Východiska: Familiární onemocnění krvetvorby (familial hematopoietic disorders – FHD) jsou vzácnou a heterogenní skupinou onemocnění, do které se řadí dědičné anemie, dědičné trombocytopenie, vrozené neutropenie a vrozené syndromy selhání kostní dřeně. Pro FHD je charakteristická variabilní klinická expresivita a neúplná penetrance fenotypu i v rámci jedné rodiny, což znesnadňuje určení správné anamnézy. Molekulární genetické defekty FHD se nachází ve > 300 genech zodpovědných zejména za buněčné procesy, jejichž funkční poruchy vedou k symptomatické cytopenii, dysfunkci orgánů, poškození tkání a k rozvoji syndromů. Některé varianty genů predisponují ke vzniku závažných hematologických malignit či vzácněji solidních nádorů. Na našem pracovišti jsme zavedli genetickou analýzu u rodin s podezřením na dědičné hematologické onemocnění. Naše zaměření je v rámci ČR unikátní. Soubor pacientů a metody: Od roku 2017 se věnujeme výzkumu a diagnostice vzácných nemocí FHD. Celkem jsme zanalyzovali 92 rodin s podezřením na FHD pomocí moderních genomických přístupů jako je celoexomové sekvenování, predikční analýza in silico, metoda MLPA a Sangerovo sekvenování. Výsledky: U 70 rodin jsme detekovali již známou patogenní / pravděpodobně patogenní variantu nebo novou variantu nejasného klinického významu (variant of unclear clinical significance – VUS), jejichž záchyt vedl k potvrzení nebo upřesnění diagnózy. Pozitivní nálezy poukázaly na výskyt dědičných trombocytopenií (geny TUBB1, ETV6 a ANKRD26 – riziko rozvoje hematologických malignit), Glanzmannových trombastenií (ITGA2B), anemií, talasemií, ale také na výskyt vzácných syndromových onemocnění, v ČR např. Bernard-Soulier (GP1BA); Heřmanský-Pudlák (HPS1); Wiskott-Aldrich (WAS – zvýšené riziko výskytu malignit); Shwachman-Diamondův syndrom (SBDS – 30% riziko myeloidních malignit) a Sebastianův syndrom (MYH9) apod. Závěr: Genetická diagnostika se stala součástí standardního vyšetření pacientů s dědičným hematologickým onemocněním. Zároveň pomohla objasnit mnohé nevyřešené případy a poukázala na výskyt vzácných variant klasifikovaných jako VUS, u nichž je nutné prokázat jejich funkční dopad pomocí proteomických technologií. Potvrzení diagnózy pacienta má také kladný dopad na jeho individualizovanou péči a ke stanovení rizika vzniku malignit či jiných přídavných onemocnění.
Background: Familial hematopoietic disorders (FHD) are a rare and heterogeneous group of disorders that include hereditary anemias, hereditary thrombocytopenias (inherited thrombocytopenias – IT), congenital neutropenias and congenital bone marrow failure syndromes. FHD is characterized by variable clinical expressivity and incomplete penetrance of the phenotype even within a single family, making it difficult to determine a correct history. The molecular genetic defects of FHD are found in > 300 genes mainly responsible for cellular processes whose functional disorders lead to symptomatic cytopenia, organ dysfunction, tissue damage and syndromes. Some gene variants predispose to the development of severe hematological malignancies or, more rarely, solid tumours. At our institution, we have introduced genetic analysis in families with suspected hereditary hematological diseases. Our focus is unique in the Czech Republic. Patients and methods: In total, we analyzed 92 families with suspected FHD using modern genomic approaches such as whole-exome sequencing (WES), in silico predictive analysis, multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA) and Sanger sequencing. Results: In 70 families, we detected an already known pathogenic/probably pathogenic variant or a novel variant of unclear clinical significance (VUS), the detection of which led to confirmation or refinement of the diagnosis. Positive findings indicated the occurrence of hereditary thrombocytopenias (TUBB1, ETV6 and ANKRD26 genes – risk of the development of hematological malignancies), Glanzmann thrombasthenia (ITGA2B), anemias, thalassemias, but also the occurrence of rare syndromic diseases in the Czech Republic, e. g. Bernard-Soulier (GP1BA); Heřmanský-Pudlák (HPS1); Wiskott-Aldrich (WAS – increased risk of malignancies); Shwachman-Diamond syndrome (SBDS – a 30% risk of myeloid malignancies) and Sebastian syndrome (MYH9), etc. Conclusion: Genetic diagnosis has become part of the standard examination of patients with hereditary hematological diseases. It has also helped to clarify many unsolved cases and highlighted the occurrence of rare variants classified as VUS, for which it is necessary to determine their functional impact. Confirming a patient’s diagnosis also has a positive impact on their individualized care and on determining their risk of malignancies or other additional diseases.
