi pacienty přenášet. Molekulárně genetické metody používané pro potřeby mikrobiologické diagnostiky umožňují s vysokou citlivostí detekovat komplex B. cepacia a zároveň určit jeho příslušnost k jednomu z devíti druhů. Genotypizační techniky vedou k identifikaci rizikových kmenů, které se mohou v CF populaci šířit. Pražské CF centrum se již více než jedno desetiletí potýká s mimořádnou epidemií infekce komplexem B. cepacia, za kterou je zodpovědný epidemický kmen ST-32. Pokles incidence pozorovaný v současnosti je velmi pravděpodobně výsledkem dodržování přísného protiepidemického režimu, nad jehož efektivitou bdí mikrobiologie používající moderní diagnostické přístupy.
Patients with cystic fibrosis (CF) are susceptible to chronic respiratory infections that considerably affect their long-term prognosis. Burkholderia cepacia complex and Pseudomonas aeruginosa are the most severe pathogens that can cause epidemic outbreaks within a CF population. To prevent their potential spread, early and reliable diagnostics along with transmissible strain identification is required. Molecular genetic methods allow highly sensitive and specific detection of bacteria belonging to B. cepacia complex and their speciation. Furthermore, the typing techniques help identify the strains capable of transmission among patients. The Prague CF Centre has been combating the widespread infection of B. cepacia complex caused by the strain ST-32 for more than 10 years. The current drop in its incidence is a likely consequence of strict infection control, which is monitored by applying molecular microbiological tools.
- MeSH
- Burkholderia cepacia genetika imunologie patogenita MeSH
- cystická fibróza diagnóza komplikace terapie MeSH
- financování organizované MeSH
- genotyp MeSH
- infekce bakteriemi rodu Burkholderia diagnóza genetika komplikace MeSH
- infekce dýchací soustavy diagnóza prevence a kontrola přenos MeSH
- lidé MeSH
- mikrobiologické techniky metody využití MeSH
- pseudomonádové infekce diagnóza genetika komplikace MeSH
- Pseudomonas aeruginosa genetika imunologie patogenita MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
Invazivní meningokoková onemocnění a zvláště fulminantní meningokoková sepse bezprostředně ohrožují pacienty na životě. Léčebná opatření, jejichž nedílnou součástí je antibiotická léčba, musí být rychlá a adekvátní. U pacientů s meningitidou jsou cílená zvláště na léčbu intrakraniální hypertenze, u pacientů se sepsí na léčbu šoku, diseminované intravaskulární koagulace a dalších komplikací. V článku jsou uvedeny mnohdy kontroverzní názory na některé obecně užívané diagnostické a léčebné postupy, ale rovněž i poměrně rozsáhlou, spíše dosud experimentální léčbu užívanou u nemocných v kritickém stavu.
Meningococcal diseases, especially fulminat meningococcal sepsis, remain the emergent life-threatening diseases. The therapeutic measures, that also include antibiotik treatment, must be quick and adequate. Depending on whether meningitis or septicaemia predominates, the major therapeutic measures are directed on the management of raised intracranial pressure or on the treatment of septic shock, disseminated intravascular coagulation and other complications. Often controversial opinions on usual diagnostic and treatment methods are described in the article. Special attention is focused on extensit experimental therapeutic measures used in the critically ill patiens.
- MeSH
- antibakteriální látky terapeutické užití MeSH
- diagnostické techniky a postupy metody MeSH
- farmakoterapie metody MeSH
- meningokokové infekce diagnóza terapie MeSH
- mikrobiologické techniky metody MeSH
- polymerázová řetězová reakce metody MeSH
- sepse diagnóza patologie terapie MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
