Niemann-Pickova choroba typ C1 (NPC1) je závažné neuroviscerální lysosomální střádací onemocnění s významnými psychosociálními dopady pro postižené rodiny a z hlediska finančního i pro zdravotní systém jako celek. Kauzální terapie NPC1 není v tuto chvíli dostupná. Aplikace přípravků zaváděných do klinické praxe je nákladná a proto je rychlá a efektivní diagnostika NPC1 nutným předpokladem úspěchu terapeutického zásahu, stejně jako racionalizace jejich podání. V projektu navrhovaná specifikace molekulárně patofysiologických důsledků mutací genu NPC1 na úrovni mRNA a proteinu pomůže určit efekt nových způsobů léčby. Funkční studie promotorové oblasti genu NPC1 ukáže, zda polymorfismy nebo další nalezené genetické změny ovlivňují úroveň transkripce a tím se podílejí na molekulární patogenezi NPC1. Navrhovaná laboratorní vyšetření v korelaci s klinickými údaji umožní určit nejen postupy vhodné k zařazení mezi diagnostické standardy ale i jejich využitelnost v nově vytvářeném diagnostickém algoritmu NPC1.; Niemann-Pick disease type C1 (NPC1) is a severe neurovisceral lysosomal storage disorder with significant psychosocial impacts for affected families and, due to financial costs, also for the healthcare systems. Accurate NPC1 diagnostics are fundamental prerequisites for any therapy. Moreover, drugs currently used for clinical treatment of NPC, even though not targeting the primary cause, are expensive and their application must be rationalized. The aim of the project is to characterize molecular consequences of NPC1 mutations on mRNA and protein levels and to test selected mutants for their responsiveness to chaperone treatment. NPC1 promoter will be studied to show if its polymorphisms or other sequence variants influence transcription levels and thus contribute to NPC1 pathogenesis. The results of the laboratory analyses correlated to clinical severity and quality-of-life data will enable a critical selection of standards to be embedded into newly introduced diagnostic algorithm of NPC1 disease.

• MeSH
• algoritmy MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   normy   MeSH
• diferenciální diagnóza MeSH
• dospělí MeSH
• genetická transkripce MeSH
• imunohistochemie MeSH
• kvalita života MeSH
• messenger RNA analýza   MeSH
• mladiství MeSH
• mutace MeSH
• Niemannova-Pickova nemoc typu C diagnóza   MeSH
• polymorfismus genetický MeSH
• psychosociální deprivace MeSH
• socioekonomické faktory MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• mladiství MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• genetika, lékařská genetika
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Lysosomální střádavé choroby (LSD) jsou závažná dědičná onemocnění způsobená poruchou funkcí enzymových nebo nekatalytických proteinů v důsledku mutace v odpovídajícím genu. Většina z nich je spojena s progresivní neurodegenerací. Časná diagnostika zde má zásadní důležitost z hlediska genetického poradenství a prevence v rodinách a z hlediska současných i budoucích terapeutických možností. Projekt je zaměřen především na rozvoj screeningových vyšetření v enzymologii (analýza v suché krevní kapce), metabolomice/lipidomice (MS analýza v suchém vzorku moče), a na molekulárně genetické vyšetření GM1 a GM2 gangliosidos a deficitu chitotriosidasy. Pro screeningové vyšetření 51 genů u neurodegenerativních onemocnění s nejasnou etiologií bude využita moderní sekvenační technika New Generation Sequencing (NGS). Příprava indukovaných pluripotentních (iPS) buněčných modelů LSD poskytne další možnosti pro výzkum biologické podstaty těchto chorob i pro testování různých způsobů terapie.; Lysosomal storage disorders (LSD) are severe hereditary diseases caused by defect in the function of enzyme or noncatalytic protein due to mutation of the corresponding gene. Most of them are associated with a progressive neurodegeneration. Early diagnosis is of crucial importance for genetic counseling and prevention in families and in view of current and future therapeutic options. The project focuses primarily on the development of screening examinations in enzymology (dry blood spot analysis), in metabolomics/lipidomics (dry urine sample analysis) and on the molecular genetic analysis of GM1 and GM2 gangliosidoses and chitotriosidase deficiency. Advanced technology New Generation Sequencing (NGS) will be used for examination of 51 genes in screening study for neurodegenerative disorders with unclear etiology. Preparation of induced pluripotent cell lines (iPS) of LSD will provide a platform for research of the biology of these diseases and for testing therapeutic approaches.