- MeSH
- genetické nemoci vrozené diagnóza genetika MeSH
- genetické testování metody MeSH
- krevní nemoci * diagnóza genetika MeSH
- lidé MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- práce podpořená grantem MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Současný masivní rozvoj sekvenování lidských genomů či exomů v biomedicínském výzkumu je jednou z důležitých cest k personalizované medicíně. Čtení lidské genetické informace nicméně generuje potenciálně citlivá a zneužitelná data, což s sebou přináší etická, legislativní a bezpečnostní úskalí. Z tohoto důvodu je nutné při práci s těmito daty dodržovat řadu opatření, a to v průběhu jejich celého životního cyklu – při jejich získávání, úschově, zpracování, využití, sdílení, archivaci i opakovaném využití. Důležitost správné praxe při práci s genomickými daty je navíc umocněna aktuálními evropskými trendy směřujícími k otevřené vědě a digitalizaci. Proto byl vypracován následující soubor doporučení stanovujících zásady pro výzkumnou práci se sekvencemi lidského genomu nebo jeho částí. Doporučení se opírají o dva dokumenty vydané Světovou aliancí pro genomiku a zdraví (GA4GH) a zahraniční literaturu, čímž shrnují všechny klíčové recentní pokyny týkající se většiny relevantních aspektů pro práci s lidskými genomickými daty.
The current significant development of human genome/exome sequencing in biomedical research is one of the important paths leading to personalized medicine. However, sequencing of human genetic information generates potentially sensitive and exploitable data, which leads to ethical, legal, and security issues. For this reason, it is necessary to follow several measures when working with these data, applying to their entire life cycle – i.e., acquisition, storage, processing, usage, sharing, archiving, and reuse. In addition, importance of good practice during the whole data life cycle is emphasized by current European trends towards open science and digital transformation. Therefore, the following recommendations have been developed, establishing principles for work with the whole human genome sequences or parts of it in research context. The recommendations are based on two documents published by the Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH) and on foreign literature, thus summarizing recent relevant guidance on most aspects of working with human genomic data.
- MeSH
- etický kodex * MeSH
- genomika * etika MeSH
- lidé MeSH
- šíření informací etika MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- směrnice pro lékařskou praxi MeSH
Bernard-Soulier syndrome (BSS) is a rare inherited disorder characterized by unusually large platelets, low platelet count, and prolonged bleeding time. BSS is usually inherited in an autosomal recessive (AR) mode of inheritance due to a deficiency of the GPIb-IX-V complex also known as the von Willebrand factor (VWF) receptor. We investigated a family with macrothrombocytopenia, a mild bleeding tendency, slightly lowered platelet aggregation tests, and suspected autosomal dominant (AD) inheritance. We have detected a heterozygous GP1BA likely pathogenic variant, causing monoallelic BSS. A germline GP1BA gene variant (NM_000173:c.98G > A:p.C33Y), segregating with the macrothrombocytopenia, was detected by whole-exome sequencing. In silico analysis of the protein structure of the novel GPIbα variant revealed a potential structural defect, which could impact proper protein folding and subsequent binding to VWF. Flow cytometry, immunoblot, and electron microscopy demonstrated further differences between p.C33Y GP1BA carriers and healthy controls. Here, we provide a detailed insight into its clinical presentation and phenotype. Moreover, the here described case first presents an mBSS patient with two previous ischemic strokes.
