Studie zjišťovala dodržování kritérií transparentnosti a dobré praxe ve vědeckém publikování definovaných COPE, DOAJ, OASPAt a WAME v biomedicínských Open Access časopisech indexovaných v Journal Citation Reports (JCR). Z JCR bylo excerpováno 259 Open Access časopisů a na jejich webech ručně ověřeno plnění 14 kritérií transparentnosti a dobré praxe ve vědeckém publikování. Časopisy obdržely penalizační body za každé nedodržení kritéria definovaného COPE, DOAJ, OASPA a WAME. Průměrný počet přidělených penalizačních bodů byl 6, přičemž 149 (57,5 %) časopisů získalo ≤ 6 bodů a 110 (42,5 %) časopisů získalo ≥ 7 bodů. Pouze 4 periodika splnila všechna kritéria a nezískala žádný penalizační bod. Nejvíce časopisů nedodrželo kritéria deklarace Creative Commons (164 časopisů), afiliace členů redakční rady (116), jednoznačnosti autorských poplatků (115), antiplagiátorské politiky (113) a počtu členů redakční rady z rozvojových zemí (99). Výzkum ukazuje, že JCR nelze používat jako whitelist časopisů dodržujících kritéria transparentnosti a dobré praxe ve vědeckém publikování.

This study examined compliance with the criteria of transparency and best practice in scholarly publishing defined by COPE, DOAJ, OASPA and WAME in Biomedical Open Access journals indexed in Journal Citation Reports (JCR). 259 Open Access journals were drawn from the JCR database and on the basis of their websites their compliance with 14 criteria for transparency and best practice in scholarly publishing was verified. Journals received penalty points for each unfulfilled criterion when they failed to comply with the criteria defined by COPE, DOAJ, OASPA and WAME. The average number of obtained penalty points was 6, where 149 (57.5%) journals received ≤ 6 points and 110 (42.5%) journals ≥ 7 points. Only 4 journals met all criteria and did not receive any penalty points. Most of the journals did not comply with the criteria declaration of Creative Commons license (164 journals), affiliation of editorial board members (116), unambiguity of article processing charges (115), anti-plagiarism policy (113) and the number of editorial board members from developing countries (99). The research shows that JCR cannot be used as a whitelist of journals that comply with the criteria of transparency and best practice in scholarly publishing.

• Klíčová slova
• predátorské časopisy, Web of Science,
• MeSH
• periodika jako téma etika   MeSH
• publikování v režimu Open Access * etika   MeSH

Tento článek má za cíl posloužit jednak jako seznámení se základními principy moderní podoby hnutí Open Science a rovněž jako úvaha k nejvýraznějším silným a slabým stránkám jeho vybraných složek. V hlavní části textu autor rozebírá tři klíčové aspekty Open Science. Jedná se o otevřený přístup k výzkumným článkům, datům a informacím o metodologických a analytických procedurách. Všechny tyto aspekty s sebou přinášejí nové praktické postupy s možnými výhodami a nevýhodami, z nichž ty nejvýznamnější jsou v textu popisovány a diskutovány. Článek navíc stručně popisuje propojení Open Science s replikační krizi v psychologii a možné techniky pro zlepšení replikovatelnosti výzkumu. Příspěvek končí krátkým shrnutím a zvážením vhodnosti přejímání vybraných principů Open Science do tuzemské výzkumné praxe.

The aim of this article is to introduce the basic principles of the modern Open Science movement and to deliberate the most important advantages and disadvantages of its selected components. In the main part of the article, the author analyzes three key aspects of Open Science. They are, as follows: open access to research articles, open access to data, and open access to the information regarding methodical and analytical procedures. Each one of these components brings forth new practical procedures with their own pros and cons. The author describes and discusses the most important ones of them. In addition, the Open Science movement and its connection to the replication crisis in psychology and possible techniques for enhancing research replicability is discussed. The article ends with a brief recapitulation and a consideration on the suitability of adapting the selected Open Science principles into the local research practices.

• MeSH
• databáze jako téma MeSH
• přístup k informacím MeSH
• publikování v režimu Open Access MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• věda trendy   MeSH
• výzkum * trendy   MeSH

BACKGROUND: Cardiotocography (CTG) is a monitoring of fetal heart rate and uterine contractions. Since 1960 it is routinely used by obstetricians to assess fetal well-being. Many attempts to introduce methods of automatic signal processing and evaluation have appeared during the last 20 years, however still no significant progress similar to that in the domain of adult heart rate variability, where open access databases are available (e.g. MIT-BIH), is visible. Based on a thorough review of the relevant publications, presented in this paper, the shortcomings of the current state are obvious. A lack of common ground for clinicians and technicians in the field hinders clinically usable progress. Our open access database of digital intrapartum cardiotocographic recordings aims to change that. DESCRIPTION: The intrapartum CTG database consists in total of 552 intrapartum recordings, which were acquired between April 2010 and August 2012 at the obstetrics ward of the University Hospital in Brno, Czech Republic. All recordings were stored in electronic form in the OB TraceVue®;system. The recordings were selected from 9164 intrapartum recordings with clinical as well as technical considerations in mind. All recordings are at most 90 minutes long and start a maximum of 90 minutes before delivery. The time relation of CTG to delivery is known as well as the length of the second stage of labor which does not exceed 30 minutes. The majority of recordings (all but 46 cesarean sections) is - on purpose - from vaginal deliveries. All recordings have available biochemical markers as well as some more general clinical features. Full description of the database and reasoning behind selection of the parameters is presented in the paper. CONCLUSION: A new open-access CTG database is introduced which should give the research community common ground for comparison of results on reasonably large database. We anticipate that after reading the paper, the reader will understand the context of the field from clinical and technical perspectives which will enable him/her to use the database and also understand its limitations.

• MeSH
• Apgar skóre MeSH
• databáze faktografické * MeSH
• distres plodu diagnóza   MeSH
• dospělí MeSH
• fetální krev chemie   MeSH
• kardiotokografie * MeSH
• koncentrace vodíkových iontů MeSH
• lidé MeSH
• počítačové zpracování signálu * MeSH
• porod MeSH
• poruchy acidobazické rovnováhy MeSH
• přístup k informacím * MeSH
• srdeční frekvence plodu * MeSH
• těhotenství MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH

Plant traits-the morphological, anatomical, physiological, biochemical and phenological characteristics of plants-determine how plants respond to environmental factors, affect other trophic levels, and influence ecosystem properties and their benefits and detriments to people. Plant trait data thus represent the basis for a vast area of research spanning from evolutionary biology, community and functional ecology, to biodiversity conservation, ecosystem and landscape management, restoration, biogeography and earth system modelling. Since its foundation in 2007, the TRY database of plant traits has grown continuously. It now provides unprecedented data coverage under an open access data policy and is the main plant trait database used by the research community worldwide. Increasingly, the TRY database also supports new frontiers of trait-based plant research, including the identification of data gaps and the subsequent mobilization or measurement of new data. To support this development, in this article we evaluate the extent of the trait data compiled in TRY and analyse emerging patterns of data coverage and representativeness. Best species coverage is achieved for categorical traits-almost complete coverage for 'plant growth form'. However, most traits relevant for ecology and vegetation modelling are characterized by continuous intraspecific variation and trait-environmental relationships. These traits have to be measured on individual plants in their respective environment. Despite unprecedented data coverage, we observe a humbling lack of completeness and representativeness of these continuous traits in many aspects. We, therefore, conclude that reducing data gaps and biases in the TRY database remains a key challenge and requires a coordinated approach to data mobilization and trait measurements. This can only be achieved in collaboration with other initiatives.

• MeSH
• biodiverzita MeSH
• ekologie MeSH
• ekosystém * MeSH
• přístup k informacím * MeSH
• rostliny MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

V současnosti se autoři publikující ve vědeckých časopisech potýkají s rizikem publikování v tzv. predátorských časopisech. Jedná se o časopisy parazitující na jinak ušlechtilé myšlence hnutí Open Access zpřístupnit čtenáři zdarma aktuální vědecké poznatky. Predátorské tituly ovšem na rozdíl od těch renomovaných v režimu Open Access rezignují na kvalitu recenzního řízení a publikují i texty nízké odborné úrovně. Základními znaky predátorských časopisů jsou velmi rychlé, či dokonce žádné recenzní řízení, netransparentní informace o autorských poplatcích za vydání článku, klamání potenciálních autorů napodobováním názvů zavedených časopisů a lživým tvrzením o indexaci časopisu v renomovaných databázích či přiděleném impakt faktoru. Preventivními opatřeními proti publikování v predátorských časopisech či čerpání informací z nich je pečlivá kontrola věrohodnosti informací na webu časopisu, ověření indexace časopisu na Beallově seznamu a v databázích Web of Science Core Collection, Scopus, ERIH PLUS a DOAJ či zjištění povědomí o časopisu mezi ostatními vědci a jejich zkušeností s ním. Bez těchto nezbytných kroků autoři podstupují zvýšené riziko publikování v nekvalitním časopise bez možnosti získání bodového ohodnocení Rady pro výzkum, vývoj a inovace a především poškození jejich pověsti a dobrého jména jejich domovských institucí u odborné veřejnosti.

Authors who publish in scientific or scholarly journals today face the risk of publishing in so-called predatory journals. These journals exploit the noble idea of the Open Access movement, whose goal is to make the latest scientific findings available for free. Predatory journals, unlike the reputable ones working on an Open Access basis, neglect the review process and publish low-quality submissions. The basic attributes of predatory journals are a very quick review process or even none at all, failure to be transparent about author fees for publishing an article, misleading potential authors by imitating the names of well-established journals, and false information on indexing in renowned databases or assigned impact factor. Some preventive measures against publishing in predatory journals or drawing information from them are: a thorough credibility check of the journal’s webpages, verification of the journal’s indexing on Beall’s List and in the following databases: Web of Science Core Collection, Scopus, ERIH PLUS and DOAJ. Asking other scientists or scholars about their experience with a given journal can also be helpful. Without these necessary steps authors face an increased risk of publishing in a journal of poor quality, which will prevent them from obtaining Research and Development Council points (awarded based on the Information Register of Research & Development results); even more importantly, it may damage their reputation as well as the good name of their home institution in the professional community.

• MeSH
• periodika jako téma MeSH
• publikování v režimu Open Access MeSH
• publikování * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• úvodníky MeSH

Národní lékařská knihovna (NLK) je veřejnou specializovanou knihovnou, zajišťující získávání, zpracování důvěryhodných zdravotnických informačních zdrojů, které zpřístupňuje prostřednictvím knihovnicko-informačních služeb odborné i laické veřejnosti. Buduje databázi Bibliographia medica Čechoslovaca (BMČ), která zachycuje odbornou literaturu z oblasti medicíny a zdravotnictví publikovanou českými autory v českých i zahraničních časopisech od roku 1947, a na niž navazuje Digitální knihovna NLK, systém pro dlouhodobé uchování a zpřístupnění plných textů odborné zdravotnické literatury v elektronické podobě. V předkládané práci autoři postihují vývoj řešení systému osobních archivů na národní úrovni v oblasti zdravotnictví. NLK spolupracuje s Interní grantovou agenturou MZ ČR (IGA MZ ČR) s cílem uchovávat a zpřístupňovat závěrečné zprávy grantových projektů. Archiv zpráv obsahuje cca 4600 dokumentů z let 1991 – 2012. V letech 2011-13 bylo v rámci projektu IGA NT/12345 - 3 „Archivace a online zpřístupnění plných textů vědeckých publikací pro podporu rozvoje vědy a vzdělávání lékařských a nelékařských oborů“ přistoupeno k digitalizaci více jak 2500 zpráv. Portál Medvik zpřístupňující BMČ a Digitální knihovnu byl obohacen o nové funkce, které usnadňují přístup nejen ke zprávám, ale i k jejich publikačním výstupům. U záznamů BMČ se díky propojení s externími systémy zobrazují např. údaje o citovanosti zahraničních článků ve Web of Science či Scopus. Rychlý a pohodlný přístup k publikacím umožňují otevřené repozitáře, ve kterých mohou sami autoři, v souladu s autorskými právy, elektronicky ukládat publikované práce. Budování repozitářů je jednou z cest, jak podporovat světový trend otevřeného přístupu k publikacím. V Digitální knihovně NLK je od roku 2014 možné ukládání elektronických verzí publikovaných prací samotnými autory. Autorům se tak nabízí nejen možnost vytvoření osobního archivu vlastní publikační činnosti, ale také splnit autoarchivační povinnost vyžadovanou poskytovatelem finanční podpory.

National Medical Library (NML) is a public specialized library, whose role is to guarantee an access to the scientific healthcare information. Since 1947, NML builds the Bibliographia medica Čechoslovaca database, that indexes scientific literature from the field of medicine and healthcare published in Czech journals as well as the articles of Czech authors published abroad. NML Digital Library, a system for long-term archiving of medical literature fulltexts, is closely conntected to BMČ. In this article the authors describe the development of the personal archives system on the National level. NML cooperates with Internal Grant Agency of the Ministry of Healthcare on archiving research reports and making them available through the Digital Library. The archive contains ca 4600 reports originating between 1991 and 2012. During the years 2011-2013, ca 2500 reports were digitized as a part of the IGA project NT/12345 – 3 Archiving and online access to the fulltexts of scientific publications as a support of research and education of heatlhcare and medicine. Existing databases BMČ and Digital Library were enriched by new functions facilitating the access both to the reports and publications connected with them. For example, thanks to the linking with external databases, citation counts from Web of Science and Scopus are displayed as a part of those records in BMČ, that have PMID or DOI. Since 2014, it is possible to self deposit the electronic fulltexts in the Digital Library. By this offer NML supports the green road to open access (self-deposit of published works in the open repositories in accordance with publisher licenses and copyright law). NML offers not only the possibility of creating a personal archive of publications but the possibility to fulfill the mandatory self-deposit, if required, as well.

• Klíčová slova
• autoarchivace, osobní bibliografie, citační manažery, otevřený přístup,
• MeSH
• bibliografie jako téma MeSH
• digitální knihovny MeSH
• lékařství MeSH
• přístup k informacím MeSH
• publikování MeSH
• výzkum MeSH

• MeSH
• endovaskulární výkony MeSH
• separace krevních složek MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• hematologie a transfuzní lékařství

The Pan European Phenology (PEP) project is a European infrastructure to promote and facilitate phenological research, education, and environmental monitoring. The main objective is to maintain and develop a Pan European Phenological database (PEP725) with an open, unrestricted data access for science and education. PEP725 is the successor of the database developed through the COST action 725 "Establishing a European phenological data platform for climatological applications" working as a single access point for European-wide plant phenological data. So far, 32 European meteorological services and project partners from across Europe have joined and supplied data collected by volunteers from 1868 to the present for the PEP725 database. Most of the partners actively provide data on a regular basis. The database presently holds almost 12 million records, about 46 growing stages and 265 plant species (including cultivars), and can be accessed via http://www.pep725.eu/ . Users of the PEP725 database have studied a diversity of topics ranging from climate change impact, plant physiological question, phenological modeling, and remote sensing of vegetation to ecosystem productivity.

• MeSH
• databáze faktografické * MeSH
• roční období * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Evropa MeSH

With biodiversity research activities being increasingly shifted to the web, the need for a system of persistent and stable identifiers for physical collection objects becomes increasingly pressing. The Consortium of European Taxonomic Facilities agreed on a common system of HTTP-URI-based stable identifiers which is now rolled out to its member organizations. The system follows Linked Open Data principles and implements redirection mechanisms to human-readable and machine-readable representations of specimens facilitating seamless integration into the growing semantic web. The implementation of stable identifiers across collection organizations is supported with open source provider software scripts, best practices documentations and recommendations for RDF metadata elements facilitating harmonized access to collection information in web portals. Database URL: : http://cetaf.org/cetaf-stable-identifiers.

• MeSH
• biodiverzita * MeSH
• databáze faktografické * MeSH
• sémantický web * MeSH
• software * MeSH
• zpracování přirozeného jazyka * MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH

Well-documented sleep datasets from healthy adults are important for sleep pattern analysis and comparison with a wide range of neuropsychiatric disorders. Currently, available sleep datasets from healthy adults are acquired using low-density arrays with a minimum of four electrodes in a typical sleep montage. The low spatial resolution is thus prohibitive for the analysis of the spatial structure of sleep. Here we introduce an open-access sleep dataset from 29 healthy adults (13 female, aged 32.17 ± 6.30 years) acquired at the Montreal Neurological Institute. The dataset includes overnight polysomnograms with high-density scalp electroencephalograms incorporating 83 electrodes, electrocardiogram, electromyogram, electrooculogram, and an average of electrode positions using manual co-registrations and sleep scoring annotations. Data characteristics and group-level analysis of sleep properties were assessed. The database can be accessed through ( https://doi.org/10.17605/OSF.IO/R26FH ). This is the first high-density electroencephalogram open sleep database from healthy adults, allowing researchers to investigate sleep physiology at high spatial resolution. We expect that this database will serve as a valuable resource for studying sleep physiology and for benchmarking sleep pathology.

• MeSH
• databáze faktografické MeSH
• dospělí MeSH
• elektroencefalografie * MeSH
• lidé MeSH
• polysomnografie * MeSH
• skalp * MeSH
• spánek * MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• dataset MeSH