genome sequence
Dotaz
Zobrazit nápovědu
- MeSH
- aminokyseliny MeSH
- DNA virů analýza MeSH
- geny MeSH
- nukleotidy MeSH
- onkogenní viry MeSH
- RNA virová MeSH
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Check Tag
- skot MeSH
- zvířata MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
Kdysi odvážný, dnes chápaný jako samozřejmost, projekt podrobné analýzy základní struktury lidského genomu oslavil svůj první velký úspěch zveřejněním téměř kompletní sekvence dvaadvacátého chromozómu. Tento chro- mozóm představuje sice jen o něco více než 1,5 % celkové genomové DNA, ale je považován za relativně bohatý z hlediska genového obsahu (545 zatím identifikovaných genových sekvencí) a medicínsky významný. Mezi chorobnými stavy, jejichž původ klademe do v něm obsažených patogenních změn, lze jmenovat vrozené vady srdce a velkých cév, duševní poruchy a nádorová onemocnění.
Once dare, today casual, the project of the human genome basic structure analysis celebrated its first major accomplishment when the almost complete sequence of the twenty-second chromosome was published. Though the chromosome represents only hardly more than 1.5 % of the total genomic DNA, it is comparatively rich from the point of gene content (545 hitherto identified gene sequences) and it is important from the medicinal point of view. Among pathologic states resulting from its impaired function inborn heart and major vessel defects, mental disorders, and malignities are rated.
- MeSH
- chromozomální aberace genetika klasifikace MeSH
- genetické nemoci vrozené genetika MeSH
- lidé MeSH
- lidské chromozomy, pár 22 genetika MeSH
- mapování chromozomů trendy MeSH
- projekt Lidský genom ekonomika zákonodárství a právo MeSH
- pseudogeny genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA trendy MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- srovnávací studie MeSH
2nd ed. x, 193 s., il.
Sekvenování DNA patří již řadu let ke standardním postupům při molekulárně-genetických analýzách biologického materiálu. V medicíně nachází široké uplatnění, zejména v oblasti diagnostiky dědičných chorob a nádorových onemocnění, přičemž rozvoj DNA diagnostiky byl významně podpořen zveřejněním sekvence lidského genomu v roce 2001. V posledních několika letech dochází k rychlému technologickému rozvoji nových sekvenačních technologií, který umožnil vznik sekvenátorů nové generace („tzv. New Generation Sequencing“). Nové technologie založené na principu masivního paralelního sekvenování (např. Roche/454, Illumina Genome Analyzer IIx, Life Technologies SOLiD 3 a další) umožňují zásadní navýšení kapacity sekvenátorů a výrazné snížení ceny. Tento významný technologický pokrok umožnil rozvoj celogenomového sekvenování včetně analýz individuálních lidských genomů a nastartoval rozvoj personální genomiky. První osekvenované individuální lidské genomy patřily významným genetikům J. C. Venterovi (2007) a J. D. Watsonovi (2008), avšak rychle následovaly sekvenační analýzy dalších jedinců z různých etnik, které přinesly podstatné informace o interpersonálních rozdílech ve struktuře genomů (byly např. charakterizovány nukleotidové polymorfismy, delece a amplifikace úseků DNA). První významné aplikovatelné výsledky již přineslo sekvenování genomů nádorových buněk, např. akutní myeloidní leukémie. Ačkoli v současné době ještě nejsme schopni interpretovat význam všech detekovaných variant genomu, znamená možnost sekvenování individuálních lidských genomů zásadní zlom v DNA diagnostice i celé medicíně.
DNA sequencing has become a standard method widely used in molecular genetic analysis of biological materials. Its use in medicine is widespread, especially in diagnostics of inherited disorders and cancer related diseases. Development of DNA diagnostics has been strongly accelerated by publication of the human genome sequence in 2001. During the last few years one can observe rapid development of novel sequencing technologies, which have led to the introduction of so called „New Generation Sequencing“. These new technologies based on principles of massive parallel sequencing (e.g. Roche/454, Illumina Genome Analyzer IIx, Life Technologies SOLiD 3 and others) enable a massive increase of sequencing capacity and in parallel also a fundamental decrease of costs. This major technological breakthrough allowed development of the whole-genome sequencing including analyses of individual human genomes. It also started the era of personal genomics. The first sequenced individual human genomes belonged to famous geneticists J. C. Venter (2007) and J. D. Watson (2008), but they were rapidly followed by sequencing analyses of other individuals from various ethnic groups. These studies brought substantial information about interpersonal differences in genome structure (through characterization of nucleotide polymorphisms, DNA deletions and amplifications etc.). Sequencing of cancer cell genomes, e.g. acute myeloid leukemia has already brought first important clinically relevant results. Although currently we are still unable to interpret the relevance of all detected genome variants, it is obvious, that the possibility to sequence individual human genomes represents a fundamental breakthrough not only in DNA diagnostics but also in clinical medicine.
... and Overview, 1 Prediction of RNA Secondary Structure, 327 -- Chapter 2 -- Collecting and Storing Sequences ... ... in the Laboratory, 29 -- Chapter 3 -- Alignment of Pairs of Sequences, 65 Chapter 4 -- Introduction ... ... to Probability and Statistical Analysis of Sequence Alignments, 121 -- Chapter 5 -- Multiple Sequence ... ... Alignment, 163 Charter 6 -- Sequence Database Searching for Similar Sequences, 227 -- Chapter 7 -- Phylogenetic ... ... Regulation, 361 Chapter 10 -- Protein Classification and Structure Prediction, 409 -- Chapter 11 Genome ...
2nd ed. xii, 692 s. : il.
- MeSH
- biologické vědy MeSH
- genetika MeSH
- Konspekt
- Obecná genetika. Obecná cytogenetika. Evoluce
- NLK Obory
- genetika, lékařská genetika
Bacillus thuringiensis (Bt) is efficient, strongly specific, and avirulent to humans, making it one of the most popular biopesticides in the world. Bt LLP29 is a mosquitocidal strain that was first isolated from Magnolia denudata. To understand its molecular mechanism against mosquitoes, the genome of Bt LLP29 was sequenced and annotated in this study. The LLP29 genome was found to have a total length of 5.99 Mb, with an average G + C content of 35.21%. A total of 6107 coding sequences were also detected, together with 42 rRNAs and 124 tRNAs and 135 other RNAs. With the help of annotation databases, including GO, COG, KEGG, Nr and Swiss-Prot, most unigene functions were identified. At the same time, a collinear analysis was performed on the genome of LLP29. There were also some virulence genes detected, including cry, chitinase, zwittermicin and vip.
The complete genome sequence of a severe isolate of broad bean true mosaic virus (genus Comovirus, subfamily Comovirinae, family Secoviridae) is presented. Comparison of the amino acid sequences of the capsid proteins and the polymerase showed striking differences to other comoviruses and highest similarities to legume-infecting comoviruses. Red clover mottle virus was recognized as the most similar virus with amino acid sequence identities ranging from 43 to 67% for individual genes.
xxii, 1135 s., [32] s. obr. příl. : il., tab., grafy ; 30 cm
The strain Clostridium pasteurianum NRRL B-598 is non-type, oxygen tolerant, spore-forming, mesophilic and heterofermentative strain with high hydrogen production and ability of acetone-butanol fermentation (ethanol production being negligible). Here, we present the annotated complete genome sequence of this bacterium, replacing the previous draft genome assembly. The genome consisting of a single circular 6,186,879 bp chromosome with no plasmid was determined using PacBio RSII and Roche 454 sequencing.
The assembly of a reference genome sequence of bread wheat is challenging due to its specific features such as the genome size of 17 Gbp, polyploid nature and prevalence of repetitive sequences. BAC-by-BAC sequencing based on chromosomal physical maps, adopted by the International Wheat Genome Sequencing Consortium as the key strategy, reduces problems caused by the genome complexity and polyploidy, but the repeat content still hampers the sequence assembly. Availability of a high-resolution genomic map to guide sequence scaffolding and validate physical map and sequence assemblies would be highly beneficial to obtaining an accurate and complete genome sequence. Here, we chose the short arm of chromosome 7D (7DS) as a model to demonstrate for the first time that it is possible to couple chromosome flow sorting with genome mapping in nanochannel arrays and create a de novo genome map of a wheat chromosome. We constructed a high-resolution chromosome map composed of 371 contigs with an N50 of 1.3 Mb. Long DNA molecules achieved by our approach facilitated chromosome-scale analysis of repetitive sequences and revealed a ~800-kb array of tandem repeats intractable to current DNA sequencing technologies. Anchoring 7DS sequence assemblies obtained by clone-by-clone sequencing to the 7DS genome map provided a valuable tool to improve the BAC-contig physical map and validate sequence assembly on a chromosome-arm scale. Our results indicate that creating genome maps for the whole wheat genome in a chromosome-by-chromosome manner is feasible and that they will be an affordable tool to support the production of improved pseudomolecules.
- MeSH
- biotechnologie metody MeSH
- chromozomy rostlin genetika MeSH
- genom rostlinný * MeSH
- mapování chromozomů metody MeSH
- pšenice genetika MeSH
- sekvenční analýza DNA metody MeSH
- tandemové repetitivní sekvence MeSH
- umělé bakteriální chromozomy MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- práce podpořená grantem MeSH