- MeSH
- alely * MeSH
- Bernardův-Soulierův syndrom krev diagnóza genetika MeSH
- fenotyp * MeSH
- genetická predispozice k nemoci * MeSH
- genetická variace * MeSH
- genetické asociační studie MeSH
- imunofenotypizace MeSH
- lidé MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- počet trombocytů MeSH
- rodokmen MeSH
- trombocytopenie krev diagnóza MeSH
- trombocytový glykoproteinový komplex Ib-IX genetika metabolismus MeSH
- trombocyty metabolismus ultrastruktura MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- mužské pohlaví MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
- Geografické názvy
- Česká republika MeSH
Dědičné neutropenie (DN) patří mezi geneticky podmíněná onemocnění, která mohou být diagnostikována i v dospělém věku. DN se v dospělosti manifestuje spíše lehkými formami neutropenie a cytopenie. Případné další klinické příznaky bývají mírnější ve srovnání s DN diagnostikovanými u dětí. Molekulárně genetickou analýzou, zejména exomovým sekvenováním, bylo v různých genech identifikováno mnoho patogenních mutací zodpovídajících za fenotyp DN. Mutace některých těchto genů zároveň pacienty predisponuje ke zvýšenému riziku rozvoje myelodysplastického syndromu či akutní myeloidní leukemie. Správná strategie sledování pacientů, genetické poradenství a stanovení optimálního postupu léčby mohou poté významně ovlivnit prognózu tohoto onemocnění.
Congenital neutropenias (CNs) are a group of genetic disorders that may even be diagnosed in adulthood. In such cases, they manifest most often as mild neutropenia and cytopenia and other clinical symptoms tend to be less pronounced compared to CN diagnosed in childhood. Several gene variants responsible for the CN phenotype have been identified by molecular genetic approaches, especially by exome sequencing. Mutations of some of these genes also increase the risk of patients developing myelodysplastic syndrome or acute myeloid leukaemia. Proper patient monitoring strategies, genetic counselling and optimal treatment protocols can substantially affect the prognosis of these disorders.
- Klíčová slova
- varianty genů,
- MeSH
- genetické nemoci vrozené MeSH
- lidé MeSH
- neutropenie * genetika MeSH
- sekvenování exomu MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Publikační typ
- přehledy MeSH
Next-generation sequencing (NGS) has transitioned from research to clinical routine, yet the comparability of different technologies for mutation profiling remains an open question. We performed a European multicenter (n=6) evaluation of three amplicon-based NGS assays targeting 11 genes recurrently mutated in chronic lymphocytic leukemia. Each assay was assessed by two centers using 48 pre-characterized chronic lymphocytic leukemia samples; libraries were sequenced on the Illumina MiSeq instrument and bioinformatics analyses were centralized. Across all centers the median percentage of target reads ≥100x ranged from 94.2- 99.8%. In order to rule out assay-specific technical variability, we first assessed variant calling at the individual assay level i.e., pairwise analysis of variants detected amongst partner centers. After filtering for variants present in the paired normal sample and removal of PCR/sequencing artefacts, the panels achieved 96.2% (Multiplicom), 97.7% (TruSeq) and 90% (HaloPlex) concordance at a variant allele frequency (VAF) >0.5%. Reproducibility was assessed by looking at the inter-laboratory variation in detecting mutations and 107 of 115 (93% concordance) mutations were detected by all six centers, while the remaining eight variants (7%) were undetected by a single center. Notably, 6 of 8 of these variants concerned minor subclonal mutations (VAF <5%). We sought to investigate low-frequency mutations further by using a high-sensitivity assay containing unique molecular identifiers, which confirmed the presence of several minor subclonal mutations. Thus, while amplicon-based approaches can be adopted for somatic mutation detection with VAF >5%, after rigorous validation, the use of unique molecular identifiers may be necessary to reach a higher sensitivity and ensure consistent and accurate detection of low-frequency variants.
Závěrečná zpráva o řešení grantu Agentury pro zdravotnický výzkum MZ ČR
Nestr.
Cancer is a complex disease underlaid by mutations in genes responsible for cell functions such as cell growth and reparation processes. It is known that about 5 to 10 % of all cancers are associated with germline gene mutations inherited from parents. Growing evidence suggests that the inherited gene variants predisposing to the development of numerous cancer types could be more common than previously appreciated. The aim of the proposed study is to search for germline mutations and changes leading to increased risk of leukemia and other hematological malignancies in selected families with aggregation of several affected individuals. To fulfill this aim, we will explore inherited sequence variants using exome sequencing and evaluate the oncopathogenic significance of found variants in a general patient cohort. We believe that our approach will enhance individualized patient care and disease management.
Rakovina je komplexní onemocnění podmíněné mutacemi v genech, které jsou důležité pro normální buněčné funkce jako např. buněčný růst a reparační procesy. Přibližně 5 až 10 % nádorů je asociováno se zárodečnou mutací zděděnou od rodičů. Současné poznatky naznačují, že dědičné predispozice k rozvoji nádorového onemocnění mohou být častější, než se dříve předpokládalo. Cílem navrhované studie je vyhledávání zárodečných mutací a změn, které vedou ke zvýšenému riziku vzniku leukemií a dalších hematologických malignit ve vybraných rodinách se opakovaným výskytem jedinců trpících hematoonkologickým onemocněním. Pro naplnění tohoto cíle využijeme exomové sekvenování a ověříme, zda mají sekvenční varianty nalezené ve vytipovaných rodinách onkopatogenetický význam také v obecném souboru pacientů. Předpokládáme, že zamýšlený postup povede ke zlepšení individualizované péče o onkologické pacienty a jejich rodiny a k modifikaci diagnostických a léčebných postupů onkologických onemocnění.
- MeSH
- genetická predispozice k nemoci MeSH
- genetické asociační studie MeSH
- hematologické nádory genetika MeSH
- lidé MeSH
- mutace MeSH
- rizikové faktory MeSH
- sekvenování exomu MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- Konspekt
- Patologie. Klinická medicína
- NLK Obory
- onkologie
- genetika, lékařská genetika
- hematologie a transfuzní lékařství
- NLK Publikační typ
- závěrečné zprávy o řešení grantu AZV MZ ČR
Different genes related to alveolar stability have been associated with familial interstitial pneumonia (FIP). Here, we report a novel, rare SFTPA1 variant in a family with idiopathic interstitial pneumonia (IIP). We performed whole-exome sequencing on germline DNA samples from four members of one family; three of them showed signs of pulmonary fibrosis (idiopathic interstitial pneumonia) with autosomal-dominant inheritance. A heterozygous single nucleotide variant c.532 G > A in the SFTPA1 gene has been identified. This variant encodes the substitution p.(Val178Met), localized within the carbohydrate recognition domain of surfactant protein A and segregates with the genes causing idiopathic interstitial pneumonia. This rare variant has not been previously reported. We also analyzed the detected sequence variant in the protein structure in silico. The replacement of valine by the larger methionine inside the protein may cause a disruption in the protein structure. The c.532 G > A variant was further validated using Sanger sequencing of the amplicons, confirming the diagnosis in all symptomatic family members. Moreover, this variant was also found by Sanger sequencing in one other symptomatic family member and one young asymptomatic family member. The autosomal-dominant inheritance, the family history of IIP, and the evidence of a mutation occurring in part of the SFTPA1 gene all suggest a novel variant that causes FIP.
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- Publikační typ
- abstrakt z konference MeSH
Here we report a C-terminal RUNX1 mutation in a family with platelet disorder and predisposition to myeloid malignancies. We identified the mutation c.866delG:p.Gly289Aspfs*22 (NM_001754) (RUNX1 b-isoform NM_001001890; c.785delG:p.Gly262Aspfs*22) using exome sequencing of samples obtained from eight members of a single family. The mutation found in our pedigree is within exon eight and the transactivation domain of RUNX1. One of the affected individuals developed myelodysplastic syndrome (MDS), which progressed to acute myelogenous leukemia (AML). A search for the second hit which led to the development of MDS and later AML in this individual revealed the PHF6 gene variant (exon9:c.872G > A:p.G291E; NM_001015877), BCORL1 (exon3:c.1111A > C:p.T371P; NM_001184772) and BCOR gene variant (exon4:c.2076dupT:p.P693fs; NM_001123383), which appear to be very likely second hits participating in the progression to myeloid malignancy.
- MeSH
- biopsie MeSH
- chromozomální aberace MeSH
- genetická predispozice k nemoci * MeSH
- jednonukleotidový polymorfismus MeSH
- karyotyp MeSH
- lidé MeSH
- mutace * MeSH
- mutační analýza DNA MeSH
- myeloidní leukemie diagnóza genetika MeSH
- počet trombocytů MeSH
- předškolní dítě MeSH
- progrese nemoci MeSH
- protein PEBP2A2 chemie genetika MeSH
- rodina MeSH
- trombocytopatie krev genetika patologie MeSH
- Check Tag
- lidé MeSH
- předškolní dítě MeSH
- ženské pohlaví MeSH
- Publikační typ
- časopisecké články MeSH
- kazuistiky MeSH
