Cíl: Cílem práce je shrnutí zkušeností s rozšířeným testováním nosičství autosomálně recesivně dědičných chorob v rámci prekoncepční péče především u párů s poruchami plodnosti nebo opakovanými těhotenskými ztrátami. Metody: CarrierTest je na našem pracovišti vyvinutý test založený na amplikonovém sekvenování kritických oblastí 77 genů k detekci 835 patogenních mutací způsobujících více než 61 dědičných chorob a stavů. Výsledky: Ve sledovaném období jsme vyšetřili celkem 10 752 jedinců z vyšetřovaných párů. Celkem bylo zjištěno 3899 případů nosičství patogenních variant, nejčastěji v genech: GJB2 (4,9 % osob), CFTR (3,6 %), SERPINA1 (2,6 %), DHCR7 (2,6 %), SMN1 (2,5 %), PAH (2,3 %), NBN (1,8 %), CYP21A2 (3,3 %), ATP7B (1,2 %), PMM2 (1,1 %), ACADVL (1,1 %) a ACADM (1 %). U 67 párů (1,25 %) bylo prokázáno vysoké riziko závažného autosomálně recesivního onemocnění, nejčastěji se jednalo u obou partnerů o nosičství mutací genů: GJB2 (18×), CFTR (13×), SMN1 (6×), CYP21A2 (6×),SERPINA1 (3×), PAH (3×), MEFV (3×), DHCR7 (2×), PMM2 (2×), ACADVL (2×), ACADM (2×), HEXA (2×) a ARSA (2×). Závěr: Výsledek CarrierTestu dává párům informaci o rizicích pro jejich potomky. Závažnost nálezů a zjištěných rizik se liší u jednotlivých genů i u různých mutací v těchto genech. Výsledky tedy musí být posouzeny a sděleny klinickým genetikem tak, aby se páry mohly rozhodnout o vhodném dalším postupu. Možná preventivní opatření zahrnují preimplantační genetické testování, prenatální diagnostiku, ale i postnatální diagnostiku (včetně novorozeneckého screeningu) s následující včasnou léčbou.

Objective: To evaluate the introduction of expanded carrier screening for disorders with autosomal recessive inheritance within the frame of preconception care particularly in couples with infertility or recurrent pregnancy loss.Methods: CarrierTest is a custom designed test based on amplicon sequencing of target regions in 77 genes for detection of 835 pathogenic mutations causing more than 61 inherited disorders.Results: We have examined 10752 individuals from the investigated couples during the period considered. In total we have detected 3899 pathogenic variants, most often in following genes: GJB2 (in 4.9% of individuals), CFTR (3.6%), SERPINA1 (2.6%), DHCR7 (2.6%), SMN1 (2.5%), PAH (2.3%), NBN (1.8%), CYP21A2 (3.3%), ATP7B (1.2%), PMM2 (1.1%), ACADVL (1.1%)and ACADM (1%). We have found a high risk of autosomal recessive disorder in 67 couples (1.25%), most often both partners were carriers of mutations in GJB2 (18×), CFTR (13×), SMN1 (6×),CYP21A2 (6×), SERPINA1 (3×), PAH (3×), MEFV (3×), DHCR7 (2×), PMM2 (2×), ACADVL (2×), ACADM (2×), HEXA (2×) and ARSA (2×). Conclusion: Results of CarrierTest provide the couples with information about the risk for their offspring. The severity of the risk differs depending on the gene and exact mutations. The findings thus must be assessed and communicated by a clinical geneticist so that couples can make informed decisions about further actions. The available preventive measures include preimplantation genetic testing, prenatal diagnosis as well as postnatal diagnosis (including prenatal screening) for early treatment.

• Klíčová slova
• autosomálně recesivně dědičná onemocnění, nosičství, prekoncepční testování,
• MeSH
• genetické nemoci vrozené * diagnóza   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• lidé MeSH
• mutace genetika   MeSH
• péče před početím MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH

Biallelic pathogenic variants in FA2H gene have been repeatedly described as a cause of hereditary spastic paraplegia (HSP) type35 (SPG35). Targeted massive parallel sequencing (MPS) of the HSP genes panel revealed a novel homozygous variant c.130C > T (p.P44S) in the FA2H gene in the 30-year-old patient presenting with spastic paraplegia. The patient originated form the Czech minority in Romania. The patient manifests typical clinical signs for SPG35 (youth onset gait impairment, progressive spastic paraparesis on lower limbs, dysarthria, white matter changes in MRI).

• MeSH
• dospělí MeSH
• geny recesivní MeSH
• homozygot MeSH
• lidé MeSH
• mutace * MeSH
• oxygenasy se smíšenou funkcí genetika   MeSH
• rodokmen MeSH
• spastická paraplegie dědičná genetika   patologie   MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

OBJECTIVE: To present methodical approach of preimplantation genetic diagnosis (PGD) as an option for an unaffected pregnancy in reproductive-age couples who have a genetic risk of the X-linked dominant peripheral neuropathy Charcot-Marie-Tooth type 1 disease. PATIENTS AND METHODS: We performed PGD of X-linked Charcot-Marie-Tooth type 1 disease using haplotyping/indirect linkage analysis, when during analysis we reach to exclude embryos that carry a high-risk haplotype linked to the causal mutation p.Leu9Phe in the GJB1 gene. RESULTS: Within the PGD cycle, we examined 4 blastomeres biopsied from cleavage-stage embryos and recommended 3 embryos for transfer. Two embryos were implanted into the uterus; however, it resulted in a singleton pregnancy with a male descendant. Three years later, the couple returned again with spontaneous gravidity. A chorionic biopsy examination of this gravidity ascertained the female sex and a pericentric inversion of chromosome 5 in 70% of the cultivated foetal cells. CONCLUSION: Using indirect linkage analysis, PGD may help to identify genetic X-linked defects within embryos during screening, thereby circumventing the potential problems with abortion.

• MeSH
• Charcotova-Marieova-Toothova nemoc diagnóza   genetika   MeSH
• genetická vazba MeSH
• genetické markery MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• haplotypy MeSH
• konexiny genetika   MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• preimplantační diagnóza metody   MeSH
• těhotenství MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

Approximately 20 cases of genome-wide uniparental disomy or diploidy (GWUPD) as mosaicism have previously been reported. We present the case of an 11-year-old deaf girl with a paternal uniparental diploidy or isodisomy with a genome-wide loss of heterozygosity (LOH). The patient was originally tested for non-syndromic deafness, and the novel variant p.V234I in the ESRRB gene was found in a homozygous state. Our female proband is the seventh patient diagnosed with GWUPD at a later age and is probably the least affected of the seven, as she has not yet presented any malignancy. Most, if not all, reported patients with GWUPD whose clinical details have been published have developed malignancy, and some of those patient developed malignancy several times. Therefore, our patient has a high risk of malignancy and is carefully monitored by a specific outpatient pediatric oncology program. This observation seems to be novel and unique in a GWUPD patient. Our study is also unique as it not only provides very detailed documentation of the genomic situations of various tissues but also reports differences in the mosaic ratios between the blood and saliva, as well as a normal biparental allelic situation in the skin and biliary duct. Additionally, we were able to demonstrate that the mosaic ratio in the blood remained stable even after 3 years and has not changed over a longer period.

• MeSH
• celogenomová asociační studie MeSH
• diploidie * MeSH
• dítě MeSH
• exprese genu MeSH
• hluchota diagnóza   genetika   patofyziologie   MeSH
• lidé MeSH
• mozaicismus * MeSH
• mutace * MeSH
• nestabilita genomu MeSH
• receptory pro estrogeny genetika   MeSH
• rodokmen MeSH
• sekvence nukleotidů MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• uniparentální disomie * MeSH
• ztráta heterozygozity MeSH
• Check Tag
• dítě MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• časopisecké články MeSH
• kazuistiky MeSH

• MeSH
• dědičné nemoci očí * MeSH
• fertilizace in vitro MeSH
• genetické nemoci vrozené * MeSH
• lidé MeSH
• preimplantační diagnóza * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Cíl: Preimplantační genetická diagnostika (PGD) je moderní aplikací genetického testování ve spojení s in vitro fertilizací. Pomocí PGD lze zabránit přenosu geneticky podmíněného onemocnění na potomstvo, kdy v rámci umělého oplodnění je implantováno embryo bez genetické predispozice pro danou chorobu. Jedná se o alternativní metodu k prenatální diagnostice. Práce poskytuje přehled očních onemocnění, pro která se v zahraničí PGD provádí. Metody: Literární rešerše zaměřená na doporučené postupy, etické otázky, rizika a výsledky PGD u očních onemocnění. Výsledky: PGD se provádí pro řadu očních chorob, nezbytnou podmínkou pro její aplikaci je však znalost genetické příčiny, tj. kauzální mutace(í) nebo chromozomální aberace. Hlavní výhoda této metody spočívá v tom, že v případě pozitivního nálezu není dvojice vystavena rozhodnutí, zda těhotenství přerušit. Nositelům genetických abnormalit musí být před samotnou PGD poskytnuto kvalifikované poradenství, aby zcela porozuměli riziku vzniku postižení dítěte a důsledkům projevů případného onemocnění, výhodám a omezením navržené metody. Z nesyndromových očních onemocnění a chorob, u kterých oční nález dominuje, byla v evropských zemích PGD provedena pro aniridii, chorioiderémii, kongenitální fibrózu extraokulárních svalů, Leberovu kongenitální amaurózu, okulární albinismus, retinitis pigmentosa, X-vázanou retinoschízu, Stargardtovu chorobu, syndrom blefarofimóza – ptóza – inverzní epikantus a retinoblastom. Selekce pohlaví u chorob vázaných na chromozom X nebo s mitochondriální dědičností byla uskutečněna pro modrý čípkový monochromatismus, chorioiderémii, familiární exsudativní vitreoretinopatii, Leberovu hereditární neuropati optiku, makulární dystrofii (blíže nespecifikována), Norrieho chorobu, X-vázanou kongenitální stacionární noční slepotu, X-vázanou retinoschízu a X-vázaný nystagmus (blíže nespecifikovaný). Závěr: V posledních letech se zvýšilo potenciální využití technologie PGD, přičemž spektrum vhodných onemocnění, závažné dědičné choroby nevyjímaje, se neustále rozšiřuje. Klíčová slova: preimplantační genetická diagnostika, monogenně podmíněná onemocnění oka, in vitro fertilizace

Objective: Preimplantation genetic diagnosis (PGD) is an established application of genetic testing in the context of in vitro fertilization. PGD is an alternative method to prenatal diagnosis which aims to prevent the transmission of an inherited disorder to the progeny by implanting only embryos that do not carry genetic predisposition for a particular disease. The aim of this study is to provide an overview of eye disorders for which PGD has been carried out. Methods: The European literature search focused on best practices, ethical issues, risks and results of PGD for inherited eye disorders. Results: PGD is performed for a number of ocular disorders; a prerequisite for its application is however, the knowledge of a disease-causing mutation(s). The main advantage of this method is that the couple is not exposed to a decision of whether or not to undergo an abortion. Qualified counselling must be provided prior to the PGD in order to completely understand the risk of disability in any child conceived, consequences of disease manifestation, and advantages as well as limitations of this method. In the group of non-syndromic eye diseases and diseases in which ocular findings dominate, PGD has been performed in European countries for aniridia, choroideremia, congenital fibrosis of extraocular muscles, Leber congenital amaurosis, ocular albinism, retinitis pigmentosa, X-linked retinoschisis, Stargardt disease, blepharophimosis-ptosis-inverse epicanthus syndrome and retinoblastoma. Sexing for X-linked or mitochondrial diseases has been carried out for blue cone monochromatism, choroideremia, familial exudative vitreoretinopathy, Leber hereditary optic neuropathy, macular dystrophy (not further specified), Norrie disease, X-linked congenital stationary night blindness, X-linked retinoschisis and nystagmus (not further specified). Conclusion: In recent years, there has been an increase in potential to use PGD. The spectrum of diseases for this method has widened to include severe inherited eye diseases.

• MeSH
• dědičné nemoci očí * MeSH
• fertilizace in vitro MeSH
• genetické nemoci vrozené * MeSH
• lidé MeSH
• preimplantační diagnóza * metody   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• přehledy MeSH

Cíl studie: Analýza klinického přínosu array vyšetření choriové biopsie (CVS) a návrh efektivnějšího postupu genetického vyšetření v I. trimestru. Typ studie: Retrospektivní studie. Název a sídlo pracoviště: Gennet, Centrum lékařské genetiky a reprodukční medicíny, Praha. Materiál a metodika: V rámci prenatální diagnostiky v I. trimestru bylo u 913 vzorků CVS provedeno QF-PCR (screening aneuploidií chromozomů 13,18, 21, X, Y) a stanovení karyotypu. Paralelně s těmito metodami bylo u 179 vzorků s normálním výsledkem z obou metod provedeno vyšetření SNP-array (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1). Výsledky: Metodou QF-PCR bylo zachyceno 229 chromozomálních aneuploidií z 911 úspěšně provedených vyšetření (25 %). Konvenčními cytogenetickými metodami byly zachyceny nebalancované chromozomální aberace u 239 z 897 úspěšně vyšetřených plodů (27 %), v 95 % šlo o potvrzení výsledku QF-PCR (227/239), 10 nebalancovaných chromozomálních aberací nezahrnovalo chromozomy sledované metodou QF-PCR. Metodou array bylo u plodů s normálním výsledkem z obou výše uvedených metod odhaleno dalších 13 klinicky relevantních chromozomálních aberací (7,5 %). Závěr: Na základě analýzy našich dat a publikovaných studií jsme v laboratořích Gennetu navrhli nový algoritmus pro vyšetření choriových klků v I. trimestru. Hlavní změnou je nahrazení karyotypu metodou array u všech plodů, kde je normální výsledek z QF-PCR. Výsledkem bude efektivnější záchyt patologických klinicky relevantních chromozomálních aberací u vyšetřovaných plodů.

Objective: Array technology in chorionic villus sampling (CVS) – analysis of clinical benefit and a proposal of a more effective 1st trimester genetic testing policy. Design: Retrospective study. Setting: Gennet, Center of Medical Genetics and Reproductive Medicine, Prague. Material and methods: Total of 913 CVS were performed at Gennet between 2010–2014. All 913 samples were tested by QF-PCR rapid test for aneuploidy of chromosomes 13, 18, 21, X and Y and karyotyping following standard long term culture. Microarray analysis (Illumina HumanCytoSNP12 v2.1) was performed on 179 samples with normal result from both – QF-PCR and karyotyping. Results: At 229 samples the common chromosomal aneuploidy was detected using rapid QF-PCR (25% from 911 successful rapid tests). Conventional karyotyping revealed 239 unbalanced chromosome aberrations (27% from 897 successful cultivations). 227/239 (95%) positive karyotypes confirmed QF-PCR finding of common aneuploidies. 10 unbalanced chromosome aberrations were not covered by rapid QF-PCR test. Microarray analysis of samples with normal result from both– QF-PCR and karyotyping– revealed 13 clinically relevant chromosome aberrations (7.5%). Conclusion: New policy for chorionic villi testing at Gennet was established. Based on evaluation of the results of karyotyping, array and QF-PCR and analysis of published data we decided to replace karyotyping by microarray analysis in all cases of foetuses with normal results from QF-PCR. More effective detection of pathological and clinically relevant chromosome aberrations in examined foetuses is expected.

• Klíčová slova
• QF-PCR, kvantitativní fluorescenční PCR,
• MeSH
• algoritmy MeSH
• aneuploidie MeSH
• chromozomální poruchy * diagnóza   genetika   MeSH
• cytogenetické vyšetření metody   statistika a číselné údaje   MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• karyotypizace MeSH
• kultivované buňky MeSH
• lidé MeSH
• odběr choriových klků * MeSH
• polymerázová řetězová reakce MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• první trimestr těhotenství MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů * MeSH
• srovnávací genomová hybridizace MeSH
• těhotenství MeSH
• ultrasonografie prenatální MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• srovnávací studie MeSH

• MeSH
• dospělí MeSH
• fertilizace in vitro MeSH
• genetická vazba MeSH
• genetické nemoci vázané na chromozom X * diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• haplotypy MeSH
• kohortové studie MeSH
• lidé MeSH
• mikrosatelitní repetice MeSH
• mutace MeSH
• preimplantační diagnóza * metody   MeSH
• přenos embrya MeSH
• reprodukovatelnost výsledků MeSH
• retrospektivní studie MeSH
• techniky amplifikace nukleových kyselin MeSH
• těhotenství MeSH
• úhrn těhotenství na počet žen v reprodukčním věku MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Cíl studie: Metoda SNP array (využívající k diagnostice polymorfismy v 1 nukleotidu – single nucleotide polymorphism) umožňuje odhalit v karyotypu nedetekovatelné submikroskopické změny (mikrodelece, mikroduplikace), jež mohou mít kauzální souvislost s patologickým ultrazvukovým nálezem u plodu. V článku je stručně popsán princip, výhody, nevýhody a možnosti použití metody SNP array v prenatální diagnostice. Jsou prezentovány zkušenosti za 10 měsíců používání této metody v prenatální diagnostice. Typ studie: Prospektivní studie. Pracoviště: Gennet, Praha. Metodika: Vyšetření SNP array bylo v období duben 2010 až leden 2011 provedeno u 110 vzorků DNA získané z kultivovaných nebo nekultivovaných buněk plodů po biopsii choria (CVS, n=14), amniocentéze (AMC, n=88), kordocentéze (n=1) a z tkáně z abortů (n=7). Vyšetření byla indikována na základě patologického nálezu na ultrazvuku s normálním karyotypem plodu, případně k dořešení patologického cytogenetického nálezu vzniklého de novo. Zpracování DNA pro chip Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12v2.1, jeho příprava a skenování byly provedeny podle standardních protokolů firmy Illumina. Data byla analyzována pomocí softwaru Illumina KaryoStudio a GenomeStudio. Výsledky: Metodou SNP array bylo úspěšně vyhodnoceno 108 vzorků (neúspěch vyšetření byl pouze ve 2 případech, 1,8 %). Odchylky od normálního profilu (CNV-Copy Number Variation) byly zachyceny u 29 případů (29/108 = 27 %), z nichž 16 bylo klinicky významných (16/108=15 %). Jako pravděpodobně nepatogenní byly CNV u 8 případů a u 5 případů nebyl zatím původ nalezené CNV ověřen u rodičů. Po odečtení případů ověřujících de novo patologii v karyotypu plodu byla klinicky významná CNV nalezena v 9 případech (9/94 = 10 %). Nález klinicky významné CNV byl nejčastěji v kategorii ultrazvukových nálezů srdečních vad, vad centrálního nervového systému (CNS) a mnohočetných anomálií. Ve všech 14 případech de novo chromozomální přestavby v karyotypu byla jasně specifikována závažnost přestavby (patologie u 7/14 = 50 %). Závěr: Výsledky studie ukazují, že vedle jednoznačného přínosu při posuzování patogenity de novo chromozomálních aberací prokazuje SNP array i jednoznačný přínos pro záchyt dosud skrytých submikroskopických změn.

Objectives: SNP array (array method using Single Nucleotide Polymorphisms) enables to detect cytogenetically undetectable submicroscopic alterations (microdeletions, microduplications), which could be also causative for ultrasonographic anomalies of fetus. This article describes the principle, advantages, disadvantages and application possibilities of the SNP array method in prenatal diagnosis. The ten month experience with SNP array use in prenatal diagnosis is presented. Design: Prospective study. Settings: Gennet, Prague. Material and methods: During the period from April 2010 to January 2011 we performed 110 SNP array analyses of fetal DNA: 14 chorionic villi samples (CVS), 88 amniotic fluid samples (AMC), 1 cord blood sample and 7 miscarriage samples. Laboratory tests were carried out on DNA from both cultured and uncultured fetal cells. Examinations were performed in fetuses with sonographic abnormal findings having normal karyotype. In addition 14 fetal cytogenetic abnormalities were solved. SNP array analysis was performed using Illumina InfiniumHD HumanCytoSNP-12 chip. All data were analysed by Illumina KaryoStudio and GenomeStudio software. Results: SNP array analysis was performed in 108 fetuses (only 2 examination failures, 1.8%). In total, we detected CNV (copy number variation) in 29 samples (29/108 = 27%). 15% (16/108) of fetuses with abnormal ultrasound findings were found to carry clinically relevant CNV. Probably benign CNVs were found in 8 samples (8/108 = 7%) and in additional 5 CNVs parental samples have not been analysed yet. Excluding karyotypically abnormal cases clinically relevant CNVs were found in 10% of fetuses (9/94). In all cases with de novo chromosomal aberration the clinical relevancy was clarified (imbalances in 50%). Conclusion: Our data suggest that SNP array analysis is a relevant and useful technique in prenatal diagnosis.

• Klíčová slova
• ultrazvuková diagnostika,
• MeSH
• jednonukleotidový polymorfismus MeSH
• lidé MeSH
• prenatální diagnóza MeSH
• sekvenční analýza hybridizací s uspořádaným souborem oligonukleotidů MeSH
• těhotenství MeSH
• ultrasonografie prenatální MeSH
• vrozené vady diagnóza   genetika   ultrasonografie   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• těhotenství MeSH
• ženské pohlaví MeSH