• MeSH
• analýza moči metody   MeSH
• časná diagnóza MeSH
• diagnostické techniky molekulární MeSH
• G(M1) gangliosid analýza   MeSH
• G(M2) gangliosid analýza   MeSH
• genetické poradenství MeSH
• genetické testování MeSH
• hexosaminidasy analýza   MeSH
• hmotnostní spektrometrie MeSH
• indukované pluripotentní kmenové buňky MeSH
• lyzozomální střádavé nemoci v nervovém systému diagnóza   MeSH
• metabolomika MeSH
• test suché kapky krve MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• neurologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

• MeSH
• diagnostické techniky a postupy MeSH
• genetické poradenství MeSH
• klinické chemické testy MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• vrozené poruchy metabolismu diagnóza   genetika   MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biochemie
• genetika, lékařská genetika
• vnitřní lékařství

• MeSH
• diagnostické techniky a postupy MeSH
• genetické poradenství MeSH
• klinické chemické testy MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• vrozené poruchy metabolismu diagnóza   genetika   MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biochemie
• genetika, lékařská genetika
• vnitřní lékařství

Anotace I: V projektu se zaměříme na výzkum funkce potenciálních regulačních oblastí genu OTC - promotoru a dalších oblastí lokalizovaných 7-15 kb nad počátkem transkripce, které by mohly sloužit jako enhancery. U pacientů provedeme mutační analýzu v identifikovaných funkčně důležitých oblastech. Anotace II: Budeme charakterizovat promotorovou oblast z hlediska methylace CpG dinukleotidů a studovat její vliv na regulaci exprese ve tkáních a při inaktivaci chromosomu X u žen. Budeme porovnávat methylaciCpG dinukleotidů ve tkáni, ve které je OTC exprimována (játra) a ve tkáních, ve kterých k expresi nedochází (krev, kůže). Anotace III: Provedeme analýzu delecí a duplikací v genu OTC u pacientek, u nichž nebyla nalezena mutace. Použijeme metodu MultiplexLigation Probe Amplification (MLPA). Dále vyšetříme nově příchozí pacienty s diagnosou deficitu OTC standardními i novými metodami.; Annotation I: The potential regulatory regions of the OTC gene - the promoter and several candidate enhancers/silencers localized 7-15 kb upstream from the transcription initiation - will be examined. The mutation analysis in the functionally relevant regions will be performed in the selected patients. Annotation II: The level of CpG methylation in tissues with high (liver) and low (skin and blood cells) expression of OTC will be analyzed. Annotation III: Possible deletions or duplications in heterozygotes, in whom no mutation was found by standard methods, will be analyzed using the Multiplex Ligation Probe Amplification (MLPA) technique. Mutation analysis in newly diagnosed patients with OTCD will be performed by the standard and newly introduced methods.

• MeSH
• exprese genu MeSH
• luciferasy MeSH
• metylace MeSH
• nemoc z nedostatku ornithinkarbamoyltransferázy diagnóza   MeSH
• promotorové oblasti (genetika) MeSH
• sekvenční analýza MeSH
• zesilovače transkripce MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Bude vyšetřen kandidátní soubor dětských nemocných eventuálně i dospělých do 30ti let věku s idiopatickou cholelitiázou na přítomnost defektů v genu ABCB4(MDR3). Bude vyšetřen soubor nemocných transplantovaných v IKEM pro kryptogenní cirhózu na přítomnost defektů v genu ABCB4(MDR3). U příbuzných probandů, u kterých budou nalezeny mutace v genu pro MDR3, bude provedeno vyšetření příslušné mutace. Bude provedena podrobná analýza sekvence regulačních oblastí genu ABCB4.; We will investigate a candidate group of paediatric patients and eventually adult patients up to 30 years of age with idiopathic cholelithiasis on the presence of defect in ABCB4(MDR3) gene. We will investigate a candidate group of patients transplantedin the Institute for Clinical and Experimental Medicine (IKEM) for cryptogenic cirrhosis on the presence of defect in ABCB4(MDR3) gene. We will perform an investigation of the mutation in the relatives of probands, in whom have been found the mutation ingene for MDR3. We will perform a detail analysis of sequence of regulation areas of ABCB4 gene.

• MeSH
• cholelitiáza etiologie   patofyziologie   MeSH
• dítě MeSH
• intrahepatální cholestáza etiologie   patofyziologie   MeSH
• jaterní cirhóza etiologie   MeSH
• mutace MeSH
• proteiny přenášející fosfolipidy nedostatek   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Pediatrie
• NLK Obory
• pediatrie
• gastroenterologie
• hepatologie
• biologie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

DNA diagnostika umožní určit typ mutace v genu probanda. Zjištěný genotyp pacienta bude sloužit k potvrzení diagnosy a výsledky analýzy budou porovnány s publikovanými výsledky jiných autorů. Mutace budou u probandů vyhledávány sekvenováním a ověřeny nezávislou technikou (PCR/RFLP nebo ARMS). Mutace probanda bude metodami PCR/RFLP nebo ARMS analyzována u dalších členů rodiny, kteří o vyšetření projeví zájem. Znalost mutace bude sloužit i pro případnou prenatální diagnostiku. U pacientů budou prováděna biochemická vyšetření (stanovení aktivity TPP I, imunohistochemická a imunochemická vyšetření), aby popis příznaků nemoci u našich pacientů byl ucelený.; DNA-diagnosis will enable mutation characterization in probands gene. Patients genotype will establish the diagnosis and the results will be correlated with publications of other authors. Probands mutations will be identified by sequencing and verified by a PCR-based technique (PCR/RFLP or ARMS). Techniques PCR/RFLP or ARMS will serve for genotyping of family members. Knowledge of the mutations will be emplyed in eventual prenetal diagnosis. Biochemical analysis will be performed (TPP I activity estimation,immunochemical and immunohistochemical analysis) to complete the description of our patients disorders.

• MeSH
• Alexanderova nemoc diagnóza   MeSH
• dědičné degenerativní poruchy nervového systému diagnóza   MeSH
• diagnostické techniky molekulární metody   využití   MeSH
• dítě MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické testování MeSH
• genotyp MeSH
• neurodegenerativní nemoci diagnóza   genetika   MeSH
• neuronální ceroidlipofuscinózy diagnóza   MeSH
• Niemannova-Pickova nemoc typu C diagnóza   MeSH
• prenatální diagnóza metody   MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biologie
• genetika, lékařská genetika
• vnitřní lékařství
• pediatrie
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Sborník textů, které se zaměřují na biochemickou genetiku a dědičné metabolické poruchy. Výstup projektu na podporu celoživotního vzdělávání a odborného vzdělávání o tomto tématu. Určeno odborné veřejnosti.

• MeSH
• kontinuální vzdělávání MeSH
• molekulární biologie MeSH
• pilotní projekty MeSH
• vrozené poruchy metabolismu MeSH
• Publikační typ
• sborníky MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• molekulární biologie, molekulární medicína
• výchova a vzdělávání pracovníků ve zdravotnictví

Brožura a příručka, která se zaměřuje na možnosti laboratorní diagnostiky dědičných metabolických poruch. Určeno odborné veřejnosti.

• MeSH
• klinické laboratorní techniky MeSH
• vrozené poruchy metabolismu diagnóza   MeSH
• Publikační typ
• příručky MeSH

• Konspekt
• Patologie. Klinická medicína
• NLK Obory
• vnitřní lékařství
• genetika, lékařská genetika
• NLK Publikační typ
• brožury

DNA diagnostika umožní charakterizaci typu mutace v genu probanda.Mutace budou u probandů určeny sekvenováním, případně metodou Southern blotting.Genotyp pacientů bude korelován s fenotypem a tento výsledek porovnán s publikovanými výsledky jiných auto Na základě znalosti mutace probanda budou vyšetřeni ostatní členové rodiny metodami PCR/RFLP nebo ARMS.Spolehlivě urční heterozygotek umožní cílené genetické poradenství.; DNA-diagnosis will enable mutation characterization in probands gene.Probands mutations will be identified by sequencing,Southern blotting or by DNA chip.Patients genotype will be correlated with his fenotype,the result will be correlated with publ Mutations found in index patients will be determined in other members of the family using a Pcr based technique /PCR/RFLP or ARMS).Reliable identification of heterozygotes will enable tergeted genetic counselling.

• MeSH
• hypoxanthinfosforibosyltransferasa nedostatek   MeSH
• mukopolysacharidóza II genetika   MeSH
• nemoc z nedostatku ornithinkarbamoyltransferázy MeSH

• Konspekt
• Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
• NLK Obory
• genetika, lékařská genetika
• vnitřní lékařství
• NLK Publikační typ
• závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR