Východiska: Hereditární nádorové syndromy tvoří významnou podskupinu zhoubných nádorových onemocnění způsobených patogenními variantami v některém z mnoha známých nádorových predispozičních genů. Diagnostika nádorové predispozice je založena na genetickém testování pomocí sekvenování nové generace. To umožňuje analýzu mnoha genů najednou, nicméně zároveň se zvyšuje počet identifikovaných variant. Správná klasifikace nalezených variant je zásadní pro klinickou interpretaci výsledků genetického testování. Cíl: Cílem práce je shrnutí pravidel pro klasifikaci identifikovaných variant v rámci jednotlivých pracovišť a představení procesu tvorby společné klasifikace. Sdílení nalezených genetických variant a tvorba jejich konsenzuální klasifikace v rámci národních laboratorně diagnostických komunit probíhá v ČR v rámci konzorcia Czech Cancer Panel for Clinical Application (CZECANCA) sdružujícího výzkumné a diagnostické onkogenetické laboratoře. Tvorba konsenzu pro klasifikaci variant probíhá podle definovaného protokolu. Sdílení výsledků a konsenzuální klasifikace zrychluje a zpřesňuje vydávání výsledků genetického testování, harmonizuje výsledky mezi laboratořemi a přispívá tak ke zkvalitnění péče o jedince ve vysokém riziku vzniku nádorových onemocnění a jejich příbuzné.

Background: Hereditary cancer syndromes are an important subset of malignant cancers caused by pathogenic variants in one of many known cancer predisposition genes. Diagnosis of cancer predisposition is based on genetic testing using next-generation sequencing. This allows many genes to be analysed at once, increasing the number of variants identified. The correct classification of the variants found is essential for the clinical interpretation of genetic test results. Purpose: The aim of this study is to summarise the rules for classifying identified variants within individual laboratories and to present the process for creating a common classification. In the Czech Republic, the sharing of identified genetic variants and the development of their consensus classification among national laboratory diagnostic communities is carried out within the Czech Cancer Panel for Clinical Application (CZECANCA) consortium of scientific and diagnostic oncogenetic laboratories. Consensus for variant classification follows a defined protocol. Sharing the results and consensus classification accelerates and refines the release of genetic test results, harmonises results between laboratories and thus contributes to improving the care of individuals at high risk of cancer and their relatives.

• Klíčová slova
• CZECANCA,
• MeSH
• dědičné nádorové syndromy * diagnóza   genetika   klasifikace   MeSH
• genetická predispozice k nemoci genetika   prevence a kontrola   MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• klasifikace MeSH
• konsensus * MeSH
• lidé MeSH
• nádory genetika   klasifikace   MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování metody   MeSH
• zárodečné mutace genetika   MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH
• přehledy MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Východiska: Gen PALB2 (FANCN) kóduje DNA reparační protein, který byl objeven jako součást endogenního multiproteinového komplexu BRCA2. Společně s proteiny BRCA1 a BRCA2 se PALB2 funkčně podílí na opravách dvouřetězcových zlomů DNA. Dědičné mutace v genu PALB2 jsou u heterozygotních nositelů spojeny se zvýšeným rizikem vzniku karcinomu prsu a pankreatu. Riziko vzniku karcinomu prsu u nositelek mutací PALB2 genu se odhaduje na 33–58 % v závislosti na počtu příbuzných s tímto onemocněním. Riziko vzniku karcinomu pankreatu u nositelů mutací je doposud nejasné. Metody a výsledky: Z výsledků studie mutací v genu PALB2 u vysoce rizikových pa­cientů s karcinomem prsu a/nebo ovaria bez přítomnosti BRCA1/2 mutací v České republice vyplývá, že frekvence dědičných mutací genu PALB2 v naší populaci je u těchto pa­cientů poměrně vysoká. Necelých 20 % patogenních variant představují rozsáhlé intragenové přestavby PALB2. Nejvyšší podíl mutací (srovnatelný s četností mutací v genu BRCA2) byl zaznamenán v podskupině pa­cientek s vícečetným výskytem karcinomu prsu (5,5 %). Frekvence patogenních mutací v nezávislém souboru vyšetřených neselektovaných pa­cientů s karcinomem pankreatu se v naší populaci pohybuje okolo 1,3 %. Závěr: Vzhledem k četnosti výskytu mutací PALB2 v naší populaci, fenotypové podobnosti s BRCA2 a k stanovenému riziku vzniku karcinomu prsu je vhodné indikovat testování genu PALB2, včetně analýz velkých genomových přestaveb, především u pa­cientek z podskupiny s hereditárním karcinomem prsu. Nositele patogenních mutací lze zařadit do dalšího klinického sledování, obdobného jako u nositelů mutací v BRCA2, umožňujícího časnou dia­gnostiku onemocnění, prevenci a popřípadě cílenou terapii. V případě vysoké rodinné zátěže a současné segregace patogenní mutace s nádorovým fenotypem lze na PALB2 mutace nahlížet jako na vysoce penetrantní alterace indikující provedení preventivních chirurgických výkonů u jejich nositelů. Další analýzy v různých populacích a zvětšení studovaných souborů budou potom nezbytné pro přesný odhad penetrance genu PALB2 a k upřesnění rizika vzniku karcinomu pankreatu.

Background: The PALB2 (FANCN) gene was identified as a component of endogenous BRCA2 complex that encodes a DNA repair protein participating along with BRCA1 and BRCA 2 proteins in DNA double-strand break repair. Hereditary PALB2 mutations are associated with an increased risk of breast and pancreatic cancers in heterozygotes. Breast cancer risk for PALB2 mutation carriers has recently been estimated at 33–58% depending on family history of breast cancer; pancreatic cancer risk in carriers of PALB2 mutations has not been precisely quantified, yet. Mate­rials and Results: Results of a study identifying PALB2 mutations in high-risk, BRCA1/2-negative, breast and/or ovarian cancer patients in the Czech Republic indicate that the frequency of hereditary PALB2 mutations in our population is quite high. Interestingly, almost 20% of all recognized mutations comprised large genomic rearrangements. The highest proportion of PALB2 mutations (comparable with the number of mutations reported for BRCA2) was found in a subgroup of hereditary breast cancer patients (5.5%). Frequency of mutations in an independent group of Czech unselected pancreatic cancer patients was approximately 1.3%. Conclusion: Considering the frequency of pathogenic, hereditary PALB2 mutations in our population, their phenotypic similarity to BRCA2, and expected risk of breast cancer associated with PALB2 mutations, its screen­ing (including large genomic rearrangements) should be encouraged in patients from hereditary breast cancer families. The follow-up of pathogenic PALB2 mutation carriers should be similar to that in BRCA2 mutation carriers, enabling early diagnosis, prevention, and possible targeted therapy. Preventive surgical interventions for the carriers could be considered in case of strong family cancer history and evident segregation of a pathogenic mutation with a tumor phenotype. Additional analysis of various cancer patient populations and further meta-analyses will be necessary for accurate assessment of PALB2 gene penetrance and its significance for the risk of pancreatic and other cancers. Key words: hereditary breast and ovarian cancer syndrom – pancreatic neoplasms – PALB2 gene – genetic predisposition – genetic testing This study was supported by grants IGA MH CZ NT14006-3/2013 and NT13343-4/2012, and Charles univessity in Prague – PRVOUK-P27//LF1/1 a SVV-UK 260148/2015. The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE recommendation for biomedical papers. Submitted: 6. 8. 2015 Accepted: 14. 8. 2015

• MeSH
• dědičný syndrom nádoru prsu a vaječníků * genetika   MeSH
• dospělí MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické testování MeSH
• jaderné proteiny genetika   MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mutace MeSH
• mutační analýza DNA MeSH
• nádorové supresorové proteiny * genetika   MeSH
• nádory prsu genetika   MeSH
• nádory slinivky břišní * epidemiologie   genetika   MeSH
• prevalence MeSH
• rizikové faktory MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• ženské pohlaví MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

Dědičná nádorová onemocnění tvoří malou, ale klinicky významnou část onkologických onemocnění, v České republice se jedná ročně o několik tisíc osob. Identifikace kauzální mutace v nádorových predispozičních genech má u těchto nemocných zásadní prognostický a v některých případech i prediktivní význam. Mimo to je podmínkou cílené preventivní péče o asymptomatické nosiče mutací v rodinách se zvýšeným rizikem vzniku nádorového onemocnění. Do současné doby bylo charakterizováno více než 150 nádorových predispozičních genů. Mutace většiny z nich se vyskytují vzácně, s výraznou populační specifičností a jejich klinická interpretace je často obtížná. Diagnostiku raritních variant technicky zjednodušují postupy využívající sekvenování nové generace, které umožňují vyšetření rozsáhlých sad genů. Za účelem racionalizace diagnostiky hereditárních nádorových syndromů v České republice jsme navrhli sekvenační panel „CZECANCA“, který cílí na vyšetření 219 genů asociovaných s dědičnými nádorovými onemocněními. Panel obsahuje přes 50 klinicky významných genů vysokého a středního rizika, zbývající geny tvoří málo prozkoumané a kandidátní predispoziční geny, jejichž vrozené mutace mají nejasnou klinickou interpretaci. Společně s návrhem panelu byl optimalizován postup vlastního sekvenování a bioinformatického zpracování sekvenačních dat pro tvorbu jednotné databáze genotypů analyzovaných vzorků. Cílem projektu je nabídnout použití sekvenačního panelu včetně optimalizovaného postupu sekvenování nové generace diagnostickým laboratořím v České republice a zajistit sdílení genotypů a klinických údajů o vyšetřovaných pacientech ve společné databázi za účelem zlepšení možnosti klinické interpretace vzácných mutací u vysoce rizikových osob.

Individuals with hereditary cancer syndromes form a minor but clinically important subgroup of oncology patients, comprising several thousand cases in the Czech Republic annually. In these patients, the identification of pathogenic mutations in cancer susceptibility genes has an important predictive and, in some cases, prognostic value. It also enables rational preventive strategies in asymptomatic carriers from affected families. More than 150 cancer susceptibility genes have been described so far; however, mutations in most of them are very rare, occurring with substantial population variability, and hence their clinical interpretation is very complicated. Diagnostics of mutations in cancer susceptibility genes have benefited from the broad availability of next-generation sequencing analyses using targeted gene panels. In order to rationalize the diagnostics of hereditary cancer syndromes in the Czech Republic, we have prepared the sequence capture panel “CZECANCA”, targeting 219 cancer susceptibility genes. Besides more than 50 clinically important high- and moderate-penetrance susceptibility genes, the panel also targets less common candidate genes with uncertain clinical relevance. Alongside the panel design, we have optimized the analytical and bioinformatics pipeline, which will facilitate establishing a collective nationwide database of genotypes and clinical data from the analyzed individuals. The key objective of this project is to provide diagnostic laboratories in the Czech Republic with a reliable procedure and collective database improving the clinical utility of next-generation sequencing analyses in high-risk patients, which would help improve the interpretation of rare or population-specific variants in cancer susceptibility genes. Key words: genetic predisposition testing – hereditary cancer syndromes – high-throughput nucleotide sequencing – genetic information databases – panel sequencing – sequence capture – next-generation sequencing (NGS) This work was supported by Czech Ministry of Health grants No. NT14054, NV15-28830A, NV15--27695A and The League Against Cancer Prague. The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE recommendation for biomedical papers. Submitted: 2. 10. 2015 Accepted: 13. 10. 2015

• Klíčová slova
• sekvenování nové generace (NGS), cílené sekvenování, panelové sekvenování,
• MeSH
• databáze genetické * využití   MeSH
• dědičné nádorové syndromy * diagnóza   genetika   MeSH
• genetická predispozice k nemoci MeSH
• genetické testování metody   MeSH
• lidé MeSH
• sekvenční analýza DNA MeSH
• šíření informací MeSH
• výpočetní biologie MeSH
• vysoce účinné nukleotidové sekvenování * MeSH
• výzkumný projekt MeSH
• zárodečné mutace MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Publikační typ
• práce podpořená grantem MeSH

• Publikační typ
• abstrakt z konference MeSH

Východiska: Analýza hlavních predispozičních genů BRCA1 a BRCA2 podmiňujících vznik dědičných forem karcinomu prsu umožňuje identifikaci vysoce rizikových osob. Kromě zpřesnění odhadu rizika onemocnění lze nosiče patogenních mutací zařadit do programů pro časnou diagnostiku a prevenci onemocnění a v případě jeho rozvoje i specifickou léčbu. Nosiči mutací v hlavních predispozičních genech však tvoří přibližně jen 25 % populace vysoce rizikových pacientů. V nedávné době byla identifikována řada dalších genů, jejichž alterace zvyšují riziko karcinomu prsu a některých dalších nádorů. Tyto geny se však vyznačují nižším rizikem vzniku onemocnění a výraznou populační variabilitou ve světě. Cíl: Provedli jsme shrnutí studií analyzujících dědičné mutace v genech středního rizika v populaci pacientů s karcinomem prsu a případně dalšími nádorovými onemocněními v ČR s cílem vyhodnotit současné možnosti uplatnění analýz těchto genů v klinické praxi. Výsledky: V populaci onkologických pacientů v ČR byly provedeny analýzy genů ATM, CHEK2, NBS1 (NBN) a PALB2. Vyšetřované populace pacientů zahrnovaly především soubory vysoce rizikových pacientek s karcinomem prsu bez nálezu alterací v hlavních predispozičních genech BRCA1/2. Závěry: Na základě výsledků provedených studií lze u BRCA1/2-negativních pacientek z rizikových rodin s karcinomem prsu pro klinické testování v ČR doporučit analýzu patogenních variant genu CHEK2 (především mutace c.1100delC a rozsáhlé delece postihující exony 9–10). Missense varianty genu CHEK2 nelze zatím jednoznačně klinicky hodnotit. Analýzy mutací genů ATM a NBS1 (NBN) nejsou s ohledem na malou frekvenci jejich výskytu vhodné pro klinické hodnocení. Nadějná je analýza patogenních variant genu PALB2 u BRCA1/2-negativních pacientek z rodin s mnohočetným výskytem karcinomu prsu, jejíž význam v této skupině může být v naší populaci srovnatelný s významem mutací v genu BRCA2.

Background: Analysis of the major breast cancer (BC) predisposition genes BRCA1 and BRCA2 enables identification of high-risk individuals. Specialized programs enrolling the carriers of BRCA1/2 mutations facilitate an improvement in prevention and early diagnostics in asymptomatic individuals and rationalize the selection of individualized treatment in case of a BC onset. However, the carriers of mutations in the major predisposition genes represent only approximately 25% of cases among high-risk BC patients. Numerous candidate predisposing genes for breast and other cancers have recently been identified. The risk of cancer development associated with alterations in these genes is lower, and there is a considerable population variability in different regions worldwide. Aim: We have performed mutation analyses of moderate-risk cancer susceptibility genes to evaluate their clinical importance for genetic counseling in high-risk patients suffering from breast and other cancers in the Czech population. Results: Czech oncological patients were analysed for mutation in ATM, CHEK2, NBS1 (NBN) and PALB2 genes. The majority of analyzed individuals represent the population of high-risk BRCA1/2-negative BC patients. Conclusions: Based on results of this study, we recommend an analysis of recurrent truncating mutations in the CHEK2 gene (the c.1100delC mutation and a large deletion affecting exons 9–10) in BRCA1/2- negative patients from high-risk BC families. A clinical assessment of missense variants in CHEK2 is not suitable. A routine mutation analysis of the ATM and NBS1 (NBN) genes is not recommended in BC patients due to the low frequency of alterations in these genes in the Czech Republic. An identification of truncating mutations in the PALB2 gene is important in BRCA1/2-negative BC patients from families with a strong history of BC (HBC families). The frequency of PALB2 mutations may be comparable to the frequency of mutations in the BRCA2 gene in Czech HBC families.

• Klíčová slova
• dědičné nádory, ATM, CHEK2, NBS1 (NBN), PALB2,
• MeSH
• financování organizované MeSH
• genetické nemoci vrozené diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• genetické testování metody   využití   MeSH
• geny BRCA1 MeSH
• geny BRCA2 MeSH
• hodnocení rizik MeSH
• jaderné proteiny genetika   izolace a purifikace   MeSH
• lidé MeSH
• metaanalýza jako téma MeSH
• nádorová transformace buněk genetika   MeSH
• nádory prsu diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• nádory diagnóza   genetika   prevence a kontrola   MeSH
• protein-serin-threoninkinasy genetika   izolace a purifikace   MeSH
• proteiny buněčného cyklu genetika   izolace a purifikace   MeSH
• statistika jako téma MeSH
• transportní proteiny genetika   izolace a purifikace   MeSH
• tumor supresorové geny MeSH
• Check Tag
• lidé MeSH
• Geografické názvy
• Česká republika MeSH

Autoantibodies against different axonal cytoskeletal proteins [the light (NFL) and medium (NFM) subunit of neurofilament and tubulin (TUB)] in serum and cerebrospinal fluid may be generated in response to the release of cytoskeleton from damaged neurons. We studied the relationships among these autoantibodies. Paired cerebrospinal fluid (CSF) and serum samples were obtained from 47 multiple sclerosis (MS) patients, 14 patients with neurodegenerative diseases, 21 patients with various neurological diseases and 16 normal control subjects. Levels of antibodies against NFL, NFM and TUB were related to each other in CSF in all groups, whereas close association of anti-cytoskeletal antibodies in serum was found in the MS group only. A concordant spectrum of anti-cytoskeletal antibodies is present in serum of MS patients, unlike in other neurological patients. The synergy between the spectrum of anti-cytoskeletal antibodies in serum and CSF might be one of the immunological features typical for the MS patients.

• MeSH
• axony metabolismus   MeSH
• cytoskeletální proteiny imunologie   krev   MeSH
• dospělí MeSH
• financování organizované MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• nemoci nervového systému imunologie   krev   MeSH
• neurodegenerativní nemoci imunologie   krev   MeSH
• protilátky imunologie   MeSH
• roztroušená skleróza imunologie   krev   MeSH
• senioři MeSH
• Check Tag
• dospělí MeSH
• lidé středního věku MeSH
• lidé MeSH
• mladý dospělý MeSH
• mužské pohlaví MeSH
• senioři MeSH
• ženské pohlaví MeSH

Axonal damage in multiple sclerosis (MS) may be reflected by antibodies against axon-specific proteins - the light subunit of neurofilaments (NFL). MATERIALS AND METHODS: The serum and cerebrospinal fluid obtained from 58 MS patients, 24 normal controls (CN), 49 control patients with miscellaneous diseases (CD) and 31 patients with neurodegenerative disorders (CDEG) were tested for both immunoglobulin G and M antibodies against NFL, using an ELISA. RESULTS: Intrathecal IgG antibodies to NFL were elevated in MS patients compared with that in CD patients (P = 0.001) and were not related to clinical variables. No differences in IgM anti-NFL levels were found between the MS and CN/CD groups. IgM to NFL was higher in the CDEG group than in either the CD group or even the MS group (P < 0.0005). CONCLUSIONS - Intrathecal IgM or IgG antibodies to NFL are not useful surrogate markers for axonal damage or disease subtypes in MS.

• Publikační typ
• abstrakty MeSH