• MeSH
• antivirové látky MeSH
• molekulární struktura MeSH
• regulace exprese virových genů MeSH
• rekombinace genetická MeSH
• RNA-viry MeSH
• virové nemoci mikrobiologie   MeSH
• Publikační typ
• kongresy MeSH
• souborné dílo MeSH

• Konspekt
• Mikrobiologie
• NLK Obory
• mikrobiologie, lékařská mikrobiologie
• embryologie a teratologie
• infekční lékařství
• genetika, lékařská genetika

RNA viry při své replikaci manipulují s membránami hostitelských buněk, aby vytvořily tzv. replikační továrny. Tyto továrny napomáhají tvorbě replikačního komplexu a zároveň chrání před aktivací imunitního systému hostitelské buňky. Virové RNA dependentní RNA polymerasy (RdRp) jsou enzymy, které virům umožňují replikovat svůj genom a také připravit mediátorovou RNA pro translaci virových proteinů. Díky své relativní evoluční konzervovanosti jsou RdRp dobrým cílem pro design léčiv.

RNA viruses manipulate host cell membranes to create replication factories during its replication. These factories help the creation of replication complex and at the same time protect from host cell innate immunity activation. Viral RNA dependent RNA polymerases (RdRps) are enzymes which enable RNA viruses to replicate their genome and to prepare mRNA for translation of viral proteins. RdRps are good targets for drug design thanks to its relative evolutionary conservation.

• Klíčová slova
• replikační továrna, RNA dependentní RNA polymeráza,
• MeSH
• replikace viru * MeSH
• RNA-nukleotidyltransferasy * MeSH
• RNA-viry MeSH
• viry genetika   klasifikace   MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

It was long time pressumed that only eukaryotes protect their RNA by 5'-RNA cap. Recently, it was shown that also prokaryotes employ some kind of protection of their RNA in the form of 5'-triphosphate or NAD covalently attached to 5'-terminus. This review discusses the state of art of 5'-RNA cap in eukaryotes and prokaryotes.

• Klíčová slova
• modifikace RNA,
• MeSH
• posttranskripční úpravy RNA MeSH
• RNA čepičky * MeSH
• výzkum MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Komplexrií vyšetřování svalových dystrofií pomocí klinických, bioptických a molekulárně genetických diagnostických metod se v naší zemi dosud provádělo pouze ve velmi omezeném rozsahu. Naše skupina (kliiiiků, patologů a genetiků) vyšetřila od roku 1992 do roku 2000 přibližně 240 pacientů suspektních ze svalové dystrofie. Většina pacientů pochází z jihomoravského a severomoravského regionu. Pacienti byli k vyšetření odesíláni zeiména z kUnik a oddělení neurologie a dětské neurologie, dále z odděleni klinické genetiky a méně často z interních klinik a oddělení. Vyšetřovaní pacienti byli podle závěrečné diagnózy rozděleni do skupin pacientů s dystrofinopatií (DMD a BMD), přenašeček dystrofinopatií, pacientů s kongenitální svalovou dystrofií s deficitem merosinu a pacientů s Emery-Dreifussovou svalovou dystrofií, včetně přenašeček tohoto onemocnění. Někteří členové rodin, v nichž se vyskytla dystrofinopatie, byli následně vyšetřeni metodami segregační analýzy. Pacienti DMD/BMD mohou být pomoci molekulárně genetických metod zachyceni ve vysokém procentu. Metoda vyšetření mRŇA pomocí RT PCR a PTT z biopsie dovoluje detegovat delece, duplikace, ale i bodové mutace dystrofinového genu, a tím má vyšší diagnostický rozsah než vyšetření DNA lymfocytů periferní krve metodou multiplex PCR, které zachytí 65 % všech mutací, prakticky jenom delece. Imunofenotypizace dystrofinu se uplatní zejména v odhalování DMD. Deficit sarkolemové reaktivity v karboxytermmální a střední doméně (Dys 1 a Dys 2) jednoznačně signalizuje defektní dystrofiu. Naproti tomu menší deficity dystrofinu u BMD (a též u přenašeček) nemusejí být v biopsii zachyceny. V těchto případech je nutné doplnit vyšetření imunoblotingem nebo analýzou genotypu. Vyšetřování pacientů s klinicky diagnostikovanou svalovou dystrofií by mělo většinou začít vyšetřením biopsie, z níž je možno odhadnout přítomnost a stupeň strukturálních změn, a aplikací protilátek proti DGC případně odhalit patřičný deficit. Imunohistochemické vyšetření je možné doplnit imunoblotingem a tak navést další molekulárně genetické vyšetření DNA či mRNA. Svalovou biopsii je možno v případě deficitu merosinu a emerinu nahradit méně invazivními metodami, jako kožní biopsií nebo výtěrem z bukální sliznice. Při deficitech proteinů DGC je nutno při interpretaci nálezů respektovat možnost sekundární alterace jiných složek, a tak imunohistochemie sama o sobě nemusí být dostatečně informativní. Identifikace a bližší diagnostické zařazení pacientů s deficitem merosinu, sarkoglykanů, emerinu, kalpainu a dalších je možné díky možnosti použití protilátek, které jsou na trhu. Detekce těchto pacientů v naší zemi teprve čeká na jejich soustavné vyhledávání opřené o aplikaci metod popsaných a diskutovaných v tomto sdělení.

Complex diagnosis of muscular dystrophies including clinical, bioptical and molecular genetic approaches has been provided in a limited extent in this country. Our group of neurologists, pathologists and geneticists has examined approximately 240 patients suspected of having muscular dystrophies, mostly coming from Southern and Northern Moravia. The patients were sent to the examination most often firom departments of neurology and clinical genetics, and less firequently fi:om departments of internal medicine. According to the final diagnosis, the patients were divided into groups: with dystrophinopathies and carriers of dystrophinopathies (DMD/BMD), merosin deficient form of congenital muscular dystrophy, and Emery-Dreifuss muscular dystrophy including the carriers of this disease. Some relatives of patients with dystrophinopathies were also examined using the methods of segregation analysis. High proportion of the DMD/BMD patients can be detected by the methods of molecular genetics. Analysis of mRNA using RT PCR and PTT enables the detection of deletions, dupUcations, and point mutations in dystrophin gene and encompasses a larger diagnostic scope in comparison with examinations of DNA level by the multiplex PCR method from the peripheral blood which enables only deletion detections. Immunophenotyping of the dystrophin protein plays an important role especially using antibodies against carboxyterminal (DYS2) and rod domain (DYSl) of dystrophin. Deficient sarcolemmal expression of DYS2 and DYSl reveales unambiguously a pathological dystrophin. On the other hand, less pronounced deficiencies in dystrophin expression in BMD patients and DMD/BMD carriers may not always be detected in muscle biopsies. In this case, it is necessary to supplement the examination by Western blotting and genotype analysis. The examination of patients with clinically diagnosed muscular dystrophy shoidd start with á muscle biopsy which enables the estimation of presence and degree of structural changes. Application of antibodies against the components of DGC and emerin may reveal a deficiency in expression of these proteins. Immunohistochemical examination completed by Western blotting leads to the subsequent molecular genetic analysis of DNA or mRNA. Secondary deficiencies in expression of other DGC proteins are often revealed in muscle biopsies of dystrophinopathies and this fact must be taken into account in the evaluation of immunohistochemical findings. There is a possibility of replacement of invasive muscle biopsy by skin biopsy or buccal mucosal smears in cases of merosin and emerin deficiencies. Commercially available antibodies against merosin, emerin, calpain and sarcoglycans enable extensive identification and detailed classification of muscular dystrophies. Screening of the patients based on the application of methods described and discussed in this report is the task of the forthcoming period.

• MeSH
• DNA analýza   MeSH
• genotyp MeSH
• imunofenotypizace metody   MeSH
• messenger RNA analýza   MeSH
• molekulární biologie metody   MeSH
• svalové dystrofie diagnóza   genetika   patologie   MeSH
• svalový tonus MeSH

Non-coding RNAs (ncRNAs) are regulatory molecules encoded in the intergenic or intragenic regions of the genome. In prokaryotes, biocomputational identification of homologs of known ncRNAs in other species often fails due to weakly evolutionarily conserved sequences, structures, synteny and genome localization, except in the case of evolutionarily closely related species. To eliminate results from weak conservation, we focused on RNA structure, which is the most conserved ncRNA property. Analysis of the structure of one of the few well-studied bacterial ncRNAs, 6S RNA, demonstrated that unlike optimal and consensus structures, suboptimal structures are capable of capturing RNA homology even in divergent bacterial species. A computational procedure for the identification of homologous ncRNAs using suboptimal structures was created. The suggested procedure was applied to strongly divergent bacterial species and was capable of identifying homologous ncRNAs.

• MeSH
• bakteriální RNA chemie   MeSH
• konformace nukleové kyseliny MeSH
• molekulární sekvence - údaje MeSH
• Mycobacterium genetika   MeSH
• nekódující RNA chemie   MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční homologie nukleových kyselin MeSH
• Streptomyces genetika   MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

By analyzing almost 120 000 dinucleotides in over 2000 nonredundant nucleic acid crystal structures, we define 96+1 diNucleotide Conformers, NtCs, which describe the geometry of RNA and DNA dinucleotides. NtC classes are grouped into 15 codes of the structural alphabet CANA (Conformational Alphabet of Nucleic Acids) to simplify symbolic annotation of the prominent structural features of NAs and their intuitive graphical display. The search for nontrivial patterns of NtCs resulted in the identification of several types of RNA loops, some of them observed for the first time. Over 30% of the nearly six million dinucleotides in the PDB cannot be assigned to any NtC class but we demonstrate that up to a half of them can be re-refined with the help of proper refinement targets. A statistical analysis of the preferences of NtCs and CANA codes for the 16 dinucleotide sequences showed that neither the NtC class AA00, which forms the scaffold of RNA structures, nor BB00, the DNA most populated class, are sequence neutral but their distributions are significantly biased. The reported automated assignment of the NtC classes and CANA codes available at dnatco.org provides a powerful tool for unbiased analysis of nucleic acid structures by structural and molecular biologists.

• MeSH
• biokatalýza MeSH
• DNA chemie   klasifikace   MeSH
• konformace nukleové kyseliny * MeSH
• nukleotidové motivy * MeSH
• nukleotidy chemie   klasifikace   MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• riboswitch MeSH
• ribozomy chemie   metabolismus   MeSH
• RNA katalytická chemie   metabolismus   MeSH
• RNA chemie   klasifikace   MeSH
• vazebná místa MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• embryo savčí analýza   ultrastruktura   MeSH
• myši MeSH
• ovum analýza   ultrastruktura   MeSH
• RNA MeSH
• Check Tag
• myši MeSH

The role of G-quadruplex (G4) RNA structures is multifaceted and controversial. Here, we have used as a model the EBV-encoded EBNA1 and the Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV)-encoded LANA1 mRNAs. We have compared the G4s in these two messages in terms of nucleolin binding, nuclear mRNA retention, and mRNA translation inhibition and their effects on immune evasion. The G4s in the EBNA1 message are clustered in one repeat sequence and the G4 ligand PhenDH2 prevents all G4-associated activities. The RNA G4s in the LANA1 message take part in similar multiple mRNA functions but are spread throughout the message. The different G4 activities depend on flanking coding and non-coding sequences and, interestingly, can be separated individually. Together, the results illustrate the multifunctional, dynamic and context-dependent nature of G4 RNAs and highlight the possibility to develop ligands targeting specific RNA G4 functions. The data also suggest a common multifunctional repertoire of viral G4 RNA activities for immune evasion.

• MeSH
• G-kvadruplexy * MeSH
• intergenová DNA chemie   genetika   MeSH
• lidé MeSH
• regulace genové exprese MeSH
• RNA virová MeSH
• RNA chemie   genetika   MeSH
• transport RNA MeSH
• virus Epsteinův-Barrové - jaderné antigeny chemie   genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH

• MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• ribonukleoproteiny MeSH
• RNA izolace a purifikace   MeSH
• sekvenční analýza RNA MeSH
• Publikační typ
• monografie MeSH

• Konspekt
• Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika
• NLK Obory
• biochemie
• molekulární biologie, molekulární medicína

ADAR RNA editing enzymes (adenosine deaminases acting on RNA) that convert adenosine bases to inosines were first identified biochemically 30 years ago. Since then, studies on ADARs in genetic model organisms, and evolutionary comparisons between them, continue to reveal a surprising range of pleiotropic biological effects of ADARs. This review focuses on Drosophila melanogaster, which has a single Adar gene encoding a homolog of vertebrate ADAR2 that site-specifically edits hundreds of transcripts to change individual codons in ion channel subunits and membrane and cytoskeletal proteins. Drosophila ADAR is involved in the control of neuronal excitability and neurodegeneration and, intriguingly, in the control of neuronal plasticity and sleep. Drosophila ADAR also interacts strongly with RNA interference, a key antiviral defense mechanism in invertebrates. Recent crystal structures of human ADAR2 deaminase domain-RNA complexes help to interpret available information on Drosophila ADAR isoforms and on the evolution of ADARs from tRNA deaminase ADAT proteins. ADAR RNA editing is a paradigm for the now rapidly expanding range of RNA modifications in mRNAs and ncRNAs. Even with recent progress, much remains to be understood about these groundbreaking ADAR RNA modification systems.

• MeSH
• adenosindeaminasa chemie   genetika   metabolismus   MeSH
• Drosophila melanogaster genetika   metabolismus   MeSH
• editace RNA * MeSH
• exprese genu MeSH
• interakční proteinové domény a motivy MeSH
• izoenzymy MeSH
• lidé MeSH
• messenger RNA genetika   MeSH
• molekulární evoluce MeSH
• nervový systém metabolismus   MeSH
• obratlovci MeSH
• proteiny Drosophily genetika   metabolismus   MeSH
• proteiny vázající RNA genetika   metabolismus   MeSH
• RNA interference MeSH
• substrátová specifita MeSH
• vazba proteinů MeSH
• vztahy mezi strukturou a aktivitou MeSH
• zvířata MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• zvířata MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH